计算化学公社

标题: 求助关于EDA，选择哪种方式更合适 [打印本页]

作者
Author: Ss- 时间: 2025-3-12 14:43
标题: 求助关于EDA，选择哪种方式更合适
弱相互作用（主要为氢键和vdW相互作用）体系，在进行初期结构优化时考虑了色散矫正和溶剂化模型，想问下各位老师，该体系进行能量分解时，基于分子力场的EDA-FF和基于DFT的能量分解哪个更合适？由于超算难以直接用sobEDA脚本，本身的电脑是windows，因此用了EDA-FF，想知道EDA-FF是否具有说服力。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-3-12 22:49
有开色散校正和溶剂化模型分子力场就不合适了吧。看你这样开wsl也够呛。最方便的是找个朋友帮你算一下。

作者
Author: JCenter 时间: 2025-3-13 00:22
sobEDA和EDA-FF方法结果差不多，相比之下，基于轨道波函数下的sobEDA精度更高，而基于力场的EDA-FF就差了点。两种方法进行能量分解解析的原理也不一样。EDA-FF主要基于分子力学，将A和B间的相互作用能分解为范德华（色散+互斥）+静电，各部分的计算方法也是基于分子力场下的。而sobEDA则是将A和B间的相互作用能分解为静电、DFT相关能、交换-互斥能、轨道相互作用能、色散校正能。该方法分解的也更为细致。但是这两种方法都没考虑溶剂效应，需要单独计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-13 02:22
windows电脑装个vmware虚拟机用sobEDA就完了，极其简单
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html）

能做得动DFT，而且又不需要EDA-FF那样分解成原子和原子对贡献的情况，显然更准确的sobEDA是更理想的选择。

至于溶剂效应怎么考虑下文都说了
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

作者
Author: Ss- 时间: 2025-3-13 08:51

tonganlhy 发表于 2025-3-12 22:49
有开色散校正和溶剂化模型分子力场就不合适了吧。看你这样开wsl也够呛。最方便的是找个朋友帮你算一下。

EDA-SBL可以吗

作者
Author: Ss- 时间: 2025-3-13 08:52

JCenter 发表于 2025-3-13 00:22
sobEDA和EDA-FF方法结果差不多，相比之下，基于轨道波函数下的sobEDA精度更高，而基于力场的EDA-FF就差了点 ...

是的，其实用EDA-FF做出来的结果也能说明问题，但是怕投稿时审稿人质疑

作者
Author: Ss- 时间: 2025-3-13 08:56

sobereva 发表于 2025-3-13 02:22
windows电脑装个vmware虚拟机用sobEDA就完了，极其简单
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
...

sob老师，如果我考虑了某个原子的贡献，是不是EDA-FF更合适，主要是害怕审稿人提出质疑，因为考虑溶剂化模型和bsse校正计算的能量，和EDA-FF算出来的气相下的能量有所差距，在此基础上进行EDA-FF，害怕提出质疑

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-14 03:58

Ss- 发表于 2025-3-13 08:56
sob老师，如果我考虑了某个原子的贡献，是不是EDA-FF更合适，主要是害怕审稿人提出质疑，因为考虑溶剂化 ...

单独得到某原子的只能用EDA-FF
“有所差距”语义不明，本来EDA-FF就不直接考虑溶剂效应，而且作为力场也没BSSE的事，二者毫无可比性
要比要也是EDA-FF和真空下DFT计算的相互作用能比（BSSE的考虑问题看计算级别，脱离这个提BSSE没有丝毫意义），当然不可能结果没有差异，只不过是大小的问题。

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