公社群聊Q&A整理：2015.06.08 02 ~ 2015.06.30 20 Mark - 计算化学公社

2015.06.08 01:03:49
Q:
当一个分子的各个键的键能都确定之后，在研究其热解的过程中为什么还会设计出不同的热解路径呢？很不理解！老师能给解答一下吗？
A:
从头算分子从力学在周期性计算上也很常用，比如模拟溶液小盒子里的化学反应、固体表面反应
键能只是考察能量变化，但考虑势垒往往更重要，这影响不同方式解离的速度。
而且好多键也是相互耦合的，光是挨个算出键能也说不清解离的过程
Q:
老师，那如果研究热解机理的话，还是要自己设定反应路径，然后研究过渡态什么的呗？
A:
那种还是太耗时，而且还得考虑统计平均，怎么建模拟体系结果还差得不少。不过随着计算能力的增强，肯定AIMD会更为流行的。
对，也可以做从头算动力学考察怎么裂解的
Q:
那都需要算些什么呢？初学请见谅
A:
你先用过渡态的方法搞吧
Q:
确定反应路径，然后再计算动力学参数，指前因子和活化能什么的？
A:
做过渡态和反应物的热力学分析得到自由能差，代进过渡态理论公式就得到了反应速率常数，这是最简单的处理。复杂点的用变分过渡态理论、考虑隧道效应校正等
指前因子是用阿伦尼乌斯公式根据T-k的关系拟合出来的，不是算出来的。
建议你先看看基础的热力学方面的资料
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
Q:
AIMD？@诸葛壹次心
我想说AIMD是什么？
从头算分子动力学？
用AIMD研究热解之类的反应机理不知道从长远来说是不是个有价值的方向？@Sobereva
A:
是，现在也有很多做的
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2015.06.08 01:11:43
Q:
A:
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2015.06.08 01:18:25
Q:
sob老师用过EverEdit么？不知和UltraEdit比有啥劣势，我现在用的是EverEdit
A:
没
Q:
[Emoticon]老师有兴趣试用一下不，我觉得它的打开速度啥的也非常的快，也有列选择模式啥的
A:
如果没有特殊的好处我不打算换
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2015.06.08 01:29:57
Q:
因为频率是用来计算配分函数中的振动一项
其实就是这个结构本身的振动能级
而虚频对应的是化学反应的那个频率
不是分子内部的自由度
所以振动配分函数不需要虚频
A:
是
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2015.06.08 01:38:53
Q:
[图片]求一个破解的UltraEdit ，网上下了好多都提示有病毒。。。。。
谢谢sob老师好像最新版本是22了
A:
没太大必要用新的，当前的版本的功能用了也就1/10
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2015.06.08 01:43:09
Q:
麻烦大家帮忙下篇文章
http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/00268978400101031#.VXQRt_mUceo
A:
用sci-hub自行解决
http://www.tandfonline.com.sci-hub.org/doi/pdf/10.1080/00268978400101031#.VXQRt_mUceo
sci-hub的用法见群共享里的群规章制度
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2015.06.08 03:25:55
Q:
各位老师，请教一个简单的问题：
问题一，对“对硝基苯胺+Au”，做“OPT FREQ”计算，GView显示的振动谱列表:
[图片]
第一列是振动模式序号，第二列是振动频率，第三列是不是振动强度？
问题二, GView显示的振动谱如图：
[图片]
图中的的纵坐标代表强度吗？
如果是振动强度，那么表中显示，第1种振动模式的强度是2.2627，第9种振动模式的强度是2.1665. 为什么图谱中相差甚大？红字标出。
图谱中的纵坐标跟表中的第三列有什么关系？
A:
问题一不是振动强度，而是红外强度
问题二左边对应吸收值，对应于黑色曲线。右边对应强度值，对应蓝色竖线。
Q:
谢谢Sobereva老师！还有一个问题，为什么谱线会有一个展宽呢？不是理论值吗？
A:
[图片]
这里也有详细讨论
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/416352702014219290135/
Q:
Sobereva老师，回答的真好！能给我这个完整的PPT吗？
或者介绍这是那本书上面的。
A:
这是我做的
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2015.06.08 04:39:21
Q:
各位老师，模拟实验的吸收光谱，鉴于各种方法千差万别，不同泛函结果也存在差别，这时候峰强度重要还是峰位置更重要？
A:
强度比位置更难算准
Q:
嗯，所以对比的话，是怎么看？ZINDO模拟的强度较好，峰位置蓝移严重。B3LYP的话强度不好，加了长程校正好点
A:
是否考虑就看要求多准了。如果电子跃迁偶极矩还比较离谱那先解决电子部分
Q:
两位老师，如果是卟啉和咔咯的激发态性质，哪些方法算的会比较准？
振动耦合的话，那就是算精细化光谱？
我想算超过50多个态，然后尽可能把激发态性质的精度提上去
A:
M062X就可以
Q:
嗯，好的，这些泛函我都试试
A:
就是精细化光谱
6-31G*就可以，再好点用6-311G*
Q:
M062X有时比较难收敛，再加弥散不是更难收敛，经常出错？
A:
弥散没太大必要。我推荐结合TZVP
也没那么夸张。反正用不着弥散的时候我总是不鼓励用，尤其是氢的弥散函数很多余
精度、耗时：def2TZVP>TZVP>6-311G**
Q:
我的体系大[Emoticon]
老师，基组三劈裂的话，对计算结果精度有比较明显的提升吗？
A:
不会有定性的改变，但定量改进还是明显的
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2015.06.08 04:49:49
Q:
[图片]
老师用multiwfn怎么计算这个表啊
帮人问的
A:
看手册4.8节
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2015.06.08 05:12:26
Q:
[图片] 老师我想画这个体系的ELF二维图怎么选平面
A:
怎么选平面取决于自己想怎么研究，没有统一的做法
想展现什么区域的特征，就让平面穿过哪里
Q:
想显示[图片]环间的basin ,
A:
可以用Se1-Se2-C24定义作图平面
作平面图之前总是建议先考察等值面图。等值面图直观反映了三维空间分布
Q:
选了萘为平面但是画出来的很丑[图片]
[图片]老师multiwfn定义平面的第5个选项，会不会有帮助？
A:
用4，选我刚才说的那三个原子
应当作填色图，不建议作等值线图
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2015.06.08 05:38:29
Q:
请问在用GS计算BSSE时，在哪能看到结果啊
Sum of electronic and zero-point Energies 这就是考虑了BSSE后的计算值吗
我已经加入了counterpoise=2关键词了
A:
看最后输出的Counterpoise: corrected energy =后面的值。
Q:
看到了
那请问是计算吸附能的时候就直接用这个值吗
A:
对，用这个值减去片段的能量
Q:
在算活化能是是不是还是用Sum of electronic and zero-point Energies
好的
还有一个问题看您写的关于BSSE文章其中说E_corrected = E_AB + E_BSSE
但为什么我计算了一下输出文件中的两个能量相加并不是等于E_corrected
？
A:
肯定你搞错了
Q:
E_AB是指的Sum of electronic and zero-point Energies这个值吗
A:
当然不是！
不要把振动分析和counterpoise计算搅合在一起
Q:
那E_AB这个值怎么计算出来了？
A:
给你个例子，仔细对照
# MP2/cc-pVTZ Counterpoise=2
Counterpoise with Cartesian
0,1
H 0.00 0.00 0.92 1
F 0.17 0.00 2.73 2
H 0.77 0.00 3.43 2
F 0.00 0.00 0.00 1
[图片]
[图片]
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2015.06.08 06:04:13
Q:
初来乍到，请问有用量化做过amber小分子力场参数的朋友吗？bonded项的拟合是怎么处理的？谢谢
A:
用量化程序如高斯做键长键角二面角的scan，得到势能曲线，拟合即可
Q:
improper项呢？量化里面有对应的吗？
A:
amber也专门有paramfit工具用于拟合，细节可以看他们在JCC上的对应的文章DOI: 10.1002/jcc.23775
Q:
那个很糟糕
A:
量化计算不管具体是什么力场形式，能扫出势能曲线原则上就能拟合
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2015.06.08 06:07:19
Q:
请问带电荷体系做PDOS图为什么会出现这种问题[图片]
A:
先确保用的是Multiwfn最新版本并且操作无误，之后可以把输入文件和具体操作过程发给我
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2015.06.08 06:09:31
Q:
请教一下，优化过程中加 BSSE校正是否也是可以的？
A:
可以，但不建议，因为没了解析梯度
[图片]
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2015.06.08 06:11:18
Q:
RED（RESP ESP charge Derive，http://q4md-forcefieldtools.org/REDServer-Development/）：专门生成RESP电荷的，也能搞力场参数。页面做得不是一般的恶心，又复杂又闹又乱，摸不到头绪，看着就烦，因此笔者也没怎么仔细研究。—这个评论的很到位！
请问，multiwfn可以做力场参数拟合吗？
A:
扫出势能曲线，放origin里一拟合就行了，不复杂
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2015.06.08 06:16:43
Q:
我记得有一些网站能帮你做出力场，不过每天有次数显示的
A:
你可以参考此网页的大体思路和讨论
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
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2015.06.08 06:29:14
Q:
老师，请问拟合的力场能用到lammps里边做原子动力学模拟吗？我想用量化或密度泛函拟合原子的势函数，但是以前没拟合过。刚才那个网站我会看看，请问还有其他指导吗？。我想做的是碳基纳米材料的粗粒化，拟合可能和全原子势函数拟合相似。
A:
不同类型体系的力场搞法不同，你的体系用网页中的小分子力场的搞法就没法直接行得通。还是看类似体系的文献的处理方式。
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2015.06.08 06:40:15
Q:
想请问sob老师是怎样做好这么多资料的整理分类以及面对各种问题的快速查找，这种信手拈来的从容，很是佩服。有什么经验分享？（我了解一些工具比如everything、listary还有笔记软件什么的）
我觉得不是工具，应该是一种方法吧。
A:
一言难尽。至少文件名、文件夹得整理好。
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2015.06.08 06:44:37
Q:
sobereva老师还是不太明白的是在E_corrected
减去单体能量的时候，单体的能量用哪一个能量值了
A:
你把我贴出的例子算一遍，把输出文件里的数据和幻灯片里的数据仔细对照，肯定能弄明白。幻灯片里已经写得很清楚了
Q:
好的那我就按照列子算一遍
我按照你那文件计算了但是我找不到E(AB)这个能量
是需要单独计算吗
A:
幻灯片里5个能量在counterpoise输出文件里都有
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2015.06.08 07:29:54
