公社群聊Q&A整理：2015.06.25 20 ~ 2015.06.29 01 Mark - 计算化学公社

2015.06.25 19:02:36
Q:
[图片]
A:
顺带一提，今天早上问的不收敛怎么解决、热力学量应该用哪个、电荷怎么显示、MO和NBO的差别、高斯能不能做那种表面活性剂的图、counterpoise怎么用等等，都是基础知识不够所致，这些内容都属于科音8月份基础量子化学培训班里讲授的内容，参加此培训班，系统地学一遍基本理论知识和程序使用，一般性研究中99%要问的问题都迎刃而解。
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2015.06.25 19:14:54
Q:
强烈建议群众在上海或者武汉开培训班
A:
一年内估计不会这么做
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2015.06.25 19:52:45
Q:
http://activity.renren.com/outshare/blog/227627623/932317693?from=timeline&isappinstalled=0
A:
请勿只发链接，却没有任何语言描述其内容
否则以发病毒链接处理
群规里写得很清楚
[图片]
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2015.06.25 20:12:16
Q:
cc-pVDZ基组和6-31G（d）那个精度高呢？
A:
前者
Q:
计算消耗的时间是否也差不多
A:
差老远
你一测就知道
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2015.06.25 22:17:14
Q:
一个化学变化是否有过渡态是看是否有旧键断裂和新键生成. 那么对于亲核试剂向羰基化合物的加成，比如迈克尔加成，是不是也没有过渡态呢？似乎只有新键生成没有旧键断裂. 还有一问题就是对于溶液下碳正离子向烯烃加成有过渡态吗？
A:
你对是否有过渡态的判断的说法太局限化了
更准确来说是是否同时有让能量升高和让能量降低的因素
第一个有，第二个似乎没有
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2015.06.25 22:36:34
Q:
求教：图示轨道是CH4分子C-H的sigma反键轨道吗？[图片]
A:
是
Q:
另外一问：[图片]这种图中，形成中间的反键和成键轨道的两端的原子轨道的相对能量是如何判断的呢？
A:
做原子体系计算，得到原子轨道能量
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2015.06.25 22:45:30
Q:
gview画的ECD图[图片]，用mutilwfn产生数据然后用orgin画的图[图片]，少了两个比较强的向下的两条线。要怎么做呢？
A:
在multiwfn里用选项-1把所有跃迁的能量和转子强度都输出出来，和gview里显示的进行对比，看是否一致
Q:
用multiwfn直接输出的曲线和直线是和gview一致的。但导出数据后就少了两条向下的比较强的线
A:
输出文件发给我
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2015.06.25 22:48:39
Q:
老师：您好！我按照您说的去掉了弥散基组，并且在高斯View中成调整C3v构型。进行优化，结果在最初的第一步能识别为C3v构型：[图片]，但是优化结束后就又变成了Cs:[图片][图片].能量的变化趋势：[图片]。发现该体系的C3v构型的能量比Cs的能量还要高。老师：请问我该怎么办呢？
A:
再换几种泛函，另外也尝试MP2，如果都是那样，说明实际对称性就是Cs
Q:
恩，好的。我用的b3lyp 和bp
算出来都是Cs.这样可靠吗？
A:
试MP2
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2015.06.25 23:11:28
Q:
大神，算td做紫外可见吸收光谱时，需要计算单重态还是单重态和三重态都要计算，如果基态是三重态，计算它的激发态时怎么设置？如果算荧光光谱，siglets和triplets怎么设置，以及输入文件的电荷和多重度怎么设置，麻烦了，谢谢[Emoticon]
A:
这种需要系统去讲的内容真没法在群里回答
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2015.06.25 23:23:25
Q:
老师：您好！我们有些时候为了解决收敛问题，而加入一些关键字，请问一下，有哪些关键词的加入对于得出的能量有影响呢/
?
A:
调整几何结构、改变积分格点设定会对能量有影响
Q:
老师：您看这个里面的关键词对能量的影响大吗？[图片]
A:
若和其它能量比较，其它能量计算的时候也得加int=ultrafine
Q:
恩[Emoticon]，加上int=ultrafine，是增加积分格点，所得到的能量是变得更加精确还是？粗糙呢？
A:
当然是更精确。建议参考此贴
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
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2015.06.25 23:46:57
Q:
大神，基态是单重态，算td，设置root=1和siglets，是不是算的第一激发态，即S1？
A:
S1、S2、S3都算出来了
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2015.06.25 23:48:36
Q:
gfinput和gfprint的区别是什么？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
输出格式不一样
Q:
老师它两可以一起用吗？　有没有冲突？[Emoticon]
A:
just try
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2015.06.25 23:51:16
Q:
用SMD算溶剂下单点能，自由能应该用哪个?
[图片]
请教：用SMD算溶剂下单点能，自由能应该用哪个?下面是输出的文件
[图片]
高人帮帮忙，指导一下吧
老师，求指导
A:
没时间
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2015.06.25 23:55:14
Q:
当能量发生震荡时，我们可以加上gdiis解决，但是高斯的输出文件中，总是发出警示，让我们慎用，对于这个我们应该怎样看待呢？[图片]
A:
无视
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2015.06.26 00:00:33
Q:
导出的cub文件和cube有什么区别，好像pymol只能打开cube
A:
一样
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2015.06.26 00:04:15
Q:
Sob老师，看了你的博文，http://sobereva.com/221
[图片]
所以，如果有ZPE，焓和熵的校正因子factor1，factor2和factor3
将最初没加scale关键词的chk文件，分别做三次freqchk
第一次，用factor1，得到A1, B1, C1, D1。A1就是在ZPE校正因子下得到ZPE
第二次，用factor2，得到A2, B2, C2, D2 。deltaH=C2-A2
第三次，用factor3，得到A3, B3, C3, D3 。 -T*S=D3-C3
G=E+ZPE+ΔH-T*S=E+A1+C2-A2+D3-C3
H(0)=E+A1
H=E+A1+C2-A2
对于M06-2X，factor2和factor3都比较接近于1.0，所以G可以这么算，G=E+D1, H(0)=E+A1, H=E+C2
sob老师，
