公社群聊Q&A整理：2015.06.02 01 ~ 2015.06.04 01 Mark - 计算化学公社

2015.06.02 00:09:15
Q:
[图片]想看原子轨道成键情况但我只能看清金属原子是Dxy轨道，别的看不太清，请问老师有没有什么办法
A:
用Multiwfn做轨道成份分析
Q:
嗯嗯谢谢老师
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020121242240830/
先别看《谈谈轨道成份的计算方法》这个帖子，居然网易博客搬家的时候没搬全。看Multiwfn手册4.8节的例子即可
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2015.06.02 00:18:41
Q:
大神，你现在还过儿童节么
A:
没我的事，连生日都不过
Q:
生日都不过~~~
不会吧，这么好的胡吃海喝的借口~
你生日几号，我帮你过
A:
什么节我都不过，除了1111
Q:
1111是什么？
去hk不给报销啊
改天去霓虹我一定要扫一箱子衣服
A:
打算何时去？
Q:
据说是十一月吗
不是，过年那会吧
1月份之前老板不让请假
应该是1月份
或2月
A:
看过《向山进发》后很想去登一次富士山
自助游or旅行团？
Q:
我情愿自己迷路也不要跟团
大不了问路，坚决不报团@Sobereva
A:
me too
Q:
你啥时候去啊
旅游的时候可以不可以带上我
A:
8月份以后应该都可以
你从哪出发？
Q:
我打算去6-7天，预算的话应该10000HKD，不知道够不够，希望不要超过12000HKD
，去霓虹，群里喊一嗓子，估计好多小伙伴想去，我们自己组团啊
霓虹没啥好看的
八月份我会去北京的
A:
其实最想12月底去，参加完comiket然后元旦在那边看日出
不想夏天去，东京热
Q:
春天和冬天去比较好吧
夏天更便宜
也就3000全包
A:
bilibili有组团，五六千，也不错
Q:
你去东京啊
老师，不能随便说东京热的
A:
就是为了被吐槽...
必去的其实只有秋叶原
Q:
为了秋叶原而去东京啊
东京热
有多热
比南京还热？
A:
看来山坡是老司机
Q:
六月天的东京热
嗯，很热
比加勒比还热[Emoticon]
嗯，太内涵了
有啥内涵多直接、、、
你们是要带坏小朋友……
然后在屏幕后面憋着笑……
那我要是12月底去就喵你一声哈@Sobereva
A:
果然尾巴是知道的
Q:
欢迎大阪找我
我想去神户吃牛肉
A:
反正不是夏天就行。虽然早就想去，但一人去没意思
Q:
为什么你们喜欢去冬季的cm，不去夏季的
東京バナナ
去租和服穿
夏天日本太热
感觉动漫描写夏季cm的多
A:
夏天去漫展太热
我参加过的很多漫展，在户外穿风衣，到里面都得短袖才正合适
Q:
日本室内空调足得很
就是外面热
额里面穿短袖
A:
空调扛不住人多
Q:
放心，sob，日本你会冷
你就知道大神
[图片]
A:
老身抗寒属性高得很
Q:
老身不是形容老太太的么？@Sobereva
A:
都可以嘛
Q:
预算多少？
[图片]
也不理我
今天老师请喝酒
我们在等车
清酒挺好喝的
日本秋天最好
夏天没啥吃的
所以你是伪娘？
[图片]
我书读得少，你不要骗我
我怎么记得男的是老朽什么的
[图片]真的假的
A:
并不朽嘛
老身是中性词
Q:
我欺负他也不是一天两天了@木头尾巴
A:
尾巴有去泥轰打算否？
Q:
等有钱和时间得去
A:
你不氪金就够去一次的了
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2015.06.02 00:27:54
Q:
multiwfn做RDG图。想用0.03的格点间隔来做。但体系较大，能否将体系分成几部分来做？
A:
可以
Q:
大概的思路是怎么样的呢？
A:
挨个计算，然后挨个放到VMD显示就行了，互不冲突。只不过图形界面里得手动操作
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2015.06.02 00:38:22
Q:
[图片]这种势能面扫描用gamess可以做吗？
A:
可
Q:
是需要加diabat关键词吗，sob？
A:
不用。一个个态是独立的。
Q:
一个一个态是独立的？我用MCQDPT扫
A:
delta-SCF方式初猜就决定电子态，扫那个就调成哪个对应的初猜。
MCQDPT的具体设定我不清楚。
Q:
MCQDPT用的是CASSCF的波函数啊，不能用初猜来扫
A:
显然这不是我说的delta-SCF
Q:
用CASSCF扫势能面需要diabat吗？
A:
就算一批态，每个点都有各个态的值，扫完了一起绘图就行了。每个态都有各自的符号
Q:
就是只要NSTATE=5然后扫玩就好了？
A:
对
Q:
那diabat这个关键词的作用是什么？不是用于绝热势能面扫描吗？
A:
没看过手册这部分，不清楚
Q:
哦
遇到一个奇怪的错误 1= 0.250000 2= 0.250000 3= 0.250000 4= 0.250000
*** ERROR STOP IN SUB.MOMQSY ***
YOU MUST USE AN ABELIAN POINT GROUP IN $DATA
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Mon Jun 1 15:15:15 2015
12728466 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU 0: STEP CPU TIME= 0.02 TOTAL CPU TIME= 212.2 ( 3.5 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 225.0 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 94.34%
*** ERROR STOP IN SUB.MOMQSY ***
^ YOU MUST USE AN ABELIAN POINT GROUP IN $DATA
*** ERROR STOP IN SUB.MOMQSY ***
YOU MUST USE AN ABELIAN POINT GROUP IN $DATA
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
是什么情况，用CASSCF可以正常计算，但是MCQDP就不行了
A:
把对称性设成阿贝尔群当中的一种，比如D2h
Abelian群：C1, Cs, Ci, C2, D2, C2v, C2h, D2h
Q:
关键在于我是线性分子，不是应该只是C4V才能给出正确电子态吗？
A:
反正由于程序限制只能用子群来算，至于电子态符号怎么确定的现在想不太起来了
Q:
sob，你是说有其它方法来确定电子态？
A:
可以看轨道图形判断之类
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2015.06.02 00:51:49
Q:
RDG图中选择较小的等值面时，图形会出现锯齿形的缺失，有什么方法可以把缺失的部分弄的圆润一点？
A:
要么增加格点精度，要么把等值面数值稍微设高点
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2015.06.02 00:54:43
Q:
请问老师以及群内各位高手，用VASP获得了轨迹文件如何计算某一种原子的扩算系数呢？我不会编程，有没有什么比较适合低手的方法呢？谢谢
A:
这样的程序并不复杂
Q:
[图片]谢谢 sob姐，请问有没有例子或者我该学习什么语言呢？
A:
Fortran
看彭国伦《Fortran95程序设计》的前半本就够了
如果搜不到现成程序则只能编程
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2015.06.02 00:54:43
Q:
姐，请问MD和FPMD相比谁做扩散系数比较好呢？MD规模够大，时间够长，但是FPMD计算力准确。
A:
看什么体系，力场如何。从头算动力学能算的时间尺度太短，虽然受力精确，但统计误差大
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2015.06.02 01:05:26
Q:
在研究分子热解的过程中，可以通过计算每个化学键的键能然后比较键能的大小，最后确定在温度升高的过程中，那个化学键先断裂，然后再断裂那个化学键，最终完成热解。从而研究了某分子的热解过程吗？
A:
虽然可以这样，但更可靠的方法还是做不断升温的从头算动力学
Q:
不知道反应力场对付热解怎么样
A:
虽然可以，但除非有专门某类体系对应的参数，否则还是没法用。
想省时间也可以用半经验凑合
Q:
半经验的话……您是说DFTB-MD那种？
A:
PM6、PM7那些
Q:
请教一下，如果是半经验的MD，如果是带金属的体系，用哪一个比较合适？
A:
半经验是半经验，力场是力场，程序很不同。
Q:
PM6似乎算金属不是太合适
A:
着也得看什么金属。