Q:
慕名而来，我比较孤陋寡闻
这个群我喜欢。没有求文献、没有白菜问题、没有求盗版软件的
嗯，有孔圣人讲学的风范
A:
这三个问题哪个群都没法避免，只能尽量压制。
之后你还会看到卖萌的，希望不要因此失望。
这个群，能确保的就是，歪风邪气、利益熏心的讨论相对比较少、问的问题无论简单还是复杂大多能得到解答
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2015.06.08 07:36:19
Q:
高斯还可以算分析动力学么，计算反应时间
A:
ADMP或BOMD
Q:
能算周期性的么
A:
能，PBC关键词
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2015.06.08 07:39:24
Q:
分析动力学算反应时间依靠的是什么原理
反应动力学不是计算过渡态求活化能，然后根据反应动力学的order计算时间？
A:
你最好先看看分子动力学的基础知识
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2015.06.08 21:01:29
Q:
请问，做结构优化的时候，本来没有虚频，但是加上色散就出现虚频了，采用opt=tight或者调整结构，都始终消不掉，有什么办法吗？
GD3BJ
A:
先尝试calcall，如果还不行，若你用的是BJ阻尼，优化和频率计算都改成GD3阻尼。
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2015.06.08 23:35:43
Q:
输入文件为：%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\H2-opt.chk
#p opt=tight b3lyp/6-31g
H2-opt
0 1
H -0.86048381 1.54190613 0.00000000
H 0.27892352 1.57866120 0.00000000
就是结构优化氢气，opt正常结束后，发现键没了，请问怎么回事啊？
[图片]
两个氢原子的距离为0.74279
A:
别用这么烂的基组
Q:
不成键和基组有关系吗？
A:
没直接关系
Q:
好的
我试试
[图片]
这个依旧没有键
A:
gview只是按照元素类型根据距离来判断是否成键。某些键就是偏长，就会误判断为不成键，连H2这都判断错了。所以不要管gv判断是否成键。
从头算的结果不依赖于成键关系的设定
Q:
就是在View中有没有见无所谓呗
但是我要是想看几何构型怎么办啊？
没有键，怎么能够算是完整的几何构型呢？
就是我想看到有键的几何结构应该怎么做？
如果是复杂的结构，我怎么知道谁和谁成键了啊？
比如如果10个原子的话，就不知道怎么成键的啊？
他不显示键，怎么多试试就知道了啊？
A:
用Multiwfn计算键级、做ELF分析
Q:
不但针对氢键，只是说有的时候在VIEW中没有键这个问题
ELF分析可以看到键吗？@Sobereva
A:
电子定域性的图形分析
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/416352702010513544029/
Q:
遇到过五六次这种情况了
恩恩
就是有些优化的结果没有键，所以不知道谁和谁成键了，就不知道几何构型了
A:
若单纯想把连接关系显示正确，用Multiwfn或者VMD显示，都可以调节成键的阈值。
Q:
[图片]
用Multiwfn显示的
A:
[图片]调大
Q:
恩恩
没反应啊
调到最大还这样
A:
说明原子距离太远，用VMD显示，dynamic bond风格绘制，阈值可调
Q:
哦哦，我在尝试尝试
原子距离为2.3算远吗？
@Sobereva
Hg O键
老师，Hg和O成键距离2.3算远吗？
A:
找个晶体量量，或者算算HgO就知道了
Q:
差不对就是我这个距离
A:
估计计算过程中结构变化了很多，前面的连接关系是初始的
Q:
但是就是没有键
在结构优化的过程中已经读入Log再去进行优化了
A:
没有键就没有键，不是什么大不了的事
Q:
没有键，我怎么写论文
我想显示构型啊
没有键，一堆原子，这能行？
一堆原子我怎么知道连谁啊？
A:
早回复过了，用VMD的dynamic bond方式显示，加宽成键判断阈值
Q:
[图片]
这个怎么连接啊
A:
不要反复再问了
Q:
要摒弃看键的习惯，本质是原子间的距离
A:
只是提醒
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2015.06.08 23:37:39
Q:
加入弥散
A:
不用，此体系不需要弥散函数。def2TZVP就够好了
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2015.06.08 23:40:59
Q:
sob老师，对于可以形成H键的结构，其在散点图中的电子密度绝对值大于多少时可以认为形成了氢键？
你可以自己条件
自己添加
键价理论可以看看
A:
只有强弱，没有绝对的存在性的标准。
也有文章基于AIM提出判断氢键是否存在的标准，著名的就是J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10865-10872
PS：这些弱相互作用分析在培训班都会详细讲
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2015.06.08 23:51:49
Q:
老师，请问文献中GCMC方法是什么？用什么软件可以做？用高斯可以么？完全不懂
A:
巨正则蒙特卡罗，这是分子模拟的范畴，和高斯无关
Q:
那么这得怎么做啊，我有个MOF结构，想做CO2吸附的模拟
文献中用的是这种方法，我要用什么软件么
就是不知道用什么软件可以跑GCMC，不好意思，老师，我完全不懂，问题让您见笑了
A:
还有其它能跑的，比如music
Q:
老师，请教一下，除了MS和您说的music，还有什么软件可以跑这个GCMC？
A:
towhee
这类问题一看手册就知道
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2015.06.09 00:10:13
Q:
[图片][图片]log文件和CHK文件用View打开，为什么显示的键不同，几何结构以哪个为准
@Sobereva
A:
后者为准
Q:
[图片][图片]log文件和CHK文件用View打开，为什么显示的键不同，几何结构以哪个为准@Sobereva
A:
已经回复过了，仔细看
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2015.06.09 00:30:19
Q:
老师，请问IRC计算中加入LQA，具体是起什么作用呢？加入这个命令后，很多之前失败的IRC都能得到不错的结果@Sobereva
A:
[图片]
Q:
那LQA会不会使其实本来不太合适的TS结果也合适了呢？
A:
不会
Q:
意思是，只要最终优化的反应物产物是合适的，那么采用LQA也就没什么影响？
A:
不是一码事
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2015.06.09 00:31:53
Q:
大神，[图片]是社么意思啊
[图片]
A:
电子态不可约表示
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2015.06.09 00:36:11
Q:
什么软件可以用multi-state MR-CI算频率
？
A:
原则上只要能算能量的就都能算，用数值Hessian。
Q:
gamess可以吗？
一直报错说不能用
A:
如果设成全数值Hessian也不给算，就换程序或者自己写个脚本调用GAMESS做有限差分来算Hessian
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2015.06.09 00:48:02
Q:
这头像是什么分子的电子密度图？
A:
Multiwfn绘制的Li6团簇的电子定域化函数图，可以看到有三个三中心键
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2015.06.09 00:49:48
Q:
请问老师：6-311++G**
和6-31+g*相比，是不是前面那个基组势能面更缓会出现更多的极小值点呢
A:
没这个必然性
Q:
之所以前面那个基组更准确的原因是因为基函数比较准确，对原子的定义更详细吗？和势能面没有关系吧
A:
因为基函数更为完备，对价层和体系边缘区域描述更充分。不同基组下势能面不一样，但形状相仿佛
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2015.06.09 00:54:18
Q:
为什么培训消息都是萌君发布呢？？？
贤内助～
A:
谁发都一样
我也发一次
北京科音自然科学研究中心（www.keinsci.com）将于2015年8月10日至13日于北京开办“第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班”。
波函数分析是量子化学问题研究必不可少的一类分析方法。本课程将全面、系统、深入浅出地讲授各类重要的波函数分析方法，如AIM、NBO、概念密度泛函理论、键级分析、布居分析、电子定域化函数、静电势、密度差、环电流等等，它们对于考察体系内在电子结构特征、化学反应过程、弱相互作用、电子激发过程等各类问题都有极为重要的价值。本培训同时会详细介绍功能最为全面、强大，被Nature Chemistry/JACS/Angew在内的600余篇高水平SCI文章所使用的Multiwfn波函数分析程序（http://multiwfn.codeplex.com）。本培训将使得参加者深入了解波函数分析知识、熟练掌握Multiwfn的使用，并能够将波函数分析方法充分运用于各种实际问题，从而显著加深量子化学研究的深度、提升文章水准。
此次培训班的第一轮通知见http://www.keinsci.com/workshop/2WFN_ann1.html。本次培训全部课程将由寡人讲授。
答疑时间充分。Multiwfn问题和量化上的问题也都可以在培训过程一起顺便解答
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2015.06.09 01:01:23
Q:
浏览了聊天记录，想请教大sensen个问题，到底“电子态的不可约表示”怎么理解？@Sobereva
A:
看cotton的《群论在化学中的应用》
结构化学书里一般也都有讲，不过讲得比较粗
Q:
OK，sensen手上请问有没有电子版？@Sobereva
A:
公社专用邮箱里有
Q:
“公社专用邮箱”，小的没有过，可否告知怎么用？
A:
看群公告，公社邮箱索引
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2015.06.09 01:05:21
Q:
http://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/00268978100102611#.VXVai9KUdiQ求个文献
A:
sci-hub自行解决
http://www.tandfonline.com.sci-hub.org/doi/pdf/10.1080/00268978100102611#.VXVai9KUdiQ
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2015.06.09 01:07:04
Q:
会务费要有加盖公章的会议通知吧@学习vasp
A:
通知里有写，报道时会发盖章的邀请函的。
通知网页上可以直接下载邀请函电子版，如果觉得有哪里不合适不便于报销，我们可以改成你需要的。
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2015.06.09 01:09:28
Q:
我能挑个刺么…… 红色方框里是重复的……
[图片]
A:
谢谢，现在改
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2015.06.09 01:12:04
Q:
请教大家一个关于二面角扭曲势的问题，我在一本书上看到说“二面角扭曲势，只与旋转轴上的两个原子种类有关，与其他两个原子无关” 这是对吗？
[图片]
A:
视力场而定。有的力场的二面角参数是四个原子类型都确定的，也有的时候是其中一个或两边的两个都是随意的。显然两边都是随意的情况普适性最强，针对性最弱。
Q:
如果这种力场下再自己添加上考虑了一边的二面角，它是会读取哪一个呢
A:
视程序而定。照常来说，应该取考虑了一边的二面角，毕竟针对性更强
二面角对于构象影响很大。反倒是键长键角不重要，只要平衡长度、角度设对了就行，模拟中保持刚性也无妨
Q:
这样吗……那比如说Dreiding力场，对Zn原子只有键长和键角，反而二面角没有定义，这样的话是不适合做哪些研究呢？