KiSThelP程序算反应速率常数的时候，如果采用了低级方优化结构和频率，高级方法算单点，也有有ZPE，焓和熵的校正因子factor1，factor2和factor3，怎么在KiSThelP里使用呢？
单点能可以在.kinp里修改，factor1可以在ui里设定，factor2和factor3怎么处理呢？
[图片]
A:
貌似没辙
Q:
多谢sob老师
sob老师，
G=E+ZPE+ΔH-T*S=E+A1+C2-A2+D3-C3
G是这么求得，对吗
A:
E+A1+C2-A2+D3-C3什么鬼？
Q:
[图片]
[图片]
重点是，我的问题呀
居然尴尬的冷场了吗
[图片]
[图片]@一声叹息
还是不要频繁问同一问题了
可我就这一个问题，群友给个回答也是非常感谢呀
A:
现在忙着准备8月份量化培训班和波函数分析培训班的事，实在没那么多时间在群里一一回复每个人的问题，尤其是那些比较花时间的、需要仔细读的。
我只能确保参加培训班的学员提的问题都一一回复（若没接到回复允许直接QQ私聊），其它人的问题只能是在有空的时候才能进行解答。
尤其是那些会在培训班中详细讲（诸如前面问的SMD模型的输出、热力学数据的计算那些），而打字又需要打上百字才能完全回复清楚的问题，基本就没法进行回答了。
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2015.06.26 00:06:51
Q:
老师如果我在优化的时候使用了opt=tight int=ultrafine 那在计算其他相关性质的时候把 int=ultrafine 加上就可以对吗？
A:
对
字体小一些
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2015.06.26 00:44:56
Q:
您知道谁是参加培训班的学员？
A:
QQ号都登记了，若群里问没收到回复也可以私聊
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2015.06.26 01:00:02
Q:
谁可以推荐一本关于MCSCF，MRCI原理的中文书啊
我想看中文
A:
这种程度的知识不可能有像样的中文书，看了也只会被误导
中文书不能看！
Q:
博士论文之类的东西呢
A:
更别看，东抄西抄，自己都不知道对不对
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2015.06.26 01:08:07
Q:
问个简单问题：[图片]，这两个记住有什么区别？
A:
(P)对轻原子没有p极化函数
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2015.06.26 01:10:24
Q:
如果做MRCI，选择活性轨道的时候和用CASSCF或CASPT2应该是一样的吧
A:
主要区别就是过渡金属和氢，带极化
恩
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2015.06.26 01:34:35
Q:
如何用软件计算判断一个化学反应能否自发进行呢
有没有相关的文献啊
A:
计算delta_G
Q:
吉布斯自由能变？
A:
[图片]
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2015.06.26 02:22:47
Q:
老师，拜读了您的解决SCF不收敛的文章后，其中有一个是SCF=noincfock。请问该关键词是什么意思？比如：比如使用int=ultrafine关键词使用比Gaussian09默认的fine更精细的格点。那么使用noincfock又会怎样了？
A:
[图片]
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2015.06.26 02:24:26
Q:
乘这会大家都吃饭闲点跟大家问个问题体育专业高考考生上个体育学校校好还是综合性大学好考生是男生体育不是很优秀成绩擦边上的希望大家给些宝贵的意见
大神是怎么想的建议一下谢谢
A:
综合
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2015.06.26 16:48:04
Q:
请问如何从IRC图中输出基团的自然电荷布居曲线图？
A:
hand 自己写脚本处理
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2015.06.26 16:49:13
Q:
连续4步能量无任何变化下面的RMS有波动如图[图片]第二和第四步的RMS值相同。请问是不是出现什么问题了？
对于CH...C，spike略大于0.01，两个C略带负电荷（用ADCH计算的电荷分布）的情况，可否解释为微弱的H键？
A:
不能
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2015.06.26 16:55:14
Q:
我用b3lyp算吸收光谱最大吸收波长是524nm 离实验值530nm 相差6nm 看了老师的hf成分表 hf成份是20% 有没有推荐的泛函？[Emoticon]
A:
已经算的很准了
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2015.06.26 17:16:18
Q:
请教各位，只做一个团簇中的一部分的RDG图该如何操作呢？例如下图中只做两个硫酸之间的RDG图
[图片]
A:
此贴有讨论
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2015.06.26 17:25:59
Q:
各位老师，closed-shell interactions中文怎么说？
A:
闭壳层相互作用
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2015.06.26 18:18:04
Q:
[图片]请问大家一个问题在计算TD是一般在第一个态的下面会有一个总能量这个能量是指什么能量呢
A:
基态能量和激发能的加和，即这个激发态的能量
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2015.06.26 18:18:49
Q:
请问 (14s13p10d8f6g)/[6s6p5d4f3g] atomic natural orbital (ANO) Gaussian valence basis sets were derived for the whole actinide
series ，这个中的(14s13p10d8f6g)/[6s6p5d4f3g]在哪可以查到
A:
EMSL上拷ANO的定义
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2015.06.26 18:24:54
Q:
请教一下：如果我们用高斯计算正常态的分子，出现虚频的，要怎么处理呢？[图片][图片]
上图是gjf输入文件截图。新手，不懂，请赐教一下[Emoticon]
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2015.06.26 21:04:03
Q:
各位，谁的群多，请帮忙发一个信息：中国人民解放军301医院从即日起到2015年12月15日免费给0-14岁患先天性心脏病的农村孩子做手术，咨询电话：010-66875537。举手之劳，爱心传递，功德无量。
这是一个基金救助项目。
A:
不要发这类信息，黄牌警告一次
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2015.06.26 23:10:43
Q:
[图片]请问下，这个使用GV绘制的密度差图和Multiwfn绘制的密度差图是一个意思么
A:
你这个密度差图看起来明显不对
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2015.06.27 00:21:11
Q:
一个单重态的双自由基结构,在计算的时候,多重度写1吗?
