标题: 使用gromacs导出最近邻配位模型相关问题 [打印本页] 作者Author: lhao9 时间: 2025-3-17 21:59 标题: 使用gromacs导出最近邻配位模型相关问题 我在使用gromacs对两条相同的聚合物链进行了分子动力学模拟（主要是模拟锂离子在聚合物电解质中的传输机制），现在想要研究聚合物电解质中锂离子的运动机理，在每条聚合物链上分别含有两种不同的氧原子，分别是位于主链的氧原子（O1）和位于侧链的氧原子（O2），我想使用最近邻配位模型来研究锂离子在该聚合物电解质体系中是通过链内扩散还是链间扩散，首先是分别导出了两种不同氧原子的径向分布函数，找到他们出现第一个峰的结束位置都是0.30 nm，然后使用以下命令分别统计了配位氧O1的来源：第一条链使用gmx select -f NPT4.xtc -s NPT4.tpr -select "name O1 and within 0.30 of name LI and resnr 1-1172" -on Li_O1chain1.ndx -os Li_O1chain1.xvg；第二条链使用gmx select -f NPT4.xtc -s NPT4.tpr -select "name O1 and within 0.30 of name LI and resnr 1173-2344" -on Li_O1chain2.ndx -os Li_O1chain2.xvg。随后又用上述同样的操作统计了配位氧O2的来源，但是导出来四个图中都是下面一样的图像（没有氧原子参与锂离子的配位），求教老师这是什么问题？ (, 下载次数 Times of downloads: 2)
上传 Uploaded
点击下载Click to download
而不加“resnr 1-xxxx”这个命令的时候得到的图像确是这样的（明显是有氧原子参与了锂离子的配位）： (, 下载次数 Times of downloads: 0)