A:
还是看体系和具体问题，如果通过键长键角就能够维持形态，也就不需要二面角了。
实际上力场形式不重要，关键是把势能面当中在模拟过程中涉及的区域描述对了就行了。
如果靠利用bond和angle就能较好达到目的，dihedral就不是必需的
Q:
关于力场拟合，我有一个问题
有时候例如说调整一个原子的键长，但是同时与它相近的另一个原子的距离也变了，这种情况下如果做拟合应该是多元的，怎么处理好呢
A:
可以一起拟合。
比如同时有几个力场参数都是未知的，可以取大量可能在模拟过程中出现的结构，用量化计算能量作为目标数据来同时拟合得到多个力场参数。如果其中已经有一些力场参数是已知的，已知的就不动了。
Q:
但是多元的非线性拟合该怎么做呢？鄙人只会Origin，但是似乎做不了
A:
拟合二面角时非键的考虑很久以前写过个小帖子提了一下
1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响
http://sobereva.com/5
数值方法数里都有，用牛顿法、最陡下降法之类，可以自己写个程序
Q:
谢谢，如果我有一个四个原子都确定的A-B-C-D的力场参数，但是没有找到A-B-C-E的参数，我可不可以直接使用A-B-C-D的力场参数呢？
A:
不行，除非D、E很类似
Q:
恩谢谢sob老师！那就是说其实只需要定义体系中重要的二面角，有一些二面角不定义是不是也可以？比如说A-B-C-D和A-B-C-E其中D和E是同时连在C上的，那我是不是可以不定义A-B-C-E这个二面角呢？
A:
这还是得定义，否则E的行为不对
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2015.06.09 01:46:07
Q:
群主是不是考虑在multiwfn里面加点针对不同力场方程参数拟和的功能
A:
Multiwfn是专门做波函数分析的，虽然有很多其它的辅助功能，但力场拟合就明显跑题了，连量子化学范畴都脱离了。
如果以后写的话会写单独的程序
Q:
穷人用不起origin，其次日常工作中反对一切基于图形界面的东东[Emoticon]
A:
两极分化。有的人是一看文本界面就傻眼了
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2015.06.09 01:51:14
Q:
期待把nbo写进multiwfn
A:
NBO本身代码量和Multiwfn差不多，全写进去太困难，而且一些数值细节都不透明。如果只把NPA、NBO、E2部分实现，比起用高斯自带的NBO3.1也没任何好处。
那得有一批能干的人任自己使唤
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2015.06.09 02:12:10
Q:
准备去听音乐会了
[图片]
刚跟老板talk完
香港流行管弦乐团
柴湾
A:
由于思想家公社人数不断增加，文字量逐日加大，为了使一些生动活泼的日常交流不影响学术讨论，决定今日将思想家公社群改版。
现新增一个1000人姊妹群：公社大杂烩，群号453903872。
从即日起，当前思想家公社2000人群仅供讨论和科研相关的话题，但不限于科研本身涉及的理论、计算问题。其它和科研、科学有关的，诸如会议过程的见闻、文章吐槽等，都依然可以在当前群里讨论。
其它话题，诸如人生商谈、生活问题求助、影视、美食、购物、感情、交友、运动、育儿等等，请在公社大杂烩群里交流。
这就像论坛的两个板块，一个讨论版，一个灌水版，互不干扰、不互相影响。原本打算分时段限制讨论内容，但明显不如分群为好。
然而新建的公社大杂烩群不同于一般的闲杂讨论群，这个新群虽然话题自由，但讨论者都是科研人员。另外，此群不直接对外开放，只限于思想家公社群成员加入。
当前群成员中也愿意交流科研以外的话题的人欢迎现在就即刻加入公社大杂烩群453903872。
Q:
[图片]
A:
本群已改版，目前本群仅供讨论科研方面内容，其它内容的交流请加入公社大杂烩群453903872随意讨论。
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2015.06.09 03:36:41
Q:
这个群还能讨论比如作图之类技术性问题吧
A:
可以
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2015.06.09 04:35:02
Q:
关于科技论文的写作，能推荐几本ebook吗？刚刚才登录公社邮箱，资料的太广博，惊着了。@Sobereva
A:
其实那些资料我看过的寥寥无几，倒是书店买过本秦荻辉的《科技英语写作》，虽然也就看了一点，但感觉还成，挺有实用性
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2015.06.09 04:36:23
Q:
本工作利用密度泛函理论（ＤＦＴ），在６－３１１＋＋Ｇ（ｄ，ｐ）水平上，用Ｂｅｒｎｙ能量梯度法对ＢＰＡ与ＢＰＢ的分子几何构型进行了全参数优化。这段话中的“Ｂｅｒｎｙ能量梯度法”是怎么回事？求老师指点
A:
这种说法意思不大，其实就是G03的默认优化方法。
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2015.06.09 05:35:28
Q:
D-A 体系的分子如果三线态是局域态的话，怎么在轨道上体现呢？
因为计算出来的轨道基本上都是HOMO以及HOMO-X 在 D上而LUMO 以及HOMO+X 在 A上
A:
用Multiwfn做电子-空穴分析，或者密度差图，或者NTO分析，都能看出来
如果通过MO来体现，前提是必须有MO跃迁主导跃迁
Q:
很难体现出来局域在 D上
分析出来还是三线态轨道HOMO成分在D上 LUMO成分在A上，但是实验得出的结构是局域在D上
A:
用其它泛函、基组方法也算算。或者你考察下更高的激发态看看是什么方式跃迁，没准算出来的激发态顺序不对。
Q:
分析出来还是三线态轨道HOMO成分在D上 LUMO成分在A上，但是实验得出的结构是局域在D上@Sobereva
好像D-A体系的分子很难在计算上得出局域态
我的理解是这样的因为 D-A体系的激发单线态是CT态，而用高斯计算的时候激发三线态是由激发单线态估猜的，所以激发三线态和激发单线态保持了一致？@Sobereva
老师，在线等你解释啊
A:
没有这个关系，算三重态激发态和算单重激发态是独立的
Q:
那怎么样才能得到我想要的结构呢？在计算上
A:
算出来的多个三重态都考察看看，是否有定域的
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2015.06.09 05:40:31
Q:
谁会用dmol3做电荷密度差分布图，帮忙指点
A:
一种途径：用dmol3生成.grd文件，再用Multiwfn做密度差
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2015.06.09 16:54:14
Q:
大家上午好，新人报到！我想问下如何解决Gaussian l114错误？
具体情况是：3原子线性体系，CCSD(T)方法下，使用了内坐标，并加入了虚原子[图片]
这个l114错误，我查了好多资料，还是没有解决。我是使用的Gaussian09做的构型优化和频率计算，3个多小时后就Link died了。还请大神们指点一二O(∩_∩)O
A:
尝试用笛卡尔坐标。比如让分子顺着Z轴，只把z变量设成被优化的即可
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2015.06.09 17:18:54
Q:
M06-2X是不是对金属有机化合物的计算不合适?
3Q,谢谢大神
有相关文献吗?
A:
不一定绝对不合适，有时也不错。但可以先考虑M06
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2015.06.09 17:21:06
Q:
早上好，我想请问下有谁有Windows的MSMS软件吗？渲染过盒子水环境的呀
A:
虽然有，但不建议用，现在的版本用quicksurf快得多，也不需要额外程序
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2015.06.09 17:37:58
Q:
现在利用multiwfn是否可以计算有机薄膜中的载流子迁移率？
A:
过些日子预期会把电荷转移积分计算功能写进去，到时候可能能算你的问题
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2015.06.09 17:59:42
Q:
各位，gaussian scf计算不收敛，qc和int=ultrafine都不管用,还有什么方法啊
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.06.09 18:01:47
Q:
我在vmd里面使用了water within 5 A of resname *的命令，但是播放轨迹的这个条命令没法同步更新，有什么方法在播放轨迹的时候不断同时更新这个命令让其正确显示么？
A:
trajectory标签页有个update selection every frame，选上这项
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2015.06.09 18:07:49
Q:
求教一下各位 20号以后的元素做高斯计算的时候是不是必须用赝势基组了
比如溴
我做反应机理计算
溴在第七主族吧
那碘是不是就要用了
A:
第五周期开始必须要考虑相对论效应，不管是过渡金属还是主族元素。但不是必须靠赝势来解决，虽然一般都用赝势。
碘必须考虑相对论效应！
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2015.06.09 18:21:35
Q:
哇，娃娃现在可以解答问题了
triplet spin density distributions 怎么计算啊?
A:
用Multiwfn，主功能5绘制自旋密度
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2015.06.09 19:08:35
Q:
请教大家一个问题，gromacs中没有UFF力场参数的文件，那在什么地方可以查到UFF力场中某一个原子类型的LJ参数（ε、σ）呢？
我感到很奇怪，gromacs中要是没有UFF力场对应的参数的话，用OBGMX生成的UFF力场文件，为什么可以在gromacs上运行呢？参数从哪儿来呢？
A:
看UFF原文。实际上UFF力场形式和gmx支持的不同，OBGMX在生成时也做了近似，建议你看看OBGMX的原文Journal of Computational Chemistry 2012, 33, 2204–2208
参数显然是直接在OBGMX直接写到拓扑文件里的。
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2015.06.09 19:30:05
Q:
[图片]有谁知道这种图是用什么软件画出来的吗
求助下大家，这种图是什么软件画出来的
[图片]
A:
VMD画左边的，chemdraw画右边的，自行再用ppt合并到一起
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2015.06.09 19:30:53
Q:
有没有人了解B97D3？
如果使用了B97D3，是否还需要加关键词EmpiricalDispersion=GD3
看高斯说明里面关于GD3
GD3
Add the D3 version of Grimme’s dispersion with the original D3 damping function [Grimme10]. The table below gives the list of functionals in Gaussian 09 for which GD3 parameters are defined. For the rest of the functionals, dispersion is requested with EmpiricalDispersion=GD3.
关于GD2
Add the D2 version of Grimme’s dispersion [Grimme06]. The table below gives the list of functionals in Gaussian 09 for which GD2 parameters are defined. The functionals highlighted in bold include this dispersion model by default when the indicated keyword is specified (e.g., B2PLYPD). For the rest of the functionals, dispersion is requested with EmpiricalDispersion=GD2.
