计算化学公社

标题: 如何将三维静电势转化为一维图像 [打印本页]

作者
Author: bbdfdhsh 时间: 2025-3-11 20:58
标题: 如何将三维静电势转化为一维图像
各位大佬好，我最近看到了一篇文献，想请问一下如何能将三维静电势转化成一维图像，文献里的图片附加在下方。
我试着利用multiwfn的功能3去绘制，但感觉结果好像不太对，因为出来的一维静电势数值基本都是大于0的，但实际三维图像中有正有负。
请问一下该怎么做呢

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-11 23:28
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-3-11 23:52 编辑

用主功能5的子功能12 Total electrostatic potential (ESP)导出ESP的格点数据。然后用主功能 13 Process grid data的子功能18 Plot (local) integral curve or plane-averaged in X/Y/Z direction绘制平面平均曲线。记得提前调整好分子朝向。
第一次修改：
思考了一下，当前办法似乎和主功能3不会有本质区别。图中的单位V A也很奇怪，建议直接把原文给出来吧。
第二次修改：
似乎可以这样，通过13 Process grid data的 11 Grid data calculation处理电荷密度格点数据（或者定义用户自定义函数），基于电子密度算出一个新的格点数据，让电子密度接近0.001 a.u.（也就是范德华表面）的区域的值比较大，电子密度为其他值的区域的值比较小或者为零，将这个新的格点数据与ESP的格点数据相乘。这样子相当于做了一个加权，只有靠近分子范德华表面的区域的ESP才会被统计。最后算平面平均即可。
这只是一个很不成熟的设想，如果有别的现成功能可以实现的话欢迎补充。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-12 04:30
参考下文
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/638（http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html）

作者
Author: bbdfdhsh 时间: 2025-3-12 11:36

Stardust0831 发表于 2025-3-11 23:28
用主功能5的子功能12 Total electrostatic potential (ESP)导出ESP的格点数据。然后用主功能 13 Process gr ...

谢谢老师，我试一下，这个是原文pdfhttps://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c16555

作者
Author: bbdfdhsh 时间: 2025-3-12 11:37

sobereva 发表于 2025-3-12 04:30
参考下文
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/63 ...

感谢sob老师！！老师我还有个小问题想请教一下您，就是为什么这里multiwfn的功能3不能用呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-13 02:41

bbdfdhsh 发表于 2025-3-12 11:37
感谢sob老师！！老师我还有个小问题想请教一下您，就是为什么这里multiwfn的功能3不能用呢

那只是对两个点之间连线上绘制函数值的变化，没考虑对各个位置垂直的面上的值取平均，仔细看我博文里的公式

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