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标题: gmx加水时提示topol.top中没有SOL组 [打印本页]

作者
Author: tianflame 时间: 2017-3-4 17:29
标题: gmx加水时提示topol.top中没有SOL组
本帖最后由 tianflame 于 2017-3-4 22:00 编辑

大家好：
   我在使用gmx加水时提示topol.top中没有SOL组，但我确定选择的是SOL组，而且top文件中有SOL。我从头重复了一次还是同样的错误。

运行的命令为：

gmx solvate -cp  4nda_complex_box.gro -o 4nda_complex_SOL.gro -p topol.top (写错了，编辑掉了)

gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral

输出的错误信息为：
Program gmx genion, VERSION 5.1.4
Source code file: /sws/gromacs-5.1.4/src/gromacs/gmxana/gmx_genion.c, line: 304

Fatal error:
No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file 'topol.top'
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

我的topol.top文件最后部分为：
; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
LIGASE/RNA

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_chain_A    1
7oh_couaa          1
SOL             27968

请问有可能是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-4 19:34
你用的是gmx solvate，提示的却是gmx genion问题，发帖时候信息拷错了吧？

作者
Author: tianflame 时间: 2017-3-4 22:01

sobereva 发表于 2017-3-4 19:34
你用的是gmx solvate，提示的却是gmx genion问题，发帖时候信息拷错了吧？

不好意思，写错了，运行的命令应该是：
gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-5 07:52
直接把从一开始pdb2gmx一直到genion所有用的命令都贴上来，输入文件也打包传上来便于检查。光看你上面提供的信息判断不出原因

而且你说“加水时提示topol.top中没有SOL组”，不是加离子报的错么

作者
Author: zhumenglu 时间: 2020-7-12 19:19
你好，我遇到了相同的问题，你的问题解决了吗

作者
Author: mayrush 时间: 2023-11-15 23:38
把SQL 改成 Water

作者
Author: reid 时间: 2024-8-7 17:40

mayrush 发表于 2023-11-15 23:38
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

您好，我也遇到这个问题，明明top里面有SOL，但就是说找不到。把top里的SOL改成Water，也不行；换回去，选Water还不行，请问您这个Water是改的哪里的？谢谢

作者
Author: sarphuart 时间: 2025-4-1 10:54

reid 发表于 2024-8-7 17:40
您好，我也遇到这个问题，明明top里面有SOL，但就是说找不到。把top里的SOL改成Water，也不行；换回去， ...

请问你好，遇到同样的问题 ERROR 1 [file peimol.top, line 19]: No such moleculetype Water 解决了吗

作者
Author: huizi 时间: 2025-4-8 20:38
请问你好，我也遇到了相同的问题，请问你解决了吗？

作者
Author: 芝士奶盖四季春 时间: yesterday 15:21

huizi 发表于 2025-4-8 20:38
请问你好，我也遇到了相同的问题，请问你解决了吗？

我也是这样的问题，请问你解决了吗

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