A:
一般没什么人用B97D3，也不建议用。原本有B97D，是一个grimme较早提出的固定的组合，高斯里直接写B97D就行了。
结合独立的D3校正建议用B3PW91-D3
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2015.06.09 21:07:17
Q:
请问Mo5-2x命令怎样写，在gaussian输入文件中。
A:
m052x
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2015.06.09 21:26:30
Q:
请问一下，碘要考虑相对论的话，这个应该怎么做？
A:
最简单的做法：用赝势
Q:
……所有的赝势都考虑了相对论吗？
A:
常用的SDD、def2、cc-pVnZ-PP等都考虑了。
但也分元素，诸如lanl系列对于第四周期及之前的并未考虑
另外SDD也有没考虑相对论的版本，即带着MHF字样的
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2015.06.09 21:34:17
Q:
sob老师，通过计算，能够确认配体或金属配合物的荧光发射属于哪一种么？比如LLCT LMCT MLCT或配体自身的电子跃迁导致的发光
A:
用Multiwfn做电子-空穴分析，或者NTO、密度差分析
Q:
嗯 sob老师写过相关博文么？
去学习一下
A:
图解电子激发的分类
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=840
PS: 更具体的会在8月份的Multiwfn培训班中讲
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2015.06.09 21:38:25
Q:
[Emoticon]从基础班开始学
我的毕业ppt[图片]
A:
不错，这么快就学会，并且做出很好的图了
Q:
[Emoticon]都是老师指导的好
[图片]得到sob老师的夸奖了
A:
技巧问题
Q:
[Emoticon] 大体系也是sob老师细心指导的
[图片]
里面有的细节没调
[Emoticon]Promolecule密度
A:
可以把一些关键部分给出放大的图
Q:
嗯有点有几个细节sob老师给我讲了可以再调节
做个动态gif图
比如这样
[Emoticon] [图片]
A:
Multiwfn原文的补充材料里的图：
[图片]
Q:
上面的图是动态的不知道大家能看到不我这边没问题
sob老师他这个用的也是Promolecule密度的方法吧
A:
哪个？
Q:
就是上面这个蛋白质的
我是做晶体的。。。。和大家不大一样。。。。
A:
这图就是我做的。基于promolecular近似
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2015.06.09 21:50:05
Q:
你怎么知道是粉丝的》
A:
一半的图都是Multiwfn或进一步结合VMD做的
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2015.06.09 22:17:32
Q:
[图片]这个怎么做？
A:
Multiwfn+VMD+ImageMagick
[图片]
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2015.06.09 22:23:39
Q:
能不能沿着IRC画分子轨道的演化
A:
没问题。批量产生fch文件，再用Multiwfn批量生成分子轨道格点数据，再用VMD批量绘制，组合成动画。
这个帖子不是绘制分子轨道的变化，而是绘制RDG、ELF、LOL的变化，但步骤上比较类似
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.blog.163.com/blog/static/416352702013811480702/
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2015.06.09 22:26:16
Q:
请教下各位，我有个体系，用m06-l优化能收敛，但算自由能有偏差，想试下其他m06系列的泛函，但不收敛。那我能否用m06-l先优化结构，然后再把这优化好的结构用其他m06系列的泛函算能量呢？
A:
可以。但用其它M06，肯定是有办法收敛的。
这么混用虽然原理上可行，只不过可能会被审稿人批评
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2015.06.09 22:29:33
Q:
老师，请问你一个问题，就是dft计算，会不会读取分子的键级
A:
键级是算出来的，不是读进来的。
如果你是指geom=connectivity对应的后面那些连接关系，虽然会读，但不影响结果。
Q:
(⊙o⊙)哦，老师，我可以理解为，键的正确与否对计算结果没什么影响？？
A:
不是键，而是人为写的连接关系，除非分子力学等计算，否则不会受其影响
Q:
老师，在弱弱问一下，键级很最后输出的键长有关系吗
A:
有一定关系，对于同一类键、同一种键级定义，一般键长越长，键级越小
Q:
老师我应该这样说我输入文件的分子本来是双键我化成了三键对最后的输出结果没影响吗
A:
无影响。
这类问题实际上自己一试就知道
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2015.06.09 22:43:44
Q:
说起来为何Mayer键级的计算，不能追加弥散函数呢？
A:
弥散函数缺乏化学意义，影响空间划分
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2015.06.09 22:53:11
Q:
Sob老师，您好！最近我尝试用CCSD(T)方法优化3原子线性体系，使用内坐标并加入虚原子，出现了L114错误，具体情况如下图，我该怎么办呢？ [图片]
A:
[图片]
似乎很多回复都被无视了
Q:
Sob老师，我之前查过一些资料，说是CCSD（T）方法下要用Z矩阵
A:
瞎说
网上净是以讹传讹
方法是否有解析梯度和是否要用内坐标根本没关系
[图片]
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2015.06.09 22:57:32
Q:
[图片]Sob老师我想问一下，这个伞形采样的窗口合理吗？？
A:
中间淡绿色的和右边的那个峰交叠有点小
Q:
整体上问题大吗？？？有必要重跑吗？？？计算的是一个离子通过孔道的自由能差
A:
大部分问题不大
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2015.06.09 22:59:36
Q:
嗯，老师，其实在不确定用哪个坐标的时候，我尝试用笛卡尔坐标，但是立刻就会Link died ,出现l114错误，具体见下图：[图片]
A:
看幻灯片！
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2015.06.09 23:01:29
Q:
谢谢SOB老师的回复，我做机理计算的时候碘选用LANL08赝势合适吗？
A:
合适
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2015.06.09 23:43:30
Q:
请问一下PBC二维平面结果怎么构筑啊
A:
高斯官网上有GaussView PBC Tutorials，看看就明白了
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2015.06.10 00:08:32
Q:
sob老师，RDG的散点图有没有办法只显示两个分子之间的相互作用，而不显示分子内的？
A:
此贴有讨论
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1206
Q:
可以通过画出每个区域的散点图然后通过origin合并，这个方法可以实现，但所需区域较多时比较麻烦。我想问：有没有类似于13-14中的功能，直接通过atmlist1和atmlist2，来使散点图只显示链间的点？这样更方便
A:
Multiwfn很灵活，若想实现这个，先按手册的做法把其它区域的格点的RDG值设为100，然后利用主功能13的相应选项将格点数据转换为x,y,z,value形式的文本文件。将sign(lambda2)rho的格点文件也转换成这样的文本文件。然后将这两个文件的value列放origin里做散点图即可。
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2015.06.10 00:24:14
Q:
[图片]各位大神，我在进行分子表面静电势分析时，将multiwfn生成的三个文件（furan.pdb、surfanalysis.pdb、vtx.pdb)依次导入到VMD时，导入第二个文件VMD就运行不下去了（如上图），我的VMD是按照在D盘的，是不是只能按照在C盘？请各位大神告诉我应该如何处理？
A:
和哪个盘没关系
Q:
[Emoticon]老师，我应该如何处理一下？！谢谢老师指导@sob
A:
软件兼容性，这很难说，只能多尝试找原因
Q:
或者是不是因为体系太大？！因为我用小体系基本上没问题
A:
看pdb里面有多少个点吧，不好说
按理说应该不是这个问题
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2015.06.10 00:38:16
Q:
老师您好，计算配合物在水溶液里的紫外光谱需要添加显示水分子吗？还要用再加溶剂化吗？或者不加水分子只用溶剂化关键词？
A:
用隐式溶剂模型就够了
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2015.06.10 01:38:34
Q:
求问sob原来百度博客上了文章都移动到哪里了？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1074
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2015.06.10 02:48:04
Q:
请问能用CHelpG 方法计算单个金属原子的静电势衍生电荷吗
A:
没有任何意义，单个原子必然是0
Q:
老师，输入文件写这样对吗：#P HF/STO-3G pop=chelpg scf=(direct,tight)
加不加赝势
A:
HF/STO-3G算静电势精度太低
scf=(direct,tight)完全是多余的
Q:
老师我刚刚接触那应该用什么
A:
到底算什么体系？
Q:
用#P HF/STO-3G pop=chelpg scf=(direct,tight)算的H20分子，正常结束了
A:
tight是默认的毫无意义
direct更是完全多余。若对于当前体系内存够大，程序会自动用incore方式储存积分，计算速度显著提升，所以你加这个关键词会白费时间
计算静电势起码用B3LYP/6-31G*，否则结果太糟
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2015.06.10 03:04:01
Q:
sob老师 icc编译器安装需要什么library吗
我在安装他提示没有这些library，编译器将不能正常工作
A:
它要什么你就找什么装上，往往需要一些32bit的兼容库
Q:
嗯嗯是个32位的兼容库
这个要在哪里找到呢
A:
网上
google helps you
Q:
你的ubuntu像苹果
我删了的libstdc++6好像
我删了的libstdc++6
重装系统
A:
我讨厌ubuntu
Q:
ubantu上手还是比较快的
A:
界面脑残
Q:
sob讨厌ubuntu的理由是啥？
A:
光是控制台，不google都不知道怎么调出来
Q:
居然感动llibstdc++6
这就是作啊
我觉得ubuntu和centos都差不多。。
反正吧terminal弄出来基本都一样了
之前的东西全没了
没用了下了deb都装不了吧
