计算化学公社

标题: 计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？ [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-3 09:35
标题: 计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？
计算QM/MM MD时，用gromacs可以与哪些程序结合呢？我需要处理的中心部分的原子有几百个，用哪个程序可以比较好的实现呢？谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-3 10:12
gromacs说明书里面的这几个接口软件都可以用来计算QM/MM MD吗？哪个软件可以用QM/MM MD计算离子液体，并且可以处理中心QM部分的原子有300多个？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-3 17:03
注意标题要反映帖子内容，给你改了

你要图省事就用amber来做QMMM

注意对300多个原子QM区域只能用得起半经验

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-3 17:28

sobereva 发表于 2017-3-3 17:03
注意标题要反映帖子内容，给你改了

你要图省事就用amber来做QMMM

老师，那您的意思是gromacs与cpmd连用可以用来处理QM部分有300多个原子的离子液体的QM/MM MD的计算？只是QM部分有300多个原子只能用半经验的方法不能用b3pw91的方法？就算算的慢QM部分也不可以用b3pw91的方法？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-3 18:07

15whyhq 发表于 2017-3-3 17:28
老师，那您的意思是gromacs与cpmd连用可以用来处理QM部分有300多个原子的离子液体的QM/MM MD的计算？只是 ...

否
MD多了一个时间轴，300多原子，DFT光是算个单点都挺困难，更别提动力学了，做个很短的比如10ps，耗时都得是单点的好几万倍。而且为了得到有用的数据，往往得反复摸索设定，可能得跑好几十条轨迹，耗时更可想而知。
千万别小看了QM/MM MD。很可能折腾、计算了几个月，最后什么有用的也没得到。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-3 19:40

sobereva 发表于 2017-3-3 18:07
否
MD多了一个时间轴，300多原子，DFT光是算个单点都挺困难，更别提动力学了，做个很短的比如10ps，耗 ...

哦，谢谢，老师。那是否可以肯定用gromacs与cpmd能计算离子液体的QM/MM MD呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-3 20:43

15whyhq 发表于 2017-3-3 19:40
哦，谢谢，老师。那是否可以肯定用gromacs与cpmd能计算离子液体的QM/MM MD呢？谢谢！

能是能，得折腾

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-3 21:27
恩，谢谢，老师。算QM/MM MD时分两步，先用gromacs进行的经典动力学得到什么文件然后在CPMD进行QM/MM MD呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-4 07:21

15whyhq 发表于 2017-3-3 21:27
恩，谢谢，老师。算QM/MM MD时分两步，先用gromacs进行的经典动力学得到什么文件然后在CPMD进行QM/MM MD呢 ...

程序是挂在一起连着跑的，看一些基本的原理，搞清楚QM和MM区域是怎么耦合的。不是先用谁跑再用谁跑的关系

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-4 11:22

sobereva 发表于 2017-3-4 07:21
程序是挂在一起连着跑的，看一些基本的原理，搞清楚QM和MM区域是怎么耦合的。不是先用谁跑再用谁跑的关 ...

老师我刚开始接触动力学，看gromacs手册及cpmd手册能找到您说的QM和MM区域怎么耦合的吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-4 11:52

15whyhq 发表于 2017-3-4 11:22
老师我刚开始接触动力学，看gromacs手册及cpmd手册能找到您说的QM和MM区域怎么耦合的吗？谢谢！

传那些毫无意义，白费论坛空间。翻译版手册更不要看
看点正经的介绍了QMMM算法实现的文章或书籍，诸如
DOI: 10.1002/jcc.23444

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-5 19:45
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-5 19:53 编辑

在这篇gromacs与cpmd连用计算QM/MM MD的文章中谁可以帮忙解释下计算部分的两部分，1，Classical MD计算的目的是什么？
2，QM/MM MD与Classical MD是什么关系呢？
3，QM部分的DFT方法都可以设置吗，比如b3pw91/6-31g(d,p)？
谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-5 19:48

sobereva 发表于 2017-3-4 11:52
传那些毫无意义，白费论坛空间。翻译版手册更不要看
看点正经的介绍了QMMM算法实现的文章或书籍，诸如
...

恩，谢谢，老师！

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-3-5 21:51

15whyhq 发表于 2017-3-5 19:45
在这篇gromacs与cpmd连用计算QM/MM MD的文章中谁可以帮忙解释下计算部分的两部分，1，Classical MD计算的目 ...

1.经典MD的作用是得到一个合理的初始构型吧
2.区别应该来自于力场，经典的力场是已经拟合好的，QMMMMD是通过QMMM计算得到的。如果全面用DFT计算得到就是AIMD了
3.QM部分应该支持常规的DFT方法，具体要看程序。
我不做这方面的研究，以上仅是一个参考，希望有用

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-3-6 00:18

15whyhq 发表于 2017-3-5 19:45
在这篇gromacs与cpmd连用计算QM/MM MD的文章中谁可以帮忙解释下计算部分的两部分，1，Classical MD计算的目 ...

1、分子动力学的问题我不是特别了解，我猜测大概是为了让初始结构迅速接近平衡，你可以关注一下文献初始结构的获得，如果一开始直接用QM/MM效率肯定是不高的。
3、文献里面的B3LYP用Gaussian做的只是为了拟合电荷等，实际动力学过程用的是BLYP.cpmd这类平面波方法那么多原子跑动力学还要杂化泛函有点贪心了吧，平面波基组没有6-31g(d,p)的概念。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-6 09:34
恩，谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型，然后用这个构型在cpmd程序中跑QM/MM MD?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-6 09:45

15whyhq 发表于 2017-3-6 09:34
恩，谢谢大家的解释。我要用gromacs与cpmd连用算QM/MM MD是不是可以先用gromacs跑Classical MD获得初始构型 ...

CPMD程序本身跑不了QM/MM，只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-6 10:07

sobereva 发表于 2017-3-6 09:45
CPMD程序本身跑不了QM/MM，只有gmx和CPMD挂在一起才能跑QM/MM

哦，谢谢老师，那gmx和CPMD是怎么挂在一起的？两个软件都有

谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-6 21:12
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:22 编辑

CPMD说明书里面的API是指什么？
interface code 接口代码什么意思？是用来干什么的呢？
http://comppsi.csuohio.edu/groups/qmmm.html
这个链接打不开是什么情况？谁有相关知识可以发给我看看吗？
谢谢！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-6 21:26
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-6 21:27 编辑

CPMD说明书里面的grompp是指什么意思？
rgmx script哪里有呢？

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