比如Li-Li键PM6算得极其离谱
Q:
过渡金属，3d轨道的
A:
用于过渡金属也凑合
Gaussian里PM6做BOMD或ADMP就可以
Q:
能说的具体点吗？是在frequence分析的时候将温度改为不同温度吗？从头算法？
A:
做从头算动力学的时候设温度
Q:
是在frequence分析的时候将温度改为不同温度吗？
A:
否
振动分析是振动分析，动力学是动力学，两码事
Q:
那具体怎么操作呢？麻烦说一下，谢谢老师
A:
计算化学公社论坛http://bbs.keinsci.com/forum.php搜BOMD
[图片]
Q:
这个链接就有关于分子动力学的教程？
按照上面做就OK？
A:
先尽人事，再提问
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2015.06.02 01:29:16
Q:
群主，百度那里没有你们的帖子，现在在哪里可以看到？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1074
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2015.06.02 01:35:17
Q:
什么意思啊
[图片]
[Emoticon]
http://weibo.com/1653603955/CkxJUiuP2?type=comment#_rnd1433151324725
[Emoticon]
[Emoticon]
[Emoticon]
A:
绅士
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2015.06.02 01:47:51
Q:
pop=(nbo,regular) 括号里的两个关键字可以一起用吗？
A:
可
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2015.06.02 02:19:33
Q:
老师您好，我找完过渡态，在计算反应物、生成物和过渡态的单点能时，发现过渡态的能量比反应物能量低大约6～50kcal/mol，请问这个现象应该用什么原理解释说明呢？谢谢您！
A:
[图片]
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2015.06.02 02:38:03
Q:
[图片]老师，在网上看到用高斯view计算自旋密度的方法，这个0.176392是整个分子结构的自旋密度吗？那后面的[图片]这两项是什么意思谢谢
A:
那是格点数据的间隔，不用管
density决定绘图时的等值面数值
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2015.06.02 02:52:03
Q:
关于耗散粒子动力学模拟，维基百科中提示有如下几个软件包支持DPD[图片]。可不可以给点儿建议？主要是计算效率和前后处理的方便性
选择上？
A:
MS的mesocite做DPD很方便。DPDmacs比较原始、精简，其它的没试过
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2015.06.02 03:19:32
Q:
高斯优化稀土金属催化剂用什么基组
稀土金属好像不能用landlz2基组吧，sdd是什么基组啊，老师
我用高斯09
A:
[图片]
Q:
谢谢老师，sdd可用于高斯09吧
A:
sure
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2015.06.02 03:24:10
Q:
有没有哪位有Gaussian98的？
我用g09算Alq3，用的zindos，提示没有关于Al的参数
据说g98有
我用的也是G09.
A:
G98我这里只有源码
但09没有参数98却有的可能性很低
编译的话估计得用Redhat9甚至更老的系统才能成功
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2015.06.02 03:29:40
Q:
老师，刚才是给新闻联播捧哏去了吗？
A:
还没无聊到看那种东西
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2015.06.02 03:48:24
Q:
我有个问题相向各位大神请教一下，就是我计算的邻苯二酚的LUMO轨道用GaussianView打开看显示的是第30号轨道，[图片]但是有篇文献上说是22号轨道对应分子的LUMO轨道。我这个分子要接到半导体上，可能要去掉两个氢。请问一下这个22是怎么来的啊？来请各位大神指点。非常感谢
但是，我按照他们给的例子，在输入文件中输入22得到的图像和在GaussianView上得到的LUMO图像是一样的。输入30得到的图像就和在GaussianView上得到的LUMO不一样
A:
必然是29号，因为体系有58个电子。22要么是写错了要么你没理解对。可以直接问作者
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2015.06.02 04:03:39
Q:
[图片]像这种图，怎么让a位于横线的正中央。
A:
调整x轴范围
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2015.06.02 04:19:45
Q:
[图片]这个错误一般怎么解决？
A:
opt=cartesian
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2015.06.02 04:43:24
Q:
请教一下各位：假如某一个蛋白，大家好，请教一个问题：某蛋白有两种不同的构象，如何统计两个构象间对应的Cα原子的绝对距离？
大家好，请教一个问题：某蛋白有两种不同的构象，如何统计两个构象间对应的Cα原子的绝对距离？
A:
用VMD结合Tcl语言编写脚本来计算是最方便的
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2015.06.02 04:46:18
Q:
老师：您好！我又碰到调对称性的问题。[Emoticon]，这个是我的输入文件[图片]，[图片]用的是内坐标。我用B3lyp能算出C3v构型，但是用BP86不是Cs就是C1，我想请问一下我该怎么做？之前没加弥散基组的时候曾经调整成功过C3v,最近一直遇到这样的问题，请问这可能是有什么原因引起的？谢谢！[Emoticon]
A:
先把弥散函数去掉再说
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2015.06.02 05:25:07
Q:
高斯可以研究在不同温度下的过渡态吗，老师
A:
可以。不同温度下自由能数值不同，由此来体现。
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2015.06.02 05:25:52
Q:
气体分子中原子间的键长应该是确定值还是会有一个范围
A:
键一直在振动，没有确定值。非要说确定值，就是振动平均结构。
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2015.06.02 05:32:18
Q:
对于一个反应A+B=C，我通过频率分析，将得到生成物和反应物的热力学数据相减，分别得到Delta G，Delta H和Delta S，但是它们之间怎么不符合Delta G = Delta H- T Delta S的定量关系式，差了2kJ/mol，这是怎么回事，该如何解释，谢谢您的指点！
A:
你先考察单个分子，单个分子的数据满足G=H-TS则计算delta的时候也一定满足这个关系
怀疑你的数据取得有问题
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2015.06.02 05:41:42
Q:
群主，请问如何打开KiSThelP，我下载了，也安装JRE 7.0 但是不知道怎么样打开KiSThelP
A:
直接双击.jar
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2015.06.02 06:22:21
Q:
[图片]
请问这句话什么意思？
[图片]
请问这句话什么意思？@Sobereva
A:
你看看Fortran书，了解下隐式循环就明白了
可以，但前提你得很懂Fortran，gaussian的代码很不好读
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2015.06.02 06:37:26
Q:
在做一个NH3参与的反应，产物是NH2-，产物中看到N上有一个单电子，现在想问原本跟它配对的那个电子是来自N的孤对电子呢还是来自NH sigma键？可不可以做一个什么类型的轨道分析来看出呢？谢谢！
A:
NH2-是闭壳层体系，怎么会有单电子？
