计算化学公社

标题: 免费提供有机小分子的构象分析/构象搜索测试 [打印本页]

作者
Author: Hugo_314cat 时间: 2025-3-2 13:19
标题: 免费提供有机小分子的构象分析/构象搜索测试
本帖最后由 Hugo_314cat 于 2025-3-4 09:41 编辑

欢迎大家提供有机小分子来对我的构象分析机进行测试，我会不定时跟帖告知分析结果（结构以.gjf文件格式记载，压缩包名称中会提供InChI-Key、分析耗时、构象数等信息）以供学习交流。
计算级别为GFN2-xtb。

为不打扰到我的日常工作，对于提供的小分子作如下要求：
1. 总原子数<=50；
2. 必须以SMILES形式提供分子（ChemDraw支持复制为SMILES）；
3. 必须是单一分子；
4. 不要含有自由基、卡宾、金属配键等；
5. 不要提供特别柔性的分子(比如一根长碳链)，因为分析机很难handle之(见附件中的n-C15H32)。

不要一下子提供很多分子，我很可能会忙不过来。

分析程序为自编的ChemCrackX。

附件中提供了n-C15H32的示例。
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: ljh123 时间: 2025-3-2 16:11
请问8个碳的碳链是否可以呢

作者
Author: Hugo_314cat 时间: 2025-3-2 16:15

ljh123 发表于 2025-3-2 16:11
请问8个碳的碳链是否可以呢

试了下，能找到global minimum。

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: gog 时间: 2025-3-2 22:13

ljh123 发表于 2025-3-2 16:11
请问8个碳的碳链是否可以呢

为什么是8个碳？不可以16个碳？

作者
Author: Hugo_314cat 时间: 2025-3-3 10:40

gog 发表于 2025-3-2 22:13
为什么是8个碳？不可以16个碳？

我在这篇文里搞的快速分析程序（和之前我发布的搜索程序是不一样的）的主要研究对象是日常的带一定结构刚性的有机小分子，由于长碳链等高柔性分子它本身构象大致是随着链长度指数增长的，个人认为对它做正常意义上的构象分析是irrational的。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)