请教一下各位大神们
A:
看此贴
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2015.06.27 00:42:47
Q:
弱弱的问一句，怎么往上翻页？
[图片]
A:
看手册5.5节
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2015.06.27 00:44:51
Q:
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/cc/c5cc01427a
求篇文献 Chemical Communications
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0360056402470083 求一篇文献，先谢过各位老师和同学。[Emoticon]
木有权限
已经收到了。在另一个群收到的，谢谢各位的关注
A:
求文献再这么猖獗，本群就彻底禁止求文献了
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2015.06.27 00:50:50
Q:
老师，昨晚我的问题有看到吗？能否有解决意见？谢谢。
请教两个Jmol的问题。
1、见下图，用Jmol画的边界盒得到的长度单位是什么？
2、我实际用蒙特卡洛法算的体积，我需要蒙特卡洛里提到的box的棱长，但是这个边界盒并不是切范德华面的，请问如何才可以得到蒙法里box的各棱长？
[图片]
不好意思，问题一已经找到答案，边界盒棱长单位是埃
A:
Multiwfn直接就能通过蒙特卡罗方法算体积
谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
自行设个足够大的盒子，明显超过分子范德华表面区域就够了
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2015.06.27 00:53:26
Q:
sob老师，这是用vmd做的 BCPs图，这index 1 和index2 代表的什么作用？都是两个氢之间[图片]
A:
没有什么特别的作用，硬要说也只能选是范德华作用
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2015.06.27 01:03:25
Q:
请问个问题，我在做一个优化的时候，没到默认的128cycles 就收敛了（已经达到标准），但它为什么还要重新再从cycle one 开始再算一遍，并且这一遍结果不收敛
[图片]
后面继续开始算如图 [图片]
A:
列出关键词
Q:
[图片]
A:
这种关键词毫无意义，一定不要写
每次优化显然都需要做SCF计算，这是基础知识问题
Q:
因为有金属基组复杂了算不出来
A:
用这种基组，结果无疑义
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2015.06.27 01:12:02
Q:
有谁比较过ms8在linux和win下的速度？
linux永远比windows 高效，这个不需要比
A:
很多程序，只要以相同方式编译，两个平台下运行速度基本没什么差异
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2015.06.27 01:15:37
Q:
哦，我原来用过maxcyc=1000,也没有意义，是吗
A:
结果无意义
对SCF或者OPT写maxcyc=几百甚至上千，永远都是菜鸟最爱干的事
我总是在科音培训班、群里、论坛里、博文里不留余力地抵制maxcyc=几百的做法
混合基组也是在培训班里要讲的内容
[图片]
Q:
sob老师可以说下混合机组的输入方法吗
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.06.27 01:34:36
Q:
各位老师：计算弱相互作用mp2/aug-cc-pvtz和mp2/aug-cc-pvDz的不一致，但是mp2/aug-cc-pvDz和mp2/aug-cc-pvQz计算结果一致。
A:
不可能一致，肯定搞错了
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2015.06.27 01:35:44
Q:
老师， NWChem这个软件比高斯好很多吗？
显然高斯更好
nwchem处理大体系更好
A:
当然不是。各有优劣，对于一般应用，比Gaussian差的地方远多于其比Gaussian强的地方
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2015.06.27 01:37:55
Q:
如果是用QM-MM处理生物大分子呢
谁有win版本的高斯吗？
A:
[图片]
[图片]
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2015.06.27 01:40:26
A:
计算化学公社有
Q:
体系144个原子，Na+,Cl_各一个，基组：对所有原子用TZVP，包含赝势的那种混合基组，请问哪种更好
请问TZVP和TZ2P有什么区别
A:
不要用TZ2P这样非主流基组
没有好不好之分，看你计算能力和计算的元素组成
Q:
是不是TZVP需要计算能力强
我看算得很慢
A:
这是相对问题。用什么混合基组不说清楚的话不可能这么去说
诸如SDD+cc-pVTZ显然比都用TZVP耗时得多
Q:
对钠氯lanl2dz,其余6-31+g(d)
nwchem的学习资料太少了，想学都无从学起。
A:
此时用llanl2dz毫无意义，而且很不推荐
Q:
都用6-31+g(d)或TZV是不是省时间？
A:
不是
Q:
说有win版本的高斯？
那是怎样的啊，sob老师[图片]
公社邮箱没找到
[图片]
A:
计算化学公社不是公社邮箱
这些基组、赝势的基本知识问题要讲清楚需要打太多字，没时间
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2015.06.27 02:02:25
Q:
您用过amber里的NEB方法吗？有人说它还不如高斯里的SCAN。
A:
不是一类的任务
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2015.06.27 03:27:54
Q:
Sob老师，请问一下，Multiwfn可以做这个色坐标的图么
[图片]
A:
不能
Q:
嗯好的谢谢老师
老师有计划加入这个功能嘛~~~
A:
并没什么意义
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2015.06.27 04:49:54
Q:
用乙酸乙酯作为溶剂，输入文件命令行为：#p B3LYP/6-31G(D) freq 5D SCRF(Solvent=Generic,PCM,Read). 分子结构说明后边空行给出了如下信息：solventname=ethylacetate换行到下一行eps=6.02. 就是这么个输入文件，但是结果计算出错，出错信息为：NEqPCM： Using equilibrium solvation (IEInf=0, Eps= 6.0200, EpsInf= 0.0000)下一行EpsInf not defined for this solvent. Error termination via Lnkle in /home/lrb/G09/L1002.exe at Fri Jun 26 16:38:27 2015.
A:
[图片]
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2015.06.27 04:58:10
Q:
SOB：难道定义GAUSSIAN未给出的溶剂，只需要EPS一个参数吗？我记得以前是好几个啊！
A:
对于G09默认的溶剂半径定义，其它那些东西根本不影响结果
Q:
[图片]--这句没看懂
A:
除非要考虑到非平衡溶剂，否则平时涉及不到需要read额外设定的时候
Q:
这些模型都是基于连续介电进行的，所以EPS最关键，至于其它的，没啥影响。是这个意思吧？
A:
诸如溶剂半径设置会影响溶质空腔从而影响结果，但g09默认的溶剂空腔设定不受其影响，所以无需定义诸如这些乱七八糟的。
基态计算只需要定义eps
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2015.06.27 06:20:33
Q:
请问epr=prop可以得到什么？
A:
是prop=epr。见手册prop关键词
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2015.06.27 06:32:34
Q:
IRC做动画，前后各20个点够不够
A:
看实际情况，不同问题IRC路径长度不同。做出来自己觉得够了就够了