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2015.06.02 06:42:17
Q:
[图片]求教𝑃HB is hydrogen bonding penalty什么意思
A:
表面意思是氢键惩罚项，具体怎么回事看文章
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2015.06.02 07:08:44
Q:
sob老师，您好！
Multiwfn如何将图中：——DOS移动位置！
[图片]
谢谢！
A:
调节绘图的能量范围
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2015.06.02 13:49:04
Q:
[图片]
A:
真是，几乎每天都能看到 maxcyc=几百这种毒瘤似的关键词
有益的关键词流传不开，最差劲的关键词却广为流传
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2015.06.02 14:22:00
Q:
对Gaussian不熟，但是设置maxcyc很大，对结果会有很大的影响吗？我们组有一个人用Turbomole对一些体系做优化，纯粹是能量最小化，同一个起始结构，同一个计算方法，平行多次，但是各次的结果却是不相同，请问这个是什么原因造成的呢？计算是在cluster上算的，每次提交的任务，肯定是在不同的计算节点上计算的，这个差别有可能导致这么大的结果差异吗？谢谢！
我说的各次的结果不同，是指收敛是迭代的次数不同，能量也不同
scf过了200次不收敛的基本也就不会收敛了
这个倒是，估计起始结构有问题
A:
maxcyc和可重现性是完全两回事。
对于SCF，60步还不收敛，设大到几百、几千的话99.99%的几率都无济于事，只会导致算到那么多次数白费计算时间。几何优化也是类似的
Q:
[图片]
A:
自打有了DIIS技术，绝大多数体系30圈以内都能收敛
Q:
这个和软件有关吧，我在cp2k里还常常要走100多步
A:
可重复性问题在此帖有讨论，和maxcyc没直接关系
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020114256160426/
对于主流量子化学程序，GAMESS、ORCA等都是那样。CP2K是另外的情况
若非得到100多圈才能收敛，那么程序本身在收敛部分还有很多需要改进的地方
Q:
不过cp2k一直号称是as fast as rocket
dmol好，收敛只需17步
A:
辅助SCF收敛的方法一大堆
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020104114190737/
Q:
在我的第一印象中，MD的数值误差会比较大，QM的数值误差不会很大，不知道对不对
A:
QM也看情况，比如势能面很复杂时，初猜结构又比较巧合，可能两次优化出来的结构都不一样
只是相对于MD来说可重现性已经好很多了
Q:
我之前用nwchem大规模并行的时候确实不是每次结果都一样
A:
只要是并行，就几乎一定每次结果都不一样，而且并行规模越大，这个特征越显著
Q:
可重复性不好的话，审稿人不攻击一下？
A:
这不是什么需要攻击的，这是必然的。
可重现的程度一般可以由收敛限设定来控制，即可以重现在收敛限内的结果。但也不排除个别可能两次结果差异恰巧超出了收敛限的范围
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2015.06.02 14:56:58
Q:
请教大家两个问题，做UV和ECD图谱时，如果我计算了100 个激发态，是不是就不能归属吸收峰呢
A:
能啊
Q:
是不是应该减少激发态的数目呢？才可以进行峰的归属，归属到哪个跃迁呢？为什么在进行15命令时，我加了阈值以后，spectra_curve里并没有出现多的数列呢？
A:
你用Multiwfn把各个跃迁对光谱的贡献表现出来就很容易归属
[图片]
你说的阈值我不清楚是怎么回事
Q:
[图片]
A:
阈值越低，输出的才会越多
Q:
我输入以后也没有什么变化，没有看到这个表
A:
因为只有振子强度高于阈值的吸收才会输出
Q:
一般选多少合适呢
我的分子是铜的配合物，可能比较大一些
A:
严格按照例子操作肯定会得到同样的结果。屏幕上肯定会显示的
可以多试试
可以用选项-1把所有激发态的振子强度全显示出来，看看数值分布情况，决定阈值大概多少合适，然后再反复调节
Q:
像这种情况，我是不是不应该计算这么多的激发态？激发态之间间距好少，
你这个左边那些是200-400nm的吧？没必要归属。顶多最大那两个归属一下你就可以了
是200-400
A:
可以把振子强度大于你图中从下往上数第三条虚线的跃迁的贡献绘制出来，基本上就足矣讨论清楚了
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2015.06.02 15:29:37
Q:
QC收敛是否会导致计算的能量不准
A:
不会
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2015.06.02 15:44:12
Q:
接着上面的问题。[图片]。我知道优化的时候，最大受力收敛阈值是０．０００４５，方均根受力收敛阈值是０．０００３.这里的阈值指的是什么，根据什么输入呢？
是强度来自己设定个阈值。让超过这个的输出吗？
A:
是
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2015.06.02 16:16:28
Q:
[图片]
我计算了100 个态，只想归属振子强度最强的三个态，那么我是不是可以只做三个跃迁就可以了，怎么可以只在图上显示三个跃迁呢，而不是100个都出来
A:
你没法只算指定的3个态，比如最高的你感兴趣的态是86，那么必须至少算出前86个态。
如果你是想只显示出那三个态对应的吸收曲线，就把三个态的贡献曲线加和起来绘制即可。或者把其它的态的振子强度都设成0再绘图。
Q:
好的，我明白了，但是加和起来绘制起来就怎么讲呢，希望老师能稍微详细的点一下，谢谢
A:
你就用origin里新建一列，把那三列加和就行了，然后绘制这一列的数据
Q:
这样啊，谢谢老师[Emoticon]
[图片]
老师，我的三个态是这样的，那我标注曲线的时候，就是S0-S4，S0-S33,S0-S44吗？4，33，70这些对应out文件里的哪个关键词呢？
A:
就是那么标注。
没有什么对应的关键词
Q:
是分别对应第几个激发态吗？那么怎么才能进行分子轨道跃迁的归属呢？也就是怎么说明是LMCT诸如这些归属呢？
[图片]老师，是对应这个激发态吗？
A:
是
怎么归属看此贴
图解电子激发的分类
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=840
Q:
老师，我明白了，应该就是这么对应的，下面就是分子轨道跃迁的说明，研究了一下午，终于解决了这个高斯无能为力的问题，这个软件太棒了！
请群主帮忙看下这句话是什么意思？ Additionally, a short electronic description of the key intermediates is desirable
A:
希望你描述一下关键的中间体的电子结构（貌似）
Q:
另，能给关键中间体一个简单的电子学描述一下就好
[图片]老师，为什么有的值是负的呢
噢噢就是sob老师说的电子结构
A:
本来就没必要非得是正的
Q:
估计是想让作者印证一下路线和机理吧
A:
类似于LCAO时不同相位的混合
Q:
那是负的表示什么意思呢？
我总觉得“electronic description” 貌似跟计算方法更相关一些。跟一个中间体的“电子结构”比起来。
A:
关键看文章算了什么，没有上下文没法确定
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2015.06.02 16:22:48
Q:
老师您好，请问反应的中间体应该用高斯中的什么方法寻找呢？谢谢您！
A:
设定一个合适的初猜结构，优化即可
Q:
老师，应该用哪个关键词呢，再次感谢
A:
opt
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2015.06.02 16:29:20
Q:
[图片] ，请问是否可以将Fortran代码直接写在iop括号中？
A:
不能。估计得在分子坐标后面空一行，按照这个格式来写原子参数
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2015.06.02 17:07:05
Q:
老师，唐敖庆主编的《量化》里竟然没有看到密度泛函理论的介绍
A:
很正常
Q:
82年的哪一版，是不是密度泛函还没有提出呢？
A:
还没流行开来
90年代后才火的，特别是B3LYP提出后
在第一性原理计算中火得更早
Q:
可能是主流还没有接受密度泛函理论
书中还大讲特讲HFR方程
A:
那时候的书都这样
对于搞实际应用性研究的人，不建议看量化老书，没实用性。
