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标题: 如何计算两个不同分子之间的最小距离 [打印本页]

作者
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好兄弟    时间: 2025-3-12 09:37
标题: 如何计算两个不同分子之间的最小距离
各位老师好:
学生想要模拟出两个不同分子之间的距离和能量曲线,从而找到最佳的最短距离,请问不做动力学是否有其他可行方案。


作者
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18217265596    时间: 2025-3-12 09:59
不做md不global 除非你的分子很小且几乎没有柔性
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好兄弟    时间: 2025-3-12 13:33
18217265596 发表于 2025-3-12 09:59
不做md不global 除非你的分子很小且几乎没有柔性

好的,谢谢解答
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sobereva    时间: 2025-3-13 06:44
跟动力学没任何直接关系
倘若你已经做了分子间距离的势能面扫描,直接取最小点对应的距离
实际当中最适合的考虑方式是用molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)做分子二聚体构型搜索,对能量最低结构测量分子间距离(如质心距离、最近原子接触距离等)





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