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标题: Gaussian 16计算分子单点能无法正常结束如何解决？ [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2025-3-17 14:30
标题: Gaussian 16计算分子单点能无法正常结束如何解决？
老师们好，我要计算的是多肽小分子，小分子的结构文件是mol2，然后使用Gaussianview保存成com格式，下面是我的com文件的开头
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之后通过命令g16 FDVLR.com &提交，计算完成后查看log文件，在文件的最后没有出现NORMAL字样，不知道是什么原因？特此请教，下面是我的log文件的末端截图
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-3-17 14:37
（1）体系电荷似乎不太对，看起来不像是电中性的，建议立即检查或找实验室同学/导师讨论。
（2）16核搭配64GB内存为宜，只给4GB过于抠门。在确保该计算节点内存够用的情况下，应该把内存往大了写。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-17 15:07
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）
看“(9)Gaussian任务没有报错，但是却莫名其妙停了怎么办？”部分

作者
Author: 12313 时间: 2025-3-17 20:32

zjxitcc 发表于 2025-3-17 14:37
（1）体系电荷似乎不太对，看起来不像是电中性的，建议立即检查或找实验室同学/导师讨论。
（2）16核搭配6 ...

内存改写成了62GB，还是不能计算成功。而且电中性确认过了，电荷数确实为0

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-3-18 22:35
你的输入文件可能没贴全。图上部分氢的个数是偶数，但是氮的个数是奇数，这不可能是电中性的。
建议上传gjf或者com文件大家看一下。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-3-19 08:57
我看了你1楼附件里的输入文件。电荷和多重度没有问题，这是一个肽，一个氨基和一个胍基带正电，两个羧基带负电，所以电荷和自旋多重度 0 1 没问题。
我觉得主要问题是内存太抠了，这个肽有 94 个原子却只给 4 GB，很离谱，内存建议有多少给多少。
另外还有 2 个问题：
（1）原子坐标后面的 connectivity 建议删掉。
（2）计算时确定不加溶剂（如水）吗？

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