计算化学公社

标题: 请问为什么不推荐控温控压，在进行受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟时？ [打印本页]

作者
Author: nitp7034 时间: 2025-3-8 18:14
标题: 请问为什么不推荐控温控压，在进行受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟时？
本帖最后由 nitp7034 于 2025-3-8 18:17 编辑

最近自学了gromacs基本流程，并参考[GROMACS] 受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟基本流程--根据第14届培训内容整理成功进行了分子动力学模拟。
然后又出现了几个问题：
1.几乎网上的所有gromacs蛋白-配体小分子分子动力学模拟教程都有控温控压的步骤（就比如：分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白） GROMACS Tutorial），但我在论坛查看、搜寻了许久后发现，似乎都不推荐使用这个方法，而是直接使用了‘限制性动力学→常规动力学’这流程，这是为什么？
2.什么情况下需要进行控温控压（NPT,NVT）？
3.有没有参考文献可以验证'限制性动力学→常规动力学'这流程的准确性？亦或是使用该方法的文献，论坛内的也可以。

还望各位老师不吝赐教，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-8 19:55
你的这个提问本身就是完全逻辑错误的，仔细看下文第20部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

常规的蛋白质体系模拟哪有不用控温控压的，随便找点典型的动力学研究文章看便知，诸如Biochemistry, 48, 7986–7995 (2009)

限制性动力学→常规动力学是业界早有共识的标准流程，根本不需要在文章里解释。

特别要强调的是，网上乱七八糟的教程（尤其是非本论坛的中文的）里面有大量不合理、误人子弟的东西（很多教程作者自己对很多关键知识尚一知半解），而且还有很多教程内容是严重过时的（体现在gromacs版本、力场选择、热浴压浴方法等方面），我强烈不建议初学者随便效仿那些教程，像是你当前问的问题就是被那些教程带歪了所致，都完全没搞清楚NPT到底是什么意思。我非常建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）全面系统学学动力学模拟的各方面基础知识，以及怎么正确用GROMACS做各种问题的动力学模拟，就一次性全明白了，也不会踩坑和犯低级错误，并且会充分认识到你之前看的那些教程里都有哪些明显的错误或不合理/不理想的地方。

作者
Author: nitp7034 时间: 2025-3-9 17:35

sobereva 发表于 2025-3-8 19:55
你的这个提问本身就是完全逻辑错误的，仔细看下文第20部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://s ...

不好意思，我的说法有些错误。
论坛里的推荐方法里，限制性动力学→常规动力学里面就包含了控温控压过程。
我的提问是为什么不是分别进行NTP和NVP？如某教程所说的操作流程为：

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr

复制代码

运行之后得到nvt.tpr文件，开始nvt

gmx mdrun -deffnm nvt

复制代码

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr

复制代码

运行之后得到npt.tpr文件，开始npt

gmx mdrun -deffnm npt

复制代码

依次运行命令

gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr

复制代码

gmx mdrun -deffnm md_0_1 -v

复制代码

这样？

作者
Author: student0618 时间: 2025-3-9 17:39
了解每步的目的就可知道分别进行nvt equilibration并无必要。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-9 22:19

nitp7034 发表于 2025-3-9 17:35
不好意思，我的说法有些错误。
论坛里的推荐方法里，限制性动力学→常规动力学里面就包含了控温控压过程 ...

基本概念一塌糊涂，哪来的什么NVP。用控压时盒子尺寸显然要变化，变化了还怎么恒定盒子尺寸
并且那叫NPT不叫NTP
别看乱七八糟教程了，通过我提到的正确方式系统学一遍比什么都强

作者
Author: Huschein 时间: 2025-3-9 23:48
确实先了解原理再问为什么
对于初学者来说分开平衡是为了了解概念，但是真正为了省事做的时候可以直接一段预平衡模拟然后直接跑成品MD即可，主要看你怎么设置预平衡参数能让他不偏离初始结构太远又可以平衡好温度和压力

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