dpkg 也没有了估计
基本所有的命令都依赖 libstdc++ 结果给删了
软件中心估计也打不开了
A:
要想学Linux，最好就弄个虚拟机，设个还原点，之后rm *都不怕
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2015.06.10 03:39:40
Q:
如果从windows转移的话，乌班图还是比较好的学习linux的入门系统
A:
如果有人觉得MacOSX好用，那这样的人大抵会喜欢如今的Ubuntu
绝对不是什么很好的入门学习的系统。反倒是一开始就让人进入一些误区。
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2015.06.10 04:02:53
Q:
我PC用linux，哪个发行版好点
A:
RHEL6或7
Q:
老师，红帽的企业版需要付费
我服务器就是red-hat
A:
不交钱呗
个人用也一样
Q:
yum怎么解决啊
sob老师如果我重装系统里面的东西会不见吗
A:
早年几乎把所有Linux发行版都玩了一遍，最后用了一阵Fedora，再之后6、7年就一直是RHEL没再变过
Q:
red hat 还有补丁呢，其他社区维护版，自己去打补丁吧
A:
没出问题就不用管。何况已经有RHEL7了
看你怎么分区了。为以防万一操作不慎还是备份为好
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2015.06.10 04:26:05
Q:
什么时候开有偿培训的网路在线波函数分析课程？
A:
暂无此计划
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2015.06.10 04:27:15
Q:
你用的是centos的yum源么？还是完全自己手动安装
A:
大多数都是手动安装
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2015.06.10 04:32:41
Q:
@Sobereva大神，有机配合物opt优化后三重态能量最小是基态？那实验上合成出来的是否也是也是三重态，如果把有机配合物与DNA对接是用三重态的对接吗还是单重态五重态？谢谢[Emoticon]
A:
用可靠的方法把几种自旋多重度都优化，哪种能量最低实际基态就是哪种，和单重态体系对接的时候就是哪种多重度
Q:
意思就是DNA是单重态，那对接的有机配合物也是单重态？如果DNA是三重态那对接的也是三重态？
如果三重态能量最低，实验上合成出来的是三重态吗
A:
你的小分子如果是三重态，对接过去也是三重态，前提是以弱相互作用结合。如果发生了化学键的变化，那自旋多重度可能就会变了。
然
Barcelona(1171193313) 20:38:00
如果三重态能量最低，实验上合成出来的是三重态吗
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2015.06.10 04:51:20
Q:
别盲目轻信清华，清华在牛13也没出一个诺贝尔，连一个Sob都没有
中国的教育资源都倾斜于北京，结果连一个诺贝尔都没有，还吹什么？
A:
我坚信咱们群会出一个诺贝尔
Q:
诺贝尔奖不是奥运会，胳膊练得比腿粗就能得金牌。
A:
其实追求这个没什么意义
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2015.06.10 04:55:42
Q:
Multiwfn这个软件可是@Sobereva自己编程出来的？这么牛逼
A:
sure
----------------------------------------------------
2015.06.10 04:56:41
Q:
老师怎样找一个体系中单电子的位置/
A:
这话没法这么说。体系内到处都是电子
Q:
一个体系失去一个电子变为正离子它有一个自旋的单电子
A:
做自旋密度图
Q:
他能显示这个单电子的位置吗？
A:
能
用Multiwfn两下就做出来了
Q:
老师您有这方面的帖子吗？我不知道怎么看自旋密度图
A:
群共享里《Multiwfn与波函数分析简介》就有自旋密度的简单介绍
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2015.06.10 05:02:08
Q:
画出来单电子所在前线轨道，行么？
A:
你得做RODFT或ROHF，画出来的SOMO轨道就是
----------------------------------------------------
2015.06.10 05:04:26
Q:
[图片]老师他的单电子分布在哪？
A:
已经非常明显了
----------------------------------------------------
2015.06.10 05:04:26
Q:
@sob老师，gview中的PDB怎么是灰色的呢，我看到要保存成pdb格式，好像还是不可以的
A:
截图
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2015.06.10 05:10:36
Q:
请问老师电子激发讨论是不是都是针对分子轨道的？
请问老师，对电子激发方式的讨论是否都基于分子轨道？对于开壳层优化的结构是不是没法讨论电子激发呢？
A:
开壳层也能做电子激发计算。
电子激发讨论方式众多，比如用Multiwfn可以做电子-空穴分析、跃迁密度矩阵图、密度差图。高斯也能做NTO分析。
Q:
“轨道跃迁来描述则通常需要涉及到许多轨道对儿” 从轨道出发的分析应该都是基于分子轨道的吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.10 05:14:27
Q:
同学们，求一篇文献啊
http://www.nature.com/nchem/journal/v6/n8/pdf/nchem.1999.pdf
A:
用sci-hub自行解决，见群公告里的群规章制度
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2015.06.10 05:19:06
Q:
[图片]
第4个选项可以修复系统吗
他是什么意思呢[Emoticon]
A:
不能，那只是检查安装盘是否能正常读取
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2015.06.10 05:40:40
Q:
氢离子是不是闭壳层
就是对这个闭壳层的概念不是太理解
是需要全部填满才算呢，还是空着的也算
A:
闭壳层=所有alpha和beta电子都配对儿
Q:
没有单电子就是闭壳层？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.10 05:43:57
Q:
老师你怎么做到这么快定位答案的啊？太厉害了
A:
幻灯片都是自己做的，有相关的问题自然能迅速定位
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2015.06.10 05:52:27
Q:
高温下Gaussian的ADMP计算，线态问题应该怎么考虑呢？
请问一下，高温下Gaussian的ADMP计算，线态问题应该怎么考虑呢？
线态和能量和稳定的问题，在高温下还有意义吗？
A:
有意义
改怎么设还怎么设
Q:
比如说能量上三线态的能量比单线态的低，那么运行ADMP的时候也还是用三线态进行？
A:
对
Q:
这点我没明白……如果说单线态的能量更高，可以理解为单线态存在的概率低于三线态，但是如果是高温情况下，那岂不是都有可能出现吗？
是否……高温并不能提供电子排布之间的线态变化呢……毕竟这些能量是量子化的？
A:
是可能排布发生变化
Q:
那么，为何不需要考虑能量高的线态呢？
A:
很难考虑啊。像是高斯做的都是绝热动力学，始终都在一个势能面上
要考虑多个势能面就比较复杂了，诸如Newton-X之类的程序会在动力学过程中考虑势能面之间的切换
Q:
这样啊……那的确是没办法
那您说的Newton-X程序，是如何进行势能面之间的切换呢？
A:
当势能面接近交叉时就可能有较大概率切换，有一些方法可以计算，经典的公式是landau-zener公式。但Newton-X有自己的方法来算。有兴趣可以看看这篇文章DOI: 10.1002/wcms.64
[图片]
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2015.06.10 06:30:42
Q:
还有一个问题想请教一下
一般来说有什么办法可以表征一个键的强弱呢？第一性原理的MD上的
如果说只是键长的改变，似乎还不足以说明这个问题
取出个别构象用Mayer键级去考虑这样合适吗？
A:
最一般的就是算键能，或者计算键级
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2015.06.10 06:36:33
Q:
请问用g03计算（Linux） .chk文件在哪里？非常感谢。
好的，我在计算一个找找，新手伤不起啊，感谢感谢，这个文件是自己命名的吗？
A:
应该把chk文件的生成目录明确指明，比如%chk=/home/sob/test.chk
路径不写的话会出现在scratch目录下
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2015.06.10 06:38:46
Q:
NBO5能够并行么？[图片]
A:
不能
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2015.06.10 06:47:51
Q:
我想计算电子云密度，请问用g03怎么计算？
A:
你若要作成图就得用Multiwfn
Q:
先用g03计算，然后用Multiwfn作图？
A:
关键是你想以什么方式考察电子密度，考察的方式太多了。用Multiwfn的话可以实现任意的考察方式，怎么用就看你想怎么讨论了
Q:
我就是想讨论，在苯环上使用不同的取代基对对位C电子云的影响，最好是能作出直观的图，感谢您，老师。
A:
你可以考察对位C的原子电荷，或者pz轨道（垂直于苯环的p轨道）的电子布居数，也可以考察对位C表面上的静电势。还可以绘制苯环上方比如1Bohr处电子密度图（用Multiwfn绘制极为容易）
推荐看看群共享里亲电取代反应中活性位点预测方法的比较的相关讨论
Q:
好的，感谢您的解答，我先看看，如果不会弄，还请不吝赐教。
你好，结构优化完了，进行电子云密度计算的那个算法怎么描述？#....??
A:
你的说得更确切一些，先弄清楚电子密度都能以什么方式来描述、考察
Q:
我看了您推荐的文献，感觉计算原子电荷能解决我的问题。
A:
若计算原子电荷，建议也看看群共享的《原子电荷计算方法的对比》
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2015.06.10 07:22:27
Q:
[图片]
A:
这已经是第二次在群里发jd的广告了
看来是要踢了
Q:
家里装修跟老婆连天你们总是弹出来
我没向你们推荐过什么啊
A:
这次算了，下次就一定踢了
事不过三
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2015.06.10 07:26:33
Q:
请问Multiwfn能计算配体的位阻区间吗？类似于这样的[图片]
A:
这个没法直接做
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2015.06.10 07:38:40
Q:
文章中出现Lanz2基组，在手册中没有找到，请问有人用过这个基组？
A:
文章拼错了
Q:
算金属常见些
卤素合适吗？
A:
写lanl2dz。对主族更好的是lanl08，但不是内置的，需要从EMSL上拷定义
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2015.06.10 07:41:11
Q:
[Emoticon]sob啊，Failed in SchOr1 in NBStor.
