公社群聊Q&A整理：2016.09.25 05 ~ 2016.09.28 01 Concate - 计算化学公社

2016.09.25 04:08:41
Q:
[图片]各位老师们，弱弱的问下，<r>这是让求什么的？
A:
<psi|r|psi>
r是电子坐标到核的径向距离
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2016.09.25 04:18:50
Q:
[图片]
请问这个错误是什么引起的
不看手册自己瞎写引起的。。。
A:
仔细读这两篇
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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2016.09.25 04:50:26
Q:
老师我BSSE校正之后 Eint 应该怎么算，这是输出文件 [图片]
还是我直接用gaussianview打开之后去那里的能量[图片]
A:
[图片]
Q:
老师还有个问题就是Multiwfn里面对计算第一超极化率的那个公式[图片]，Multiwfn里面没有3/5，我想问问括号里面的表达也是一样的吗
A:
只在算beta||的时候才需要考虑3/5，正如Multiwfn的做法
算分量时候没必要如你图中这样考虑3/5
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2016.09.25 05:00:44
Q:
请问下用QCISD(T)/CC-PVQZ 算能量太慢了有么有办法可以加快计算的速度而不降低计算的精度啊
A:
不降低精度是不可能的，没有免费的午餐
[图片]
DZ、TZ外推到QZ
或者借助MP2外推
或者考虑DLPNO-CCSD(T)
最简单做法就是把图中第一个式子inf当成QZ，small当成TZ，相当于用MP2估计TZ->QZ过程相关能的变化加到CCSD(T)/cc-pVTZ去
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2016.09.25 05:14:40
Q:
sob老师，用Multiwfn，按9、1做键级分析时，fch怎么生成
这种高斯计算格式，对吗
#p b3lyp/6-31g(d) pop=nboread iop(6/7=3) gfinput
**
0 1
分子构型
$nbo bndidx $end
A:
# b3lyp/6-31g(d)就完了
手册里没提的事都不用做
Q:
这一行需要加吗，就做个单点能计算就可以了，剩下的事情都交给Multiwfn吗？
就做个单点能计算就可以了，剩下的事情都交给Multiwfn吗？
A:
y
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2016.09.25 06:05:59
Q:
你的博文关于使用Multiwfn计算（超）极化率密度，其中提到J. Comput. Chem., 26, 1543这篇文献，我谷歌学术没有找到，你能发一个链接吗，谢谢
A:
直接去JCC网站自己找就完了
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2016.09.25 06:26:40
Q:
大家好！我有个问题想请教各位。我在用gaussian算一个9分子团簇，一共有72个原子，现在只是优化，优化的时候加了色散矫正，结果算了两次都是出错，#2070这样的错误，我的电脑是AMD四核+8G内存。我想知道是我电脑配置问题，还是其他什么问题呢？
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done: E(RB3LYP) = -2028.27792465 A.U. after 11 cycles
NFock= 11 Conv=0.43D-08 -V/T= 2.0037
%chk=F:\urea moni\ccdc room temp\9cluster.chk
# opt b3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity empiricaldispersion=gd3
那为啥会终止呢，那个#2070的错误也是说LINKED不正常结束，啥原因呢？
不理会，可是直接结束了
A:
字号不要超过12。问问题时候不要问几几几错误，直接贴输出文件末尾的报错提示。如果水平不够，描述不明白，直接上传输出文件，省得答疑者还得跟具体的描述猜实际情况。
Q:
收到。。
[图片] 淡分享文件 13:35:22
"9CLUSTEROPT.LOG" 下载
A:
拿最后结构继续优化
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2016.09.25 06:49:08
Q:
onsager cavity model和PCM有什么区别呢
A:
onsager早没人用了。Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)就有介绍
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2016.09.25 06:54:05
Q:
请问一下，从计算频率的结果没有找到APT电荷，是因为没有加P的关键词的原因吗》
A:
跟#P无关
直接搜APT charges:就找到了
Q:
老师、我从输出中只有Mulliken的没有找到APT的
A:
#p b3lyp freq
[图片]
如果你的无此输出，换最新版本高斯
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2016.09.25 07:05:03
Q:
老师，Eu算ECD 和VCD 要选什么基组呢？@Sobereva
A:
SDD
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2016.09.25 18:25:01
Q:
老师请问有没有关于CCSD T1 diagnostic的博文或帖子呢？我想了解一下
请问有没有CCSD T1诊断的输入文件和输出文件的例子呢？假设我想判断一下B3LYP方法是不是能作为参考态，是将B3LYP方法优化得到的坐标提取出来然后再用CCSD(T1 diag)关键词计算一个单点任务吗？
就是只用CCSD(T1 diag)这个关键词就可以了?@卖萌君
A:
y
T1后头甭写空格
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2016.09.25 18:44:29
Q:
老师请问[图片]这个错误是什么导致的
[图片]
这是我的输入，貌似每次用oldchk的时候都会遇到同样的问题
A:
8成是保存的路径有诡异，或者保存的文件类型没正确选择
Q:
谢谢但是oldchk确实存在，因为都可以正确从中读取结构信息
A:
如果确信就是oldchk的事，不用oldchk而通过%chk来读取geom都没事，那就自己把之前的chk备份一下，只用%chk
Q:
老师我试了您的方法直接用%chk，但还是同样的问题，能读到结构和频率信息，结尾还是Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.