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2015.06.02 17:10:35
Q:
[图片]老师对于优化好有一个虚频，用calcall重新优化时出现如图震荡。请问这种情况下，该如何消除虚频呢？
A:
降低步长上限，尝试gdiis
Q:
两个一起使用还是分开都试试
A:
都可以
Q:
好的谢谢老师
几何优化震荡了，改冗余内坐标似乎能解决
冗余坐标如何改？
A:
此文有详述
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/41635270201291310150577/
单个分子一般改这个用处不大而且也不方便，对于一些分子团簇优化比较有用。
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2015.06.02 17:23:55
Q:
老师，金属平面计算Zero frequency modes出现很小的虚频是否可以忽略
A:
Zero frequency modes是何物？
Q:
[图片]
Project out zero frequency modes: When checked, indicates that zero frequency vibrational modes (which correspond to rotations and translations in nonperiodic systems and just translations in periodic systems) will be removed from consideration. Default = checked我没看明白
A:
就是把体系的平动和转动去掉
怎么处理看体系和虚频的振动模式，没法一概而论
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2015.06.02 17:33:40
Q:
体系在溶液中的单点能计算，不能用guess=read关键词吗？
A:
能用
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2015.06.02 17:34:10
Q:
请问有人知道.frg是什么文件吗？
A:
明显是私有格式的文件，不是普遍流行的。可以直接尝试用文本编辑器打开看看搞清楚
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2015.06.02 17:38:37
Q:
[图片]老师，这是一种什么电荷？
A:
这里有详述http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
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2015.06.02 17:51:45
Q:
有没有反应前后自旋多重度发生改变的现象？
A:
太多了
[图片]
Q:
如果发生spin inversion找过渡态和算IRC怎么弄
A:
照常去弄即可，算的只是当前设定的自旋多重度的那个势能面。不同多重度都算算
Two-State Reactivity
只是说相应的两个态的能级差不很大，而且反应过程中势能面又不断变化，出现交叉所致
Q:
就是说，分别各自算两个自旋度下的过渡态和反应物产物，然后像那样做出的图就ok了吧
A:
对
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2015.06.02 17:55:02
Q:
请问multiwfn是否有这个功能
输入wfn文件可以导出pdb文件？
谢谢！
A:
选主功能100里的选项2
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2015.06.02 17:58:52
Q:
[图片]这个说法对吗
怎么看 EMSL中 [图片]
恩这我知道
A:
感觉写得不太专业。高斯函数一般都用GTF表示。而且应该叫极小基。而且不适合说原子轨道是基函数的数目，而是说基函数数目是原子轨道数目。
Q:
前面那个是网上找的。 O原子的对应于STO-3g 中基函数的数目是9个吗 3+3+3，但是O原子5个轨道
A:
基函数当然是5个。别把基函数和GTF搞混了
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2015.06.02 18:00:01
Q:
sob 老师，请问对于仅计算单点能的Out文件，这个molecular orbital's expansion on the basis set
信息在哪体现呢
A:
写pop=full才输出
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2015.06.02 18:03:25
Q:
高斯能算出静电势的值吗
A:
能
Q:
具体怎么设置呀，能指教一下吗
对高斯的计算还不是太熟
A:
静电势是个函数，取决于你具体怎么研究静电势。
Q:
我其实就像简单的把它的值算出来
A:
是计算一个点的数值还是画成平面、曲线图，还是画成等值面图？
Q:
我如果只想得到静电势的值是不是还不如算电荷哪？
计算点的吧
这是算频率的设置呀
A:
用multiwfn。Gaussian计算得到fch或wfn文件后，载入到Multiwfn里，选功能1，输入那个点的坐标即可
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2015.06.02 18:06:14
Q:
哦就是混乱了，有博文详解吗求个链接@Sobereva
A:
这是计算6-31+G**的例子
[图片]
[图片]
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2015.06.02 18:07:47
Q:
Sob老师，刚才在论坛里提问了这个问题，（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1203&page=1&extra=#pid7750）。还有不明白的，希望老师能进一步解答一下。您说这个“可以固定重原子只优化氢原子。重原子没必要优化”，这里的重原子是指非氢原子吗？N、O都算重原子了吧。还有就是固定，高斯默认生成的是这样，如下图，应该怎么固定别的，只让H原子优化呢？
A:
问题我优先在论坛上回复
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2015.06.02 18:09:56
Q:
这样就是算得的那个原子的静电势哈？谢谢@Sobereva
A:
没有“原子的静电势”这一说。
静电势是三维函数
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2015.06.02 18:12:24
Q:
打扰一下，Sob老师，Gaussian计算的收敛条件哪里可以查到？包括几何优化的能量、力、位移、SCF优化的能量这些，输出文件中的只看到四个判据，谢谢您了！
A:
default
Maximum Force 0.000000 0.000450 YES
RMS Force 0.000000 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.000000 0.001800 YES
RMS Displacement 0.000000 0.001200 YES
tight
Maximum Force 0.000002 0.000015 YES
RMS Force 0.000002 0.000010 YES
Maximum Displacement 0.000002 0.000060 YES
RMS Displacement 0.000002 0.000040 YES
very tight
Maximum Force 0.000000 0.000002 YES
RMS Force 0.000000 0.000001 YES
Maximum Displacement 0.000000 0.000006 YES
RMS Displacement 0.000000 0.000004 YES
loose
Maximum Force 0.000380 0.002500 YES
RMS Force 0.000380 0.001667 YES
Maximum Displacement 0.000501 0.010000 YES
RMS Displacement 0.000708 0.006667 YES
Q:
只有力和位移，能量呢？
还有单位是什么？
A:
SCF计算收敛标准，密度矩阵和能量在前后两次迭代中小于如下就完成了
sleazy：g03单点任务的默认标准
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-04 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-02.
