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标题: 油水两相界面，拉伸分子动力学模拟和采样相关问题 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-3-21 17:03
标题: 油水两相界面，拉伸分子动力学模拟和采样相关问题
模拟体系为油水两相界面，先经过NPT之后使得油相中活性分子吸附在界面，然后把界面吸附的一个活性分子拉下来，参数设置如下：
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拉伸完后通过可视化发现被拉伸的分子几乎没有移动，反复在界面附近波动，但是通过对该分子位置坐标随着时间的变化分析发现分子确实沿着z轴发生了移动，请问能否说明该分子已经被拉动？还有其他方法可以验证吗？
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另外，拉伸结束后进行了伞状采样，采样思路是对拉伸过程生成一系列构象然后对每个构象计算拉伸组和参考组之间的距离，然后根据这一组距离进行筛选，每隔一段距离采样一次，最后得到的采样直方图和能量如下（绘制成一幅图了，能量是图里的红色粗线，对应右边纵坐标）：
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请问这个采样思路是否合理？有些部分并没有采样，但是有些地方又被多次采样为什么？有什么推荐的采样方法吗？

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-21 17:38
是不是油相和小分子一起向z方向移动了，z绝对坐标完美移动，小分子和油相绝对坐标只是小范围波动。
也就是周期性和相对位置的问题，例如是三轴都是周期性，跑的时候整个体系的绝对坐标如图2下一样都在向z方向移动，只不过因为vmd等软件显示的时候以第0帧为基准，显示的是相对运动，如图2上的情况。
先解决这个问题，然后第二步采样的时候每个采样窗口调整k，令它在每个窗口都固定好，做到比较均匀的采样。

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