A:
明显是冤枉oldchk
直接写结构，算Hessian，甭读chk
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2016.09.25 21:05:36
Q:
怎么看sobMECP是否正常结束？
A:
正常结束没有一看程序输出不就知道了
收敛限在源代码里一看也知道
显然不光是看两个态能量差
了解一下博文里介绍的MECP搜索的基本原理就明白了
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2016.09.25 21:30:46
Q:
老师，我用TDDFT的方法优化激发态，发现第三三重激发态的能量竟然比第四三重激发态的能量高，在哪方面出问题了呢
A:
优化过程中因势能面交叉，所以最后输出的顺序不是从低到高排的。
Q:
那么老师，这样的话我是不是该取出上一个激发态优化的结构再重新优化下一个激发态呢
A:
没这个必要
上一个激发态极小点未必是比基态极小点对于下一个激发态极小点更好的初猜
Q:
因为我现在想得到与单重激发态最靠近的三重激发态，该怎样处理呢
A:
最低几个三重态挨个优化
Q:
嗯，我现在已经优化了T1,T2,T3,然后就发现T4能量比T3还小，也就是T4的势能曲线和其他激发态发生了交叉对吧
A:
y
Q:
老师，对着势能曲线交叉，但还想得到它的能量，我是重新计算，还是需要改变一下步长再算呢
A:
意义不明，看不懂
Q:
因为势能曲线交叉，现在得到的T4能量是不准确的，我该怎样得到准确的T4能量呢
A:
仅仅在基态输入文件基础上多写个TD就完了
交叉就交叉，怎么不准确。
本身算T几就要看用的是什么结构。
你从初始结构为初猜来优化，所以你最终优化出来的是初始结构下定义的T4
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2016.09.26 00:43:25
Q:
老师，def2系列基组加弥散函数在Gaussian里面要怎么输入？
A:
def2SVP、def2TZVP、def2QZVP
Q:
请教老师一个问题，算什么类型的问题需要用到def2系列的基组，刚刚自己又去翻了一下博文，也还是觉得有点不清楚[表情]谢谢老师了
A:
def2是general-purpose基组
除非我博文里写的做某些具体计算适合用特殊的基组，比如NMR、超极化率，否则凡是DFT计算都可以用def2系列
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2016.09.26 00:47:41
Q:
请问老师，应用Multiwfn进行Mayer键级分析时所需的输入文件fchk对应的高斯任务必须是优化几何结构的那个吗？可否我用一种级别优化结构完毕后，用另一种级别通过pop=nboread 和 $nbo bndidx $end计算的高斯任务对应的fchk文件作为输入文件？
A:
什么任务得到的fch都行。
写NBO那些完全多余
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2016.09.26 01:26:40
Q:
谢谢老师指正。发现fchk对应的高斯任务里是否考虑溶剂化模型对Mayer键级是有一定影响的，如果实际分析的是分子在溶液里的状态，是否应该使用加了溶剂模型的？
A:
是
Q:
顺便问一下，如果分析的是分子在溶液里的供吸电子性，计算前线分子轨道能量时，是否也应该加溶剂化模型？
A:
y
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2016.09.26 01:33:12
Q:
sob老师你好，我想在7号邮箱里找一本书，这个邮箱似乎需要绑定手机短信验证，请问可以麻烦您告知一下验证码吗？非常感谢~≥﹏≤
A:
什么操作要短信验证？
按说只有改密码之类才会要短信验证
Q:
我刚才登录邮箱的时候它提示我要二次验证
需要短信验证码
跳过吧
您可以登录一下7号邮箱看一下，我也不知道是不是我自己电脑的原因
好像没有跳过的操作诶，只有一个取消登录貌似。。。
A:
我这里直接就能登录
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2016.09.26 01:38:43
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
没有这种关系
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2016.09.26 02:43:08
Q:
sob老师请问您发的关于片段组合的帖子中，我想加入opt优化应该怎么操作呢？
A:
最后计算时直接加上opt就完了
Q:
是在片段组合的命令行里就加？
A:
显然是读取片段组合初猜实际做计算时候才加
生成片段组合波函数时显然不能加
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2016.09.26 03:11:08
Q:
QQ电话是什么鬼。。
这是要开音频讲授课么
A:
肯定是点错了而已
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2016.09.26 03:57:56
Q:
40原子（主要是C但有1S1N），150电子，电荷转移激发，用什么基组合适呢
用tddft研究激发
A:
6-311G*，或更好点TZVP
Q:
好的，谢谢~
但是研究电荷转移不需要加弥散吗
A:
不用
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2016.09.26 03:58:35
Q:
请问，是不是NVE系综跑不跑平衡，能量都是守恒的啊？
A:
原理上如此
Q:
OK，
如果怕不考虑数值误差，步长无限小才能实现的吧？
A:
y
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2016.09.26 04:13:44
Q:
B3LYP这个泛函，高斯里的定义好像和orca还是gamess是不同的？如果是，具体是怎样的？谢谢！
A:
不同
gamess里B3LYPV1R与之对应
orca里B3LYP/G与之对应
主要在于LYP里用的VWN的具体形式在不同程序里不同
Q:
那gamess的B3LYPV1R或orca的B3LYP/G和高斯里的b3lyp在能量计算上差别可以忽略吧
A:
积分格点精度足够高就行
但也不排除有些体系不同程序会收敛到不同波函数上。比如GAMESS算个区区水三重态居然能收敛到非基态
Q:
老师，水三重态不就是非基态吗
A:
我是指三重态里面的基态
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2016.09.26 05:17:49
Q:
我现在有一个小分子，有两个距离很近的羟基，其中一个与乙酰基连接成脂键，同时另一个是羟基，实验发现，低温时其中一个确定位置上的羟基（这种情况下已有晶体结构）比另一个位置上的羟基更容易脂化，而常温时两个羟基脂化比例相近（这两个羟基之一必形成脂键，而另一个仍为羟基），我想用gaussian算一下能量，看看哪种情况更稳定，而且那个是一个天然产物，我用# B3LYP/6-31G(d) opt freq=noraman geom=connectivity，结果相差很小，这样做是否对？@Sobereva
A:
当前级别计算水平太低，数值相差很小时更难以正确区分高低
用高点级别的方法算两种位置酯化前后的自由能变，也计算酯化过程的势垒
Q:
我是初学者，不知道应该怎么办，知道的只有这些简单的设置，能给一个范例吗？我想学一下，多谢了！
(整理Q&A) 我的输入这样写对吗：#B2PLYP-D3/def2-QZVPP opt freq=noraman geom=connectivity
A:
否
B2PLYP-D3应为B2PLYPD3
noraman完全多余
这个级别做优化和振动分析徒劳无益
Q:
#B2PLYPD3/def2-QZVPP opt geom=connectivity这样对吗？
A:
否，这个级别优化徒劳无益
普通杂化泛函，适当时候考虑D3校正，结合TZVP优化已经足矣
高精度单点再考虑这个级别
geom=connectivity多余
Q:
先用 #p m062x/tzvp opt freq empiricaldispersion=gd3 计算，然后提取输出的结构，分别用#p B2PLYPD3/def2-QZVPP 和#p scrf=(smd, solvent=你的溶剂) M052x/6-31G(d)和#p M052x/6-31G(d)计算
(整理Q&A) 讲究的人的做法
(整理Q&A) 最后这三种得到的结果再对比一下吗？
A:
推广讲究的人的做法举步维艰
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2016.09.26 05:31:36
Q:
[图片]用multiwfn计算光谱变成这样是什么原因呢
只有一半的图是说另一边对称吗
A:
大抵是你屏幕分辨率比较诡异，或者操作系统里文字尺寸设定有问题，此时可能窗口显示不全
直接选择保存图像然后观看就行了
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2016.09.26 06:23:16
Q:
请问各位老师第一轮通知英语怎么说啊谢谢了
A:
The first round announcement
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2016.09.26 16:39:28
Q:
我记得有一个gaussian scale factor 的汇总网址，我现在找不到了，谁哪有？我想知道B3LYP/6-311++G(d.p）
的 scale factor
SCAN 二面角可以用笛卡尔坐标吗？
A:
显然不能
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2016.09.26 16:47:05
Q:
Route card not found.
老师这是说我的高斯版本不支持这个泛函么
%chk=TCNQ-TTF1-M11.chk
%mem=12000MB
%nprocshared=12
# td=(singlets,nstates=10) M11/aug-cc-pvtz
A:
直接把输入输出文件传上来
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2016.09.26 17:03:46
Q:
sob老师，看内容里面有关于计算平均键长和配位数。可是，没有这个的操作呀。
[图片]
[图片]
就是multiwfn说明书上的。
而且，操作窗口里也有。
但是，不知道具体的操作过程。
A:
操作极为简单，点进去一试便知，不值得专门写个例子。功能和原理在手册里也详细介绍了
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2016.09.26 17:45:00
Q:
[图片]我在用GV画这个分子等值线的时候忙了半天也只能画成这个样子线好稀疏，怎么增加这个等值线的数目呀
A:
建议用Multiwfn画，效果好得多，看手册4.4节的例子
另外若把结构附在图上，可参考
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
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2016.09.26 17:51:26
Q:
大家好，请问高斯跑结构优化，最后的结构，像S原子都不成键了，这是怎么回事的呢[Emoticon]
大家好，请问高斯跑结构优化，最后的结构，像S原子都不成键了，这是怎么回事的呢/流泪
[图片]
[图片]
A:
C-S键本来就比较长，gview根据几何距离判断的规则不可能什么时候都适用。你要嫌看着难受，自己连上就完了。
到底成没成键用Multiwfn一算Mayer键级自然就清楚了。
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2016.09.26 17:56:06
Q:
传说中的继续算可以解决
A:
不看收敛趋势的话，直接继续算可能解决的几率不超过1%
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2016.09.26 18:08:52
Q:
http://www.sobereva.com/221
不过这个B3LYP/6-311++G(d.p）直接的校正因子好像没有 @留※拦※劫
A:
用6-311+G**的校正因子代替
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2016.09.26 18:16:53
Q:
[图片] 请问老师或大神，这问题怎么解决？谢谢
我也不确定是什么问题，看优化曲线是收敛了，谢谢了@·━··━
好的我试试谢谢 @娃娃-首席卖萌官
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.09.26 18:30:17
Q:
[图片]请问高斯优化完以后打开log文件出现这个对话框该怎么办，谢谢
A:
你若确保你输入文件里电荷和自旋多重度没设错，就是gview的bug
Q:
老师，我输入文件里的电荷和多重度就是画好gjf以后高斯自动生成的数值，没有改过，需要重新设置么
A:
当然要看gview判断得是否合理，不合理显然要改
Q:
老师，后面两个结构也是这个电荷和多重度，只是构型发生了一点变化，后面两个结构能够正常结束，是不是就证明这个默认的电荷和多重度是正确的呢
A:
正常结束不代表正确
要凭化学直觉判断
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2016.09.26 18:34:19
Q:
高璐撤回了一条消息
请问有人遇到过同样的问题吗，这个错误是什么导致的呢
[图片]
[图片]
这是我的输入，貌似每次用oldchk的时候都会遇到同样的问题
A:
确保oldchk指定的文件确实存在。
不用.chk后缀是不好的习惯
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2016.09.26 19:03:41
Q:
请教大家一个问题：对一个分子构型优化正常结束后，在画分子轨道时，将.chk文件转换为.fch文件，并将independent改为independant,可以打开，但想画分子轨道图时，老是提示：Executing Gaussian Cubegen =>"C:\G09W\cubegen.exe" 0 mo=63 "K:\My Work\BA.fchk" "K:\Gaussian\gv-9_26_2016_11_00_24\1dlzse.cub" -2 h
Data for Alpha MO coefficients on fchk file has wrong length/type:
IsReal=T GotReal=T NReq= 91204 NGot= 90902.