Requested convergence on energy=5.00D-05
Tight: opt、freq任务都是用这个标准，g09把此当做单点的默认标准。scf=verytight和这个一样
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
如果自己设，用scf(conver=N) RMS density matrix收敛限是1E-N，MAX density matrix和energy收敛限都是1E(-N+2)。例如这里N=11
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-11 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-09.
Requested convergence on energy=1.00D-09.
N=8的时候相当于scf=tight
几何优化收敛判据里没有能量
位移的单位为bohr
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2015.06.02 18:16:21
Q:
pseudo=read 高斯输入文件中加上这个命令有什么好处
A:
用赝势时需要写genecp或gen pseudo=read
RTFM
Q:
我只是算结构优化，然后不收敛
opt=tight b3lyp/gen int=ultrafine
用这个可以么
A:
写了tight显然更难收敛。
解决收敛问题见
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/41635270201291310150577/
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2015.06.02 18:19:23
Q:
如果直接用b3lyp/lanl2dz 就可以不用gencp吧？@Sobereva
A:
对。但是对轻原子用这样的基组无法接受
如果图省事建议用def2系列，直接写诸如def2SVP、def2TZVP即可，对第4周期之后的直接就是赝势基组。无论是轻原子还是重原子都适合
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2015.06.02 18:20:46
Q:
这是以后都要用网易的博客了么
sob老师
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1074
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2015.06.02 18:25:58
Q:
sob老师，我的体系优化可以收敛，opt=tight也能收敛，只是收敛之后有虚频，所以用calcall来消除虚频，这时的优化出现震荡。您建议我减小步长或用gdiss。但从您的帖子中看到[图片]，这样减小步长的方法是不是不能用了？若是使用gdiss，是不是这样来写opt=(gdiss,calcall)?
A:
先用opt=tight int=ultrafine，
如果有虚频，用calcall,maxstep=4,notrust
没有gdiss，只有gdiis
Q:
[Emoticon]失误“先用opt=tight int=ultrafine”这个已经用过，还是有虚频，我先尝试降低步长吧。
在虚频方向上调整的方法试过，但感觉找不到点，耦合比较强，一优化就又有虚频@卖萌君
A:
calcall+降低步长如果还不收敛，把gdiis再加上
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2015.06.02 18:29:51
Q:
高斯优化的时候默认是用tight吧
A:
否
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2015.06.02 18:31:13
Q:
请问 high spin state和excited state的区别是啥？
A:
前者=自旋多重度高的态
后者=比基态能量高的态
没有直接关系
Q:
我看wiki词条上解释spin crossover有所谓high spin groundstate和low spin goundstate。假如high spin groundstate的能量高于low spin groudstate，那这个high spin groindstate成了激发态了吗？
A:
假如在特定结构下high spin的能量高于low spin，则此时这个high spin是激发态，low spin是基态
Q:
特定结构是指固定结构？
A:
不同几何结构下不同态的能量不同，随着结构变化可以互相交叉。必须确定处在什么结构下
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2015.06.02 19:00:10
Q:
[图片] 想问下：STO-3g基组中是不是就是9个GTO？那么怎么构成5个基函数呢？（按我的理解，是不是每个基函数都要3个GTO）
A:
哪写着9个GTO？
Q:
一个指数加上一个系数对应一个GTO
或者是理解错了
A:
1s,2s,2px,2py,2pz各用一个基函数描述，每个基函数用3个GTF收缩，一共3*5=15个GTF，很明确
收缩系数和GTF的指数你的图上都有
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2015.06.02 19:04:09
Q:
sob老师，vmd中怎么去非极性的氢[图片]
A:
selected atom里写上noh
Q:
好我试试[Emoticon]
A:
或者诸如all not {serial 2 3 4 77 to 98}
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2015.06.02 19:06:43
Q:
[图片]导师说把稳定点加进去，可是对于IRC图有必要吗？@Sobereva
A:
没坏处
Q:
Sob老师你是建议加了？
A:
加
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2015.06.02 19:07:48
Q:
明白一些了，还有点不理解的地方是：收缩系数与指数跟GTO是怎么联系起来的。@Sobereva
A:
[图片]
[图片]
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2015.06.02 19:10:59
Q:
SOB
老师
按照您的那个例子，计算甲烷二聚体的，第一步高斯显示错误，这是为什么呢
[图片]
A:
看优化过程曲线
Q:
嗯是导入哪个文件呢？
现在有chk out 拖进高斯view后，那个没法点击
[图片]
A:
[图片]
Q:
[图片]
[图片]
A:
看输出文件最后出错提示，一点点往前找报错
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2015.06.02 19:21:58
Q:
Sob老师，您好！
Multiwfn如何看bete轨道的百分组成！谢谢
beta
A:
看手册4.8节
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2015.06.02 19:45:41
Q:
[图片]用multiwfn分析弱相互作用，这两个烷基之间应该排斥作用更强一点，但显示的是浅绿色啊
A:
如果没有外部作用强行使它们离得很近，优化出来的结构肯定就是图中那样
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2015.06.02 19:46:50
Q:
不过，稳定点在IRC轴的坐标是多少怎么找？
在log文件里查reaction coordinate没找到~@Sobereva
A:
什么叫稳定点？
Q:
晓得了~
反应物或产物~
A:
如果IRC走得足够长，通向了反应物和产物位置，就是最两端的点
如果走得没那么长，并不出现在IRC上，至多只能把IRC两端的结构附上去
Q:
如果走的没那么长，可以把反应物和产物也加入进去吗？
A:
可以画图上，但是没法说在反应坐标的具体什么位置
Q:
还有IRC图只能说明反映趋势，而不能反映能垒和反应热吧？
A:
如果走完整了是可以的，
Q:
因为我的反应是放热，而在IRC图上的趋势则是吸热~
怎样才能使其更完整？加大步长吗？
A:
长度=步长*点数
长度若够长，走到极小点就自动结束
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2015.06.02 20:02:09
Q:
sob老师，在计算弱作用的时候，是不是命令行里必须要写上density？有机配体和过渡金属组成的配合物用是什么泛函和基组比较合适呢？
A:
一般不需要写
B3LYP，基组看计算能力和体系大小
Q:
嗯好的是不是必须对金属和其他原子采用不同的基组呢？
A:
不是必需的，虽然一般都那样。
比如直接写def2SVP就可以，追求更好精度可以用def2TZVP
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2015.06.02 21:14:56
Q:
Sob你好，我在做ADMP的时候，发现温度的控制有两个，一个是用IOP去控制核动能的温度，还有一个是直接输入Temperature控制温度，哪一个才是温度控制呢？
然而我看到了这样的一句话，说ADMP中电子自由度的假想质量会自动设定，并且数值足够小，用于保证能量守恒的恒温程序是不需要的？我不明白这话，是说Thermostat不需要的意思，还是说不需要额外的Nose-Hoover那种的Thermostat的意思？
A:
应当用NKE来控制核的初始动能
Q:
好的，那么那个Temperature是做什么用的呢？
A:
和轨迹计算无关
Q:
诶？那它是用在频率计算上的咯？
A:
不需要热浴，因为能量保守得很好
Q:
而且还有一个问题，NKE的温度设定，似乎不能带小数点？
只能是整数的样子
A:
不能
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2015.06.02 22:18:39
Q:
molpro里给出的primitive GTF是不是这里面的p?