Q:
老师 irc的maxpoints是不是越多越好比如说maxpoints=256就ok了我设置500 可以吗？
A:
maxpoints设多了对结果没坏处，走到极小点就自动停了
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2015.06.27 11:59:02
Q:
求问全新的酶促反应机理的文章能投什么样的杂志
chem comm能行吗那个好像接受快
A:
看看有没有类似的吧，cc对文章长度要求严，全长文章还是考虑别的
庆祝Multiwfn原文成为JCC 2014年引用次数第一名
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1350
Q:
期待sob老师发nature
A:
没意义
我看重的是有重要价值的文章，而不是发在高IF上的文章
Q:
这个不一样吗
A:
Sobereva(190258442) 3:39:20
你看NS有理论文章水准超过Mulliken在JCP上发的MO理论的经典三篇？有文章水准超过JCP前些年发的DFT-D3？
Q:
我觉得很多人不用，因为不知道它的存在。如果nature的话 multiwfn就家喻户晓了。哈哈
A:
发到N上反倒觉得恶心
迄今没有一篇对量子化学有重要意义的文章是发在NS上的
Q:
N貌似对纯理论的东西不是很感冒
A:
为数不多的发在nature chem上的一些量化文章也大多都是一些知名人物在炒冷饭
崇拜IF的大多都是年轻人和好大喜功者
Q:
我希望我的文章，既有高水平也有高IF
A:
年轻人要树立正确的科研价值观
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2015.06.27 17:24:09
Q:
大家谁有好看漂亮的量化的图片适合用来做电脑桌面的？[Emoticon]
看群头像。哈哈
A:
[图片]
这是只保留MO7和MO14的苯在B3LYP/6-31G*下的ELF图
Q:
sob 老师那张图有没有高清的？
我也想用那张图做个桌面什么的，如果图有几个Mb就好了
A:
做了张高清大图，传群共享了
用Multiwfn做起来极容易
做成LOL图显得猥琐多了
[图片]
Q:
这图更丑，刚才那个更好看
谢谢啦，什么叫LOL图？
A:
对啊，明显不如ELF好看
见
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
PS：8月份培训班这些会详细讲
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2015.06.27 17:46:12
Q:
各位老师，我想请教一下。如果我用高斯计算分子间的相互作用，选用什么方法基组比较好呀？
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2015.06.27 17:48:52
Q:
sob老师，最近有没有有关计算分子间相互作用的培训？
A:
分子间相互作用的计算方法在8月份的科音基础量子化学培训班会详细讲。
分子间相互作用的分析会在8月份的第二届波函数分析暨Multiwfn培训班中深入讲解和演示
所有大家一般感兴趣的内容都囊括在这两个培训中了
Q:
嗯，具体的培训时间出来没？
A:
早就出来了，见www.keinsci.com首页的公告
这两部分培训上过之后，随便抓两把分子一算一分析就是篇SCI。（当然，反对灌水）
说来，二聚体benchmark完了，现在hobza等人又benchmark三聚体了，前两天刚看见一篇
DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00281
里面涉及的MP2.5、SCS-CCSD、DFT-D3三体项等，4月培训时没来及讲，8月份的时候也会一起讲
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2015.06.27 17:59:11
Q:
他们算的这些相互作用到底靠谱吗
sob 老师，自从google学术不好用了后 doi不好找文献了啊
A:
靠谱
Q:
那天那个 sic hub 一打开，浏览器就崩溃
sci-hub
百度学术根本找不到。。。
A:
DOI号输这里就能找到链接
http://www.doi.org/
靠谱
Q:
我们又进入不好查文献的时代
非常不方便
其实我推荐一个查文献的付费的好网站，但是，我得声明，我绝对不是代理或者什么托，我只是学生
http://www.syyyj.com/个人觉得这个还行，我们实验室都是用的这个
[Emoticon]我绝不是代理或者托，所以，求不拉黑
[Emoticon]，你危险了
A:
I know
Q:
我举报
[Emoticon]
A:
凡是对科研群体有益、有价值的，我都不会反对的
Q:
这个目前收费是180，然后终身免费[Emoticon]，sob老师知道了就好，哈哈，小心脏平缓了许多
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2015.06.27 18:26:48
Q:
[图片]
[图片]
A:
你的图做得不对
follow此文过程
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
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2015.06.27 18:27:27
Q:
麻烦问一下，有谁知道CCSD算能量L502错是什么原因么？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.06.27 19:04:55
Q:
我研究苯氧基钛催化烯烃，体系含有Ti，且活性种带有正电荷，我选用6_31g**/lanl2dz混合基组可以吗，sob老师
A:
可
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2015.06.27 19:13:10
Q:
各位大神，帮忙推荐下比较好的屏幕截图软件啊
我觉得QQ有时候截图不太清晰啊
A:
print screen键就足够了，然后粘贴到画图程序里再保存
也可以用ocam
Q:
print screen 是截图全屏吧想有范围的截图
A:
你在画图程序里再剪切就行了
截窗口用alt+print screen
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2015.06.27 20:31:11
Q:
请问老师，基组里的double-zeta，tri-zeta，这个zeta是指的哪个参数？看书上收缩型高斯基组的表达式里也没有zeta变量啊。Slater型里倒是有个zeta
看的a chemist's guide to density functional theory，p98.
A:
[图片]
Q:
恩，这个我知道~
但是数学表达式里没有这个变量吗？
A:
无
此zeta数和STO的zeta毛关系也没有
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2015.06.27 21:03:21
Q:
唔，翻来翻去看到了下述句子[图片]，看来虽然STO的zeta跟GTO的alpha在数学上没什么关系，但仍然习惯称轨道指数为zeta——（这群人为什么不直接在GTO里也用zeta做轨道指数呢...）
A:
看相应的两个轨道的图形去考察
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2015.06.27 21:08:29
Q:
sob老师，用multiwfn计算alpha和beta轨道的重叠积分，得到是负值。请问这个重叠积分的正负的含义是什么？谢谢您
bond integral本来就是负的吧
A:
不是一码事
Q:
不是指的Hij吗？
A:
不是
是重叠积分<i|j>
Q:
有的轨道是正值，
A:
一看轨道图形就自然明白为什么是正或者是负。也可能你读取数据的方法本身就不对。
Q:
可不可以理解为：正值时表示两个轨道的相位相同，类型于轨道的有效重叠；而负值表示相位有部分重叠或重叠较小呢？
A:
负值是相位相反重叠
Q:
在multiwfn中是不是有两种方式计算这个重叠积分。一种是直接用两个cube，用13功能，另一种是用fchk文件，在100功能中选择5的子功能？
谢谢您，
A:
对
其实还有别的方法，就是用主功能200的10 Output various kinds of integral between orbitals，然后选5: Overlap，只不过输出没主功能100里的选项5那么好读罢了
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2015.06.27 22:46:04
