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标题: 关于NCI分析中单体分子建立 [打印本页]

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-12 10:23
标题: 关于NCI分析中单体分子建立
本帖最后由 yzh 于 2025-3-12 10:23 编辑

最近看了一篇文献Part per trillion level DMMP gas sensor based on calixarene modified organic thin film transistor（DOI:10.1016/j.cej.2022.137097）中提到了NCI方法可视化两个分子间的弱相互作用（结合能）见图1，想请教一下各位老师。
1、图1（c）中两个化合物P3HT和DMMP如何在gview中进行放置？P3HT和DMMP两个分子在gview中绘制摆放时需要控制两者的空间距离么？
2、图1（c）中的P3HT（聚3-己基噻吩，CAS: 110134-47-9）为聚合物，聚合物的单体分子的构建是否可以省略长烷基链，P3HT在gview中构建的时候一般摆放几个单体？
3、如果在gview中构建聚合物（图2）：聚(乙二醇)-block-聚(丙二醇)-block-聚(乙二醇) CAS号: 9003-11-6，average Mn ~2,000(EO：PO=1：9)的单体分子该如何构建？单体分子的x，y，z怎么取值？
非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看，两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索，让批量产生的结构中DMMP都在P3HT的中间区域
参考
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

那个根本不是NCI分析，作者胡写，明明是IGM图。如今NCI和IGM分析都不推荐，如果你关注的是分子间的相互作用，IGMH分析是首选，看
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-13 14:24

sobereva 发表于 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看，两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索，让批量产 ...

谢谢sober老师的帮助，再请教一下老师，聚(乙二醇)-block-聚(丙二醇)-block-聚(乙二醇) 这个单体应该怎么构建合适，其中的xyz取值多少比较合适？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-14 03:50

yzh 发表于 2025-3-13 14:24
谢谢sober老师的帮助，再请教一下老师，聚(乙二醇)-block-聚(丙二醇)-block-聚(乙二醇) 这个单体应该怎么 ...

“xyz取值”语义不明
block指代不明
重复单元数不很多的时候，自己在gview里画结构就完了

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-17 08:41

sobereva 发表于 2025-3-14 03:50
“xyz取值”语义不明
block指代不明
重复单元数不很多的时候，自己在gview里画结构就完了

谢谢sober老师，收到

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-18 14:01

sobereva 发表于 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看，两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索，让批量产 ...

老师，您好，请教一下：我按照genmer的方式，生成了50个构象（traj.xyz ; PH3T和DMMP复合体，配置文件genmer.ini），因为结构简单，只设置生成50个构象。然后用xtb进行了50个结构优化（iosmer.xyz）,然后启动isostat设置0.25和99后，输入300k，得到11个结构并排序（cluster.xyz）,看了一下结构，发现Boltzmann分布最大概率的结构其中DMMP并不在P3HT的中间。
请教一下老师，我的最后的culster.xyz的结构合理么？是否都需要 DFT B3LYP-D3/6-31G（d）进行计算后再挑选能量最低的那个构象？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-19 10:21

yzh 发表于 2025-3-18 14:01
老师，您好，请教一下：我按照genmer的方式，生成了50个构象（traj.xyz ; PH3T和DMMP复合体，配置文件gen ...

就把在中间的构型（不叫构象）留下来用DFT进一步refine就完了

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-19 10:31

sobereva 发表于 2025-3-19 10:21
就把在中间的构型（不叫构象）留下来用DFT进一步refine就完了

谢谢老师，我将这个14构型用gaussian的opt+freq B3LYP-D3计算后，得到7个结构，发现能量最低的是DMMP靠近P3HT的中间（但是不完全在中间），后面我用orca计算单点能后选择能量最低的那个构型，去做△E结合能和IGMH分析。谢谢

作者
Author: yzh 时间: 2025-4-3 14:02
本帖最后由 yzh 于 2025-4-3 14:04 编辑

sobereva 发表于 2025-3-13 06:49
根据DMMP和P3HT的重复单元的长度来看，两个重复单元可以接受。用genmer+molclus的方式做构型搜索，让批量产 ...

老师，请教一下，文献应该是NCI的RDG图和IGM图，我这边重复了一下，h图的重复和文献差异较大，这个是什么原因呢？感谢老师指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-3 14:50

yzh 发表于 2025-4-3 14:02
老师，请教一下，文献应该是NCI的RDG图和IGM图，我这边重复了一下，h图的重复和文献差异较大，这个是什么 ...

构象不同、格点设置不同等等
散点图基本没用，没必要管这个

作者
Author: yzh 时间: 2025-4-10 08:33

sobereva 发表于 2025-4-3 14:50
构象不同、格点设置不同等等
散点图基本没用，没必要管这个

谢谢老师，明白了，还是选取的构象不同的原因比较大，我发现这个用于解释实验现象还行，通过计算的调整基本上能解释实验现象，但是预测好像还是不太行

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