[图片]
A:
是，所有程序都一样
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2015.06.02 22:50:31
Q:
关于基组的理解还有点问题
[图片]
能帮我解答下吗我自己在ppt上写的问题
A:
每一个基函数用三个高斯函数收缩而成，即每个基函数都是收缩度为3的CGTF
2s,2px,2py,2pz对应的基函数的收缩系数和指数都一样。alpha就是第一列，2s和2p对应的基函数的收缩系数分别是第二列和第三列
Q:
你看我理解的对不[图片]
A:
基本正确
Q:
这个问题终于得到了解决谢谢sob大神
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2015.06.02 22:51:30
Q:
请问CPU XEON E5-2620V3 和 Xeon(R) E5405 谁快?
有什么区别?
A:
E5405已经非常老了，显然不如2620v3
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2015.06.02 23:25:23
Q:
sob老师，您好！
本人愚钝，手册4.8.1 Analyze acetamide by Mulliken method
8 // Orbital composition analysis
中没有说明beta轨道成分如何查看，能否说一下，谢谢！
A:
你输入相应的beta轨道的编号就行了
Q:
好像默认是alpha轨道啊
A:
alpha轨道编号在前头，beta在后头。刚载入fch文件时屏幕就会提示编号从多少到多少是beta轨道
Q:
好的，太感谢了！
再问一个问题图中——TDOS如何移动位置啊！谢谢！
[图片]
A:
调整绘图的能量范围
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2015.06.03 00:58:57
Q:
请问大神基态结构优化用的是B3LYP函数然后激发态用的是 CAM-B3LYP 这样得出的结果可以吗？
A:
可
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2015.06.03 02:49:12
Q:
Sob老师，这是我计算的一个氢键的填色图，您看还能改进的更好一些么
[图片]
[图片]
对应下面这个图
A:
没什么可改的。
如果氢键涉及的平面不是你的作图平面，应当让作图平面正好穿过氢键的平面
Q:
嗯谢谢老师还想问一下，这个图的红蓝绿色代表的是什么意思呢
A:
RDG值，对应色彩刻度条
这种图实际上意义不大
Q:
嗯那个sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图才有意义对么
A:
对
Q:
[图片]
sob老师，1可以指认为氢键作用，3可以认为是空间位阻，那2应该指认为什么比较好呢
A:
分子内范德华作用+位阻
Q:
嗯还有一个小问题，VMD改成白色背景后，分子感觉好像蒙了一层纱布
不清楚了
[图片]
A:
选择Display-Depth cueing将这个设定关掉
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2015.06.03 03:30:43
Q:
嗯那个sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图才有意义对么
高斯优化经常遇到这样的错误，Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.sob 老师，怎么解决啊？
[Emoticon]这图我感觉好漂亮谢谢老师做出这么好的软件，让我们这些不搞量化，但喜欢量化的人能快速上手
A:
对
光从这错误无法判断
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2015.06.03 03:30:43
Q:
sob：在gamess的casscf计算中活性空间的轨道顺序是不是不会改变？@Sobereva
A:
大抵吧，看轨道图形和初始的对比就知道了
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2015.06.03 04:27:36
Q:
求教各位双杂化泛函PWPB95在高斯里面对应哪个关键词呢
A:
没有对应的
Q:
我说我在高斯说明书里面找半天怎么找不到这个关键词
那哪个软件可以实现PWPB95方法
A:
orca
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2015.06.03 05:00:59
Q:
请问一下，出现了分子内氢键需要做什么特殊处理么？我目前计划使用的方法就是一般的CBS-QB3//B3LYP/6-311G(d,p)，暂时没有加上D3
A:
CBS-QB3没法指定用什么方法优化，优化是自动的
Q:
谢谢sob~但是我想问的不是关于CBS-QB3，请暂时忽略这个方法。我想问的是关于下图中这样有分子内氢键的反应体系研究，是否仍然可以使用我们平时的那些B3LYP/6-31G(D)的方法，是否需要考虑一些特殊的矫正，比如D3什么的？
[图片]
A:
这么小的分子用B3LYP/6-31G(D)太低了，虽然也能得到定性合理的结果。D3校正不是必需的
Q:
sob老师，您还没回答我这个问题啦~
诸葛壹次心(791409537) 22:10:42
谢谢sob~但是我想问的不是关于CBS-QB3，请暂时忽略这个方法。我想问的是关于下图中这样有分子内氢键的反应体系研究，是否仍然可以使用我们平时的那些B3LYP/6-31G(D)的方法，是否需要考虑一些特殊的矫正，比如D3什么的，影响大吗？
[图片]
@Sobereva
A:
[图片]
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2015.06.03 05:01:38
Q:
[图片]请教各位大神，这个轨道跃迁的类型？？
A:
d->p CT跃迁
Q:
谢谢sob，如果用这个激发波长去激发的话，产生的拉曼光谱，能用这个轨道跃迁去判断哪些分子的振动模式会极大增强吗？，
A:
这怎么会产生拉曼光谱？
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2015.06.03 06:03:13
Q:
请教各位，对于有多根氢键的小分子团簇，有什么办法能表征其整体的氢键强弱呢？
A:
算一下小分子形成团簇的能量变化。如果需要横向比较，不同团簇的数目不同，可以除以数目
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2015.06.03 13:54:14
Q:
[图片]请教老师一下，这个isovalue是不是就是轨道等值面的数值[图片]
A:
是
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2015.06.03 14:24:13
Q:
老师，再问一个问题，做激发态计算以后输出的轨道的序号是不是就是和之前做优化以后生成的轨道序号是一致的呢？如果不是，那么在做激发计算时，我应该加入什么命令呢？因为从激发态的FCHK文件中，我没有办法看到CUBE的信息，所以比较纠结是不是还是用的优化以后的分子轨道。我是不是还要我是刚刚接触计算不久，基本都是自学，所以有些问题比较菜鸟，请老师见谅。
A:
TDDFT/CIS这样激发态计算是基于基态轨道进行的，通过其fchk文件看的轨道和相同结构下的DFT/HF轨道是完全一样的。
不明白你的意思。
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2015.06.03 14:24:13
Q:
小白问个问题，偶极分子的话是不是偶极矩和跃迁矩刚好方向是相反的？
A:
否
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2015.06.03 14:26:35
Q:
一直不明白NBO轨道分析到底有什么优势，相对于没有加NBO命令的分子轨道而言。谢谢老师。
就是什么情况下要进行NBO的计算呢？
A:
pop=nbo这样的命令加不加fch里的轨道都是分子轨道。除非你用pop=saveNBO往fch里保存NBO轨道。
看看这些NBO资料就明白了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
Q:
那这两种轨道有什么区别呢？老师
好的，谢谢老师
A:
NBO轨道定域性强，和化学键往往能直接对应。而MO离域性强
Q:
那么NBO轨道通过multiwfn是不是可以直接知道是s轨道或者p轨道呢？
A:
NBO不是原子轨道。
NBO框架里和原子轨道对应的是NAO轨道
NAO轨道一看图形就知道属于哪类，输出文件里也直接显示其类型
Q:
好的，我明白了，那是不是无论什么分子都可以计算NBO呢？
