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标题: 模拟萘分子结晶出现裂纹怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-3-2 01:17
标题: 模拟萘分子结晶出现裂纹怎么办？
各位前辈，模拟了萘分子结晶的过程，但是模拟之后得到了一个裂纹，蓝色区域为盒子。
MDP主要参数设置如下：
总时长：100ns
步长：1fs
tcoupl       = V-rescale
tc-grps       = System
tau_t             = 0.5
ref_t             = 300
pcoupl             = C-rescale
pcoupltype             = semiisotropic
tau_p             = 5
ref_p                      = 10.0 10.0
compressibility  = 4.5e-5 4.5e-5

refcoord_scaling = all

annealing                = periodic
annealing-npoints    = 3
annealing-time       = 0 1000 2000
annealing-temp       = 300 500 300

不知道为什么会这样？应该怎么处理去掉这个裂纹呢？需要将压力设置大一些么？
但是我又担心设大了萘分子又不运动了。。。
求求各位前辈不吝赐教！万分感谢！！
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-5 06:41
用semiisotropic很莫名其妙
如果怀疑是由于晶胞变形的强制约束导致裂纹消除不掉，用anisotropic
并且注意观察晶相的尺寸随时间的变化，说不定跑的时间不够长

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2025-3-13 17:19

sobereva 发表于 2025-3-5 06:41
用semiisotropic很莫名其妙
如果怀疑是由于晶胞变形的强制约束导致裂纹消除不掉，用anisotropic
并且注意 ...

谢谢社长！

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