Error termination via Lnk1e in /data/programs/g09/l607.exe
这个问题究竟有解没呢，都google了半天了
A:
尝试NBO5或6
Q:
直接用NBO5的时候会包读取矩阵失败。然后我发现应该是高斯写文件的时候出错了，貌似也有人说体系大了，高斯写到那里就会停止，虽然总的结果还是在log里，会丢失后面的一部分轨道的信息。
找了几个关几词试试不知道成不。
是NBO3.1有限制还是高斯有问题呢？
可是我也没有高斯的编译文件呢，不知道怎么编译新版NBO到高斯去
A:
如果你买了NBO，最好直接问NBO的人，省得自己猜
如果原子数目不是特别多，应该不至于
Q:
看来得尝试编译一个新版到高斯了
A:
这不是高斯的问题
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2015.06.10 08:03:05
Q:
老师:您好！这么晚了打扰一下。
我之前优化了一下中性结构的分子，老师让我优化它的一个离子结构（带一个单位的负电荷）来证明它具有高电子密度，并且容易生成盐，我想请问一下这两者（中性分子和离子结构）之前有什么关系，我该怎样说明（当离子结构和中性结构满足什么关系时，我能验证该结构具有高电子密度和容易形成盐）？
A:
这和结构并没有什么明确关系。但你要算阴离子肯定是要优化的。
应该从电子亲和能、静电势等等方面来考察
Q:
嗯，是的，带一个单位的离子结构已经优化出来了，可是我不知道该从哪些方面去考察，老师，您觉得说明一个物质具有高密度电子结构，可以从哪些方面讲？呢
A:
“高密度电子结构”一般都不这么提
不够确切
Q:
哦，应该是高电子密度
可以这样说吗？
A:
每个原子就是那么多电子数，怎么才算高电子密度？
起码有个例子
Q:
例如:Rh2（N5）4
A:
如果是指N、O、F比较多就叫高电子密度，那就看元素构成和原子位置就得了
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2015.06.10 08:20:45
Q:
主轴是三个分子的直线，用C2V对称性为什么[图片]是B2[图片]是B1对称性，他们不都是一样吗？
sob我问的两个电子的对称性不是应该一样吗？为什么GAMESS给出一个B2一个B1，这是对的吗
A:
我记不太清了，你看看群论书里C2v的特征标表，从这两个轨道的图形上看是否满足B1、B2的特征
Q:
他们形状都是一样啊，应该属于相同的
A:
不，因为C2v点群本身就不是实际对称性。看上去一样的轨道，虽然在实际点群中的表示相同，但在子群中未必不可约表示相同。
Q:
[图片]这是因为对不同的平面操作定义的？
[图片]
对XZ和YZ平面不同？
[图片]
A:
你让z轴垂直于体系，朝图中上方，根据特征标表，明显可见这两个是B1和B2
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2015.06.10 09:54:05
Q:
nbo 高斯l607那个问题，我在pop里去掉了savenbo，最后只输出.47文件，结果高斯没有正常结束就停了，而这.47拿去nbo5分析，居然出了结果，和以前高斯log里对比有一小点出入。
A:
...凡是遇上出错，可能产生干扰的关键词一律先去掉再试
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2015.06.10 22:24:17
Q:
Multiwfn中格点的单位是什么？
A:
计算过程屏幕上都有提示
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2015.06.11 00:06:05
Q:
麻烦问下各位，Dmol算出来的电荷（Hirshfeild）怎么样才能转化分子动力学里面的电荷分布呢？还是直接可以用？
A:
Hirshfeld电荷严重不适合用于分子动力学计算，推荐拟合静电势电荷或ADCH电荷，见群共享里《原子电荷计算方法的对比》里的讨论
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2015.06.11 00:09:29
Q:
求助怎样用multiwfn画自旋密度图
A:
用Multiwfn载入.wfn或.fch文件，选主功能5，选自旋密度，然后按提示操作，最后格点数据算完了选-1观看等值面
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2015.06.11 00:11:31
Q:
多线程的cpu，搞量化时，是不是要在CMOS里关掉多线程啊
请问多线程的cpu，搞量化时，是不是要在CMOS里关掉多线程？
高斯听说需要关掉多线程，做分子动力学，是不是也要关掉多线程？
A:
不要关
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2015.06.11 00:21:54
Q:
请问要用跃迁计算的结果画出下面这种图可以通过什么软件实现？[图片]
全手动画直线？
A:
Origin画
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2015.06.11 03:47:16
Q:
[图片]跑irc老出这个问题 maxcyc 加大到500 stepsize 从5-20 都没有解决这个问题！！[Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
IRC里写上LQA
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2015.06.11 04:56:28
Q:
请问，高斯计算拉曼static 和rdfreq（动态）的区别？[Emoticon]
A:
The Beginning 并不算是动态。需要rdfreq的时候是计算预共振拉曼的情况，需要指定入射光频率
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2015.06.11 05:14:03
Q:
请问谁可以再百度文库下载sob老师的过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
网址是http://wenku.baidu.com/view/8841408fcc22bcd126ff0cae.html
已经收到，谢谢[图片]
A:
不要去卑鄙的百度文库上下载。网上都有
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
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2015.06.11 05:36:29
Q:
请教大家，在multiwfn中调整视角比较卡慢，重设isovalue就卡死大概是什么原因呢？
[图片]
是显卡的问题么？
A:
程序兼容性原因。只显示分子结构，不显示等值面时也这样？
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2015.06.11 05:41:01
Q:
有个问题请教一下，哪里可以查到烯烃上双键的电子云密度
或者如何计算也行
A:
用Multiwfn算
这些问题在8月份Multiwfn培训班中都会详细讲
Q:
计算这个复杂吗
对这方面一窍不通
A:
不了解的话建议系统地参加培训班学一下。
要么就读Multiwfn手册
很多人用Multiwfn只是弄会了一些皮毛
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2015.06.11 05:54:13
Q:
[图片]
A:
XYZ轴平行的长方体
天涯思情(120924348) 09:10:12
Multiwfn格点的设置覆盖整个体系时，是用一个XYZ轴平行的长方体包裹体系，还是用一个体积最小的长方体包裹体系？
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2015.06.11 05:58:35
Q:
求一下sob老师关于多cpu引起误差的帖子的地址
A:
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
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2015.06.11 06:01:11
A:
新博客已经基本弄好了，90%的博文都迁移完了，地址是sobereva.com
Q:
收藏了，这个索引做得不错
A:
希望相互转告。
由于早已不去小木虫，有人方便的话可以在小木虫上也发个帖子转告一下新博客地址。免得很多人找不到博文、以前的大量链接打不开
Q:
提一个建议[图片]这种网址和题目可不可以用不同颜色标示
A:
不是思想家公社的链接，应该具体改为：思想家公社的门口（sobereva的博客）：sobereva.com
Q:
能不能被版主封号~
小木虫上贴网址很容易被认为是商家的，我就被标注过
A:
瞎搞商家认证，无可救药
Q:
[图片]
明早去看看能不能封我号
号不会封，只是把你标注为商家，很多操作无法进行
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=9043366
A:
一些管理层的头脑里净想着弄商家认证赚钱，完全变质了
Q:
我加了点金币yeah
[图片]
A:
[图片]
Q:
sob，您违背了您的誓言~~
什么誓言啊？
一万金币
土豪啊
永不登陆小木虫
A:
不行啊，有人还PM我问问题，我得把他们引导向计算化学公社
誓言只是绝不在小木虫发帖回帖
金币如粪土
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2015.06.11 06:05:53
Q:
[图片]
A:
peace 并没觉得碍事。之后会慢慢优化
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2015.06.11 06:07:28
Q:
谢谢sob老师，那么静态和预共振的拉曼光谱强度差别在哪里呢？如果都用DFT方法计算。静态拉曼是没有加入激发光，那么能量对于电场的导数，这个电场怎么来的呢？
A:
The Beginning 就类似于计算极化率，极化率就是偶极矩对电场的导数。通过理论公式就知道能量是外电场的函数，因此有导数
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2015.06.11 06:15:25
Q:
[图片]做NBO时体系大，遇到这个，这可以在关键词里调么？还是在编译时改？还是无法改，达到限制了？
A:
将源码中PARAMETER(MEMORY = 10000000)改大
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2015.06.11 06:18:05
Q:
能再发一遍mutiwfnn培训通知吗，换了个电脑看不到消息记录了
A:
波函数分析暨Multiwfn使用培训班通知
www.keinsci.com/workshop/2WFN_ann1.html
一直在群公告里，大家随时可以看
Q:
北京科音自然科学研究中心（www.keinsci.com）将于2015年8月10日至13日于北京开办“第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班”。
波函数分析是量子化学问题研究必不可少的一类分析方法。本课程将全面、系统、深入浅出地讲授各类重要的波函数分析方法，如AIM、NBO、概念密度泛函理论、键级分析、布居分析、电子定域化函数、静电势、密度差、环电流等等，它们对于考察体系内在电子结构特征、化学反应过程、弱相互作用、电子激发过程等各类问题都有极为重要的价值。本培训同时会详细介绍功能最为全面、强大，被Nature Chemistry/JACS/Angew在内的600余篇高水平SCI文章所使用的Multiwfn波函数分析程序（http://multiwfn.codeplex.com）。本培训将使得参加者深入了解波函数分析知识、熟练掌握Multiwfn的使用，并能够将波函数分析方法充分运用于各种实际问题，从而显著加深量子化学研究的深度、提升文章水准。
此次培训班的第一轮通知见http://www.keinsci.com/workshop/2WFN_ann1.html。本次培训全部课程将由Multiwfn波函数分析程序的开发者、Sobereva网名主要使用者卢天博士讲授。
这个陪训班要多少钱
A:
通知里有
学生900，其它1400
4天
Q:
sob老师，请问今年4月份那种方向的培训何时会再有？
A:
明年
量化基础和波函数分析价值可以说是等同的，文章写出彩离不开波函数分析，或者说了解波函数分析可以较容易写出彩
Q:
soga，看来是我有点一叶障目了，我再好好看看介绍了解一下。
A:
建议看此文了解下
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
群共享里的文章模板(2014-11-10) 也可以看看，掌握波函数分析和Multiwfn后，随便找个有用的体系就能很容易地写出篇SCI文章来
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2015.06.11 06:28:07
Q:
请问分子中有Cl,S,N,S和Cl是不是要用弥散基组
我看有的文献也没有用
A:
用不用弥散看算什么问题
Q:
优化结构，再算结合能
sob老师，我先优化结构后算结合能，不用弥散有影响吗
A:
弱相互作用需要用弥散
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2015.06.11 06:28:07
Q:
$sel move {matrix} (use transformation matrix)
这个4*4 matrix是按照那几个数字进行平移和旋转的
A:
是描述如何进行旋转+平移变换的矩阵
Q:
对，这四个数字，我看不出具体哪些数字是平移，哪些是旋转
A:
前3*3是旋转，最后的维度描述平移
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2015.06.11 06:28:42
Q:
sob老师改密码为嘛每次提示参数错误
思想家公社账号登陆
A:
改什么密码？
Q:
改这个论坛的密码[图片]
A:
把id告我，后台给你改
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2015.06.11 06:40:17
Q:
[图片]刚在学校论坛看到的帖子~突然发现自己现在打开手机经常是在刷思想家公社的聊天记录，真是把手机用出了价值啊[Emoticon]
会不会有灌水嫌疑[Emoticon] 开个玩笑，非常感谢~~
A:
如果你加入新建的公社大杂烩群，人参更会被浪费
Q:
[图片]
发帖子提问出现这个了。。。
A:
刷新试试
多试几次
Q:
嗯
我试试
[图片]是什么？
A:
看群公告里的群规章制度第0条的说明
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2015.06.11 06:44:48
Q:
[图片]
A:
我再重发一次前两天贴的通知
Sobereva(190258442) 19:27:42
由于思想家公社人数不断增加，文字量逐日加大，为了使一些生动活泼的日常交流不影响学术讨论，决定今日将思想家公社群改版。
现新增一个1000人姊妹群：公社大杂烩，群号453903872。
从即日起，当前思想家公社2000人群仅供讨论和科研相关的话题，但不限于科研本身涉及的理论、计算问题。其它和科研、科学有关的，诸如会议过程的见闻、文章吐槽等，都依然可以在当前群里讨论。
其它话题，诸如人生商谈、生活问题求助、影视、美食、购物、感情、交友、运动、育儿等等，请在公社大杂烩群里交流。
这就像论坛的两个板块，一个讨论版，一个灌水版，互不干扰、不互相影响。原本打算分时段限制讨论内容，但明显不如分群为好。
然而新建的公社大杂烩群不同于一般的闲杂讨论群，这个新群虽然话题自由，但讨论者都是科研人员。另外，此群不直接对外开放，只限于思想家公社群成员加入。
当前群成员中也愿意交流科研以外的话题的人欢迎现在就即刻加入公社大杂烩群453903872。
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2015.06.11 06:56:44
Q:
ubuntu的槽点在哪呢？
A:
界面弱智化
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2015.06.11 06:57:29
Q:
请教大家一个问题，Gaussian优化时能否固定一个坐标而只在另外两个坐标方向优化。如固定Z方向，X，Y方向优化。
A:
可以
Q:
Sob大神能否具体指点一下，opt中哪个选项
A:
比如这样
O 0. 0. -0.11081188
H 0. y2 0.44324751
H 0. y3 0.44324751
y2=0.58397589
y3=-0.58397589
要优化的变量直接写成变量形式
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2015.06.11 15:44:20
Q:
请问，scrf=smd方法能计算频率吗？
A:
这和算频率没有任何矛盾之处
Q:
[图片]
优化结束后频率计算不了
eps的值input文件给了
A:
定义epsinf
Q:
[图片]
要怎么修改呢，谢谢您
A:
最后写上诸如epsinf=23.3。数值随便写，不影响结果
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2015.06.11 17:15:46
Q:
[图片]此处最后一行的extended distance的三个数值是指在XYZ上总共的长度还是总共长度的一半？
如果输入的是4,4,4,格点空间是以中心点的XYZ坐标为中点，向每条轴的正负方向都延长4Bohr？还是以中心点的XYZ坐标为中点，在每条轴上的总长度为4Bohr？
A:
在各个方向的延展距离。程序首先建立一个三条棱平行于X,Y,Z的盒子，刚好把所有原子核扩住，然后再把盒子向每个方向各延展你设的值。比如体系中原子核Z坐标最大值和最小值相差10，你设了3延展距离，则Z方向最终为10+3*2
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2015.06.11 18:30:26
Q:
老师，如何比较一个分子两种构型的能量呢，是要用稳定化能吗？还是单点能呢？还有就是老师为什么用Multiwfn作ECD图谱时，打开一次只能做一个分子的呢，如果再想做下一个分子，就要重新启动程序呢?