A:
对
Q:
轨道波函数等值线图是不是类似于等高线呢？有什么用呢？
A:
考察轨道波函数分布。
Q:
老师可以发一个相关介绍轨道波函数等值线的贴子吗？还有就是如果分子是过渡金属的配合物，分子比较大，是不是就会分析不清楚轨道波函数的分布呢？也就没有做波函数等值线的必要了呢？谢谢老师~
A:
你就看轨道等值面图就行了，平时用不着做等值线图
Q:
好的，我明白了，谢谢老师
A:
等值线图怎么做这里也有示例
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462
Q:
那一般什么情况下才用做等值线呢？小分子吗？
A:
等值面图讨论不清楚、或者对特殊体系/问题需要精细讨论时
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2015.06.03 14:27:40
Q:
老师，那偶极分子的跃迁矩怎么判断呢？是根据计算出来的激发态信息里面的跃迁矩各个分量来判断吗？
A:
是
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2015.06.03 14:31:01
Q:
gaussian说明说中说”opt=loose这个关键词适用于用DFT方法对大分子做初步的优化计算，通常在该计算之后用默认的（fine）网格再进行完全收敛优化计算。不推荐单独使用这个选项。 “ 这是说加了这个关键词后，算完后，最后的分子结构提取出来，再重新opt吗？
A:
不要管手册里的说法
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2015.06.03 14:37:15
Q:
基团比较大，扫不动，是否可以换比较简单的基团扫描势能面呢？比如蒽来代替？
这样是不是不对？扫出来的势能面根本不是实际键连情况的势能面？谢谢老师
A:
考察不同位置链接和势能面扫描完全不是一码事
Q:
老师，[图片]那如果两种不同位置键连方式假如两侧连的是生色团，不同的键连位置导致生色团排列不一样，如果要对比造成排列不一样的原因，除了几何优化结构之外，怎样解释好些？
A:
生色团排列具体指什么？
Q:
偶极生色团因为偶极方向不同而性质可能不同
A:
原子电荷/片段电荷是肯定要考察的。
可以保留一个生色团，然后另一个生色团改成不同类型的取代基（以及连接到不同位置），看看诱导、共轭能力不同的取代基如何影响这个生色团的特征，找找规律。
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2015.06.03 15:01:06
Q:
正常优化的时候 gaussian中的收敛阈值：Maximum Force <0.00045 力的均方差(RMS Force)小于 0.00030。用opt=loose 和 opt=tight 或 verytight默认的收敛限是多少呢？
A:
昨天就讨论过
希望群聊记录大家每日都完整翻阅，即便不是自己提的问题
Sobereva(190258442) 10:14:06
default
Maximum Force 0.000000 0.000450 YES
RMS Force 0.000000 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.000000 0.001800 YES
RMS Displacement 0.000000 0.001200 YES
tight
Maximum Force 0.000002 0.000015 YES
RMS Force 0.000002 0.000010 YES
Maximum Displacement 0.000002 0.000060 YES
RMS Displacement 0.000002 0.000040 YES
very tight
Maximum Force 0.000000 0.000002 YES
RMS Force 0.000000 0.000001 YES
Maximum Displacement 0.000000 0.000006 YES
RMS Displacement 0.000000 0.000004 YES
loose
Maximum Force 0.000380 0.002500 YES
RMS Force 0.000380 0.001667 YES
Maximum Displacement 0.000501 0.010000 YES
RMS Displacement 0.000708 0.006667 YES
Q:
谢谢老师，我也在整理，就是有时qq聊天记录没同步有的信息落下了。
老师收敛阈值能自己调吗？
A:
*IOp(1/7=N) 设定优化时的收敛限。力的RMS收敛限设定为N*10^-6，最大受力被设为1.5*N*10^-6。RMS位移会设为4*N*10^-6 bohr，最大位移会被设为6*N*10^-6 bohr。
Q:
哦谢谢老师我目前出现的这个情况 [图片] 好像优化到局域最小点了。提高收敛限可以吗？
A:
更难收敛。
怎么解决看此贴
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/41635270201291310150577/
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2015.06.03 17:14:56
Q:
老师。我之前问过您一个问题，我的IRC计算[图片]报错显示的是[图片]。按照您给出的建议，在irc计算中加入LQA关键词就算。计算没有报错
但是给出的IRC路径值计算了一半。[图片]
我猜测是这次是您说的另外一个原因，过渡态定位精度不够。然后重新计算过渡态，加入了opt=tight和int=ultrafine关键词。优化出的过渡态虚频依然很小，只有-90.继续IRC计算。为报错，但也值计算了三步。
[图片]请问，如果遇到这样的情况，是不是说明我的过渡态结构存在问题。但是过渡态的振动方向的确是我需要的。我有点蒙了。。
A:
找过渡态的时候也同时用calcall。还不行就把IRC的stepsize稍微增大点，比如15或20，如果得到的曲线波动厉害再同时用calcall
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2015.06.03 18:00:56
Q:
请问电子亲和势怎么算，
谢谢！
A:
[图片]
N代表电子数
Q:
也就是说基态的能量减去带一个负电荷的能量，是这样理解的吗？
A:
对
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2015.06.03 18:12:38
Q:
[图片]老师，这样的能量曲线，是否可以使用scf=qc来强制收敛？
A:
解决SCF收敛问题的方法对于几何优化难收敛无效
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2015.06.03 18:20:08
Q:
问个比较low的问题：VMD中可以用鼠标快速点选或框选原子么？
A:
不能
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2015.06.03 18:24:08
Q:
sob老师填色图的角度应该怎么调整呢
现在做出的图看不出什么效果
A:
一般通过三个原子来定义平面，适当选取三个原子即可
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2015.06.03 18:52:44
Q:
老师，做完NBO计算的分子轨道可以用来分析激发态吗？还是只能用于基态
A:
你用激发态波函数做NBO分析，分析结果就对应激发态。
用基态波函数做NBO分析，分析结果就对应基态
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2015.06.03 18:56:52
Q:
散点图中电子密度差不多的氢键，其强弱是不是也差不多，即可以根据电子密度的大小来判断相互作用的大小。如图，从左往右，作用强度依次减小，我这样理解没有问题吧？[图片] 另：可否认定作用强度越强，则此作用对体系的结合能的贡献越大
A:
基本可以
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2015.06.03 19:14:22
Q:
sob老师，是不是这种散点图，点聚集的越密集，说明该作用越强烈呢
[图片]
A:
和密集与否无关。是否相对密集主要是取决于那种弱相互作用出现的面积（面积越大，包含的点数越多）。
Q:
还想追问一下老师，我计算的是这个，为啥里面的氢键在散点图里面积看起来那么大呢
[图片]
可以的 sob老师的手册里有
[图片]
此图来自于sob老师的软件手册
A:
你用红虚线圈出来的是pi-pi堆积，面积总是很大
Q:
嗯但在散点图里看起来氢键作用也很强的样子
难道那种很弱的 C-H---O 也会被算在内？
