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标题: 求助使用sobtop产生的拓扑文件，两个纯有机分子掺杂的体系，能量最小化不充分 [打印本页]

作者
Author: phosphorescence 时间: 2025-3-7 16:51
标题: 求助使用sobtop产生的拓扑文件，两个纯有机分子掺杂的体系，能量最小化不充分
各位老师好，最近构建了一个体系，能量最小化一直有问题，搞得很头大，想请各位老师帮忙看看。能力比较弱，但是问题比较长，给各位老师添麻烦了。
构建了两个纯有机分子掺杂的体系，从ccdc晶体库下载的结构，构建的体系中包含5个BdT24+995个CzT24，10*10*10nm。
建模过程：
首先是在高斯中做了单分子的优化，同时计算了RESP电荷。之后，用原始的晶体文件在sobtop中产生了拓扑文件，用的是GAFF力场，没法指认的用的UFF力场。最后，用packmol软件构建了初始模型，构建时提供的是晶体库中的构型，不是高斯优化过的。
能量最小化过程：
  用过cg l-bfgs 截断方式采用过PME和Cut-off  emtol设置的100 emsteps采用过0.01和0.02
遇见的问题：
  能量最小化总是很快结束，约100步，能量最小化不充分，导致不能进行下一步模拟。或者能够进行下一步模拟，但体系崩溃，产生大量pdb文件。
尝试过的方法：
  1. 按照帖子SobtopFAQ8中mdp部分和结构都调整过了，同时，尝试过2018版 2024版单双精度的gmx。不能解决问题。查了好多帖子后基本上确定是结构中有不合理接触。
  2. 由于体系中原子比较多，不太好找具体位置。因此构建了只包含一个CzT34分子的体系，仍出现能量最小化不充分，提醒的报错是Br原子附近有问题（Step 0, Epot=-5.937955e+01, Fnorm=1.916e+03, Fmax=8.710e+03 (atom 36)）。但体系中只包含一个分子，搞不懂怎么会有问题。
现在的思路：
  抛开晶体cif文件，手动构建分子，在高斯中做单分子优化，用mol2 pdb fchk文件重新建模，不再使用晶体文件了。不知道这样是否可以。
  以及，怎么判断体系中的不合理接触。ps：有些提醒的不合理接触查看对应原子后发现是咔唑上的氢原子，emmm，想知道这个也会不合理吗。
另：
  也尝试过amber力场，跑动力学出现LINCS WARNING，还是体系崩溃。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-8 23:59
这种普通有机分子让sobtop直接用GAFF/GAFF2的参数就完了，根本不需要也不应该用Hessian矩阵算谐振势参数，这点在http://sobereva.com/soft/Sobtop的FAQ10和11里已经强调得没法更清楚了。
单个分子在真空里跑成功之前不要算多分子的情况。
并且自行检查各个成键项的合理性，FAQ8里已经说过了。本来也没多少原子，检查也不费劲

作者
Author: phosphorescence 时间: 2025-3-11 08:32
本帖最后由 phosphorescence 于 2025-3-11 08:40 编辑

sobereva 发表于 2025-3-8 23:59
这种普通有机分子让sobtop直接用GAFF/GAFF2的参数就完了，根本不需要也不应该用Hessian矩阵算谐振势参数， ...

谢谢sob大大！单分子跑成功了，确实是结构的问题！挨个检查了键长键角以及二面角，有很多不合理的地方，修改完跑的单分子就没有问题了。另，已经重新生成参数，正常运行中，十分感谢大大！！

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