Q:
我还有个问题，我安了个auto duck, 在window系统，还没用过，它不是那种窗口界面式的软件，对吗？都是用命令操作的？我不确定我安装的是否正确
A:
有图形界面，autodock tools
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2015.06.27 23:22:58
Q:
“过渡结构”是指势能面上反应路径上的能量最高点，而“过渡态”是指自由能面上反应路径上的能量最高点，由于自由能变主要贡献自势能部分，所以多数情况二者结构近似一致。但随着温度升高，往往熵变的贡献导致自由能面与势能面形状发生明显偏离，从而导致过渡结构与过渡态明显偏离，两个词就不能混用了。------ 请问，室温下的反应，这两个概念可以混用吗？
A:
有时室温下二者的一些局部特征也可能相差不小。
比如势能面上有个势垒较小的鞍点，但自由能面上可能没有对应的鞍点。
Q:
那咋办，老老实实计算自由能面？
A:
自由能面没法计算，或者说算起来太困难。
所以都在势能面上算，对具有特征的点或路径考察自由能
Q:
transition state
A:
一般说的过渡态就是指势能面上的
Q:
amber里的NEB方法算的就是自由能面吧？
它是基于取样的
A:
不是。那是算极小能量路径的，理解为IRC也可以
Q:
伞形取样算的应该是自由能面了
A:
此文有NEB的介绍
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
Q:
此文我反复看了
A:
PMF和量化计算里的自由能差异极大
Q:
高斯中opt关键字的path=M方法
与chain-of-states方法有一定类似之处，可以在一次计算中获得优化后的过渡态、产物、反应物以及用于描述IRC的中间点结构，总共M个点。此方法须结合QST2或QST3关键字。
这个关键字大家用过吗？
A:
很不好用，容易报错
Q:
看了您的文章，总觉得NEB法是最好的方法。
高斯中能实现NEB方法吗
A:
不能
有些方法原理上好，实际并没那么好用
Q:
看来基于初猜结构的方法是实际上最好用的了
A:
对
Q:
怎么猜呀
S老师写篇如何猜过渡态的文章吧
普度众生
赝坐标法(pseudo reaction coordinate) 好用吗？
猜的话应该是需要很多的化学直觉吧，对各类化学反应都要精通才好猜吧
A:
这需要大量例子和实践。做多了心里就有数了。
在科音的量化培训班里给出多达9个不同类型反应的过渡态搜索例子和6个练习，足矣熟练掌握过渡态搜索了。
Q:
还怕一不小心猜错了
A:
赝坐标法一般不用
Q:
在科音的量化培训班里给出多达9个不同类型反应的过渡态搜索例子和6个练习，足矣熟练掌握过渡态搜索了。
看来得参加培训才行
A:
IRC还有5个例子和4个练习
Q:
老师，这次八月份的培训是比较基础的还是主要是软件的操作方面？
做的不大相关，但对过渡态挺感兴趣的，回头照着老师的讲义好好学习一下，，
A:
名义上是基础，但不少内容是做过几年量化计算的人都没有完全掌握的重要知识。
参加过培训的话（前提是充分吸收），本群里大约4/5的人问的问题都能解答
理论知识+实际操作介绍完美结合
培训中将讲授所有量子化学研究必备的基础知识，内容十分丰富，包含近千张幻灯片。主题包括：
• 计算化学概览
• 量子力学概要（介绍所有量子化学学习需要知道的最基本的量子力学知识）
• 量子化学理论基础（Hartree-Fock、半经验、密度泛函理论、组态相互作用、微扰、耦合簇、电子相关的本质、电子积分、SCF迭代、分子轨道、自旋多重度、开壳层与闭壳层、自旋污染、导数计算等）
• 基组与赝势（介绍基函数和赝势的基本概念，盘点所有主流的基组和赝势，介绍如何根据具体情况选择最合适的基组）
• 分子结构建模（各种坐标系的介绍，演示构建各类体系的最佳、最快的途径）
• 势能面的概念
• 单点能计算（能量的读取、gap、轨道图形的观看、解决不收敛的方法、对称破缺处理、波函数稳定性测试等）
• 几何优化（几何优化的原理算法、限制性优化、加速收敛的处理等）
• 过渡态搜索与反应速率的计算（过渡态搜索的基本算法、操作技巧；反应速率计算的原理与操作）
• IRC计算
• 势能面扫描（刚性扫描、柔性扫描、不同坐标下的扫描）
• 振动分析（谐振频率计算的原理、非谐振效应、频率校正因子等）
• 热力学性质与能量相关性质的计算（ZPE、焓、自由能、反应热、电离能、电子亲和能、电负性、键能等常见属性的计算，并介绍热力学组合算法、构象分布、平衡常数的计算）
• 红外、拉曼、VCD、ROA光谱的计算与绘制
• NMR、核自旋耦合常数、磁化率的计算
• 极化率与超极化率的计算
• 弱相互作用的计算（弱相互作用的本质、计算方法的选择、BSSE的考虑、色散校正、弱相互作用的分析等）
• 溶剂效应（溶剂的影响、非平衡溶剂效应、溶剂化能的计算、pKa的计算等）
• 激发态与紫外、荧光、ECD光谱的计算和绘制（同时包括各类光化学过程、势能面交叉、旋轨耦合、激发态寿命、振动耦合等概念的讨论）
• 盘点主流计算化学软件和理论、计算化学书籍
• 其它（相对论效应、周期性计算简介、设置外电场、背景电荷、偶/多极矩的计算等）
本培训不仅讲理论，还和实际应用及程序操作紧密结合，每个部分都会通过对大量实例进行演示、并提供相应的输入文件，以使学员们能够充分学以致用。本培训非常注重实用性，诸如如何选择最合适的方法和基组、如何构建最佳的计算路径、如何解决实际计算中常遇到的各种问题等方面都会详细讲解。
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2015.06.27 23:30:55
Q:
你的软件是对量子化学计算结果进行分析用的吗
A:
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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2015.06.27 23:49:50
Q:
弱弱问一句，意思是QST3最好用么？
A:
不是
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2015.06.27 23:54:10
Q:
sob老师，以后新版本的m u t i w f n 会考虑能量分解功能吗？
A:
会。实际上现在的版本也能结合高斯做简单的能量分解
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2015.06.27 23:55:42
Q:
几号开始？
几月份？
A:
2015年8月5日至7日共三天
详见http://www.keinsci.com/workshop/2015SKBQC_ann1.html
Q:
现在付款还来得及么
A:
来得及
Q:
两个培训连着开班行不？这样两个班都可以报！中间不用等时间，京外的就方便多了
A:
没法连着，场地周六日已经被其它培训占了
Q:
哦！
A:
量化培训内容很多，建议周六日消化两天，趁机抓紧练习练习，到周一开始的波函数分析培训的期间有任何问题还可以问，都会详细解答
如果连着讲7日我也太累
Q:
也是！
A:
波函数分析培训部分，如果有时间的话，我也争取把能量分解也讲讲。能量分解也有很多方式，包括LMOEDA、SAPT、IQA、Mayer等等。
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2015.06.28 00:01:02
Q:
您刚才说的现版结合高斯做能量分解，有帖子吗？
A:
看手册4.100.8节的例子
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2015.06.28 00:04:25
Q:
老师，对于目前版本的mutiwfn来说，能够分析氢键和范德华相互作用吗，能够给出能量值吗？
A:
支持的分析方法都在这里
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
ok，谢谢sob老师
A:
范德华作用能没法给出能量值，但是静电主导的，诸如氢键、卤键，利用Multiwfn做AIM分析、静电势分析，可以估出数值。
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2015.06.28 00:06:27
Q:
嗯，好的。对了，sob老师八月份的培训的报名时间是不是截止到8月1号？
A:
基础量化班截止日是这个日期，波函数分析截止日会晚几天，见通知
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2015.06.28 00:07:59
Q:
老师，也就是：弱键能用AIM分析给出数值的基本上都能定义为弱氢键而不是范德华作用力？
A:
不能这么理解。而是范德华作用没有现成的方法能估出相互作用能（其实量化算一下也很容易）
