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标题: 求助：VMD如何合并两个data文件 [打印本页]

作者
Author: yyyyya 时间: 2025-3-19 11:46
标题: 求助：VMD如何合并两个data文件
我想要将导入的两个data文件合并为一个data文件导出请问这个如何实现呢
（PS：开始我尝试了使用了LAMMPS的readdata命令但是因为两部分分别弛豫过合在一起就会有原子从边界穿越想问一下大家通常是怎样把两部分弛豫过的data文件合并的呢）

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2025-3-19 13:36
本帖最后由 Lacrimosa 于 2025-3-19 13:37 编辑

VMD tkconsole里输入
::TopoTools::mergemols [list 0 1]
topo writelammpsdata out.data full

合并前确保不同结构间保持足够的距离，避免有原子重叠

作者
Author: yyyyya 时间: 2025-3-19 14:36

Lacrimosa 发表于 2025-3-19 13:36
VMD tkconsole里输入
::TopoTools::mergemols
topo writelammpsdata out.data full

非常感谢刚刚试了一下确实可以实现但我还有个问题就是这样导出的data文件里面缺失的部分应该用什么方式补全呢

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2025-3-19 20:19

yyyyya 发表于 2025-3-19 14:36
非常感谢刚刚试了一下确实可以实现但我还有个问题就是这样导出的data文件里面缺失的部分应该用什么方 ...

你是指成键关系之类的参数么？那些好像确实会缺失。可以用topo addbond一类的命令添加，具体怎么用输入topo就会返回命令手册。

如果觉得重写成键关系太麻烦也可以直接用lammps把data文件组合起来（感觉这个方法也挺折腾的，要是有像gmx那种itp文件就好多了）
这里提供个例子
in文件：
units real
atom_style full

pair_style    lj/class2/coul/long 10
bond_style    class2
angle_style    class2
dihedral_style  class2
improper_style  class2

kspace_style pppm 1e-4

read_data C6.data extra/atom/types 5 &
      extra/bond/types 8 &
      extra/angle/types 15 &
      extra/dihedral/types 19 &
      extra/improper/types 12 &
      extra/bond/per/atom 4 &
      extra/angle/per/atom 6 &
      extra/dihedral/per/atom 12 &
      extra/improper/per/atom 6 &
      extra/special/per/atom 16
read_data C7O.data add append offset 3 4 7 7 6 shift 0.0 0.0 50.0
write_data out.data

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-21 13:46
本帖最后由 Graphite 于 2025-3-21 13:47 编辑

lammps搞多个子体系的data确实很恼人，如果直接手搓，精神一旦不集中就容易类型、序号之类的有疏漏。

要保留拓扑，要么用楼上read_data + append的方式，要么也可以转换为molecule template(.txt文件)，然后设置空盒子再手动用molcule相关语句填这两个体系

当然我后来是直接用cursor生成了个脚本专门用来merge体系的，上下文给两个小data文件，然后提示词比如“根据lammps data文件的结构和逻辑，生成一个用于合并体系的python脚本，实现以下功能:1、保留所有原始类型、拓扑连接性信息，2.对类型序号和原子（键、键角等）序号进行重排，3.允许对各体系进行平移操作，4.考虑用面向对象思维操作data文件，最终实现封装成单一函数，5.if __name__ == "__main__"入口中用argparse实现命令行入口。”

作者
Author: li471761686 时间: 2025-9-12 00:01

Graphite 发表于 2025-3-21 13:46
lammps搞多个子体系的data确实很恼人，如果直接手搓，精神一旦不集中就容易类型、序号之类的有疏漏。

要 ...

方便分享下脚本嘛

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