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标题: 求助sobtop生成的文石碳酸钙的top文件缺失了二面角 [打印本页]

作者
Author: Plat1num 时间: 2025-3-18 14:03
标题: 求助sobtop生成的文石碳酸钙的top文件缺失了二面角
我用sobtop生成文石碳酸钙的拓扑文件，没有生成碳酸根中的二面角。我在sobtop根目录文件中的bondcrit.dta里做了如下的限制：Ca O 0.0 2.4、Ca C 0.0 2.9、Ca Ca 0.0 3.8 。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-19 14:30
碳酸根和Ca之间是离子键，Ca-Ca、Ca-C根本不成键，根本就不应该让它们判断为成键。不要什么晶体都盲目效仿http://sobereva.com/soft/Sobtop里面SiO2之类的共价晶体的例子
用sobtop直接对碳酸根产生拓扑文件，结合ions.itp里的Ca离子的拓扑信息做模拟就完了

此外，碳酸根本来就不牵扯到二面角。而且即便不用improper项，光靠三个angle项在MD中其平面性也不会有显著破坏

作者
Author: Plat1num 时间: 2025-3-20 17:26

sobereva 发表于 2025-3-19 14:30
碳酸根和Ca之间是离子键，Ca-Ca、Ca-C根本不成键，根本就不应该让它们判断为成键。不要什么晶体都盲目效仿h ...

感谢sob老师提示，这里我是做的限制不让Ca-C、Ca-Ca成键，我想复现一篇计算文石碳酸根的弹性模量的文章https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp202743v，以此来学习分子动力学。学的过程中确实在效仿http://sobereva.com/soft/Sobtop/里的例子。二面角是因为文章里的总势能提到了，所以比较纠结

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-20 18:04

Plat1num 发表于 2025-3-20 17:26
感谢sob老师提示，这里我是做的限制不让Ca-C、Ca-Ca成键，我想复现一篇计算文石碳酸根的弹性模量的文章ht ...

就那么四个原子，非要加就手动填上就完了

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