计算化学公社

标题: 求助orca有机分子结构优化的弧度问题 [打印本页]

作者
Author: dyj_ 时间: 2025-3-5 10:13
标题: 求助orca有机分子结构优化的弧度问题
使用orca对文章中的分子进行结构优化，共轭平面有一定的弧度。使用chem3D的MMFF94预优化是没有弧度的。请问下，这种分子本身就有弧度还是优化有问题？关键词：! wB97M-V def2-TZVP def2/J VeryTightSCF opt noautostart miniprint；

作者
Author: Fyl 时间: 2025-3-5 10:20
https://journals.iucr.org/paper?S1600536803001612 CCDC中的结构

作者
Author: dyj_ 时间: 2025-3-5 10:38

Fyl 发表于 2025-3-5 10:20
https://journals.iucr.org/paper?S1600536803001612 CCDC中的结构

谢谢。那是我优化的有问题了。能请问下问题出在哪里么？我使用Gaussian也跑过，wB97XD/def2TZVP，也是有弧度的。

作者
Author: wangzhe 时间: 2025-3-5 10:59
单晶的结构也会受到packing的影响，gas phase优化的结构不一定非要和单晶的结构保持一致。
可以换一个泛函试试？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-5 12:50
注意看此文，了解孤立状态和晶体环境中的差异
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

力场和像样的DFT计算结果不符的情况，显然是力场有问题。诸如MMFF94会把弯曲的碗烯优化成平面的（类似碗烯构象变换的过渡态结构），明显是MMFF94定性错误

作者
Author: dyj_ 时间: 2025-3-5 14:03

sobereva 发表于 2025-3-5 12:50
注意看此文，了解孤立状态和晶体环境中的差异
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要 ...

好的，谢谢社长。

作者
Author: dyj_ 时间: 2025-3-5 14:03

wangzhe 发表于 2025-3-5 10:59
单晶的结构也会受到packing的影响，gas phase优化的结构不一定非要和单晶的结构保持一致。
可以换一个泛函 ...

好的，谢谢您。

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