计算化学公社

标题: 计算溶解自由能误差过大，复现文献失败 [打印本页]

作者
Author: wwwwwt 时间: 2025-3-17 11:20
标题: 计算溶解自由能误差过大，复现文献失败
各位大神，我打算复现这篇文献中溶解自由能的计算，考虑了我认为的所有因素，可是最后误差还是在0.5个电子伏特左右，属于复现失败了，想问问大家我的计算文件有什么问题吗？或者影响最终结果的因素有哪些？(介电常数影响大吗？我是从另一篇文献读取的静态介电常数，动态介电常数则是根据折射率大概换算的) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-17 12:30
你用的构象和文献是否相符？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-17 12:30
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html）

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-17 12:45
我怎么记得用SMD隐式溶剂模型计算溶解自由能的时候应该用M05-2X/6-31G*级别来着

另外，甲亚磺酸根CH3SO2- (methanesulfinate)和甲磺酸根CH3SO3- (methanesulfonate)是两个不同的阴离子，确定现在要计算的是前者的锂盐吗？以及考虑过锂盐溶解后离子解离及溶剂配合的过程么？

作者
Author: wwwwwt 时间: 2025-3-17 13:56

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-17 12:45
我怎么记得用SMD隐式溶剂模型计算溶解自由能的时候应该用M05-2X/6-31G*级别来着

另外，甲亚磺酸根CH3SO2 ...

谢谢您
1. 确定是计算前者
2. 没考虑过，我不太了解，您能就此介绍一下嘛？

作者
Author: wwwwwt 时间: 2025-3-17 13:57

sobereva 发表于 2025-3-17 12:30
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread ...

谢谢卢皇

作者
Author: wwwwwt 时间: 2025-3-17 13:58

sobereva 发表于 2025-3-17 12:30
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread ...

谢谢卢皇

作者
Author: wwwwwt 时间: 2025-3-17 14:01

wzkchem5 发表于 2025-3-17 12:30
你用的构象和文献是否相符？

文献中CH3SO2-分子结构较简单，我也用文献中相同泛函基组几何优化了，是相符的

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-17 14:24
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-3-17 14:27 编辑

wwwwwt 发表于 2025-3-17 13:56
谢谢您
1. 确定是计算前者
2. 没考虑过，我不太了解，您能就此介绍一下嘛？

这个锂盐作为电解质，溶于有机溶剂形成（较稀的）电解液时应该解离为阴离子和阳离子，这样才能在电池工作时在电场下传导锂离子嘛。当前的文件相当于计算整个盐溶解CH3SO2Li(gas) → CH3SO2Li(sol)的过程，没有考虑到实际会发生的解离CH3SO2Li(sol) → CH3SO2-(sol) + Li+(sol)的过程。可以参考http://sobereva.com/733对结合能的讨论。我说的溶剂配合的问题主要在表现Li+(sol)这个结构上，因为锂离子半径小、电荷密度高，其与溶剂氧原子等的相互作用不能忽略，所以应当将溶剂分子显式地画出来并添加到反应式里，可以参考http://sobereva.com/327的第2节第(8)小节对单原子离子的说明，或者考虑第(9)小节说的另一个溶剂模型。

编辑：上述因素是准确计算溶解自由能可能需要考虑的，至于复现文献计算的问题，因为没给原文的链接（段落的截图仍不够完整）也不好判断哪些因素被考虑了；如果文献不够严谨，复现意义就减小了，硬要复现的话不如咨询作者在文章中没说清楚的细节。

作者
Author: wwwwwt 时间: 2025-3-17 14:47

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-17 14:24
这个锂盐作为电解质，溶于有机溶剂形成（较稀的）电解液时应该解离为阴离子和阳离子，这样才能在电池工作 ...

1.这是文献的doi：https://doi.org/10.1038/s41586-024-08465-y
2. 文献里关于溶剂模型，提及了，是使用隐式溶剂模型

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