Error termination via Lnk1e at Mon Sep 26 11:07:20 2016.
Cubegen Job Completed (PID = 1e9c, status = 2057)
没法画出分子轨道，请帮忙，多谢
A:
字号不要超过12
用Multiwfn看轨道就完了，都不用手动改fch，速度快得多操作方便得多
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.09.26 19:29:06
Q:
sober老师麻烦问一下multiwfn手册里面提到的charge displacement curve计算时使用的关键词是什么？绘制CDC的wfn文件是怎么生成的？麻烦sob老师解答一下非常感谢！@Sobereva
A:
手册里有例子啊，照着操作就完了。wfn文件在手册第四章一开头就说了怎么生成
字号不要超过12
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2016.09.26 22:03:27
Q:
谢谢sob老师，例子里面的输入文件格式是pdb，还有其他格式可以吗？为什么高斯的结果无法保存成pdb格式？
A:
gview能保存成pdb格式
凡是记录了分子坐标信息的输入文件都行，看手册2.5节对于支持的文件格式的说明
Q:
[图片]
我保存后出现这个
好的。谢谢sob老师，
A:
8成是保存的路径有诡异，或者保存的文件类型没正确选择
Q:
我换了不同的路径，都是这个情况。
谢谢sob老师，可以了，现在问题是
input distance cutoff in Angstrom这个值的大小如何确定？有什么参考没有，？
是不是大于这个值了，就够不成键了。那么在计算平均键长的时候就少算了？
A:
凭化学直觉
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2016.09.26 22:47:03
Q:
sob老师，这是密度差图，由于正负电荷跃迁路径不明显，如何设置图的透明度，是其路径更明显一些[图片]
A:
你就设透明呗，反复试试找个合适的值。要么用mesh风格
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2016.09.26 22:48:20
Q:
请问sob老师~仅仅为了做ESP的话，是不是没有必要加弥散，或者说与其加弥散，不如把精度提高一点效果来的好？例如：cc-pVTZ的表现会比aug-cc-pVDZ更好吗？
A:
做ESP具体指什么？
Q:
表面静电势
A:
def2-TZVP就够了
cc-pVTZ划不来，尤其是对于DFT
给氢加弥散本身就是很多余的行为
白费时间尔
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2016.09.26 22:48:29
Q:
各位老师，请教一个问题，gaussian out文件已经跑出来了，当跑wfn文件时加了各种各样的关键词仍然不收敛，这个时候可不可以把收敛线降低？比如10-4次方
A:
out=wfn和收敛有什么关系
单点能正常跑出来，wfn就能正常生成出来
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2016.09.26 22:54:15
Q:
嗯那怎么办可以用B3LYP/6-311G(d.p）的嘛？
6-311+G**的矫正因子我也没查到 @乐阳
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3805
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2016.09.26 23:04:54
Q:
各位大虾，我想用高斯柔性扫描分子的一个二面角从而得到其势能面，但是出现了103错误，该如何处理才好
有图有真相
[图片]
A:
用柔性扫描，或者自己想办法恰当定义内坐标
Q:
各位大虾，我想用高斯柔性扫描分子的一个二面角从而得到其势能面，但是出现了103错误，该如何处理才好
[图片]
A:
没具体情况一言难尽，本身还包含一定程度的程序bug。
可尝试其它方式定义被扫描的变量、尝试某些关键词等等，想办法绕过去
能截图的直接截图，或者贴出具体信息
传照片太容易刷屏
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2016.09.26 23:10:59
Q:
老师好，我是量化新手，想算一个氢正离子从远处穿过苯环中心再离开，我算出来的结果还是在苯环中心时的能量不是最大的，用b3lyp、mp2和pbe1pbe算下来趋势都是一样的，比如说氢离子距离苯环中心2埃时，逐渐靠近苯环中心，能量逐渐增大，到1埃左右时最大，然后又逐渐减小，到了中心时变得和2埃时差不多大。这个趋势是不是不对呢，哪些泛函算弱相互作用比较好呢，谢谢老师。
A:
这跟弱相互作用没关系
结果未必不对
Q:
谢谢老师，那这和什么有关系呢，我导师说的是在苯环中心的能量是最大的，两边逐渐减小，但是我算了几种都不是这个趋势。还有，氢正离子穿过苯环中心时会把正电荷转移到苯环上，自己变为氢原子吗，谢谢您
A:
他有什么证据？哪篇文献里的？
你要算个He原子穿过苯，倒是应该会在中心能量最高，但质子穿过苯环没有这种必然性，不能想当然
Q:
好的，我也不知道是哪篇文献里的，老师就说了大概是这么个趋势，我自己找还没有找到，我再找找看。看原子电荷就直接看输出文件里的charge吗，还是要加别的关键词呢，再次感谢您
A:
[图片] Sobereva 删除群动态15:21:10
取决于你算什么原子电荷，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》了解基础知识
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2016.09.26 23:10:59
Q:
A:
算一下算子电荷就知道了
算一下原子电荷就知道了
Q:
A:
[图片] Sobereva 删除群动态15:21:10
取决于你算什么原子电荷，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》了解基础知识
Q:
