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标题: Forcite-Dynamics的txt结果文件中初始能量高于最终能量的现象是什么原因导致的？ [打印本页]

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Author: peachjuice 时间: 2025-3-13 10:22
标题: Forcite-Dynamics的txt结果文件中初始能量高于最终能量的现象是什么原因导致的？
* 研究体系：多孔晶体结构，结构孔道中放置一定数量的有机铵离子
* 研究目的：优化有机铵离子在孔道中的位置及离子构象
* 计算过程：我在重复文献方法，电荷和力场与文献中提供的一致（dreiding力场）。按文献描述，先在433K下，以0.2fs为时间步长，进行500ps的分子动力学模拟，系统是NVT，thermostat是Nose−Hoover。然后再以相同的参数，进行1500ps的分子动力学模拟。
* 问题描述：500ps分子动力学模拟的txt结果文件中 Initial 部分的各能量项数值低于 Final 部分（如图），我认为经过优化，整个体系应更加稳定，能量值应该更低，但是结果与认知相反。请帮我解释一下当前的计算结果是否正确？是否是因为某个计算参数或环节的错误导致的？又或是我对这部分计算的认知哪里有误？谢谢
* 补充描述：
（1）在进行500ps的动力学模拟前，未进行能量最小化
（2）动力学模拟过程中固定了结构骨架原子，未固定有机铵离子
（3）1500ps模拟的txt结果文件中 Final 部分的能量项数值低于 Initial 部分，符合“优化后能量趋于稳定”的认知，但1500ps下Final的能量项也没有比最初始结构的能量项（500ps计算时对应的Initial）低

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