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标题: 请教MS DMol3模块优化水分子吸附模型后，水分子自动解离怎么办 [打印本页]

作者
Author: ZZHHLLLL 时间: 2025-3-15 20:35
标题: 请教MS DMol3模块优化水分子吸附模型后，水分子自动解离怎么办
如题，将水分子吸附在表面上进行结构优化后，水分子自动解离为O H H，导致没有未解离的模型进行匹配，进而无法进行过渡态搜索。
还有类似的表面吸附水分子后虽然未解离，但是手动将其分开后进行优化，分开的原子又自动结合成水分子，同样导致过渡态搜索无法进行，请问应该怎么解决呢？

作者
Author: aaq2800 时间: 2025-3-16 09:01
水分子是不是放的太近了？

作者
Author: ZZHHLLLL 时间: 2025-3-16 10:02

aaq2800 发表于 2025-3-16 09:01
水分子是不是放的太近了？

谢谢您的帮助，水分子的O距离金属原子大约2.2埃米，是应该调远一点吗？

作者
Author: jifeng131381 时间: 2025-3-16 12:15
氢离子是不是水合氢离子

作者
Author: ZZHHLLLL 时间: 2025-3-16 15:00

jifeng131381 发表于 2025-3-16 12:15
氢离子是不是水合氢离子

谢谢大佬，不过我不太明白：怎么看是不是水合氢离子呢？我在建模时就是正常添加了一个O原子和2个H原子

作者
Author: jifeng131381 时间: 2025-3-16 21:56

ZZHHLLLL 发表于 2025-3-16 15:00
谢谢大佬，不过我不太明白：怎么看是不是水合氢离子呢？我在建模时就是正常添加了一个O原子和2个H原子

会不会在空洞上方是羟基,下方是氢离子,然后向空洞中心移动,然后合成水?

作者
Author: ZZHHLLLL 时间: 2025-3-16 22:06

jifeng131381 发表于 2025-3-16 21:56
会不会在空洞上方是羟基,下方是氢离子,然后向空洞中心移动,然后合成水?

谢谢，我不太能确定是不是这样，但是正常来说应该是可以正常建立水分子分解前后的模型并将其正常优化的，因为这是过渡态搜索的常规手段，而不是像我这样要么只能优化出分解的，要么只能优化出合成为水分子的。

作者
Author: aaq2800 时间: 2025-3-17 08:03

ZZHHLLLL 发表于 2025-3-16 10:02
谢谢您的帮助，水分子的O距离金属原子大约2.2埃米，是应该调远一点吗？

2A感觉有些近，太近的话，直接成键了，不是吸附了，试试3.5A以上

作者
Author: ZZHHLLLL 时间: 2025-3-17 14:02

aaq2800 发表于 2025-3-17 08:03
2A感觉有些近，太近的话，直接成键了，不是吸附了，试试3.5A以上

好的好的，谢谢

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