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标题: GkS-EDA能量分解结果正常输出，但是能量数值有问题 [打印本页]
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-20 14:45
标题: GkS-EDA能量分解结果正常输出，但是能量数值有问题
本帖最后由 yanglin123 于 2025-3-21 20:33 编辑

使用Gamess进行GKS-EDA进行能量分解时，结果显示的数值大到离谱，检查了inp文件的坐标和基组都没啥问题，还是不知道原因是什么？
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-20 15:33
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-3-20 15:39 编辑

正常的啦，本论坛上几乎所有GKS-EDA问题点进去看，底层都是这两个问题：
（1）GAMESS XEDA的输入文件很复杂，用户经常写得不合理；
（2）如果含2个片段，GKS-EDA要做5个SCF计算，其中至少有1个SCF不收敛（GAMESS是不会直接报错的），导致结果是异常数值或直接显示NAN。这是因为GAMESS的SCF收敛性比较差，可调节收敛的关键词也很少，不像Gaussian本身SCF收敛性就很好，还有一箩筐关键词可以尝试（解决SCF不收敛问题的方法http://sobereva.com/61）

另外，当前基组似乎是def2-SVP，这个有点太小了。我知道对于硬要手写GKS-EDA输入文件的用户来说，在def2TZVP下获得收敛的结果是很有难度的。比如目前def2-SVP下问题都没解决，更不要谈def2TZVP。

解决办法很简单：
写一个包含片段信息的gjf文件，用Gaussian做完这5个SCF计算，传5套轨道给GAMESS，同时自动生成GKS-EDA输入文件，几乎100%收敛。假设gjf文件名为Be_def2SVP.gjf，内容如下
  1. %nprocshared=48
  2. %mem=180GB
  3. #p PBEPBE/def2SVP guess(fragment=2) em=GD3

  5. {gks}

  7. 0 1 0 2 0 -2
  8. Be(fragment=1)     -3.18866100   -0.00018800   -0.12293000
  9. N(fragment=1)     -4.15270900   -1.31076500    0.17954400
  10. N(fragment=1)     -4.15243000    1.31054400    0.17977400
  11. C(fragment=1)     -5.42561600    1.22399200    0.57351600
  12. C(fragment=1)     -5.42587700   -1.22400600    0.57330000
  13. C(fragment=1)     -6.08662200    0.00004500    0.77302600
  14. H(fragment=1)     -3.80977600   -2.27207300    0.08791400
  15. H(fragment=1)     -5.98989400   -2.15911300    0.75407800
  16. H(fragment=1)     -7.13485200    0.00012800    1.09722500
  17. H(fragment=1)     -5.98943200    2.15918800    0.75446000
  18. H(fragment=1)     -3.80928500    2.27179300    0.08830900
  19. Al(fragment=2)     -0.94325400   -0.00020100   -0.76863400  
  20. O(fragment=2)      0.78533400   -0.00002900    0.38860500
  21. N(fragment=2)     -0.19576700   -1.70024200   -1.24626700
  22. N(fragment=2)     -0.19602700    1.69993800   -1.24636400
  23. C(fragment=2)      1.55413200   -1.17311800    0.24238900  
  24. C(fragment=2)      1.55395200    1.17316900    0.24232000
  25. C(fragment=2)      0.98458900   -2.09999700   -0.66027300
  26. C(fragment=2)      0.98427000    2.09990700   -0.66039900
  27. C(fragment=2)      1.73388000   -3.29176200   -0.83740800
  28. H(fragment=2)      1.35470200   -4.08058000   -1.50596300
  29. C(fragment=2)      2.81264700   -1.24372200    0.82895800
  30. C(fragment=2)      2.97994100   -3.44142100   -0.20050500
  31. C(fragment=2)      1.73338200    3.29177300   -0.83760800
  32. H(fragment=2)      1.35408600    4.08049200   -1.50621300
  33. C(fragment=2)      3.54108400   -2.43275400    0.60541700
  34. H(fragment=2)      4.54322300   -2.55696500    1.04258300     
  35. C(fragment=2)      2.81245800    1.24399800    0.82888500
  36. C(fragment=2)      2.97942100    3.44165900   -0.20071500
  37. C(fragment=2)      3.29517600    0.00019700    1.56500900
  38. C(fragment=2)      3.54071500    2.43312700    0.60527000
  39. H(fragment=2)      4.54283600    2.55751600    1.04242900
  40. H(fragment=2)     -0.62082500   -2.39751000   -1.86116300
  41. H(fragment=2)      3.54764700   -4.37075400   -0.36541200
  42. H(fragment=2)      4.39952600    0.00028300    1.65427300
  43. H(fragment=2)      3.54698800    4.37106700   -0.36568000
  44. H(fragment=2)     -0.62117300    2.39708800   -1.86133200
  45. H(fragment=2)      2.89384400    0.00019700    2.60571700

