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标题: NAMD处理非标准氨基酸拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: lyfchem 时间: 2017-3-6 09:44
标题: NAMD处理非标准氨基酸拓扑文件
请教一下各位，在用NAMD进行蛋白质体系动力学模拟时，由于存在一个非标准氨基酸TPO导致拓扑文件无法生成，这个该怎么解决呢？

作者
Author: xpyp 时间: 2017-3-6 10:45
只能自己解决。官网上有教程。

作者
Author: lyfchem 时间: 2017-3-6 11:41

xpyp 发表于 2017-3-6 10:45
只能自己解决。官网上有教程。

可以给个链接吗

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-6 14:41
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... al/forcefield-html/

作者
Author: bzy2570 时间: 2017-3-6 16:46
额，你可以用amber处理好后再去NAMD跑

作者
Author: bzy2570 时间: 2017-3-6 16:47
非标准氨基酸的话可能要加载他的力场啦，有一些可以删除，要看情况吧

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