计算化学公社

标题: MOF结构难收敛 [打印本页]

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Author: 阿O 时间: 2025-2-26 10:35
标题: MOF结构难收敛
核数8，内存32G，目前使用PBE0 -D3 -def2-SV(P)，请问各位老师，如何调整基组才能使其结构稳定一点

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Author: 阿O 时间: 2025-2-26 11:02
请问我需要冻结金属部分的原子和硼原子吗

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Author: tonganlhy 时间: 2025-2-26 11:17
本帖最后由 tonganlhy 于 2025-2-26 11:20 编辑

这么大体系可以先用xtb预优化一下，反正orca也带了。另外你优化这个的目的是啥？MOF是周期性体系，你拿小分子优化不出来固体结构的。

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Author: snljty2 时间: 2025-2-26 11:38
当做周期性体系，用第一性原理程序比如VASP、CP2K、Quantum ESPRESSO、Crystal等程序做。

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Author: 阿O 时间: 2025-2-26 11:56

tonganlhy 发表于 2025-2-26 11:17
这么大体系可以先用xtb预优化一下，反正orca也带了。另外你优化这个的目的是啥？MOF是周期性体系，你拿小分 ...

老师，我是想计算这个MOF的配体硼酸部分与另一个小分子结合脱去水的共价结合能，但就是收敛不了，这个结构我是先在MS里用DMOL3优化了一次的，请问我需要冻结这个MOF的金属部分与C、O相连的那部分结构吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-26 12:06
甭拿ORCA等量子化学折腾了，直接用CP2K跑，又方便又完美考虑周期性速度还快得多得多，通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）很顺利就能入门。用上CP2K之后你会发现之前用量子化学程序算这个走了太多弯路

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Author: wzkchem5 时间: 2025-2-26 22:27
团簇截断得不对，一般-B(=O)-OH基团不能稳定存在，只有-B(OH)2或-B(OR)2这样的结构才是稳定的。此外很多羧基的构象都不对，一般羧基氢倾向于和羧基的羰基氧同侧

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Author: 阿O 时间: 2025-6-6 14:20

wzkchem5 发表于 2025-2-26 22:27
团簇截断得不对，一般-B(=O)-OH基团不能稳定存在，只有-B(OH)2或-B(OR)2这样的结构才是稳定的。此外很多羧 ...

老师，我实验的结构是这个MOF团簇里面的过渡金属Zn的配体是均苯三甲酸，实验过程中，将一半配体换成3，5-二羧基苯硼酸（计算使用离子化的硼酸，B原子部分接三个羟基），用最小单元进行优化，请问这个结构该如何调整，或者我该截断哪些部分呢

作者
Author: 阿O 时间: 2025-6-6 14:21

wzkchem5 发表于 2025-2-26 22:27
团簇截断得不对，一般-B(=O)-OH基团不能稳定存在，只有-B(OH)2或-B(OR)2这样的结构才是稳定的。此外很多羧 ...

作者
Author: 阿O 时间: 2025-6-6 15:00

wzkchem5 发表于 2025-2-26 22:27
团簇截断得不对，一般-B(=O)-OH基团不能稳定存在，只有-B(OH)2或-B(OR)2这样的结构才是稳定的。此外很多羧 ...

老师，我明白您的意思了，我重新试试，谢谢老师的指点

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