复制代码
它可以用GaussView打开，每个片段有不同的高亮色彩，比GAMESS的GKS-EDA火星文输入文件好多了。提交计算任务
  1. frag_guess_wfn Be_def2SVP.gjf >Be_def2SVP.out 2>&1
复制代码
我们不需要去手动提交Gaussian任务，frag_guess_wfn会自动调用Gaussian五次。约5 min算完，当前目录下有Be_def2SVP.out，包含5个SCF计算结果。也有Be_def2SVP.inp文件，包含GKS-EDA计算一切信息。打开这个inp文件，将这行
  1. $SCF DIRSCF=.T. DIIS=.F. SOSCF=.T. $END
复制代码
修改为
  1. $SCF DIRSCF=.T. DIIS=.T. SOSCF=.F. $END
复制代码
大部分时候不需要修改这里，当前这个例子需要。GAMESS的SCF不太稳定，有的体系适合SOSCF，有的适合DIIS。然后提交GKS-EDA任务，比如
  1. $HOME/software/gamess_xeda/rungms Be_def2SVP.inp 00 48 >Be_def2SVP.gms 2>&1
复制代码
不到2 min算完，正常结束，没有异常数值。用这套技巧还可以做def2TZVP下的计算，方便得很。

frag_guess_wfn是开源程序MOKIT中的一个小程序，用于高效、自动完成LMO-EDA, GKS-EDA, SAPT0各种常见能量分解任务，将SCF计算剥离出来 采用Gaussian高效完成，随后传轨道给 进行能量分解的程序，让其极速完成SCF计算，进入能量分解步骤。更多例子可以看https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-3.html
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 09:07
本帖最后由 yanglin123 于 2025-3-24 09:41 编辑
zjxitcc 发表于 2025-3-20 15:33
正常的啦，本论坛上几乎所有GKS-EDA问题点进去看，底层都是这两个问题：
（1）GAMESS XEDA的输入文件很复 ...

真的很感谢老师的回复，我按照您的安装说明试了一下安装MOKIT,因为我只用到frag_guess_wfn小程序，所以我只用了Section 2.2.3的内容，按照您的说明下载了Section2.2.2中的预编译的MOKIT，我看到有三个压缩包，这三个都要下载下来吗如下：
centos7_conda_py38 centos7_conda_py39
py39_gcc10
py310_gcc10
下载完之后要启动电脑自带的python然后输入以下命令吗
unzip mokit-master_linux_centos7_conda_py39.zip
rm -f mokit-master_linux_centos7_conda_py39.zip
mv mokit-master_linux_centos7_conda_py39 mokit
之后要如何文件中编写环境变量呢？是需要打开哪个文件吗？电脑小白，不太懂怎么安装，很抱歉问老师这样小白的问题，我昨天尽力去试了，也搜了很多帖子，实在整不明白了，时间有点紧迫，所以必须来请教老师。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-21 09:46
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-3-21 11:52 编辑
yanglin123 发表于 2025-3-21 09:07
真的很感谢老师的回复，老师您能把昨天生成的Be_def2svp.inp文件发我一份吗，我按照您的安装说明试了一下 ...

忘掉你在3L说的内容。到这个网页上下载Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh，发送到你的Linux机器上，运行
  1. chmod +x Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh
  2. ./Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh
复制代码
跟着提示走，有两三个按y或yes之类的问题。完成安装，退出机器，重新登录，此时可以发现用户名前面有一个(base)，长得像这样
  1. (base) [jxzou@mu012 ~]$
复制代码
现在运行
  1. conda create -n mokit-py311 python=3.11
  2. conda activate mokit-py311
  3. conda install mokit -c mokit
复制代码

此时可以发现用户名前面有一个(mokit-py311)。现在可使用frag_guess_wfn小程序，不需要写环境变量，不需要下载你在3L说的那些压缩包。也有其他安装方式，但这是操作起来最简单的了，如果这也看不懂，可以找实验室师兄帮忙。
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 09:52
zjxitcc 发表于 2025-3-21 09:46
忘掉你在3L说的内容。到这个网页上下载Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh，发送到你的Linux机器上，运 ...

感谢老师，我再试试
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 11:38
zjxitcc 发表于 2025-3-21 09:46
忘掉你在3L说的内容。到这个网页上下载Anaconda3-2024.02-1-Linux-x86_64.sh，发送到你的Linux机器上，运 ...