A:
直接比较总能量。
程序只能一次载入一个体系，所以必然做其它的需要再次启动。Multiwfn操作方便，这丝毫不麻烦
----------------------------------------------------
2015.06.11 18:45:35
Q:
请问下,multiwfn可以分析,自旋密度在分子体系的某一部分的百分比分布么?
A:
可以，用Multiwfn做这个很容易
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2015.06.11 19:19:54
Q:
请教老师，用6-311G++(d,p) 优化一个有70个原子且带有金属Mn原子的有机分子合适吗？
A:
除非有明确必要，应该把弥散函数去掉，时间大大节约，也有助于收敛
----------------------------------------------------
2015.06.11 22:40:12
Q:
突然间想问老师，既然高斯的chk文件里包含了大量的信息，那么又何必生成log文件呢？何不直接分析chk就可以了呢？
这真好比一个悖论
[Emoticon]这个估计得问开发者了
A:
log文件输出的是直接给人看的信息
Q:
那还有一堆没有用的东西，应该是计算什么就显示什么
A:
高斯会输出很多只有开发者才明白的变量或提示，这是个特色，也是个缺点
Q:
开发者应该知道研究者的不易，不应该简化这些没有用的东西吗？老外这是考验我们的耐心吗？
估计波普尔离开高斯就是因为这个原因吧
A:
迭代过程在默认情况下不输出这点很不好，这是重要信息，而用了#P又会输出很多对一般用户没用的信息
Q:
其实我们只是关注结果，很少有人注意过程
A:
过程很重要，不收敛是家常便饭，才多输出几十行信息而已
----------------------------------------------------
2015.06.11 23:05:16
Q:
求教：怎么看结构里有没有隐藏的原子？
我用Gaussianview看不出有隐藏的原子，，打开坐标文件，原子数也是和图上一样。谢谢各位。
我算的是固定键长然后做柔性势能面扫描，但是固定的那个键长在计算是变动了
A:
输入文件里没有额外的原子就没隐藏原子
----------------------------------------------------
2015.06.11 23:30:56
Q:
Sob老师，您原来百度里有一篇写NICS的文章，我原来存的网页，现在找不到了，请问，哪里可以找到？@Sobereva
A:
Sobereva的永久博客已建立完毕！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1257
----------------------------------------------------
2015.06.12 00:03:19
Q:
[图片]
大家看看我那个问题
很简单的英语不知道说的什么意思
我写的时候，已经写了是 Miss XXX了，非要问我这个人是不是Dr。其他是Dr的我都已经写了啊。
是不是投稿添加作者身份的时候没有标清楚
是Dr的都写了，这个同学不是，我有写Miss，结果还是不行
外国人很严谨的
另外，The information is required for our database since the Journal relies on peer review at the Ph.D. Level. 啥意思？
回个邮件指明身份就可以了吧
就是 at PhD level啥意思？
应该是这个意思：博士教授会自动成为潜在评审人吧
哦，是不是意思说这些作者以后都可能作为审稿人，但是需要是Dr啊？
昨天夜里投稿的，结果可能有些地方疏忽了。
ACS期刊审稿时间一般多长？
嗯，我也想知道
这个不好说一般四十来天会有结果
这取决于审稿人
我的天这么慢啊
我最快一次20天收到结果，最慢一次50天
据说期刊要求一个月内必须返回审稿意见啊
我们一般20天左右收到审稿意见，acs很快
全中了？
基本吧
我完成电子版权已经24天了
厉害@梦藏秋
我这篇悬了，还没送审呢，已经发了2个email了。
你怎么知道还没送审
怎么会呢，ACS很利索的
acs确实挺快的
不过以后做纯计算的工作，发起来就难了。
做实验的总说没有理论工作不好发[Emoticon]
是啊，还是得实验为主才更好
做计算的，比JCP，JPCA水的工作，发哪个比较好？
有些期刊还就偏向于计算机辅助
JCP上一大堆没有实验的，甚至整篇文章里没有化学元素符号的，甚至...根本就没有“chemistry” 这个词出现的
我是说了比JCP水的工作
JCP上的纯计算的工作一般要求还是比较高的
MD的文章比较多
Chem Phys？或者Chem Phys Lett？
还有CPC？
A:
JMGM、JMM
TCA、Mol phys
----------------------------------------------------
2015.06.12 01:05:34
Q:
二聚体之间是如何取得相互平衡的?是非键相互作用和位阻效应之间的平衡吗？
A:
色散吸引、静电作用（吸引或排斥）和交换互斥（纯粹的排斥）之间达到平衡
----------------------------------------------------
2015.06.12 01:08:53
Q:
sob老师我那个到底是什么问题呢是有些库没装吗还是[Emoticon]@Sobereva
A:
明显啊，没找到icc
----------------------------------------------------
2015.06.12 01:39:26
Q:
[图片]老师，计算TD出现这个是什么原因呢？
A:
chk文件有毛病
你先把%chk去了试试
Q:
可是老师，我的关键词是这样的[图片]
老师，我重新计算Chk文件吗
A:
重算chk文件没意义，白花时间。还不如直接把坐标写出来，不读chk
Q:
[图片]这样，直接利用坐标计算，是吧老师？
A:
对
Q:
老师，再磨叽一个问题，我利用几何优化得到的Chk计算其他性质，和直接利用优化好的坐标计算性质，得到的是不是一样的呢？
我的老板说不一样，我认为没区别
A:
一样
Q:
老板说，这两种计算方式，态会不一样
A:
除非你用guess=read
之前如果chk里的波函数没法靠默认的初猜收敛得到，结果会不一样
你直接在控制台里输入icc能调用icc么？
Q:
老师，我利用Chk计算性质，一直都是geom=check guess=read，应该是一样的吧？
A:
一般是一样的
除非chk里的波函数是特殊方式得到的
----------------------------------------------------
2015.06.12 01:59:14
Q:
我刚才把设置环境变量少加了path 导致命令不能用了老师我应该通过什么方式修改环境变量呢
sob老师我根据google上的结果加上export PATH=......指定了icc的路径了但是make install的时候还是出现了icc command not find 这是怎么回事呢该设置都设置了呢@Sobereva
google上有编译openmpi ifort command not find 下面的解决变法就是加上路径呢我不知道为啥我这个不行求老师指点一下
A:
你直接在控制台里输入icc能调用icc么？
Q:
等等哈抱歉老师我现在刚出去帮我导师带饭我一会儿回去试试感觉是可以的因为我用icc编译过hello word
A:
不是。比如说计算双自由基，chk里是对称破缺的波函数，你读它得到的还是对称破缺波函数。但你若直接算的时候没用对称破缺设定得到的就是闭壳层波函数。
Q:
直接输入icc是出现icc: 命令行错误没有指定文件用icc-help帮助@Sobereva
A:
这事远程不好说清楚，只能想办法排查明白编译过程是怎么调用icc的
Q:
那我下一步应该怎么做来排查原因呢
但是我用icc编译过fftw 编译器应该没有问题把
A:
编译器没事
Q:
是不是我config过程中就有错误呢
A:
得反复鼓捣鼓捣，仔细看琢磨编译过程的输出涉及的文件
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2015.06.12 02:50:44
Q:
老师，提一个意见，你的博客里有好多地方有错别字，还有一些地方有点不通
A:
哪篇文章？
Q:
[图片]
追求
http://sobereva.com/180
A:
已改
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2015.06.12 02:54:49
Q:
请问，packmol在windows下的编译命令是什么，我试了“gfortran -O3 *.f -o packmol.exe”这个提示undefined reference[图片]
A:
这么粗暴地编译不行，得用make
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2015.06.12 02:57:59
Q:
[图片]老师，我的过渡态不收敛，
一直是这个
A:
看文末的讨论
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.06.12 03:02:07
Q:
谢谢sob老师，opt=gdiis要和int=ultrafine一起用么
A:
不一定非一起用
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2015.06.12 03:04:21
Q:
使用opt=gdiis会有Warning! Use of Opt=GDIIS is deprecated since it is seldom a good choice.的提示，不知道到底该不该用？
A:
甭管这个提示
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2015.06.12 03:06:08
Q:
老师看你的这篇文章，以后可能让multiwfn支持VASP计算得到的结果吧
A:
有可能
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2015.06.12 03:36:13
Q:
请问，有可以免费生成OPLS力场参数的网站吗？
A:
没有专门生成OPLS力场参数的，这只有力场开发者能弄。
如果你是指按照OPLS力场去分配参数，可以用mktop
----------------------------------------------------
2015.06.12 03:52:50
Q:
sob老师我看到网上有人也遇到这个问题有人这样解答的It may be that you build OMPI in a shell that had icc setup properly
in your path, but then invoked "make install" from a shell that did
not have icc in the path...?如果是这样我要怎么修改呢@Sobereva
A:
可能是make的时候进入了其它shell，而其它shell下你没把icc的目录设进PATH
一种解决方法是ln -s做个icc的软链接，放到/usr/bin下面，这样哪个shell都能直接用icc
