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标题: 求助Matini3模拟跨膜受体在膜上的多聚化经常Lincs报错导致崩溃的问题 [打印本页]
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Author: AkiyamaMio    时间: 2025-3-17 22:45
标题: 求助Matini3模拟跨膜受体在膜上的多聚化经常Lincs报错导致崩溃的问题
各位老师，本人正在研究跨膜受体在双分子膜上的多聚化现象。
盒子大小为72*72*12，共均匀放置了36个蛋白（2种*18个）在膜上杠，每个相距12nm呈正方形分布。能量最小化和平衡阶段都跑完了，进入生产模拟阶段大约每运行几小时就会出现lincs崩溃，从检查点重新运行后又能跑过去，就这样断断续续重跑了二三十次，累计到现在跑了大概3.5μs，检查轨迹也都一切正常。现在很希望能解决体系容易崩溃的问题，因为导师希望能跑多次重复并且将单个模拟的时间延长到体系收敛为止。我掐指一算这样跑到毕业都跑不完。

我的具体流程是这样的：

1. 将两个蛋白的全原子模型在水中进行严格的能量最小化，并各跑了10ns的全原子模拟，取了最后一帧的构象。
2. 对这两个构象使用membrane-master的memembed功能调整orientation，并在pymol中调整蛋白在xy平面的位置，将四个蛋白（每种两个）摆放成正方形并保存。
3. 使用martinize脚本将四蛋白体系粗粒化，并用insane.py插入膜中，添加水及离子。限制backbone beads的位置并进行能量最小化和eq。
4. 对eq完成的四蛋白体系gmx editconf复制8份，变为3*3个四蛋白体系，即36个蛋白的大体系。
5. 能量最小化，并放开位置限制做了一个比较短的eq。
6. 生产模拟，跑了一段时间后出现lincs error。

很希望大家能指出问题出在哪，网上能搜到的方法基本都试过，三种控压方法都试了，tau-p也一直在调整，甚至还试了调大martini范德华和库仑力的cutoff（虽然可能这样做不对），最后的结果都大同小异，即跑一段时间后崩溃，且稳定性没有太大差异。
拜托各位大佬给提提意见！！

下面是我生产模拟的mdp，分号后的基本都是尝试过的不同的mdp设置。
  1. integrator           = md
  2. tinit                = 0.0
  3. dt                   = 0.02
  4. nsteps               = 5000000000
  5. nstxout              = 0
  6. nstvout              = 0
  7. nstfout              = 0
  8. nstlog               = 100000
  9. nstenergy            = 100000
  10. nstxout-compressed   = 100000
  11. compressed-x-precision = 1000
  12. nstlist              = 10 ;; 20
  13. ns_type              = grid
  14. pbc                  = xyz
  15. rlist                = 1.4 ; 1.1 ;;1.35
  16. coulombtype          = Reaction_field
  17. rcoulomb_switch      = 0.0
  18. rcoulomb             = 1.2 ;; 1.1
  19. epsilon_r            = 15
  20. vdw_type             = cutoff
  21. rvdw_switch          = 0.9
  22. rvdw                 = 1.2 ;; 1.1
  23. cutoff-scheme        = verlet
  24. coulomb-modifier     = Potential-shift
  25. vdw-modifier         = Potential-shift
  26. epsilon_rf           = 0
  27. verlet-buffer-tolerance  = -1 ;;0.005
  28. tcoupl               = v-rescale
  29. tc-grps              = PROTEIN LIPID SOL_ION
  30. tau_t                = 1.0 1.0 1.0
  31. ref_t                = 323 323 323
  32. Pcoupl               = c-rescale ;;parrinello-rahman
  33. Pcoupltype           = semiisotropic
  34. tau_p                = 6.0 ;;12.0
  35. compressibility      = 3e-4 3e-4
  36. ref_p                = 1.0 1.0
  37. gen_vel              = no
  38. gen_temp             = 323
  39. gen_seed             = -1
  40. constraints          = none
  41. constraint_algorithm = Lincs
  42. continuation         = no
  43. lincs_order          = 4
  44. lincs_warnangle      = 30
  45. refcoord_scaling = com
复制代码


作者
Author: student0618    时间: 2025-3-18 00:23
检查轨迹时最后几帧是哪个bond 出问题？
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Author: AkiyamaMio    时间: 2025-3-18 04:00
student0618 发表于 2025-3-18 00:23
检查轨迹时最后几帧是哪个bond 出问题？

老师好！因为patch太大了，每次lincs错误的bond都不一样，但检查下来出错的都是蛋白上的beads，且位置基本都在蛋白的外侧，可能是与脂质和水相邻的beads。我在猜想是否和蛋白弹性网络的设置有关，我使用martinize脚本时设置了-elastic -ef 500 -eu 1.0 -el 0.5 -ea 0 -ep 0，-eu 1.0似乎与我最近查阅文献发现普遍设置的0.9有差别。老师有什么建议吗？



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