计算化学公社

标题: 求问是否需要对xrd导出的cif文件进行结构优化？ [打印本页]

作者
Author: CHLllooll 时间: 2025-3-9 18:06
标题: 求问是否需要对xrd导出的cif文件进行结构优化？
请问各位前辈使用xrd标准卡片导出的cif文件是否需要做结构优化呢？我对一个材料从xrd导出的cif文件的bulk进行结构优化，离子步跑了两百多步才收敛，并且里边有些原子的位置变动较大。求问是否需要对xrd导出的cif文件进行vasp的结构优化？

作者
Author: lemon_electron 时间: 2025-3-9 19:04
本帖最后由 lemon_electron 于 2025-3-9 19:06 编辑

需要的，至少也得对H原子优化。优化之前应该先确定一下cif对应的初始结构有么有问题（比如是否有化学占据50%的两个原子没有删掉其中之一），或者有的地方是否该补氢等等（cif中氢的位置和数量未必是正确的）

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-9 21:56
起码确认所有原子占据数为1，同时，起码需要对氢结构优化。见《实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题》（http://sobereva.com/569）

作者
Author: CHLllooll 时间: 2025-3-9 22:28

Stardust0831 发表于 2025-3-9 21:56
起码确认所有原子占据数为1，同时，起码需要对氢结构优化。见《实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于 ...

好的感谢，原子占据已经确定是1了，但确实cif中没有H原子

作者
Author: CHLllooll 时间: 2025-3-9 22:29

lemon_electron 发表于 2025-3-9 19:04
需要的，至少也得对H原子优化。优化之前应该先确定一下cif对应的初始结构有么有问题（比如是否有化学占据50 ...

确实cif中没有H原子，请问这个H原子的位置该咋确定呢

作者
Author: CHLllooll 时间: 2025-3-9 22:34

lemon_electron 发表于 2025-3-9 19:04
需要的，至少也得对H原子优化。优化之前应该先确定一下cif对应的初始结构有么有问题（比如是否有化学占据50 ...

用MS里边的自动加氢功能所加的H原子数量是对的，位置看着也正常，这样加可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-9 22:35

CHLllooll 发表于 2025-3-9 22:29
确实cif中没有H原子，请问这个H原子的位置该咋确定呢

加氢后优化氢原子的位置
例如北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里的这个例子

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

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Author: Stardust0831 时间: 2025-3-9 22:36

CHLllooll 发表于 2025-3-9 22:34
用MS里边的自动加氢功能所加的H原子数量是对的，位置看着也正常，这样加可以吗

起码需要对所有H的位置做结构优化（实验通常测不准H的位置）。如果实验精度较低，应当对所有原子的位置做结构优化。

作者
Author: lemon_electron 时间: 2025-3-10 11:05

CHLllooll 发表于 2025-3-9 22:34
用MS里边的自动加氢功能所加的H原子数量是对的，位置看着也正常，这样加可以吗

通过电荷数确认一下数量对不对

作者
Author: CHLllooll 时间: 2025-3-10 15:01

lemon_electron 发表于 2025-3-10 11:05
通过电荷数确认一下数量对不对

每个元素的原子数量和化学式都是对应的

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