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标题: 求助：LAMMPS中data文件的信息如何由chagre转换为full [打印本页]

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-21 20:12
标题: 求助：LAMMPS中data文件的信息如何由chagre转换为full
请问，如何将data文件中的原子charge信息改为full类型呢？在晶体结构网站下载了锐钛矿二氧化钛的CIF文件，然后用MS打开，进行001晶面切胞后，然后进行扩胞，导出pdb文件，然后再用atomsk将pdb文件转成data文件，data文件中的原子信息类型为Charge，请问如何转成full类型？Data信息如下：

   10800  atoms
         2  atom types

   0.000000000000    111.900000000000  xlo xhi
   0.000000000000    111.900000000000  ylo yhi
   0.000000000000    100.01000000000  zlo zhi

Masses

         1 47.86700000          # Ti
         2 15.99900000          # O
Atoms # charge
      1 1 4.000000       0.000000000000    0.000000000000    8.902000000000
      2 1 4.000000       1.865000000000    1.865000000000    4.216000000000
      3 1 4.000000       0.000000000000    1.865000000000    1.874000000000
      4 1 4.000000       1.865000000000    0.000000000000    6.559000000000
      5 2  -2.000000       0.000000000000    0.000000000000    1.406000000000
      6 2  -2.000000       1.865000000000    1.865000000000    6.091000000000
      7 2  -2.000000       0.000000000000    1.865000000000    3.748000000000
      8 2  -2.000000       1.865000000000    0.000000000000    8.433000000000
      9 2  -2.000000       1.865000000000    0.000000000000    4.685000000000
      10 2  -2.000000       0.000000000000    1.865000000000    0.000000000000
      11 2  -2.000000       1.865000000000    1.865000000000    2.343000000000
      12 2  -2.000000       0.000000000000    0.000000000000    7.027000000000然后尝试用moltemplate，但是一直报错。对于二氧化钛采用MA势，但是上面data文件中的charge与MA势的charge不一致，不知道是否是因为这个原因？还有个疑问，就在lt文件中，对于  write("Data Atoms")部分，以及后面的，需要列出全部的原子信息吗？也就是上述data文件中的    10800  atoms，还是仅采用扩胞前的单个001晶面晶胞
即可？如果不采用moltemplate，还有什么其他方法吗？

作者
Author: PLwang 时间: 2025-3-21 22:12
https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom
我的习惯是，使用此工具快速生成data文件，随后使用ltemplify.sh将data文件转化为lt文件，最后使用moltemplate搭建需要的结构。
另外，sobtop （http://sobereva.com/soft/Sobtop）也是一个很推荐的工具。你可以使用其先生成可用于GROMACS的输入文件，随后使用Intermol、gro2lmp之类的程序，将其转化为lmp的data文件。

作者
Author: xyan11 时间: 2025-3-22 13:15
本帖最后由 xyan11 于 2025-3-23 05:45 编辑

有个简单无脑的方法下载个ovito免费版把charge格式的lammps data文件拖进去然后导出lammps data文件会提示选择格式选full 然后导出

不太了解MA势是什么有全称嘛？

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-22 18:31
本帖最后由 hjz_ncepu 于 2025-3-22 18:41 编辑

xyan11 发表于 2025-3-22 13:15
有个简单无脑的方法下载个ovito免费版把charge格式的lammps data文件拖进去然后导出lammps data文件会 ...

MA势就是LJ，白金汉势，
感谢您，我按照您的方法试试！

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-22 18:42

PLwang 发表于 2025-3-21 22:12

好的，谢谢您，我试试

作者
Author: hjz_ncepu 时间: 2025-3-22 19:12

PLwang 发表于 2025-3-21 22:12

请问一下，ltemplify.sh，您这个输入脚本，是在moltemplate中将data格式转换为lt格式吗？我不太明白这个是什么意思

作者
Author: PLwang 时间: 2025-3-24 12:48

hjz_ncepu 发表于 2025-3-22 19:12
请问一下，ltemplify.sh，您这个输入脚本，是在moltemplate中将data格式转换为lt格式吗？我不太明白这个 ...

是，moltemplate搭建你的data文件时，你需要先把你原本的data文件转化成lt文件，这个脚本可以实现这个功能。你可以阅读一下这个脚本对应的README文档

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