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标题: 关于Martini3 力场中T和S珠子的使用问题 [打印本页]

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Author: jrfjrf123 时间: 2025-3-9 21:46
标题: 关于Martini3 力场中T和S珠子的使用问题
本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-9 22:41 编辑

最近我在使用Martini3 力场对聚氨酯聚合物进行建模，阅读了Martini3 论文的SI文件，里面是这样说的：

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也就是说当主链上的2个C映射到一个珠子的话，应该选T珠子，3个重原子（C、N、O）映射到一个珠子的话应该选S珠子。
大致划分是这样的：

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构建了一个这样的体系（20链），使用GAFF作为全原子力场：

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可这样的划分进行模拟后发现CG体系密度要比全原子体系高25%左右（atomic：1.06，CG：1.326），偏差过大，
且全原子的各个珠子（也就是按照上图mapping后的质心位置）的RDF比CG的偏右，

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（特别是第二峰位置，虽然atomic的不明显，但应该大2埃左右；atomic小于3的区域有大于0的部分是因为柔性分子折叠导致的质心贴近）

接着我研究了一下一些文献中使用Martini2研究PU，把所有珠子的大小调高一级（sigma提高到0.41和0.47nm），但映射的珠子数不变，密度就有了个很好的贴合（1.06，1.05）。
想请问一下大家，使用新的Martini3 力场模拟聚合物分子时，是否主链分别基于2-1和3-1原则用T珠子和S珠子会使得sigma偏小，不能准确反映一些物理性质，或者说T与S珠子
应该划分给脂肪环和芳香环结构，其他结构按全原子的rdf进行选择？

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