计算化学公社

标题: 欢迎试用在线分子，波函数，轨迹显示与编辑软件qMolStar [打印本页]

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-18 17:26
标题: 欢迎试用在线分子，波函数，轨迹显示与编辑软件qMolStar
本帖最后由 coolrainbow 于 2025-3-18 17:34 编辑

大家好，我们非常高兴和大家宣传一下我们最近的一个工作。开源软件MolStar （Mol*）是一个非常优秀的在线分子可视化程序，但是该程序主要适用于生物分子显示，不适合有机分子和波函数，原始的菜单也很难用，并且也没有分子编辑功能。我们基于MolStar做了大量的工作，推出了一个全新的分子可视化程序，暂时定名为qMolStar，比起原版添加了海量新功能，欢迎大家试用！

地址：http://molstar.szbl.ac.cn/viewer/
无需下载，点击即用！

格式
分子：qMolStar支持从XYZ、PDB、GRO、CIF、SDF、MOL等等几乎所有的分子格式
轨迹：几乎所有的拓扑文件格式（PSF，ITP等等）和轨迹文件格式（XYZ，DCD，等等）
波函数：支持波函数文件MWFN格式和高斯输入格式

下载：
支持直接输入PDB ID、SMILES式、PUBCHEM ID编号打开文件，无需手动下载

格式转换：
一键实现所有分子格式的转换

图片识别分子：
基于背后的AI模型，可以一键从图片识别出分子！
https://zhjun-sci.com/_images/image2mol.mp4
可以尝试把下图拖进网页里，就可以立即识别出三维结构
(, 下载次数 Times of downloads: 38)
(, 下载次数 Times of downloads: 27)

编辑：
实现接近GaussView的分子构造功能，可以从零开始画分子下载！
https://zhjun-sci.com/_images/build-mol.mp4

轨迹：
一键实现分子轨迹转换视频操作，无需安装任何插件，可下载mp4,avi,gif格式。
https://zhjun-sci.com/_images/record.mp4

波函数：
以Multiwfn作为后端，可以快速显示分子轨道和其它实空间函数，并可下载cube文件
https://zhjun-sci.com/_images/mo-view.mp4

分子选择：
支持VMD和pymol等多种语法选择分子，可以精确对分子进行可视化操作
https://zhjun-sci.com/_images/vmd-sel.mp4

下面是一些其它视频：

https://zhjun-sci.com/_images/view-mol.mp4
https://zhjun-sci.com/_images/view-mol2.mp4
https://zhjun-sci.com/_images/view-pdb.mp4

qMolStar每天都在上线新功能，欢迎大家提出宝贵意见！

截图：

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: gentle 时间: 2025-3-19 15:04
老师很厉害啊，这工具有考虑开源吗？molstar可以很方便的嵌入前端工程，也有streamlit上的实现，如果想用老师的工具二次开发是需要联系老师吗？

作者
Author: lanthanum 时间: 2025-3-19 16:44
把这个作为前端，将ABCluster功能都接入该多好啊。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-3-19 17:33
要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某Draw+某3D的效果……

说起来，PBC相关的编辑功能有计划加入么？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-19 17:46
这个AI一键识别太酷了，可否识别化学反应？以及在预先自定义R基的情况下，给一个含R基的分子结构，AI模型生成结构时能否自动把预先定义的R基装到分子上？
另外结合大语言模型，可否做【键线式+自然语言指令】转化为三维结构？比如画一个葡萄糖，然后告诉AI模型“列举出这个分子的羟基上面加2~4个甲基，得到的所有可能的分子”，输出若干xyz文件

作者
Author: wal 时间: 2025-3-19 18:14

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-19 17:33
要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某D ...

都画完键线式了为什么还要AI识图 XD 这些绘板都可以转mol格式导出很多库都能直接3D化的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-19 18:29

wal 发表于 2025-3-19 18:14
都画完键线式了为什么还要AI识图 XD 这些绘板都可以转mol格式导出很多库都能直接3D化的

因为这个键线式可能是从文献里截的，乃至在会议上拍的别人的ppt

作者
Author: wal 时间: 2025-3-19 18:37

wzkchem5 发表于 2025-3-19 18:29
因为这个键线式可能是从文献里截的，乃至在会议上拍的别人的ppt

这个我晓得我玩过别人的此类开源项目
但是我回复的那位小伙伴说嵌入个化学绘板，先在绘板上画键线式，画完再AI识别转结构，这个工作流就有点神奇了 XD

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-3-19 18:41

wal 发表于 2025-3-19 18:37
这个我晓得我玩过别人的此类开源项目
但是我回复的那位小伙伴说嵌入个化学绘板，先在绘板上画键线式， ...

