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标题: 求助过渡态出现在成键区域 [打印本页]

作者
Author: jyl2 时间: 2025-3-5 09:44
标题: 求助过渡态出现在成键区域
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各位老师们好。
近期对PhIO+F-MnⅢ(卟啉)过渡态进行搜寻。Ⅰ：第一个图进行了柔性扫描选取了能量最高点，mn-o距离1.96，Ⅱ：选这个结构进行过渡态搜索，使用的关键词（# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ub3lyp scrf=(iefpcm,solvent=acetonitrile) def2svp empiricaldispersion=gd3 integral=grid=ultrafine），但是过渡态最终结构总是成键，之后我进行IOP（1/8=10）、IOP（1/8=1）、calcall、调整初始结构以及Mayer键级（ # 7: 1(Mn) 69(O ) 0.66396086）等操作，过渡态结构总是到成键距离上并且有-400多虚频。请问各位老师我应该再怎么处理这个情况。谢谢

作者
Author: RAL 时间: 2025-3-5 10:09
这个400i的虚频振动模式对应O转移吗？对应的话那过渡态应该是正确的。
如果是其他无关的虚频的话，需要扫描Mn-O成键与I-O断键协同的反应模式，可使用Gaussian的GIC功能实现。

作者
Author: jyl2 时间: 2025-3-5 10:23

RAL 发表于 2025-3-5 10:09
这个400i的虚频振动模式对应O转移吗？对应的话那过渡态应该是正确的。
如果是其他无关的虚频的话，需要扫 ...

您好。400i虚频振动模式对应的是O转移，但是这个成键我应该怎么去解释呀，是否是泛函以及基组选择不合理。

作者
Author: Solitude198 时间: 2025-3-5 11:44

jyl2 发表于 2025-3-5 10:23
您好。400i虚频振动模式对应的是O转移，但是这个成键我应该怎么去解释呀，是否是泛函以及基组选择不合理 ...

这玩意只是gaussview自动根据距离生成的键，真要看成键没有去算算键级或者做个IRI图看看

作者
Author: jyl2 时间: 2025-3-5 15:03

Solitude198 发表于 2025-3-5 11:44
这玩意只是gaussview自动根据距离生成的键，真要看成键没有去算算键级或者做个IRI图看看

我计算了键级#7: 1(Mn) 69(O )0.66396086，这个数值快接近1了，但是他们成键其实是两对电子。那我该怎么解释呢？

作者
Author: RAL 时间: 2025-3-5 17:33

jyl2 发表于 2025-3-5 15:03
我计算了键级#7: 1(Mn) 69(O )0.66396086，这个数值快接近1了，但是他们成键其实是两对电子。那我该怎么 ...

这个过渡态是对的。至于怎么解释，你要学习更多Mayer键级的知识。

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