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标题: 计算单个SDS表面活性剂分子在水溶液中的SDF，产生相模拟第7ns分子断裂 [打印本页]

作者
Author: niuwenjin 时间: 2025-3-9 08:10
标题: 计算单个SDS表面活性剂分子在水溶液中的SDF，产生相模拟第7ns分子断裂
各位老师好
我现在在计算阴离子表面活性剂SDS分子对水分子的空间径向分布，在预平衡模拟后整体分子结构正常，但运行50ns产生相模拟的时候往往第7/8nsSDS分子发生分裂了。
其中mdp文件选择的是冻结SDS分子。
初始文件我第一次是通过gmx editconf建立的初始文件，第二次我是通过packmol建立的初始文件，然后预平衡后借助multiwfn把SDS分子居中，又进行的eq和prod模拟。
遇到这种情况，该怎么处理呀
附上相关模拟文件，请各位老师检查。
以下是模拟命令：
gmx grompp -f eq.mdp -c 1.pdb -p mix.top -o eq.tpr -n index.ndx -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm eq -update gpu
gmx grompp -f prod.mdp -c eq.gro -p mix.top -o prod.tpr -maxwarn 1 -n index.ndx
gmx mdrun -v -deffnm prod -update gpu

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-9 22:31
挨个检查[bonds]项，确保断的键有对应的bond项且参数合理，并且原子顺序与结构文件一致

作者
Author: niuwenjin 时间: 2025-3-10 13:28

sobereva 发表于 2025-3-9 22:31
挨个检查项，确保断的键有对应的bond项且参数合理，并且原子顺序与结构文件一致

sob老师
这个itp文件我是通过sobtop结合multiwfn对SDS表面活性剂（电荷负一）
我又检查了下，原子顺序是一致的（构建模拟文件的gro文件是sobtop产生的），[bonds]项我没有发现什么问题。
您看还会有什么因素吗
我尝试了调节补偿，从2fs到1fs 结果分子断裂的时间往后延长了些

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-9-28 18:33
你好，我在对阴离子表面活性剂跑MD也出现分子分裂这个问题，请问你是如何解决的？

作者
Author: tptp 时间: 2025-9-29 08:28

xishaofan 发表于 2025-9-28 18:33
你好，我在对阴离子表面活性剂跑MD也出现分子分裂这个问题，请问你是如何解决的？

top文件里面的键信息应该不正确，检查下应该成键的原子之间是否具备合理的bond，看着断裂的本质应该是开始的时候就没有连在一起。gromacs不支持模拟的时候断键

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-9-29 17:08

tptp 发表于 2025-9-29 08:28
top文件里面的键信息应该不正确，检查下应该成键的原子之间是否具备合理的bond，看着断裂的本质应该是开 ...

好的，谢谢！

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