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标题: 伞形采样中PMF一直往上升该如何解决呢？ [打印本页]

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-3-19 11:44
标题: 伞形采样中PMF一直往上升该如何解决呢？
本帖最后由 znjnancy 于 2025-3-21 16:30 编辑

[attach]108669[/attach]我的体系是一个多肽吸附在固体表面，我想做解吸附轨迹的伞形采样，于是先牵拉后根据解吸附轨迹划分了60个窗口，前3nm内的窗口间隔0.05nm，pr 10ns，md 80ns；3nm之后窗口间隔0.1nm，pr 5ns，md 40ns，之后用wham计算得到上图的PMF，但是PMF一直往上升，在此之前，我跑过md 20ns→40ns，发现PMF的曲线都是往上跑的，到现在跑了80ns，PMF依旧是往上跑的，也尝试做了熵校正，发现校正过后的PMF还是往上跑的，感觉这个曲线没有尽头的样子，实在不知道△G到底该是哪一段？附上我牵拉后的pull参数如下：
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为了得到有平台期的PMF曲线，我又继续尝试不牵拉，直接通过pull参数生成间隔0.1nm的窗口55个，每个窗口pr 5ns，md 20ns，wham计算后发现，PMF曲线不仅是直的，连最初的那个漏斗状都不见了，直接一条线。我附上的我的pull参数如下：
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请问各位老师，我要解决PMF一直往上升的问题该再做什么尝试才有可能成功呢？如果不理PMF往上升的情况，△G是PMF曲线中的哪一段呢？

2025.3.21更新
为了查明是否是因为缺失了窗口导致的PMF有问题，我补齐了窗口后重算WHAM，发现得到的profile文件的第二列数字全是零
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附件是我的gmx wham的运行输出文件，我发现迭代到最后的maximum charge就变成0了。

接着我又去查看了生成平衡不同窗口的prd.gro文件，发现了异常。
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我再次尝试只计算0-24个窗口的wham，发现得到的profile文件的数值依然全是0.
我再次逐一查看各个窗口pullf.xvg文件，数值是正常的。大佬看看咋办，脑子的cpu已经被wham烧干了。

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-3-19 22:24
我觉得你首先应该先解决采样不均匀的问题，说不定你采样均匀了问题就迎刃而解了

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-3-20 10:33

海棠依旧cdut 发表于 2025-3-19 22:24
我觉得你首先应该先解决采样不均匀的问题，说不定你采样均匀了问题就迎刃而解了

可能是，我第二次不牵拉直接采样的profile.xvg没有数值，全是nan，我先把窗口补齐再看结果

作者
Author: scu_GuoPeng 时间: 2025-4-7 16:54
如果你的固体表面有极性的话，会生成无限大平行板电容器，PMF跑出来会呈直线上升。

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-4-8 15:19

scu_GuoPeng 发表于 2025-4-7 16:54
如果你的固体表面有极性的话，会生成无限大平行板电容器，PMF跑出来会呈直线上升。

我的固体表面有一定的极性，其中一面是羟基表面。如果确实是因为固体表面的极性导致PMF一直直线上升的话，我该取哪一段作为△G呢？我一共七个体系，同样的固体表面，不同质子化电荷状态的多肽去吸附，只有电荷为中性的多肽能跑出来PMF是有平台期的，其他体系全部都是PMF一直直线上升。我不知道该怎么判断哪个体系的吸附自由能高，哪个体系的吸附自由能低了

作者
Author: scu_GuoPeng 时间: 2025-4-8 16:44
我现在做的体系也是一面羟基表面，出现这种PMF一直上升的问题。我看别人的办法是建立一个相对的固体表面消除极性，然后再跑PMF。

作者
Author: scu_GuoPeng 时间: 2025-4-8 16:46
像这样

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-4-8 19:42

scu_GuoPeng 发表于 2025-4-8 16:44
我现在做的体系也是一面羟基表面，出现这种PMF一直上升的问题。我看别人的办法是建立一个相对的固体表面消 ...

我做的就是高岭石的固体表面，你可以分享一下你说的建立一个相对的固体表面消除极性的方法吗？我在想如何消除固体表面的极性呢？

作者
Author: scu_GuoPeng 时间: 2025-4-8 20:05
Molecular Dynamics Simulations of Uranyl and Uranyl Carbonate Adsorption at Aluminosilicate Surfaces 这是文章

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-4-9 10:28

scu_GuoPeng 发表于 2025-4-8 20:05
Molecular Dynamics Simulations of Uranyl and Uranyl Carbonate Adsorption at Aluminosilicate Surfaces ...

认真看了这篇EST的文章，发现他只是一句话带过，没有展示模拟体系的快照图。难道就是在z方向的上下两面放了高岭石，中间充满水，然后再跑PMF吗？我试试他的方法看看是否可行

作者
Author: scu_GuoPeng 时间: 2025-4-9 17:00

znjnancy 发表于 2025-4-9 10:28
认真看了这篇EST的文章，发现他只是一句话带过，没有展示模拟体系的快照图。难道就是在z方向的上下两面放 ...

上下两面高岭石的放置必须羟基面对羟基面

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-4-9 17:49

scu_GuoPeng 发表于 2025-4-9 17:00
上下两面高岭石的放置必须羟基面对羟基面

谢谢提醒。我同时做了两个体系，一个是上下两个高岭石，羟基面对硅氧烷表面，一个是羟基面对羟基面，我就想看看哪个体系可以跑出平台期

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-6-10 18:23
解决了，果然是因为固体表面的极性导致PMF一直往上升的问题，通过对称固体消除极性，PMF 有平台期了。

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