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标题: 优化后结构与晶体结构对比的论证方法或引用文献求助 [打印本页]

作者
Author: RAL 时间: 2025-3-6 10:08
标题: 优化后结构与晶体结构对比的论证方法或引用文献求助
我们在实验上获得了某金属-配体纳米颗粒的X射线衍射结构，从中取出一个颗粒，用PBE0-D3/def2-SV(P)做了气相下的结构优化。优化结构与X射线衍射给出的晶体结构对比，金属中心部分RMSD为0.2 A，但考虑所有重原子的RMSD为0.8 A，差距主要来源于配体的构象（尤其是其中的苯环取代基）。
这个差距我们认为是合理的，正如http://sobereva.com/569所述，“X光衍射测定的分子结构是晶体环境下的，由于分子间相互作用、堆积效应，势必会影响结构，显然多多少少会与气相结构存在差异。具体差异有多大，和分子的柔性、晶体环境中的相互作用非常密切”。但以此直接向没有理论计算背景的编辑和审稿人解释，力度可能不足。因此想请教前辈们有没有更好的论证方式，或者是有力的benchmark文献/书籍依据，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-7 06:41
拿CP2K对晶体和气相分别优化的结构做对比，体现晶体环境导致的影响程度

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