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标题: gromacs rerun pbc处理后的xtc文件报错 [打印本页]

作者
Author: ChenHuan_ 时间: 2025-3-6 13:35
标题: gromacs rerun pbc处理后的xtc文件报错
大家好，想请教一个gromacs rerun报错的问题。我把gromacs生成的轨迹文件.xtc经过pbc后处理后，用处理后的轨迹计算分子间相互作用时报错。

pbc处理过程：
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -pbc whole -o md_pbcwhole.xtc # 输出了整个体系的原子
gmx trjconv -f md_pbcwhole.xtc -s md.tpr -n index.ndx -pbc atom -center -o md_pbcwhole_atom.xtc # 输出了整个体系的原子

md.xtc, md_pbcwhole.xtc 都可以rerun，但 md_pbcwhole_atom.xtc rerun报错
##################
Fatal error:
123 particles communicated to PME rank 1 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.

#################

想请问一下这是不是意味着md_pbcwhole_atom.xtc这里面的分子有断键的问题？但是用vmd打开看不出啥问题。
感谢！

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