哦，那确实。
不过如果AI识图能够更加robust，这种工作流也不是不可以。可以这么想，不是也有大把的人用deepseek解决百度一下就能解决的问题。。。但也不能说此时用deepseek就是神奇的工作流

作者
Author: wal 时间: 2025-3-19 18:56

wzkchem5 发表于 2025-3-19 18:41
哦，那确实。
不过如果AI识图能够更加robust，这种工作流也不是不可以。可以这么想，不是也有大把的人用 ...

短期有点难吧，不说开源项目，我用过提供这种功能的商业化软件(他们号称是AI识别)，起码在我使用的那段时间里它偶尔还是会出错的，尤其是会认错带电荷的原子
相较之下，绘板的API目前来说还是比较稳的，没咋听说哪家绘板有严重BUG

作者
Author: neocc 时间: 2025-3-19 19:10
本帖最后由 neocc 于 2025-3-19 19:13 编辑

棒~
之前在vscode里面有个基于mol*的插件，初次使用非常惊艳，10w原子的pdb秒开渲染效果也很棒，苦于迁移学习成本太高，还是回到了vmd。
张老师做的这个网站兼容vmd操作，非常适合新手入门。

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-19 19:56

gentle 发表于 2025-3-19 15:04
老师很厉害啊，这工具有考虑开源吗？molstar可以很方便的嵌入前端工程，也有streamlit上的实现，如果想用老 ...

再等一段时间，功能再多一些，反馈的bug再修复一些，会开源的

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-19 19:57

lanthanum 发表于 2025-3-19 16:44
把这个作为前端，将ABCluster功能都接入该多好啊。

会做的，但是现在task list很长，要慢慢来

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-19 19:58

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-19 17:33
要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某D ...

当前这个程序已经支持PBC了，包括显示超胞，不过还在继续优化

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-19 19:59

wzkchem5 发表于 2025-3-19 17:46
这个AI一键识别太酷了，可否识别化学反应？以及在预先自定义R基的情况下，给一个含R基的分子结构，AI模型生 ...

要做这个，请先给我两个研究生

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-19 20:01

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-3-19 17:33
要不再集成一个画键线式的工具（比如Ketcher或者ChemDoodle），画完直接AI识图生成三维结构，实现收费的某D ...

chemdoodle+3D试别确实可以有

作者
Author: exity 时间: 2025-3-19 21:34
看完回帖，感觉天下苦chemDraw+3D久也~

作者
Author: Keys 时间: 2025-3-23 13:26
尝试去建了一个模型，还是很方便的，操作手册如果更详细一点应该会更方便新手入门使用

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-3-24 18:12

coolrainbow 发表于 2025-3-19 19:58
当前这个程序已经支持PBC了，包括显示超胞，不过还在继续优化

请问一下，我载入一个金刚石cif文件，显示这样是正常的吗（网站还有待改进的意思）？
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作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-3-27 12:21

zjxitcc 发表于 2025-3-24 18:12
请问一下，我载入一个金刚石cif文件，显示这样是正常的吗（网站还有待改进的意思）？

对于晶体，默认只显示primitive cell
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
可以选择这里：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
选取特定的对称指标后，就可以显示完整的对称性
(, 下载次数 Times of downloads: 27)

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-28 20:30
这个有点太猛了，我们的工作正欠缺这一点。
我们在做简单量化/分子模拟的AI服务，也就是通过简单语言文本输入设计计算流程、自动执行计算的过程，设计出linux指令或者选择正确的模板参数不太难，生成正确的研究逻辑也有了框架。正想着怎么简化最初级使用者的操作——简化初始结构输入。从工程角度来说，这个最后一公里很可能是最遥远的距离。
coolrainbow老师的工作给了我们很大启示。

作者
Author: TinnKuka 时间: 2025-4-2 21:31
请问为什么在拖入文件的时候显示“Error: Error: undefined 网络请求错误”? 我换了不同的网络都是这样。

作者
Author: coolrainbow 时间: 2025-4-3 13:37

TinnKuka 发表于 2025-4-2 21:31
请问为什么在拖入文件的时候显示“Error: Error: undefined 网络请求错误”? 我换了不同的网络都是这 ...

Sorry，服务器刚换了https协议，部分网络服务当时还没来得及换，现在应该好了

作者
Author: quanta 时间: 2025-4-9 15:15
本帖最后由 quanta 于 2025-4-9 15:19 编辑

vscode里面有个叫protein viewer的扩展
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