计算化学公社

标题: 求助计算“原子的静电势”如何得到分子表面每个表面点的坐标及所对应的面积？ [打印本页]

作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-8 11:48
标题: 求助计算“原子的静电势”如何得到分子表面每个表面点的坐标及所对应的面积？
各位老师们好，我想计算如下图所示的公式，其中V（r_k)表示原子i生成的局部范德华表面点r_k处的静电势，R_i为原子i的原子核位置，r_k为表面点r_k处的位置，这三个数值可以通过sob老师关于《谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势”》（http://sobereva.com/641）中分享的方法2：“原子局部范德华表面的静电势平均值”（这个方法直接计算的是区域平均值，而我想得到每个点的值）中提到的方法解决，但是公式中提到的△s_k（每个表面点r_k所对应的面积元素）, 我不知道该如何计算导出？我尝试用MSMS工具生成分子表面并导出表面点坐标r_k与对应的面积元素△s_k, 但由于找不到对应的学习教程，难以进行操作。因此，想求助各位老师们，有没有关于导出“生成的分子表面每个表面点r所对应的面积元素”的方法？或MSMS工具学习资料？可以付费咨询，感谢各位老师们！

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-8 12:06
MSMS是指https://ccsb.scripps.edu/msms/这个软件？没看懂目标计算公式是怎么和这个软件联系上的，最好多解释下出处、物理意义及其应用，或许还有其他更新更常用的软件能直接得到最终你想要的物理量，也省得折腾中间过程……

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http://sobereva.com/601（http://bbs.keinsci.com/thread-23729-1-1.html）
静电势与平均局部离子化能相关资料合集
http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-8 16:48

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-8 12:06
MSMS是指https://ccsb.scripps.edu/msms/这个软件？没看懂目标计算公式是怎么和这个软件联系上的，最好多解 ...

感谢您的回复，MSMS是指您链接所发的软件。目标公式（计算“原子”亲水亲脂指数）涉及的描述符太多，我怕解释不清反而进行误导，因此只咨询了“如何计算原子局部范德华表面点r处的坐标、静电势、面积元素”。我拜读了Sob老师进分享的《谈谈怎么计算化学系中的“原子的静电势”》，通过方法2可以得到原子局部范德华表面点r处的坐标及静电势，但是不会计算表面点r处的面积元素。您提及的《使用Multiwfn和VMD计算分子表面记和片段表面积》可以计算局部范德华表面的总面积，并不能给出范德华表面每个表面点的面积元素。原文献给出的方法似乎是根据MSMS工具来实现的（原文原文附在附件上），因此我尝试使用MSMS工具，但不会操作。我也搜索了其他软件，如VMD、PyMOL等可视化工具，均无法直接获取面积元素（或许需要借助脚本），最后可能都需要借助MSMS工具来计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-8 23:34
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-8 23:38
若要得到每个表面顶点的静电势数值，Multiwfn主功能12做完表面静电势分析后选择7 Export all surface vertices to vtx.txt in current folder，并且看屏幕上的提示
如果你非得要每个表面小碎片（小三角）对应的面积和静电势数值（基于对应的三个表面顶点的静电势数值插值得到），需要修改Multiwfn源代码导出，对应surfana.f90里的surtriang数组的area和value属性

提到MSMS完全莫名其妙，纯粹瞎走弯路

作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-9 16:57

sobereva 发表于 2025-3-8 23:38
若要得到每个表面顶点的静电势数值，Multiwfn主功能12做完表面静电势分析后选择7 Export all surface verti ...

感谢sob老师的回复及提醒，下次谨记。

作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-10 21:17

sobereva 发表于 2025-3-8 23:38
若要得到每个表面顶点的静电势数值，Multiwfn主功能12做完表面静电势分析后选择7 Export all surface verti ...

sob老师好，我根据您的提示，在Multiwfn源代码： surfana 子程序的 Post-processing stage 部分添加了一个新的选项17来导出area和value属性。图1为我添加的新选项17及对应的处理逻辑。修改完成后我仍保存为.f90格式。并根据您分享的Compilation method.txt文件中的步骤（图2）来生成.exe文件。在完全按照步骤做完以后，点击"Build"-"Build sloution", 显示如图3所示“0 succeed, 0 failed", 仅用了01.221秒就成功了。但是Release文件夹中并没有新生成的Multiwfn.exe文件。请问这种情况是少做了什么步骤吗？有什么解决办法吗？期待您的回复。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-10 22:44

txhbd 发表于 2025-3-10 21:17
sob老师好，我根据您的提示，在Multiwfn源代码： surfana 子程序的 Post-processing stage 部分添加了一 ...

先确保没改过的代码能正常编译，并且参考以下视频（部分情况与当前版本有异）
Multiwfn 3.6 Windows版在VS2017+ifort 2019下的编译过程演示
https://www.bilibili.com/video/av41401928/
并且注意完整阅读编译过程的所有输出信息

如果还死活弄不成功就在linux下编译

作者
Author: txhbd 时间: 2025-3-13 14:47

sobereva 发表于 2025-3-10 22:44
先确保没改过的代码能正常编译，并且参考以下视频（部分情况与当前版本有异）
Multiwfn 3.6 Windows版在 ...

感谢老师的指点

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