麻烦问下：看群里在讨论电荷，突然有个问题，对于某一个分子，我们所谈论的原子电荷或者NBO电荷，和我们说的总体带电量是不同的吧？我一直用实验测定，比如测试ZETA电位，来说明被这个分子修饰的电极，表面带正电或者负电。不知道计算算什么
A:
没有所谓的NBO电荷，看此文
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
整体带电量是所有原子电荷的加和
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2016.09.26 23:25:51
Q:
你好，请问用高斯优化采用赝式基组死在301是什么原因
A:
跟赝势基组没直接关系
Q:
噢噢，但是我改成正常6-31g的基组就正常算了
A:
看报错提示
别问l几几几出错
用6-31G算了等于白算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.09.26 23:50:07
Q:
请问，我做NEV能量不守恒，是不是跟Leap-frog算法有关的啊
A:
不光是算法的事，其它算法也一样
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2016.09.26 23:52:57
Q:
[图片]
老师，我看了群共享里的文件，想问一下APT电荷是怎么回事呢
A:
GAPT电荷的原理和性质
http://sobereva.com/208
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2016.09.27 00:47:58
Q:
[图片][图片]
我想问一下，这个TXT文件保存的位置在哪里，我怎么不知道
谢谢
A:
in current folder
不知道什么叫当前目录的话看手册第二页
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
[图片]
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2016.09.27 01:07:22
Q:
请问，用qst2的方法找过渡态，出现l9999错误，该怎么解决呢？
直接在保存吗？
怎么在保存两部分的坐标呢？
A:
QST2最后的结构如果勉强靠谱，有过渡态的特征，保存出来结构用opt(calcfc,noeigen,TS)继续找过渡态
如果都没过渡态的苗头，甭用QST2，自己猜过渡态用opt(calcfc,noeigen,TS)
Q:
STQN方法是不是没有TS的好哪
A:
“看上去很好”
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2016.09.27 01:17:16
Q:
请问一下，Multiwfn软件如何退出
A:
直接关
Q:
我已经输了一个文件，如果我再想重新输入输入一个文件，我该怎么办
A:
对于最新的3.3.9版，也可以回到主界面后选-11
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2016.09.27 01:42:37
Q:
请问一下，Multiwfn做出的红外谱图Local Maximum和minimum代表什么呢[图片]
A:
显然是曲线的极大点、极小点
Q:
嗯嗯，但是我们不怎么关注极小点，是吗？社长大人/呲牙
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.27 03:01:49
Q:
高斯优化Unrecognized potential number 6 in GetPot.出错
请问老师这个是什么问题
A:
格式不对
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2016.09.27 03:13:54
Q:
计算稀土的过渡态，哪个泛函比较靠谱
A:
B3LYP、M06、BP86
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2016.09.27 03:14:51
Q:
加色散力会影响SCF收敛吗？empiricaldispersion=gd3这个命令
我想的是不会影响但是加上了就不收敛了好奇怪
A:
当然不可能影响SCF
号称不收敛是你没弄清楚实际情况
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2016.09.27 03:20:43
Q:
[图片]这里居然不支持GAMESS格式
怎么把它转成gamess格式呢？
A:
自己写程序
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2016.09.27 03:43:18
Q:
请问NBO分析时，出现 low occupancy (<1.9990e) core orbital found on C，怎么办？
A:
贴出完整关键词
Q:
#p sp int=ultrafine cam-b3lyp/genecp scrf=(pcm,solvent=thf) geom=check
guess=read nosymm pop=nboread iop(6/76=8)
A:
什么基组？
Q:
6-311Gd
Lanl2dz
A:
不用管提示
Q:
可是，用multiwfn分析不出来
31 +37
A:
分析什么？
Q:
做NBO图
A:
作图和分析有什么关系
怎么做不出来
这和提示根本没关系
Q:
我输入31文件，然后输入37文件，Multiwfn就自动关了
A:
这俩文件发给我
高斯输入输出文件也给我
Q:
私聊给您吗？
A:
y
.31文件有问题
[图片]
NBO的bug，留的位数不够。自行把实际坐标替换到这里
Q:
好的，谢谢
A:
后面还一处一堆星号的
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2016.09.27 03:43:47
Q:
老师好，如何通过Multiwfn让fchk生成cube
A:
主功能5
手册4.5节一堆格点数据计算例子，又能看等值面，又能导出cube文件
----------------------------------------------------
2016.09.27 03:53:32
Q:
老师好，我想算氢正离子穿过苯环中心时的电荷有无转移，我想看一下NPA电荷，就直接在关键词里加上pop=nbo可以吗，谢谢您