A:
并没有很强的氢键，只是分子内的弱氢键而已
Q:
嗯好的谢谢老师
A:
由于键角太大，实际上那些一般也不当成氢键
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2015.06.03 19:30:18
Q:
遇到个棘手的问题，想用mmpbsa.py估算有机小分子的溶解能自由能，但这个脚本的参数涉及到蛋白与ligand的问题，能否避开这两个参数，只输入复合物的参数啊
拿着有机物小分子当做蛋白与ligand的复合物来出来
A:
用不着mmpbsa，就直接在GB下做这个分子的动力学计算就行了，输出中就有GB能量（非极性部分应该也能输出，具体细节忘了，实际上mmpbsa过程中会生成sander输入文件，效仿里面的设定去写就行了）
Q:
奥
GB做的不准，用PB更好一些
A:
GB和PB谁准并不一定，虽然后者原理更严格，但由于数值实现上的问题并不比GB占便宜，还有可能更糟
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2015.06.03 19:31:55
Q:
顺便就这个问题请教用QM的方法计算的结合能靠谱吗？和MD相比的话。
QM能算吗？
A:
QM一般只是给出一个或几个代表性结构的相互作用能。如果如果是两个刚性分子，结合能靠谱。但诸如柔性大分子结合，没法搞，一方面耗时高，另一方面没法像MD过程那样考虑实际过程中的统计平均
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2015.06.03 19:40:16
Q:
各位老师，怎么说明一个分子的某一部分是一个共轭体系，除了从结构上可以看出以外，有什么其他的显示方法没有？比如分子轨道，那分子轨道应该看哪个分子轨道？
A:
用AdNDP
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/416352702012487410535/
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2015.06.03 19:41:54
Q:
好的，明白了。
所以我只需要按照常规的分子的研究思路就行咯？在力所能及的范围内使用高精度，比如B3LYP/6-311++G(d,p）什么的。
A:
对。
给氢加弥散没意义。
实际上当前体系色散作用很不明显，重原子不加弥散也完全没关系。更推荐用def2-TZVP
Q:
一般来说怎么判断色散是否明显呢？
A:
直觉。或者RDG分析
Q:
sob老师，我计算的这个分子，质子化的二甲胺和某羧基形成的氢键，散点图有点怪异感觉
[图片]
[图片]
氢键的那部分跑的那么远
A:
因为作用强度很大，羧基本身带负电荷
Q:
嗯原来是这样。刚才有个地方还没弄明白，到底作用强不强，是看这部分散点所占面积对么
占据面积越大说明越强？
A:
sign(lambda2)rho越负，面积越大，作用越强
Q:
很散点的密集程度没有直接关系？
好的，我去学习一下rdg～谢谢～
A:
比如pi-pi堆积，虽然数值只在0附近，但是面积达，对于多环芳烃的堆积，强度不弱于氢键，甚至更强。
你做的这个体系，非常蓝，数值很负，虽然面积不大，但强度也很大了
不用管点是否密集，看spike位置和填色等值面图就够了
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2015.06.03 21:26:07
Q:
各位大侠，gaussion09能不能走IRC?有没有用过的，请告知、谢谢
A:
google is your friend
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2015.06.03 21:28:59
Q:
大神平时喜欢什么运动？
A:
没有那些现充的爱好
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2015.06.03 23:00:36
Q:
有个问题想请教一下各位，我想用Gaussian View 查看chk文件，可是出现下边这个问题是[图片]
请问要怎么解决？
A:
用文本编辑器打开fchk文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant
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2015.06.03 23:18:05
Q:
打扰大家一下，谁有Chemdraw的破解版压缩包给发一个，谢谢!
A:
钟成(32589927) 22:15:55
chemdraw v15 新鲜出炉
链接: http://pan.baidu.com/s/1dD6fNVF 密码: 8mmi
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2015.06.03 23:22:13
Q:
这个chem3d好用么
我之前下了个版本，chem3D没装好，不能用
[图片]
A:
这是chemdraw不是chem3D
这个chem3D肯定能用http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=54
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2015.06.03 23:25:15
Q:
文献中给出H-6到L跃迁66%；H-8到L跃迁17%。请问这个百分比是怎么得到的？
讨论吸收光谱的时候
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/4163527020143153410900/
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2015.06.04 00:00:47
Q:
[图片]
您好，请问我在官网里下载的Multiwfn win 解压后里面只有这些文件，无法安装，可否给些指点，谢谢@Sobereva
[图片]点击这个应用程序，弹出来的类似于DOS界面。
A:
先看这个帖子
Multiwfn入门tips
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/416352702012107458053/
Q:
谢谢
[图片]尝试了一下，没有这样扩展名的文件啊
A:
先看帖子
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2015.06.04 00:11:30
Q:
老师您好，可以把下面这个链接发给我吗？[图片]谢谢
A:
群共享里就有
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2015.06.04 00:22:08
Q:
请问：使用multiwfn计算静电势时，不同的输入.wfn文件最后都得到了
User defined real space function: 0.1000000000E+01
这是什么情况呢？多谢~~
A:
这是用户自定义函数，不是静电势，静电势显示在前头
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2015.06.04 00:34:38
Q:
请问下各位老师：我做两个反应，第一个正常结构反应，第二个反应的原料结构有差异，我想通过Multiwfn计算，第二个反应比第一个反应容易进行的原因。比如键能降低。谢谢各位老师
A:
问题太宽泛了，没法回答
可用的方法很多，但具体怎么用得在理解方法原理的基础上看实际问题来决定
Q:
从化学反应机理上看，第二个反应增加了一个供电子基团，使氧原子电子云密度增加，从而使反应更加容易进行
我想通过Multiwfn进行相关的计算
A:
算原子电荷
Q:
请问如何在Multiwfn 画自己的结构啊
A:
Multiwfn里没法画结构
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2015.06.04 00:40:55
Q:
老师如何将multifwn产生的波函数成分分析数据输出到txt或者word中？@Sobereva
A:
从屏幕上复制，看手册5.4节
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2015.06.04 00:57:50
Q:
求文献http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378775313013748
A:
求文献前先用sci-hub自行解决，看群共享里的群规章制度
某个群的群公告里有一条“求文献先用sci-hub试,否则禁言”。以后本群可能也将实行
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