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标题: 如何处理多链蛋白体系topol文件和gro文件的顺序对不上 [打印本页]

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Author: NEW12138 时间: 2025-3-8 22:49
标题: 如何处理多链蛋白体系topol文件和gro文件的顺序对不上
gmx solvate插入我的分子进入膜蛋白体系之后（我的分子插在膜里），蛋白质的4条链的相同残基混在了一起，导致topol文件和gro文件的顺序对不上，我应该怎么处理：
topol文件里的：

#include "toppar/PROA.itp"
#include "toppar/PROB.itp"
#include "toppar/PROC.itp"
#include "toppar/PROD.itp"
#include "toppar/POPC.itp"
#include "toppar/POPG.itp"
#include "toppar/POT.itp"
#include "toppar/CLA.itp"
#include "toppar/TIP3.itp"
gro文件solvate之后相同的残基名称混到了一起并且前面的残基序号也没有了比如407LYS，这一个整体我是需要保留的，但是全都按顺序变成了类似于‘1LYS’
膜蛋白是用charmm-gui搭建的，有PROA/B/C/D四条链，我想保留这样的区分，到时候比较好分析固定编号残基作用，所以想请教一下各位老师有没有什么便捷的处理方法

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