计算化学公社

标题: 我模拟几个有机分子形成晶体的结构，xtb怎么算周期性？ [打印本页]

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-18 09:36
标题: 我模拟几个有机分子形成晶体的结构，xtb怎么算周期性？
我有几个有机分子形成晶体，预先预测能不能形成，用xtb怎么算周期性的结构？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-18 15:28
可以试试直接用cp2k算。cp2k不仅支持GFN0-xTB和GFN1-xTB方法，还能用PBE-D3做精度更好的结构优化。
可以在windows用wsl很方便的安装cp2k：cp2k-2025.1在Debian-wsl2中的安装(附所需所有第三方库)
cp2k的输入文件可以借助multiwfn生成：使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
cp2k的系统学习见：第4届北京科音CP2K第一性原理计算培训班第一轮通知

作者
Author: tjuptz 时间: 2025-3-19 09:07
这是晶体结构搜索问题，在论坛里搜索，这个问题不是简单算算单点能或者结合能的问题

作者
Author: akakcolin 时间: 2025-3-19 09:50
可以用dftbplus，内有GFN1/2-xTB方法，可算周期性结构

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-19 13:22
xtb自己计算周期性的功能只支持GFN-FF力场，北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里详细xtb的时候我还专门给了个例子。其它的参考前面的回答。
GFN-FF对于有机分子间相互作用能的描述不明显逊于GFN1或2-xTB。

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-19 15:49

tjuptz 发表于 2025-3-19 09:07
这是晶体结构搜索问题，在论坛里搜索，这个问题不是简单算算单点能或者结合能的问题

是的，就是做构型搜索。我先用molclus产生500个初始构型，然后用crest计算结合后的结构。我用已知文献的一篇文献来算，如果不用周期性算，前面50个结构都没有文献的晶体结构。不知道用什么方法来预测了？

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-19 16:11
本帖最后由 wilely 于 2025-3-19 16:29 编辑

sobereva 发表于 2025-3-19 13:22
xtb自己计算周期性的功能只支持GFN-FF力场，北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里 ...

我现在用molclus产生500个初始构型，然后这500结构要怎么处理成周期性结构，再用GFN-FF一个个的优化吗，可以用什么软件自动全优化吗？

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-19 17:32

sobereva 发表于 2025-3-19 13:22
xtb自己计算周期性的功能只支持GFN-FF力场，北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里 ...

刚查了一下，现在ASE可以调用xtb算周期性,还有tblite可以直接用。

作者
Author: tjuptz 时间: 2025-3-20 17:20

wilely 发表于 2025-3-19 15:49
是的，就是做构型搜索。我先用molclus产生500个初始构型，然后用crest计算结合后的结构。我用已知文献的 ...

团簇没有晶胞相关参数，算不上晶体，可以了解下uspex和calypso

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-20 17:48

tjuptz 发表于 2025-3-20 17:20
团簇没有晶胞相关参数，算不上晶体，可以了解下uspex和calypso

不是团族，是几个有机分子形成的共晶。我用vesta取出晶胞做优化，vasp计算总是结束后输出NaN，没结果，不知道哪里错误

作者
Author: tjuptz 时间: 2025-3-20 18:17

wilely 发表于 2025-3-20 17:48
不是团族，是几个有机分子形成的共晶。我用vesta取出晶胞做优化，vasp计算总是结束后输出NaN，没结果，不 ...

你都有晶胞了还预测个啥劲儿

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-20 20:10

tjuptz 发表于 2025-3-20 18:17
你都有晶胞了还预测个啥劲儿

我重复文献的一个晶体，然后变换一个分子，看能不能形成晶体？

作者
Author: tjuptz 时间: 2025-3-21 09:56

wilely 发表于 2025-3-20 20:10
我重复文献的一个晶体，然后变换一个分子，看能不能形成晶体？

那你用文献里的晶胞替换分子也不太合理，这种是用uspex或者calypso做晶体结构搜索的研究范畴

作者
Author: wilely 时间: 2025-3-21 10:19

tjuptz 发表于 2025-3-21 09:56
那你用文献里的晶胞替换分子也不太合理，这种是用uspex或者calypso做晶体结构搜索的研究范畴

好的。这两个软件用过吗？复杂吗？

作者
Author: tjuptz 时间: 2025-3-21 10:40

wilely 发表于 2025-3-21 10:19
好的。这两个软件用过吗？复杂吗？

我没用过，这种工作量比较大。你可以看手册了解下选用哪个

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