A:
pop=NPA就够
Q:
好的，多谢
还请问老师一下，pbe1和pbe0的区别大吗，我用pbe1算出来的结果，老师让用pbe0算，但是显示输入行出错。我刚开始量化学习，不知道这个是为什么呢
A:
PBE1根本没法单独用
PBE0=PBE1PBE
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2016.09.27 04:08:23
Q:
[图片]有人上过这个课或者对这个机构了解吗
A:
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
最近还收到打着中科院计算中心旗号的招摇撞骗的培训
[图片]
Q:
[表情]话说科音的动力学培训什么时候
[Emoticon]话说科音的动力学培训什么时候
A:
预计12月
官网有预告
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2016.09.27 04:55:42
Q:
6-311g**和6-311g*计算出来的精度有区别吗？恳请各位老师赐教
A:
明显牵扯到氢的计算，诸如氢转移，前者才会有改进
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2016.09.27 05:25:04
Q:
[图片]
[图片]
老师我从第一个输入文件改为第二个输入文件 nbo就无法正常进行，但其实七号原子的基组是一样的......
A:
后者直接写Bq，甭写H-Bq再试
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2016.09.27 06:34:17
Q:
head-gordon 是开发GAMESS那个？
A:
Mark Gordon才是
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2016.09.27 06:34:17
Q:
[图片]如果要去掉h角动量以上部分，是不是应该改为[图片]还是[图片]
简而言之，要不要把g角动量的影响改为0
A:
前一种改法
Q:
那这样改不是g角动量部分也没有了？
A:
y
Q:
那能不能保留g角动量部分，但是又把h部分删掉？
A:
不能
Q:
h部分明明实质上没什么作用，为什么一定要把它写进去呢？很疑惑
A:
规矩
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2016.09.27 07:26:06
Q:
sob老师，我计算一个稍大分子的芳香性，用ICSS，但是multiwfn输出的文件g09算不了，我也看了老师的博客，照样子改了，但是不行。是我缺少什么步骤吗？
A:
看具体提示
博文里的改法对D.01应当没问题
Q:
Bq原子数改成5000，但还是输出8000
A:
NICSnptlim改完后重启multiwfn没有？
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2016.09.27 07:30:59
Q:
请问一下，我算荧光光谱，加了溶剂，按照手册第一步计算，怎么在502出错了，请各位老师指导一下，谢谢
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.09.27 16:13:01
Q:
自然键轨道布局分析怎么得到Fukui指数？谢谢大家
A:
简缩福井函数的计算看Multiwfn手册4.7.3节的例子。福井函数的绘制看手册4.5.4节的例子。根本就不存在“自然键轨道布局分析”这个词。
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2016.09.27 16:22:48
Q:
老师们打扰了，高斯09计算时出现这个错误怎么解决啊[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.09.27 16:57:08
Q:
请教下大家：在genmer使用的时候，genmer.ini有个地方需要填写要生成团簇构型的数目，这个地方如何填呐？这个地方的填写有什么规律没有？谢谢了
A:
up to you，想多生成点就填多点。一般不可能产生的每个构型都满意，所以可以填大点，只取最终满意的那一些。另外，想构型搜索完整一些，找到尽可能多的极小点构型，对越大、越柔的体系也应该填大。
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2016.09.27 17:33:49
Q:
老师，您好，我用B3LYP/6-311G计算了一个化合物分子，对它进行了一系列结构优化，发现含有分子内氢键的结构是能量相对最低的，进一步用含分子内氢键的这个结构进行了频率分析，并与实验结果相比较，计算值的-OH的特征振动峰（2724cm‑1）与实验值（3440）相差很大，请问这是什么原因呢？
这是我的结构
输出的结果收敛完成
这是输出结果
没有，这就是形成的氢键
换用大的基组如def2tzvp计算时，O和H 之间又有单键连接
谢谢你
是的，3500-3300之间是有NH的振动峰在，但是我计算的就够中并没有NH键，而且OH的振动峰应该是在3400-3600之间才对，不可能出现在小于3000cm-1的位置
[图片] 无懈可击分享文件 10:38:34
"LX-TICT-b3lyp-6-311g-opt-freq-1.log" 下载
[图片] 无懈可击分享文件 09:36:18
"LX-1.gjf" 下载
A:
基组太恶心，不加极化结果无意义。仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
要考虑频率校正因子
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
不要管gv怎么判断成键，只是根据原子间距离判断的，显然gview不可能有人那样的化学直觉
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2016.09.27 17:37:46
Q:
老师，您指导MD方面比较大众化的软件么，之前一直做gaussian，现在想学一下MD@卖萌君
A:
越快、越强大、越灵活的程序用起来就越不简单。然而用起来简单的程序其实又不流行。
