计算化学公社

标题: 请问各位大神呢，想用autodock对两种氨基酸和铜离子进行分子对接， [打印本页]

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-3-6 13:58
标题: 请问各位大神呢，想用autodock对两种氨基酸和铜离子进行分子对接，
本帖最后由大大大大大宝于 2017-3-6 16:59 编辑

  请问各位大神，想用autodock对两种氨基酸和铜离子进行分子对接计算，可行吗？
  我查到要在autodock中需要导入铜离子参数，但是不知道去哪里下载，求助各位指导一下。还有，是不是铜离子参数在所有情况下都是一样的？
  我是第一次接触分子对接，查过资料可能因为不太理解应该做的事是什么，只知道想要达到这个目的，在chem3D中画好了3D结构，进行了结构优化保存为了PDB格式，只是不知道能不能用，非常感谢大家
---------------------------------------------------------------分割线
图片是把铜离子放进chem3D后打算进行优化后提出的警告，说是没有找到原子类型。是因为铜离子还是需要有参数吗

作者
Author: abdoman 时间: 2017-3-6 14:33
看你是如何并行了。http://exxactcorp.com/blog/explo ... peer-communication/

一般是单gpu 跑单轨迹。
I/O 如果不是太频繁，我个人认为cpu 关系不大。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-6 14:33
autodock主要是用于把小分子对接到受体
铜离子这么对接不合适，autodock的打分函数也没有对应这种情况的。
如果想考察铜离子结合在哪里比较稳定，应该把铜离子放到可能结合的位置附近用量化方法优化，看结合到哪里自由能最低

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-3-6 14:57

sobereva 发表于 2017-3-6 14:33
autodock主要是用于把小分子对接到受体
铜离子这么对接不合适，autodock的打分函数也没有对应这种情况的。 ...

非常感谢您的回答

感觉有这个论坛真好，爱心

作者
Author: 大大大大大宝 时间: 2017-3-6 14:57

abdoman 发表于 2017-3-6 14:33
看你是如何并行了。http://exxactcorp.com/blog/exploring-the-complexities-of-pcie-connectivity-and-pee ...

努力去理解您说的，谢谢

作者
Author: laide 时间: 2022-1-17 22:16
想在楼主贴下问一下大佬们，那如果金属离子与结合位点形成的是共价结合，还可以用量化的方法吗，对接的方法可以吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-1-18 03:51

laide 发表于 2022-1-17 15:16
想在楼主贴下问一下大佬们，那如果金属离子与结合位点形成的是共价结合，还可以用量化的方法吗，对接的方法 ...

可以（且一般必须）用量化方法。而且相互作用的共价性越强，对接就越不适用，纯粹的非共价相互作用最适合对接，共价键最不适合对接，配位键介于两者之间

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-18 09:48

wzkchem5 发表于 2022-1-18 03:51
可以（且一般必须）用量化方法。而且相互作用的共价性越强，对接就越不适用，纯粹的非共价相互作用最适合 ...

目前也有不少程序支持共价对接，J. Chem. Inf. Model., 58, 1441 (2018)有对比测试。不过适用的范畴比较有限，考虑得比较多的是配体的显正电性的原子与半胱氨酸上的硫原子成键。

作者
Author: laide 时间: 2022-1-18 10:35

wzkchem5 发表于 2022-1-18 03:51
可以（且一般必须）用量化方法。而且相互作用的共价性越强，对接就越不适用，纯粹的非共价相互作用最适合 ...

感谢大佬

作者
Author: laide 时间: 2022-1-18 10:35

sobereva 发表于 2022-1-18 09:48
目前也有不少程序支持共价对接，J. Chem. Inf. Model., 58, 1441 (2018)有对比测试。不过适用的范畴比较 ...

感谢社长

作者
Author: laide 时间: 2022-1-18 10:39

sobereva 发表于 2022-1-18 09:48
目前也有不少程序支持共价对接，J. Chem. Inf. Model., 58, 1441 (2018)有对比测试。不过适用的范畴比较 ...

好像那些支持共价对接的软件都是一些有机小分子化合物和蛋白共价对接的，金属离子也能适用么，大佬

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-18 12:37

laide 发表于 2022-1-18 10:39
好像那些支持共价对接的软件都是一些有机小分子化合物和蛋白共价对接的，金属离子也能适用么，大佬

和这个不是一码事

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)