静电主导的作用则容易去通过一些方法，找到经验关系来预测数值
Q:
谢谢老师，也就是说现在弱氢键及范德华作用力暂时没有较好的分析方法直接区分咯？
A:
区分什么？
Q:
弱氢键与范德华作用力
A:
可以做能量分解
看静电起到的比重
Q:
[Emoticon]能量分解？！老师，您有写这方面的帖子吗？或者手册上有没有相关例子？！谢谢您
A:
实际上很弱的氢键和范德华作用本身也没有明确的界限，没必要划分得那么绝对
Multiwfn支持的弱相互作用那个博文里就简单谈了谈能量分解
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2015.06.28 00:13:55
Q:
CP2K是什么软件
谢谢老师，那我好好看看，老师这次的培训会讲到能量分解吗？
A:
就是个量化程序，分子、周期性都能算，平面波结合原子中心基函数来做。
会
像这些大家经常问，很想知道的东西，肯定会一个不差地都讲
Q:
老师出一本书吧
A:
书是显然要出的
科音官网上也有出书的计划表
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2015.06.28 00:16:09
Q:
那在写文章的时候，是不是就写弱氢键（或范德华作用力）
A:
你看相互作用的特征，如果相互作用类型是氢键，那你就按弱氢键来写
Q:
[Emoticon]主要是我的体系有一个是弱氢键，有一个可能是范德华作用，用AIM就是一个有值，一个没有。所以，我有点迷糊，我想试试老师刚刚说的能量分解来分析一下
A:
[图片]
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2015.06.28 00:42:28
Q:
this type of calculation cannot be achieved，是否是因为chk文件的问题，读取优化的chk就不会出现这个问题
irc有一边跑一个点停了，是否是因为没有找到能量降低的方向
A:
[图片]
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2015.06.28 00:52:21
Q:
[图片]
A:
不用管这个提示
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2015.06.28 00:54:39
Q:
JCTC是纯计算领域最好的期刊？
A:
只能说是IF最高的，不能简单说是最好的
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2015.06.28 01:04:25
Q:
请教SOB老师，在利用NBO程序计算时，首先要用高斯程序计算产生.47文件，请问这个.47的NBO计算的输入文件，是不是高斯程序计算得到的波函数文件？或与波函数相关的文件？这个.47文件到底包含什么信息？
A:
用自带的NBO3.1，或者直接连接高斯的NBO版本用不着.47
单独用独立的NBO程序（GENNBO）运行才需要.47
.47也得由高斯自带的NBO产生。里面包含了做NBO分析必须的波函数信息。
“波函数文件”本身是个含糊的词，含有波函数信息的都能叫波函数文件，并不是指什么具体的格式
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2015.06.28 01:08:27
Q:
那就是说.47文件本身不是波函数文件，但是包含波函数信息，是吗？这个文件有没有专门的名称？
A:
没有专门的名称，就叫.47
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2015.06.28 01:25:16
Q:
公社大杂烩 453903872, 副群群号，欢迎大家加入
A:
刚才从超过一年半没发言的里面清了二十多人。
潜水超过一年半者请及时刷存在感。
Q:
公社大杂烩 453903872, 副群群号，欢迎大家加入
A:
不要故意宣传
其实并不希望太多人进来
公社大杂烩的说明见群共享公社规章制度，和自己意愿相符可以加，不愿意则切勿加入
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2015.06.28 01:26:17
Q:
sob老师，博客进不去了。维护吗？
A:
能进去，你的网有问题
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2015.06.28 05:16:18
Q:
老师刚才看了您写的关于nosymm关键词的使用对于激发态的计算我们并不知道他的对称性是多少因此考虑nosymm是合理的吧？
A:
还是没正确理解帖子。此时为何要试图用nosymm？能得到文中提到的nosymm带来的两种好处中的哪个？既然得不到好处就没必要去加。
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2015.06.28 05:51:55
Q:
等我拿一个具体例子来：[图片]
左边是计算的频率，右边是GV显示的谱
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.06.28 17:03:16
Q:
各位老师，请教一个有关电荷的问题，在一个给体-受体体系中，跑了NBO电荷，把给体片段的所有原子的电荷加和，为负值。合理吗？本人没有做过这个。急需帮忙，回复审稿人。
A:
正好在写一个帖子，批判NBO电荷
1. NBO电荷应当叫做NPA电荷
很多文章里都用“NBO电荷”来代表NBO程序产生的原子电荷。这个称呼是严重不合理的，应该叫做“NPA电荷” ！NPA的全称是Natural population analysis（自然布居分析）。
NBO是程序名，NBO分析则是这个程序能实现的一大套波函数分析方法的统称。这一大套分析方法里包含许多具体的方法和概念，如NPA、NAO、NHO、NBO、NLMO、NRT、NBBP、NEDA、E2、NBO deletion、NBCP等等，几乎所有这些都是基于NAO（自然原子轨道）的。因此NBO程序做各种NBO分析前，第一步就是先生成NAO。有了NAO，才能做接下来的NBO、E2分析之类。而一旦产生了NAO，就得到了以NAO为基表示的密度矩阵，并立刻得到每个NAO以及每个原子的布居数，以及与原子布居数相对应的原子电荷，这个过程就是NPA分析。这是为什么NBO程序在输出NBO轨道信息之前就已经把原子电荷都输出出来了。如果只需要这部分NPA分析而不需要后续的，在Gaussian 中写pop=NPA即可。因此，NBO程序产生的电荷叫做“NPA电荷”才是绝对正确的。NBO程序在输出原子电荷时，前面的标题也是"Summary of Natural Population Analysis:"。无论是NBO程序，还是发展NBO理论的人，都从来都没用过“NBO电荷”这个词！
之所以有大量人错误地使用NBO电荷这个词，原因有二：(1)这个电荷是NBO程序产生的 (2)这是NBO理论框架下诞生的电荷。但这都显然绝不足矣将这种电荷命名为NBO电荷。使用NBO电荷这个词的人，充分暴露出其对NBO分析方法基本原理的认识的严重匮乏。
NBO电荷这个词真是以讹传讹，知道“NPA电荷”这个正确写法的人是少数，用“NBO电荷”这个误称的人却是大多数。搞笑的是，曾经投一篇文章比较各种原子电荷的计算方法，里面已经详细比较了NPA电荷，居然审稿人还问，怎么没比较很常用的NBO电荷？简直正不压邪！！！
每当看到有人用NBO电荷这个词，我一定会提一句，NBO电荷是NPA电荷的谬称，或者我在回复里会改用NPA电荷电荷这个词，如果对方问NPA电荷是什么，我一定顺便强烈批判一下NBO电荷这个词。
Q:
接着sob刚才关于NBO批判的话题，我发现了另外一个形成这种错误的原因是GVIEW里写的电荷居然也是NBO。有图有真相[图片]
A:
所以开发者在这方面是外行
Q:
[Emoticon]
gview开发者不是gaussian公司的
A:
恩，是AMPAC那伙的。
Q:
这么大的bug高斯公司的人也不在意啊，呵呵
A:
其中Todd keith是AIMALL的开发者
Q:
原来如此
A:
这都算小问题
Q:
虽然高斯及gview中有不少问题，但是也有很多问题是因为用高斯的人不懂，所以造成了以讹传讹的后果。这点对高斯也是一个不小的影响。相比其它程序，高斯很多问题的处理其实是非常好的。
只有真正用到其它程序后，才会发现高斯及gview还是非常强大的
A:
我很赞同
很多人说都错怪了高斯，没用过其它程序却还高估其它程序
高斯里还一个用词明显错误，就是Mulliken atomic spin densities，分明应该是Mulliken atomic spin populations。我指出错误，有人还信誓旦旦地说高斯输出文件里就这么写的。
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2015.06.28 17:05:29
