计算化学公社

标题: 如何作径向分布函数图及其积分图的叠图？ [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-6 15:53
标题: 如何作径向分布函数图及其积分图的叠图？
如图所示的图是怎么做出来的呢？
单独的径向分布函数图及其积分图都会在origin做，但是两者的叠图是怎么做出来的呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-6 16:24
基本的origin操作问题而已。设两个层，每个层用不同的数据集来作图。不会的话google

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-9 15:43

sobereva 发表于 2017-3-6 16:24
基本的origin操作问题而已。设两个层，每个层用不同的数据集来作图。不会的话google

如图1所示红色的是径向分布，黑色的是积分图，横坐标的单位是Å。我先做的径向图然后再对径向图进行积分（analysis-calculus-integrate）得到单独的积分图及其数据，然后把两图的数据放一块做成如图所示的图，为什么我的图不能做成别人那样的？是我作图方法错了还是我的径向分布图有问题呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-9 17:52

15whyhq 发表于 2017-3-9 15:43
如图1所示红色的是径向分布，黑色的是积分图，横坐标的单位是Å。我先做的径向图然后再对径向图进行 ...

你的rdf看起来有点怪，或者统计的方式就不对。积分曲线相对于rdf曲线来看倒没什么错误
你可以先拿纯水体系的O-O rdf练手

作者
Author: kunkun 时间: 2017-3-10 11:02

sobereva 发表于 2017-3-9 17:52
你的rdf看起来有点怪，或者统计的方式就不对。积分曲线相对于rdf曲线来看倒没什么错误
你可以先拿纯水 ...

sob老师，我算出来的rdf（蛋白与溶剂）的好像和上面的也差不多（S型曲线）。。是不是也有点怪？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-10 11:07

kunkun 发表于 2017-3-10 11:02
sob老师，我算出来的rdf（蛋白与溶剂）的好像和上面的也差不多（S型曲线）。。是不是也有点怪？

对这种大分子的全部原子直接做rdf图其实根本没有什么意义，所有化学环境的原子都混淆在一起，什么也考查不了，rdf也表现不出什么结构特征来。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-20 17:47
求动力学模拟的中心分子周围合理的溶剂分子个数是像文献中的图那样用动力学的rdf图求积分图后再把rdf图及积分图叠在一块，从rdf图第一个峰后的最低点的横坐标值对应的积分图的纵坐标就是配位数吗? 这个操作过程对吗？

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-20 21:52
如图2 所示是我做的径向分布函数及其积分的叠图，横坐标的单位是nm，如果要把横纵标的单位改为Å，是不是纵坐标也得*10？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 01:30
积分值乘以体系中被计算的粒子平均数密度才是配位数，从rdf的基本定义上就知道

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-21 15:30
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-21 15:35 编辑

这篇文献里的求配位数的方法对吗？明明是确定中心QM部分周围合理的离子液体分子个数，为什么做的rdf图是阳离子与阴离子的呢？为什么不是QM的质心与环境中的离子液体的质心呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 16:01

15whyhq 发表于 2017-3-21 15:30
这篇文献里的求配位数的方法对吗？明明是确定中心QM部分周围合理的离子液体分子个数，为什么做的rdf图是阳 ...

我没时间具体读文章，但看样子人家就是要考察体系中阴阳离子质心之间的rdf，就这样做并没有问题

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-3-21 19:04
本帖最后由 15whyhq 于 2017-3-21 19:06 编辑

sobereva 发表于 2017-3-21 16:01
我没时间具体读文章，但看样子人家就是要考察体系中阴阳离子质心之间的rdf，就这样做并没有问题

哦，那可以帮忙解释下为什么rdf的第一个峰顶后的峰谷做垂线与rdf的积分图交点所对应的纵坐标就是配位数呢？给我一些相关的资料看也行的，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-21 19:06

15whyhq 发表于 2017-3-21 19:04
哦，那可以帮忙解释下为什么rdf的第一个峰顶后的峰谷做垂线与rdf的积分图交点所对应的纵坐标就是配位数呢 ...

随便找点rdf的资料，一看rdf定义立马就明白了

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