计算化学公社

标题: 计算DNA在非均匀电场下的电子结构，高斯计算报错，不影响后续计算，最后结果能用吗 [打印本页]

作者
Author: zhouchen 时间: 2025-3-12 18:12
标题: 计算DNA在非均匀电场下的电子结构，高斯计算报错，不影响后续计算，最后结果能用吗
大家好，我们希望计算DNA在非均匀电场下的电子结构。利用高斯16计算，计算设置为：#p b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water,pcm) charge。我们在体系内添加多个点电荷从而构造出非均匀的电场，因为DNA体系，所以我们想用PCM进行计算，但是，计算的过程中出现“ Warning! Some of the external charges might be outside the PCM cavity:The PCM calculation in these conditions is not meaningful.”说明，有点电荷离体系太远。我想请教各位，这样的计算结果可以使用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-13 07:43
可能点电荷把体系的电子密度极化得过于厉害，跑到了溶质孔洞外面。此时结果原理上没法用

作者
Author: zhouchen 时间: 2025-3-14 09:35

sobereva 发表于 2025-3-13 07:43
可能点电荷把体系的电子密度极化得过于厉害，跑到了溶质孔洞外面。此时结果原理上没法用

老师，请问对我们这样的体系，想要加点电荷，又想用PCM还有别的方法吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-14 14:58

zhouchen 发表于 2025-3-14 09:35
老师，请问对我们这样的体系，想要加点电荷，又想用PCM还有别的方法吗

如果点电荷离体系很近，并且在实际中对应放置周围原子的位置，让相应区域处于溶质空洞内
或者尝试基于电子密度等值面定义孔洞的SCIPCM

作者
Author: zhouchen 时间: 2025-3-21 09:30

sobereva 发表于 2025-3-14 14:58
如果点电荷离体系很近，并且在实际中对应放置周围原子的位置，让相应区域处于溶质空洞内
或者尝试基于电 ...

老师我尝试了SCIPCM，但是它不支持添加点电荷。
我想用ONIOM的方式实现背景电荷对于体系的作用，这里是我的输入文件，请老师帮我看看这样计算可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-21 12:19

zhouchen 发表于 2025-3-21 09:30
老师我尝试了SCIPCM，但是它不支持添加点电荷。
我想用ONIOM的方式实现背景电荷对于体系的作用，这里是 ...

ONIOM方式表现背景电荷和直接设置背景电荷，在对静电作用的描述上完全是一码事，都是点电荷。顶多是ONIOM时候用PCM模型时可以让MM原子也处在溶质孔洞内

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)