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标题: 周期的三维结构在下方box中放水水填不满怎么办 [打印本页]

作者
Author: 潇潇的kk 时间: 2025-3-19 18:03
标题: 周期的三维结构在下方box中放水水填不满怎么办
我想利用毛细现象在我的三维碳结构下填充一个8nm的水层（多孔碳结构z=7.5）然后把水吸上去，但是使用gmx solvate -cp out.gro -cs tip4p.gro -o conf.gro 指令的时候发现水填不满下方的的盒子，反而在形成水阵的形式见图1。我怎么做可以填满整个下方。以前做碳纳米管的时候也遇到类似现象，也没解决。请大家支支招

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Author: sobereva 时间: 2025-3-19 18:10
方法1 先做个纯水盒子，再放三维碳结构到上头
方法2 用packmol或gmx insert-molecules

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Author: 潇潇的kk 时间: 2025-3-19 21:43

sobereva 发表于 2025-3-19 18:10
方法1 先做个纯水盒子，再放三维碳结构到上头
方法2 用packmol或gmx insert-molecules

感谢老师，老师能不能介绍一下第一种的操作？我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是放在VMD之后显示不出来很苦恼

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-20 04:19

潇潇的kk 发表于 2025-3-19 21:43
感谢老师，老师能不能介绍一下第一种的操作？我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是 ...

合并之后记得改gro文件里的原子数

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Author: 潇潇的kk 时间: 2025-3-20 15:33

sobereva 发表于 2025-3-20 04:19
合并之后记得改gro文件里的原子数

好的老师，我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了，但是现在这样水分子毛细不上去了，就是在原有水层运动。是我结构的问题吗？使用gmx solvate 添加的水分子在同样的条件下很快就上去了

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Author: sobereva 时间: 2025-3-20 16:23

潇潇的kk 发表于 2025-3-20 15:33
好的老师，我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了，但是现在这样水分子毛细不上去了，就是在原有水层运 ...

检查密度，是不是密度太低，因而压力太小

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