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标题: 请教关于Martini3中珠子尺寸选择的问题 [打印本页]
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Author: jrfjrf123    时间: 2025-3-21 18:27
标题: 请教关于Martini3中珠子尺寸选择的问题
本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-21 18:39 编辑

之前我在论坛上也提出了一些关于这个主题的问题：http://bbs.keinsci.com/thread-52004-1-1.html，
其中主要讨论了密度和RDF不匹配的问题

之后进行了一些验证，发现在直链聚合物上，尽可能的取大尺寸的Martini珠子能更好的还原AA模型中的溶剂可及表面积（SASA）
列如对于PTMG：

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

将其划分为： (, 下载次数 Times of downloads: 38) 这样的模型

上面的珠子划分会优于： (, 下载次数 Times of downloads: 44)

在相同的探针尺寸（0.191nm，取自文献[1]推荐）下，前者的SASA为与对应的AA模型的SASA的偏差为3.3%， 后者为6.24%。

而如果将探针尺寸进一步缩小，根据我对SASA算法原理的理解，应该就能近似得到其vdw表面积
如果取探针尺寸为0.01nm，前者的vdw_surf=19.074，后者为15.7，与对应AA模型的vdw_surf偏差分别为4.69%和13.65%
因此我可以推断，第一个CG模型更适合PTMG

但更进一步的，对MDI：

(, 下载次数 Times of downloads: 44)

的粗粒化过程中我发现，选择T珠子作为芳香环的粗粒化珠子获得的以下三种模型，其CG模型的SASA与AA模型的SASA都有7%的偏差：

model1: (, 下载次数 Times of downloads: 39) ,
model2: (, 下载次数 Times of downloads: 42) ,
model3: (, 下载次数 Times of downloads: 40)

而且其vdw_surf偏差也均在13%左右。进一步我用蒙特卡洛方法计算了model2，model3的的CG与AA模型的vdw体积，偏差达到了42%，
这明显会造成CG模型的密度会显著小于AA模型的密度

因此我想请教一下大家是否有发现这样的现象，该如何解决在Martini3 粗粒化框架下密度不匹配的问题




[1] SOUZA P C T, ALESSANDRI R, BARNOUD J, et. al.. Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics[J/OL]. Nature Methods, 2021, 18(4): 382-388. DOI:10.1038/s41592-021-01098-3.
  

作者
Author: jrfjrf123    时间: 2025-4-17 09:06
更新一下之前的研究，发现苯环使用T珠子的效果不如使用S珠子的效果：
(, 下载次数 Times of downloads: 36)

这个模型的sasa也和全原子模型的最接近：

(, 下载次数 Times of downloads: 41)

有理由相信，在Martini3力场映射选择中，苯环上使用S珠子在维持分子外形上更具有优势，
这个映射方案也是和Martini2 的映射方案类似
作者
Author: Nakoooo    时间: 2025-10-22 10:00
老师，映射选择使用珠子还需要自己手动选择吗？这段时间也一直在做，我还真没关心过这个问题，想问一下您是通过什么参考到的呢？
作者
Author: 不想飞的猫头鹰    时间: 2025-10-22 18:33
Nakoooo 发表于 2025-10-22 10:00
老师，映射选择使用珠子还需要自己手动选择吗？这段时间也一直在做，我还真没关心过这个问题，想问一下您是 ...

同问。想问下对于一个任意小分子进行martini2或3进行珠子映射并产生粗粒化的gro和拓扑文件有没有教程呀，十分感谢
作者
Author: yuzc    时间: 2025-10-22 18:49
martini3还得迭代几版才能更普适。官方没测过的案例目前用martini2比较好，像苯就是SC5就完了。
作者
Author: student0618    时间: 2025-10-22 19:35
不想飞的猫头鹰 发表于 2025-10-22 18:33
同问。想问下对于一个任意小分子进行martini2或3进行珠子映射并产生粗粒化的gro和拓扑文件有没有教程呀， ...

(, 下载次数 Times of downloads: 0)





作者
Author: 不想飞的猫头鹰    时间: 2025-10-23 13:30
student0618 发表于 2025-10-22 19:35
  • 官网3个教程 https://cgmartini.nl/docs/tutorials/Martini3/tutorials.html

    • 太感谢啦，mark一下学习学习
    作者
    Author:     jrfjrf123    时间: 2025-10-31 15:00
    本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-10-31 15:06 编辑
    不想飞的猫头鹰 发表于 2025-10-22 18:33
    同问。想问下对于一个任意小分子进行martini2或3进行珠子映射并产生粗粒化的gro和拓扑文件有没有教程呀， ...

    @Nakoooo

    可以直接看Martini3 文献的SI： (, 下载次数 Times of downloads: 4)

    里面”Supplementary Notes C“部分详细描述了应如何选择bead和相应的type，我是按照这个教程操作的

    benchmark的方法也是SI里提供的

    因为我做的不是传统生物体系，不能使用大部分基于生物体系开发的bead自动标记库，能参考的文献也

    比较少，所以只能笨办法去一个个试了，不过后面我做性质测试时候发现效果还是不理想
    作者
    Author:     jrfjrf123    时间: 2025-10-31 15:02
    yuzc 发表于 2025-10-22 18:49
    martini3还得迭代几版才能更普适。官方没测过的案例目前用martini2比较好，像苯就是SC5就完了。

    确实，苯环用TC5会使得体系密度严重偏离，应该是没做好参数适配
    作者
    Author:     不想飞的猫头鹰    时间: 2025-10-31 16:52
    jrfjrf123 发表于 2025-10-31 15:00
    @Nakoooo

    可以直接看Martini3 文献的SI：

    感谢楼主



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