简单傻瓜就能跑MD的就是ChemBio3D、hyperchem之流，但没人实际用他们搞MD研究。
再强一点的是MS的forcite，有图形界面，功能速度一般，用起来比基于纯文本的程序容易，但要钱。
要直接正经搞搞像样的MD，还得学学gromacs、amber、tinker、lammps这些主流的。
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2016.09.27 19:41:25
Q:
sober老师麻烦问一下multiwfn可以给出前线轨道的跃迁成分比重吗？@Sobereva
A:
问得有问题。不知道你到底要获得什么，是轨道成份，还是某一对轨道跃迁对电子激发的贡献。
Q:
sober老师我想获得每个激发波长下的前线轨道的跃迁成份用multiwfn可以给出吗？@Sobereva
A:
Sobereva(190258442) 13:13:32
问得有问题。不知道你到底要获得什么，是轨道成份，还是某一对轨道跃迁对电子激发的贡献。
Q:
是某一对轨道跃迁对电子激发的贡献@Sobereva
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2016.09.27 21:26:17
Q:
咨询一个gromacs的问题。我想构建一个团簇分子，然后，我构建了一个盒子。这个盒子构建的时候用到了什么立场了吗？还是说一些其他的参数？
然后优化了这个盒子，这里用到力场了吗？还是什么参数？
谢谢指点。
A:
构建盒子属于建模，这跟力场无关。
优化的时候牵扯到原子间势函数，这必然用到力场参数
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2016.09.27 21:28:05
Q:
[图片]
请问这种perspective是什么类型的文章
看了一下文章，感觉提了个大概的idea 但是没有具体去做…
A:
阐述观点
PCCP上也经常有
Q:
有点综述的感觉
展望未来？
A:
恩
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2016.09.27 21:30:23
Q:
偶，sob老师，gromacs培训班12月吗？
A:
预计是
Q:
欸上/中/下旬有计划吗正好那一阵打算回国
A:
还没确切计划
上旬可能性大
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2016.09.27 21:31:22
Q:
恩，谢谢sob老师。主要是，我就是傻瓜操作似得，然后优化了，也不知道用的啥力场。从哪看呢？谢谢老师
A:
程序里肯定能看到相关信息的
诸如chem3D是MMFF94或MM2
forcite是COMPASS等
大不了看help
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2016.09.27 23:17:24
Q:
老师我怎么用multiwfn 做Raman\uv-vis图总闪退
A:
输入文件有误，或操作有误
Q:
嗯我改改看
A:
先把自带的例子做一遍
Q:
例子可以做
A:
那就是你输入文件问题
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2016.09.27 23:20:03
Q:
请问群里有详细分析CDC曲线的文章吗？
A:
这是用Multiwfn绘制电荷转移曲线的几篇文章
doi:10.1088/1367-2630/18/2/023029
DOI 10.1007/s00894-015-2745-7
DOI: 10.1002/jcc.23577
----------------------------------------------------
2016.09.27 23:21:03
Q:
请问Sob 老师， MP2 的freq计算能restart吗？最近算的几个体系，一到最后频率计算的时候，作业就自动断了，说超过内存了。谢谢Sob 老师~
A:
能。
但没特殊情况甭用MP2做freq，很耗资源，结果比DFT还没任何好处
Q:
确实特别耗时，但是优化就是在MP2下作的，freq也只能采用MP2了否则都判断不出来结构是否有虚频。那请问老师，如何restart呢~~ 嘿嘿
A:
[图片]
因硬盘空间不够而中断，restart之后还是得必然报错
Q:
再请问下老师， MP2 的频率计算采用的是第一种解析频率计算对吗？谢谢老师
A:
是
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2016.09.27 23:21:58
Q:
基态情况下单线态是稳定的，三线态不稳定，有没有可能性是，先从基态的单线态变成基态的三线态然后再激发变成激发态的3线态???
@Sobereva
老师有这种可能吗
A:
基态是单重态，则三重态必然是激发态，哪来的“基态的三重态”
Q:
我现在遇到的问题是这样的一个物质在基态下不反应，在激发态的时候才能反应我想知道这个东西激发需要多少能量
那应该如何来算？
A:
[图片]
Q:
这个激发态我应该用3重态还是单重态呢
@Sobereva
而且一般光致发磷光的过程是先通过单重态-单重态激发形成高能激发态，内转换再系间穿越形成三重态
A:
都不清楚你想算什么
Q:
我是想知道需要多少能量的光可以把这个分子激发
A:
算激发能啊
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
自旋禁阻激发是什么意思呀/晕
S0 to T1之类的
早就有报道了
我就是想知道一个分子在光照的情况下激发需要多少能量这个计算的话都需要算什么？
这些基本概念直接看书就好，光是问问题，一点基础也没有，只会越来越晕@Doraemon
自旋禁阻激发产生的磷光的斯脱克位移会比较小
就是说问了一个很泛的问题，没搞懂的话算出的能量也未必能用
求推荐一本简单易懂的书可以吗/流泪
A:
先把仪器分析书里UV-Vis部分看看
Q:
天呐因为我的东西很着急所以。。。。请大家指教
找人帮你算吧……
你一看书就明白了，你问的问题书上都有
仪器分析的书上
你不看书越问越乱，真的
好的谢谢但是通过计算呢如何来算？
A:
博文里已经写得超级详细了
给了资料又不看
Q:
[图片]@Doraemon
看了啊都看好几遍了
A:
那还问！？？
例子都有
Q:
没弄明白呀
A:
那你没救了
Q:
God bless you.