Q:
[图片]
A:
具体是什么类型的给体受体体系？
Q:
[图片] 太感谢老师了
A:
合理
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2015.06.28 17:23:25
Q:
1，老师，可以帮我略介绍一下为什么吗？ 2，可以给我一下“经投一篇文章比较各种原子电荷的计算方法”这篇文章吗？[Emoticon]
A:
群共享原子电荷计算方法的对比
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2015.06.28 17:30:10
Q:
各位老师，我想问以下用amber做蛋白质分子的能量最小化计算，所添加的力场文件如何选取呢？我之前只是做了网上的例子，对于这块不知如何选择呀？
A:
就用自带的最新的amber力场即可
AMBER程序支持的力场一览
http://sobereva.com/115
Q:
[Emoticon][Emoticon]是不用额外添加呗？
A:
干嘛要加？
Q:
我看网站例子上都是先添加个力场，然后再做其他的，
很多力场文件，不知道如何选择。
A:
计算普通的蛋白质，什么也不需要添加。程序开发者不会把程序设计得连这么常见的任务都需要使用者去折腾。
除非有非标准残基、额外的小分子，才可能涉及添加参数。
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2015.06.28 17:37:29
Q:
请教这个错误Inaccurate quadrature in CalDSu
A:
int=ultrafine，还不行就再写scf=novaracc
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2015.06.28 17:40:19
Q:
[图片]
A:
[图片]
重申一次，长期潜水者必踢！
从来没说过不踢人
居然重新加入的时候也不看明确写着的加入要求：本群以讨论理论化学、计算化学为主。申请加入必须注明自己研究方向，否则一律不批
Q:
拒绝通过啊
A:
当然拒了
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2015.06.28 17:44:45
Q:
请问8月份的培训还能报名嘛
A:
能，截止到8月1日
随时欢迎大家报名
报名时间还很长
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2015.06.28 17:45:23
Q:
研究生证全学生证不
A:
当然算
都潜水约两年了，这样都不踢的话，群早就爆满了。
Q:
有道理
把位置让给更需要的人
A:
肯定有大量的人都设成了群消息不提示，只显示消息数目，这样的人留在群里没有任何意义
Q:
╮(╯▽╰)╭ 工作时间也开着QQ只是为了接收思想家公社的消息……
A:
现在是一年半内发过言不踢，我想这已经很宽松了。
如果以后加入群的人越来越多，那只能是再设严一些，比如超过一年没发言的踢
本群很快就要满了
Q:
其实我在默默地关注着，都是大神，我等小兵插不上话
大部分时间是看群内讨论
经常不关注群消息的，还是拒了好，给其他人留点空间进来
A:
要求很低，随便说一句都可以
Q:
一直都在关注群里的问题
A:
随便说一句，能证明还在关注这个群，即可
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2015.06.28 18:00:15
Q:
老师，我还想请教一个比较低级的问题，关于电荷的，有一种想法：你这是给体，给体要给出电子，给完电子，你的这部分电荷应该是正的？这种说法对我的分子不合理的根源在哪里？
A:
你所说的给体受体是指电子激发过程电子怎么转移的，这和基态时是吸电子还是给电子不一样。
讨论激发过程这个片段的电子的转移量，你应该用激发态密度得到的片段电荷与基态密度得到的片段电荷求差值来讨论
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2015.06.28 18:05:53
Q:
sob老师以后培训每年大概内容会基本上变化不大吧，以后会不会每年两次呢？
A:
每次都会有变化的
Q:
变化是必然有的，我的意思是大致内容是不是会一样，就是基础知识+常见问题+最新的一些东西啥的
A:
以后的时间地点都还待定。相同主题的不会每年两次。
Q:
[图片] 老师这个错误是什么意思呢我的输入时[图片]
A:
主体内容，比如量化理论基础、基组、几何优化、找过渡态、振动分析等，作为基础班，像这些基本的内容不会变化太多，但是每一次也都会在不断修改，使得学员能更好地吸收更多的知识
Q:
sob 老师什么时候能不能开个在线的培训班
对呀对呀
A:
比如四月份在理论和基组部分由于时间不够，没讲太详细，8月份的培训中这部分内容扩充了一倍，而其它相对次要的，比如相对论的详细介绍部分，这次就删了。
短期内不考虑在线培训
除了基础班还会有中高级班，讲更高级一些的，比如
CDFT
从头算动力学
QMMM
显式相关
VB、GVB
polyrate
深入讲DFT、后HF
CASSCF、CASPT2、MRCI，原理，具体怎么用程序做
ORCA、密度拟合
MECP
旋轨耦合计算，各种实现方式
相对论、二分量计算、Dirac程序
振动分辨电子光谱
基组外推
线性标度方法
TDDFT、EOM-CCSD、SAC-CI的理论
RT-TDDFT
Q:
这个什么开始呢老师
A:
中高级班待定，受众人群也不是很多
一般应用性研究所需要的绝大部分理论和操作知识，在基础班里都已经囊括了。
Q:
恳请sob大神明年继续开基础班，今年在国外，这些班都参加不了，太遗憾了。[Emoticon]
A:
明年肯定有基础班
Q:
可以在不同的城市开班？
A:
毕竟在其它城市找地方不方便，所以外地开这事会比较谨慎，开不开只能看情况
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2015.06.28 18:08:48
Q:
老师，我有一个构型在二重态下优化有开裂的现象，而在四重态就没有，请问这个合理吗？如果从四重态转回二重态进行优化，有没有可能杜绝开裂的现象？@Sobereva
A:
不清楚你的开裂是怎么回事。你看最后哪种多重度的能量最低
Q:
老师，是不是说只需要比较最后构型的能量，而不必要让构型一模一样？
A:
对
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2015.06.28 18:13:30
Q:
[图片]
A:
GS2生成IRC每一步实际上是做一次限制性优化。这是优化没收敛所致
Q:
老师这个问题怎么解决呢除了基础班还会有中高级班
A:
尝试别的IRC生成算法
或者步长改小点，35已经太大了
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2015.06.28 18:17:16
Q:
老师，问您一个问题，镧系元素的优化用什么基组比较好呢
A:
SDD
Q:
我用sdd 算了一下，速度有点慢
A:
SDD算不动也就没别的办法了。
Q:
老师的意思是说对镧系元素要是sdd 算不出来，其他的就没办法了吗
用其他的基组不行吗
A:
你当前用的什么级别？
镧系锕系可选余地很小
Q:
用高斯09算的
哦
A:
镧系锕系，除了SDD的赝势就只有CRENBL，但精度不怎么样。
要么就结合UGBS、ANO-RCC、SARC做全电子标量相对论计算，计算量又要高一个数量级去
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2015.06.28 18:22:10
Q:
我在高斯里面直接构建分子，之后算NBO电荷，提交机组之后，出来的结果总是零，但是用chem构建，然后chem3D MMFF94能量最小化，导入高斯之后，用同样的方法算NBO就可以出来结果，而且运行正常。这是怎么回事？用chem3D先能量最小化的方法，理论上可行吗？@Sobereva
A:
怎么可能为0？
什么叫提交机组？
Q:
[图片]
那个ou文件出来是0
A:
你在gview里画个结构，保存高斯输入文件，写上opt和pop=NPA运行就完事了。
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2015.06.28 18:35:13
Q:
求问sob老师不同的理论方法和机组算出的反应机理不一样应该取哪种？尤其是在没有如果没有实验数据的情况下。针对c h o s n 的反应体系有没有什么最佳的泛函？谢谢
A:
TZVP的结果就足以保证可靠了，进一步提高定量精度用def2TZVP。如果TZVP算不动，降到6-311G**也没问题。最低不应低于6-31G*。
泛函用老同志B3LYP就行。如果要算热力学数据，用M06-2X一般会更精准。