老师，已经安装成功了，但是好像无法启用frag_guess_wfn小程序，显示找不到，是我少了什么步骤吗
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-21 11:51
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-3-21 12:43 编辑
yanglin123 发表于 2025-3-21 11:38
老师，已经安装成功了，但是好像无法启用frag_guess_wfn小程序，显示找不到，是我少了什么步骤吗

该按y的时候就按y，不要把下一步应该敲的命令提前贴进去啊，要仔细看屏幕提示啊，英文也要看是什么，不能无脑贴下一步的命令啊
请反复阅读4L的回复
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 15:13
本帖最后由 yanglin123 于 2025-3-22 10:08 编辑
zjxitcc 发表于 2025-3-21 11:51
该按y的时候就按y，不要把下一步应该敲的命令提前贴进去啊，要仔细看屏幕提示啊，英文也要看是什么， ...

知道啦谢谢老师，提交之后当前目录下出现了5个gif文件还有out文件，但是out文件出错了，显示：ERROR in subrouitine submit gau job: Gaussian job failed.
Please open file 001-Be def2svp.log and check.    打开001-Be文件需要检查什么呢？

作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-21 15:33
yanglin123 发表于 2025-3-21 15:13
知道啦谢谢老师，提交之后当前目录下出现了5个gif文件还有out文件，但是out文件出错了，显示：ERROR in s ...

（1）我在2L回复中写着内存180GB、核数48是示例，如果你的机器配置没有这么高，应当将这两个数字改小。
（2）要确保机器上有g09/g16，比如运行
which g09
which g16
可检查是否有Gaussian可用。frag_guess_wfn需要调用Gaussian做DFT计算。
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 15:36
zjxitcc 发表于 2025-3-21 15:33
（1）我在2L回复中写着内存180GB、核数48是示例，如果你的机器配置没有这么高，应当将这两个数字改小。
...

好的老师，谢谢老师！我再试试。
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 16:21
zjxitcc 发表于 2025-3-21 15:33
（1）我在2L回复中写着内存180GB、核数48是示例，如果你的机器配置没有这么高，应当将这两个数字改小。
...

老师，是需要把g09安装到Linux目录下吗
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-21 16:23
yanglin123 发表于 2025-3-21 16:21
老师，是需要把g09安装到Linux目录下吗

做计算的课题组的大部分机器都有g09/g16，不用你自己安装。你平时不用g09/g16吗？
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-21 16:30
本帖最后由 yanglin123 于 2025-3-21 16:35 编辑
zjxitcc 发表于 2025-3-21 16:23
做计算的课题组的大部分机器都有g09/g16，不用你自己安装。你平时不用g09/g16吗？

用的老师，但是我看了这台笔记本电脑的Linux确实没有高斯。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-21 21:56
yanglin123 发表于 2025-3-21 16:30
用的老师，但是我看了这台笔记本电脑的Linux确实没有高斯。

可以到有g09/g16的Linux服务器上安装MOKIT、用frag_guess_wfn。
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-22 10:54
zjxitcc 发表于 2025-3-21 21:56
可以到有g09/g16的Linux服务器上安装MOKIT、用frag_guess_wfn。

谢谢老师，成功得到inp文件啦，接下来可以直接将inp文件提交到集群上吗?
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-22 17:34
zjxitcc 发表于 2025-3-21 21:56
可以到有g09/g16的Linux服务器上安装MOKIT、用frag_guess_wfn。

成功算出来了，数据不在异常了，再次感谢老师！MOKIT程序太好用了
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-24 09:08
zjxitcc 发表于 2025-3-21 21:56
可以到有g09/g16的Linux服务器上安装MOKIT、用frag_guess_wfn。

再次感谢老师，MOKIT程序太好用了，已经成功算出来了，收敛了且数据没有异常
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-25 09:04
本帖最后由 yanglin123 于 2025-3-25 14:53 编辑
zjxitcc 发表于 2025-3-20 15:33
正常的啦，本论坛上几乎所有GKS-EDA问题点进去看，底层都是这两个问题：
（1）GAMESS XEDA的输入文件很复 ...

老师，您好，我用您的方法试了一下另一个体系，但是并没有收敛，这是什么原因呢
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-3-25 12:14
yanglin123 发表于 2025-3-25 09:04
老师，您好，我用您的方法试了一下另一个体系，但是并没有收敛，这是什么原因呢

GAMESS的SCF算法比较差，即使提供收敛的轨道，也有可能优化着跑开了。你可以把$SCF那一行改成这个
$SCF DIRSCF=.T. DIIS=.F. SOSCF=.T. RESET=.F. $END
这会在MOKIT下一次更新的时候作为默认关键词写进inp文件。
作者
Author: yanglin123    时间: 2025-3-25 14:49
zjxitcc 发表于 2025-3-25 12:14
GAMESS的SCF算法比较差，即使提供收敛的轨道，也有可能优化着跑开了。你可以把$SCF那一行改成这个
$SCF  ...

好的谢谢老师，我再试试



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