计算化学公社

标题: 求助：read data命令合并两个Data文件报错 [打印本页]

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-21 15:54
标题: 求助：read data命令合并两个Data文件报错

我尝试用read data命令来合并TiO2底板和球形水分子，然后报错ERROR：Subsequent read data induced too many angles per atom (src/read_data.cpp:1763)。
我输入的in文件如下：
units       real
dimension    3
boundary       p p p
atom_style    full
neighbor       2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes

#read_data             H2O-1.data extra/atom/types 2 extra/bond/per/atom 2  extra/angle/per/atom 1
read_data             TiO2-001.data extra/atom/types 2 extra/bond/types 1  extra/angle/types 1

#create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
            #extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1
#第二次调用read_data命令，读取Cu.data,offset关键字说明原子类型+1
#shift设置读取Cu模型后，Cu原子尺寸整体沿-y方向偏移22埃米

#read_data             TiO2-001.data add append offset 2 0 0 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个
read_data             H2O-1.data add append group H2O offset 2 1 1 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个

write_data             he.data
水的data文件开头如下：LAMMPS data file via write_data, version 29 Aug 2024, timestep = 0, units = real

4110 atoms
2 atom types
2740 bonds
1 bond types
1370 angles
1 angle types

0 111.9 xlo xhi
0 111.9 ylo yhi
0 100.01 zlo zhi

Masses

1 15.9994
2 1.008
TiO2文件的开头如下：
LAMMPS Description

   32400  atoms
   21600  bonds
   0  angles
   0  dihedrals
   0  impropers

2  atom types
1  bond types
1 angle types
   0  dihedral types
   0  improper types

  0 111.9 xlo xhi
  0 111.9 ylo yhi
  0 100.01 zlo zhi

Masses

1 47.8670  # Ti
2 15.9994  #
想请教一下，我这样运行报错的原因是什么呢

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-21 17:00
本帖最后由 Graphite 于 2025-3-21 17:01 编辑

extra/angle/per/atom先调大，增加10、100都没关系。这个只是增加预留的内存空间，不会影响具体计算的实施。其余extra/bond/per/atom extra/special/per/atom等类似。

顺便一说extra/atom/types这种和extra/.../per/atom是不一样的，前者是你真的要定义相应的类型，后者只是预留空间。

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-21 20:00

Graphite 发表于 2025-3-21 17:00
extra/angle/per/atom先调大，增加10、100都没关系。这个只是增加预留的内存空间，不会影响具体计算的实施 ...

感谢您！已经调整到100了，但是会出现warnning，WARNING: Bonds are defined but no bond style is set (src/force.cpp:197)
WARNING: Likewise 1-2 special neighbor interactions != 1.0 (src/force.cpp:199)
WARNING: Angles are defined but no angle style is set (src/force.cpp:202)
WARNING: Likewise 1-3 special neighbor interactions != 1.0 (src/force.cpp:204)
WARNING: Communication cutoff is 0.0. No ghost atoms will be generated. Atoms may get lost. (src/comm_brick.cpp:210)。用ovito可视化了，也观察了data文件，原子键角信息倒是没缺少，但是出现这种WARNING，还想请教您一下，不知这种情况，对于后续是否会影响计算呢？

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-21 20:21

hjz_ncepu 发表于 2025-3-21 20:00
感谢您！已经调整到100了，但是会出现warnning，WARNING: Bonds are defined but no bond style is set ( ...

你没定义bond style和bond coeff吧，跑起来就没有键力。这模型里只有单纯的bond没有dihed和相关的special类型，special这个WARNING是没事。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)