计算化学公社

标题: packmol的inp文件如何编写才能达到令分子堆积形状为两个同心球之间的形状 [打印本页]
作者
Author: 菲比的洪均    时间: 2025-3-7 17:28
标题: packmol的inp文件如何编写才能达到令分子堆积形状为两个同心球之间的形状
请问一下各位老师，在packmol程序中，如何编写inp文件，才可以令分子堆积形状为两个同心球（一大一小球）之间的形状。
作者
Author: Stardust0831    时间: 2025-3-7 20:21
可以参考这个，这样里面是B.pdb组成的小球，外面被A.pdb包裹
  1. tolerance 2.0
  2. filetype pdb
  3. output test.pdb
  4. structure A.pdb
  5.   number 500
  6.   outside sphere 0. 0. 0. 5.
  7.   inside sphere 0. 0. 0. 10.
  8. end structure
  9. structure B.pdb
  10.   number 500
  11.   inside sphere 0. 0. 0. 5.
  12. end structure
复制代码
作者
Author: sobereva    时间: 2025-3-8 23:55
下文的例子看了举一反三自然就会了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）
作者
Author: 菲比的洪均    时间: 2025-3-9 20:18
Stardust0831 发表于 2025-3-7 20:21
可以参考这个，这样里面是B.pdb组成的小球，外面被A.pdb包裹

好的，谢谢您
作者
Author: 菲比的洪均    时间: 2025-3-9 20:19
sobereva 发表于 2025-3-8 23:55
下文的例子看了举一反三自然就会了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（ ...

好的，我认真学习一下，sob老师



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