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2015.06.28 18:49:20
Q:
想请教一下，氧化反应体系，CDFT中的哪个概念更适合来讨论被氧化的分子？ HOMO？化学式？电子密度？还是fukui？
A:
看你具体怎么讨论，反正化学势和福井函数是肯定要用的
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2015.06.28 18:56:30
Q:
比如我要讨论一系列类似化合物的还原性及选择性，已知有了实验结果，就是已经有了还原性及选择性的速率（实验），然后用实验速率和CDFT中的概念来作图，是否线性相关性好的，就适合用于讨论此体系，否则就不适合？
A:
可以这样
Q:
[图片]
你只的是这个是吧？
A:
对
Q:
spin density 是自旋的积分结果。应该没问题？请sob详细说一下
A:
密度是函数，对原子空间积分值应当叫population
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2015.06.28 19:03:13
Q:
我觉得可能要等到中国能够出现高科技企业之后才会有出现像高斯一样的程序吧。现在如果是课题组开发，好比是小作坊。
A:
开发公开的、大型、综合性的量化程序属于费力不讨好，费时费力，又换不来什么文章，大家都不愿意干
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2015.06.28 19:16:16
Q:
请问高斯能计算中心金属QEq电荷吗，与MULLiken电荷有什么不同啊
A:
看群共享里原子电荷计算方法的对比里的介绍
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2015.06.28 20:56:48
Q:
请教sob老师高斯里面找过渡态的时候老是往底物或者产物方向掉变成极小值有什么好办法吗？
A:
调整初猜结构，如果觉得初猜很合适，把步长上限设小点试试
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2015.06.28 21:41:06
Q:
请问wB97X-D和M05-2X两种方法在同样基组下描述弱相互作用哪种方法好?能否推荐相关参考文献。谢谢谢！
A:
前者
Q:
谢谢Sob老师，不知可以参考哪篇经典文献？
A:
M06-2X和wB97XD有一拼，M05-2X绝对不如它
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
开头就有些文献
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2015.06.28 21:45:58
Q:
请问一下NPA电荷的原子排序是怎么排的？[图片]
A:
按输入文件里原子的顺序排
Q:
[图片]view lables,结果第四号应该是C
输出文件确是O
A:
肯定不是同一个文件
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2015.06.28 21:48:56
Q:
只是一个审稿意见非要我增加M05-2x的结果并与我文章中wB97XD，有点伤脑筋。
A:
你用M06-2X
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2015.06.28 21:55:50
Q:
[图片]
A:
刚写了个帖子，其中很多都是在本群里经常能看到的问题
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1358
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2015.06.28 21:56:28
Q:
[图片]
A:
科学、科研以外的话题请在公社大杂烩群里交流
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2015.06.28 22:45:46
Q:
为什么对一般的大分子计算要选用cam-b3lyp，hse06啊？
有长程校正，便宜
A:
不便宜，比普通杂化泛函贵得多
仅对于大共轭体系的激发态计算，特别是电荷转移激发、里德堡激发，以及（超）极化率计算才可以用（但有更好的替代品），其它时候别用
我说的是CAM-B3LYP。HSE06对于分子体系别用
Q:
为啥啊
A:
什么时候用什么泛函见此贴
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2015.06.28 22:54:39
Q:
我对大分子选用hse06计算结果与实验结果相比，绝对误差在0.30以内，可是它的计算增大了B带，却降低了Q带，这个咋解释啊
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2015.06.28 23:12:14
Q:
老师，北京师范大学的老师里从事计算化学的大牛都有谁呢？
A:
搞计算的人很多，方维海（院士），方德彩，谭宏伟，丁万见，于建国，刘若庄（院士），黄元河，陈光巨，邵久书（偏重理论），王艳等等
Q:
刚才随便看了看，发现很多人偏重实验
[图片]
这形象，不忍直视
咋都那么猥琐了
据说身份证的照片更加惨不忍睹
A:
别说得这么直白。没准其中有人就在群里
Q:
[Emoticon]
A:
至少肯定有一些北师大的学生在群里
Q:
嘴下留德，谨记老师教诲
鄢国森是唐敖庆的弟子？
上面是这么说的
唐门八大金刚吗
A:
[图片]
Q:
八大金刚好像都是院士
没有吧？
A:
有下划线的才是院士
Q:
北师大就是个师范学院
(⊙o⊙)…
现在小朋友吃饭都不要钱
当高中老师的
[Emoticon]
A:
Arthur说话应多注意一些
Q:
好，转移阵地
A:
不光是规矩的问题，说话前应该多进行考察、调研，确保90%无误再说出口
Q:
985学校，水平都那个样，很一般，除了清华
A:
你还是别说话了
Q:
[Emoticon]，好我闭嘴，看文献去
Arthur有点年少轻狂啊
A:
+1
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2015.06.28 23:28:08
Q:
看了北师大化院的主页，好像没看到有理论研究纳米的
非线性材料的更是没有
A:
黄元河就是算纳米管的
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2015.06.28 23:37:06
Q:
得到红外光谱IR图可以预测分子中所含的官能团，得到IR图后，具体怎样知道含什么官能团，具体怎么操作啊？
A:
你先看看仪器分析、分子光谱之类的书吧
Q:
恩恩，好的，谢谢了
就是官能团对应的IR分析图中的值都是固定可查的，对吧？
A:
各种仪器分析、分析化学、分子光谱书里，总能找到各种常见基团的特征振动的频率。频率值是个数值范围，和实际所处的环境有关。
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2015.06.28 23:49:29
Q:
请问图中C和O原子的ELF用multiwfn如何绘制？谢谢！
[图片]
CO没有问题，C和O原子单个的画，怎么设置！
A:
用自己设定的两个点作为端点即可。自行指定两个点的xyz坐标
Q:
sob老师，本人愚笨！
“用自己设定的两个点作为端点即可。自行指定两个点的xyz坐标”
没有太明白啊！谢谢
A:
选2 Input coordinate of two points to define a line，然后分别输入第一个点的xyz坐标和第二个点的xyz坐标
让两个点的连线正好能穿过原子即可。比如(0,0,-10)、(0,0,10)
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2015.06.28 23:52:11
Q:
[图片]
A:
效仿手册4.3.1节，选择要绘制的函数那一步改成选择9（ELF）即可
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2015.06.29 00:04:08
Q:
刚去把Multiwfn手册打印了一下，打印出来竟然那么厚[Emoticon]瞬间对卢老师的膜拜又上升了一个高度，这么厚怎么写出来的啊，还是全英文的！必须给卢老师点赞！
A:
写这个费老劲了
[图片]
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2015.06.29 00:10:22
Q:
去培训需要带手册么
A:
不用
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