计算化学公社

标题: 求助后处理氢键及静电势可视化分布 [打印本页]

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-7 22:15
标题: 求助后处理氢键及静电势可视化分布
我现在是用lammps跑溶质-溶剂-催化剂体系的分子动力学模拟，目前卡在了VMD氢键后处理及静电势的可视化分布，网站看到老师发了很多相关的资料，但是我还是看不太懂。我感觉我的这个体系应该不难，但是我本身是个小白，学东西又慢，所以希望yc找个大佬指导我一下，遇到问题可以一起研究，感谢。

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-7 22:48
建议先自己试，有实际问题再问。

Sob老师的置顶帖已清楚说明了如何有效地发问哦。

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-7 22:54

student0618 发表于 2025-3-7 22:48
建议先自己试，有实际问题再问。

Sob老师的置顶帖已清楚说明了如何有效地发问哦。

抱歉，我也详细阅读了发问的规则，但是感觉自己现在一头雾水，已经不知道从哪里着手了，有点沮丧

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-7 23:20

XIANGCAI 发表于 2025-3-7 22:54
抱歉，我也详细阅读了发问的规则，但是感觉自己现在一头雾水，已经不知道从哪里着手了，有点沮丧

至少先多提供些信息嘛，比如展示一帧代表性的结构以说明体系里溶质溶剂催化剂都长什么样，解释一下需要统计的氢键有什么存在区域、持续时间或者几何取向的限定，静电势可视化分布要关注的是总体的正负与极值点分布、不同分子或片段的划分还是啥的。如果仍然不清楚如何表达，不如直接举出需要模仿的文献先例。

氢键和静电势的处理还是有些差别，前者一般只需要按体系中原子的坐标通过几何判据指认是否存在，但后者一般需要体系的波函数信息；LAMMPS又不做波函数计算，模拟轨迹只能体现前者而不能给出后者。关于静电势可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html的介绍。

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-8 15:38

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-7 23:20
至少先多提供些信息嘛，比如展示一帧代表性的结构以说明体系里溶质溶剂催化剂都长什么样，解释一下需要统 ...

我的体系都是小分子，类似于葡萄糖，然后我读的相关文献统计了氢键的寿命。我看了Sob老师讲的，应该是要在VMD中编自己的脚本去统计，但是代码我编不对，而且选区也有问题，我不太会处理

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-8 15:45

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-7 23:20
至少先多提供些信息嘛，比如展示一帧代表性的结构以说明体系里溶质溶剂催化剂都长什么样，解释一下需要统 ...

所以说lammps做不了波函数计算，不能用Multiwfn+VMD方法进行绘制静电势分布吗

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-8 17:52
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-3-8 18:55 编辑

XIANGCAI 发表于 2025-3-8 15:38
我的体系都是小分子，类似于葡萄糖，然后我读的相关文献统计了氢键的寿命。我看了Sob老师讲的，应该是要 ...

这句陈述仍然不包含足以解决问题的有效信息，耐心陪你猜谜的沟通成本过高，别人也只能建议你去咨询了解你研究内容的导师同学等而非提供具体帮助。我已经在4楼把应该交代什么说得很清楚了，如果顾虑泄密问题的话可以给帖子或者附件加权限。

回到两个问题本身，现在只能泛泛而谈。VMD统计氢键的指令measure hbonds涉及给体和受体的选区，相关语法可以参考http://sobereva.com/504或者VMD目录下doc/ug.pdf用户指南的6.3节，但具体怎么写还得看体系。Multiwfn的一种分析方法利用预存的原子密度构建准分子密度、实际的原子电荷计算静电势，见http://sobereva.com/639，此时不需要用户提供波函数信息（因为相当于提前计算好并内置于软件了，但原理上终究是需要的），但是结果相对粗糙。还有个细节是，如果你是对周期性体系跑分子动力学，VMD并不能显示或统计跨越盒子边界的氢键（导致结果偏小）。

编辑：删去了一条有关Multiwfn静电势计算的疑似误解，不太确定现在周期性的支持如何了

作者
Author: XIANGCAI 时间: 2025-3-9 17:42
抱歉，我意识到问题了。还想咨询大佬一个问题，我现在采用下图这种方法在lammps中计算氢键，然后我把导出的dump2.XYZ文件导入到VMD中分析氢键，我想分析两种不同力场的原子之间的氢键，但是一直不正确，想问问是哪里错了。

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