计算化学公社

标题: 利用TCL脚本计算磷脂膜体系中离子产生的内电势趋势的问题 [打印本页]

作者
Author: LNN 时间: 2025-3-10 20:10
标题: 利用TCL脚本计算磷脂膜体系中离子产生的内电势趋势的问题
各位老师好，我在进行磷脂双分子层电穿孔模拟，使用martini力场。现在要统计体系中离子运动产生的内电势，我写了一个TCL脚本进行简单统计，利用公式V=K*q/r计算，脚本仅统计了离子到体系中每个格点的距离倒数求和，其他部分在excel表中计算。
我在模拟中施加的电场是沿着Z轴正方向的，按照公式F=qE，对于体系中的阴离子来说受力向Z轴负方向，那么阴离子应该向下层移动，那么由离子产生的内电势应该是下层低上层高，但是我统计出来的却相反（下层高电势上层低电势），关于电势的统计我共统计了电穿孔出现之前的所有帧取平均，请问老师这里面哪里有问题吗，为什么统计出来的电势趋势和理论上相反呢
附计算离子运动产生的内电势脚本
得到的内电势图： (, 下载次数 Times of downloads: 7)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)