[表情]sob写的太不基础了,sob应该写500页
写得多……大部分人更没耐心看了……
A:
然
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2016.09.27 23:30:25
Q:
老师用Gauss View做表面静电势分布时出现这种错误是什么情况呀？谢谢[图片]
A:
检查等值面数值设定是否合理
Q:
老师我也用Multiwfn结合VMD做了试试，但分子太大了跑不动，有没有什么方法比较适合大分子的？谢谢
A:
怎么做不动？
电子密度格点数据肯定算得动，静电势借用cubegen来算就完了，6-31G*基组的话肯定算得动，看Multiwfn手册4.12.7节
Q:
[图片]超级慢的老师，昨天晚上算了一夜才12%,
A:
所以说，让你借用cubegen啊
----------------------------------------------------
2016.09.27 23:45:17
Q:
我想研究俩个分子如何相互作用想计算两个分子的电荷分布用NBO 分析可以吗
A:
虽然可以
但是NPA电荷对静电势重现性很差，并不适合用来描述静电相互作用
用ADCH、CHELPG等对静电势重现性好的合适得多
看群共享里《原子电荷计算方法的对比里面对静电势》重现性的测试
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》里面对静电势重现性的测试
看原子电荷
Q:
[图片]
A:
你不就考虑电荷分布么，算原子电荷就完了，画什么图
Q:
老师，我直接用高斯09 里面的计算得到的NBO的轨道信息可以直接写在文章里吗，组里面没有买NBO 6.0的程序
A:
可
----------------------------------------------------
2016.09.27 23:49:53
Q:
[图片]为什么这个垂直吸收的有个负的能量？？？
A:
SCF没收敛到真正基态波函数
Q:
就是说基态的结构需要重新优化是吗？
A:
不是
Q:
SCF没收敛到真正基态波函数
看结果我的结构收敛了也没有虚频 @Sobereva
A:
不是结构的事
8成是你自旋多重度设的不是基态实际的
诸如当前结构下基态是单重态，你却设了3
Q:
老师我的问题呢是要重新优化基态的结构吗/疑问
A:
跟结构无关，是波函数的事
Q:
那我应该如何得到scf收敛的波函数呢？
A:
...
都开始做TDDFT计算了，显然SCF已经收敛了，否则已经报错了
Q:
是的我的表达有误请老师原谅那您说SCF没收敛到真正基态波函数我应该如何得到真正的基态波函数呢
好的我试试谢谢各位好心人
我不是想速成是别人让我帮忙算而且催的很着急我也是没有办法呀请各位担待谢谢大家
A:
[图片]
不擅长的事尽量别接
Q:
我也直接做激发态，我不仅做计算，我还写程序。我也被催的很急
A:
[图片]
Q:
我还要写TDDFT的程序
更苦逼的是，我一大半时间还要上课。。。
A:
那可以试试
----------------------------------------------------
2016.09.27 23:52:08
Q:
请问SAPT能量分解中[图片]想要看某种能量占总能量的多少，比如静电能，是静电能的绝对值除以分解的四个能量的绝对值之和么？
A:
是。
Q:
老师再请问您一下关于SAPT的问题，我要算离子液体与气体相互作用的能量分解的话，把离子液体当作一个整体把气体当作另外一个整体么？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.27 23:58:13
Q:
sob老师，gromacs培训班如果放在学期末是不是更好，这样大家更有时间
A:
学期末大家还考试呢
考完试大家又春节回家了
----------------------------------------------------
2016.09.28 00:01:58
Q:
请教老师们：sob老师的Multiwfn程序生成了密度差二维图。再做密度差积分时，能否准确标注出积分的区域？[图片]
A:
密度差积分怎么做的？
Q:
就是用multiwfn做的
A:
具体指哪个功能，怎么操作的
Q:
生成密度差图后，在做Basin分析，记下需要积分区域的吸引子数值，再积分
A:
你得自己ps一下。显示出来吸引子对应的盆，旋转到和你平面图相同的视角，保存图片，然后在ps里把两张图叠加，调一下透明度来重合，抹掉多余区域
----------------------------------------------------
2016.09.28 00:04:54
Q:
请教老师一个问题，我在windows下用gview打开100M以上的log文件，打不开。把内存从4G增加到8G，会不会解决这个问题？
A:
如果你之前载入时硬盘并未大量读写（没利用虚拟内存），即便增加4G也没用
----------------------------------------------------
2016.09.28 00:11:37
Q:
咨询一下，gromacs中的NVP是什么意思？如何查看是不是采用了NVP呢？谢谢指点
A:
不可能有NVP这东西
Q:
偶，那这是个啥呢？谢谢老师。
偶？这个不太懂，嘿嘿，从哪里看这个NVT或者NPT呢？谢谢指点。
有
[图片]
谢谢指点，对gromacs不太懂，后面会加强学习，谢谢各位老师的指点。
谢谢，我这就查一查，
自己学gromacs没太有头绪，就是从网上看帖子，然后下载了一个中文手册
A:
手册还是看英文的吧
要不然程序输出里和文献里很多词都没法深刻理解
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