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2015.06.12 04:29:47
Q:
老师原来我切换到root后make就可以了这是怎么回事呢@Sobereva
现在成功了
没有报错了
A:
可能root的环境变量设定和你原用户不同
Q:
嗯嗯所以以后按软件用root的比较好吧
A:
我自己的机子一律用root
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2015.06.12 04:47:20
Q:
问个弱弱的问题：
[图片]
算激发态时，这个轨道的A，B是啥意思
A:
alpha,beta
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2015.06.12 05:29:08
Q:
请问一下，如果我想看一下H+浓度对某分子ESP的影响，有什么好的建议么？用考虑抗衡离子么？
A:
没法这么考察
Q:
周围摆点H+ 和氯离子呢？
A:
你可以放点背景电荷
但不一定是你所想象的效果
Q:
高斯里面charge 那选项？
A:
[图片]
[图片]
背景电荷对静电势影响的例子，会使电子密度极化，进而影响静电势
----------------------------------------------------
2015.06.12 05:34:33
Q:
那这方法，还得指定背景电荷的坐标
H+浓度是均匀分散的
A:
原理上你的想法就没法实现
静电势是对于特定结构才能计算的
Q:
放一圈H原子和CL原子好像也不行
周围摆一堆H+ 和Cl- ，这几何优化几乎一定不收敛
A:
这有怎么摆的问题，而且如果直接放上去，就会成为一个整体，分子自身的静电势就难以考察
Q:
弄个范围找能量最低点？然后先看一个氢的，两个氢的递增最后比较
A:
虽然也能用Hirshfeld surface那种划分方法划分出分子与离子的分界面，考察界面上的静电势，但未必能达到效果
Q:
嗯，刚才想了一下，确实~自能考虑整体的
A:
非要严格考察，得做动力学模拟，然后得到离子在分子周围的空间分布函数，然后再想办法算出分子在动态环境中等效的静电势
Q:
动力学模拟[Emoticon]
不能算吧~~
也可以算
前一阵子，nature chemistry上不是有一篇关于na和水反应机理的研究吗
A:
这个过程比较复杂，最好是做AIMD讨论
Q:
这个问题今年有个Nat chem讨论过
这也是一个发表在nature上的问题[Emoticon]@木头尾巴
http://www.nature.com/news/sodium-s-explosive-secrets-revealed-1.16771? 这个是这篇文章的报道
A:
那篇文章果然是做的AIMD
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2015.06.12 05:43:43
Q:
sob老师系统上如果有两个mpirun 一个是mpich的还有一个是openmpi的是不是会冲突不知道指定的是哪个呢@Sobereva
A:
你可以通过PATH环境变量来控制调用的哪个
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2015.06.12 05:50:51
Q:
请教个问题：在分子动力学模拟时，如果晶体结构中氨基酸序列中断（HIS84,ASP97）应如何处理？找其他同种来源蛋白比对补充完整，还是直接加TER断开？
A:
一般是前者。但如果是出现在边缘，不管它对模拟影响也不，那就随便了。
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2015.06.12 06:04:53
Q:
求助：Multiwfn3.3.7做平面型BH3分子的Deformation map of electron density(即为分子电荷密度减去原子电荷密度)，输入4，-2后，输入方法基组B3LYP/6-31G,然后就发现黑色窗口闪退。貌似所有含有B原子的都不行
[图片]说错了，不是闪退，是这样的信息
A:
那是因为没收敛，你进入wfntmp里查看B.out就知道了
你可以换个基组或泛函
Q:
是的，修改收敛条件么？
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7500, after 0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l502.exe at Thu Jun 11 22:07:28 2015.
A:
最简单的方法就是直接用自带的原子波函数文件，免得自己生成
否则你得自行找到一个理论方法+基组的组合，能在RO下正常计算出单个硼原子
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2015.06.12 06:25:31
Q:
sob老师，刚才看了您的博文，看到gview可以播放优化轨迹，这个应该怎么播放呢？我只会用鼠标一个个的点那些优化的点
A:
左上角点绿圆圈
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2015.06.12 06:28:32
Q:
sob老师您好，我找不到催化剂的晶体数据，现在找到实验测的该催化剂的碳谱，在chemdraw中画出，显示碳谱与实验对比，最终确定催化剂结构可行吗
A:
如果有结构式的话，还是量化优化一下三维结构，然后算算碳谱对照为宜
----------------------------------------------------
2015.06.12 06:41:26
Q:
sob老师问一下在优化结构的时候怎么可以做到让分子吸附在一个衬底（石墨或者金）上优化之后的结构能保持共面啊
A:
这样的话得不到真正的极小点。非要强制平行的话，一种是优化时约束笛卡尔坐标，一种是做二者相互平行的势能面扫描找到最低点
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2015.06.12 07:57:25
Q:
CPHF=RdFreq but no frequencies in input
老师，在计算ROA的时候出现了这种错误是因为什么呢？
A:
得在末尾空一行写上入射光的频率
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2015.06.12 08:17:54
Q:
谢谢老师啦，老师[图片]开头这样写对吗？那么射光频率就是写我做实验的频率吗？老师，能给我发一个标准的输入文件吗？因为我是第一次计算ROA，我在加拿大，和国内有时差，老师，您可以明天发给我也行
A:
开头是这么写。
但不完全是实验的频率，因为得考虑到理论计算的电子跃迁能量和实验本身就是有偏差的，要考虑偏差值，手册里提到了这一点。
Q:
那老师，如果可以的话，您能给我发一个输入文件吗？因为我不知道要怎么写
谢谢老师
A:
最后空一行再写上频率就行了，比如
[坐标]
0.1
代表入射为0.1 a.u.能量的电磁波
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2015.06.12 23:31:01
Q:
分开有很多方法，不知道能不能显示出来
不知道能不能用原子标号把有关部分去掉.
想得太美了.
是不是说我想的太美了?
是啊..."不知道能不能用原子标号把有关部分去掉."
A:
用手册4.13.4.1节的方法。Multiwfn可以定义一个片段，并设定距离这个片段比较远的区域的格点的数值，设定成一个特殊的值的话（使具体函数特征而定），就可以在显示等值面的时候不显示出那部分。
这样就可以实现比如这个二聚体电子密度等值面，只显示出一侧
[图片]
Q:
刚才试了一下，好像可以，主功能13里面的13 选项，进入之后依次输入
1
0
C：\atomXX.txt
0
XXX.cube
A:
所以Multiwfn真是quite flexible
Q:
哈哈，是我说的这个方法吧
A:
[图片]
Q:
负数往里，正数往外！
嗯应该不行了
归属问题不好确定啊
A:
有重叠的话，就会看到一个明显的分界面
不是，也看具体显示什么数值的等值面
Q:
像是一刀切那种呗
A:
总之得看具体情况，利用Multiwfn的灵活性，总有办法能让看上去的效果比较好，虽然或许步骤可能会略微多一些
Q:
例子上那0.7是根据啥
A:
根据实际情况设的，否则片段的空间范围不合理。设成1的话片段范围就是它的整个范德华空间，这就太大了，所以0.7来调小点
那种做法也可以，一开始选
-4 Exclude some atoms contribution to property
-3 Obtain a fragment contribution to property
再生成格点数据就行。
但是如果手头只有cube文件，那就只能通过主功能13屏蔽来实现了
Q:
soga
A:
-3、-4相当于把特定原子的高斯函数的贡献直接抹掉了，也就是展开系数中它们的系数直接设0
Q:
就是看看这个片段的vdw空间能不能入侵到另一个片段被
A:
但这样就连交叠项也完全抹了
对
Q:
soga
-4 -3 同时用？？
直接-4不就可以了么
A:
用其中之一。这两个选项是互补的
Q:
soga
A:
为了方便所以弄了两个选项
----------------------------------------------------
2015.06.13 00:03:54
Q:
老师，在z-matrix中，如这样H 5 B6 1 A6 8 A7 1，能用两个键角去定义一个原子吗？
A:
不能
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2015.06.13 00:20:13
Q:
[图片]计算两个分子之间的能量分解出现这样的错误，输入文件是[图片]，请教是什么原因，该如何修改呢？
A:
体系总共多少原子？
Q:
49个
A:
元素符号后面得写上原子序号，比如
C 6.0
H 1.0
Q:
我加上试试
两个分子中的一个带有正电荷，在gaussian中电荷和自选多重度可设为1,1；在gamess中，将第一个带电荷的分子这样设置[图片]，哪里有问题呢，该如何改？
A:
如果正电荷主要就是在片段1上，这么设定无任何问题
Q:
[图片]这样设置的话宝如此的错误
A:
自旋多重度显然必须得弄对
先得明确两个片段电荷各是多少，以及相应的自旋多重度
即便在高斯里计算两个片段也照样得正确考虑这点
----------------------------------------------------
2015.06.13 00:35:39
Q:
[图片]老师好，想问您一个问题，就是这个图上的s2,s3,s5,s11,s13数据分别是如何选取的呢？
A:
什么叫“选取”
Q:
老师抱歉，这方面我不太了解，然后，老师，我可以理解成，是先设定一定的states进行计算，得到total那条曲线，然后，根据输出结果分析每个激发态的贡献，然后，分别设定这些激发态进行再次的计算呢，
A:
Multiwfn里绘制紫外光谱，可以设定一个阈值，把那些振子强度大于阈值的态的贡献曲线单独输出出来。然后放一起作图，就既有总的光谱，又有那些贡献大的态的贡献的曲线
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2015.06.13 00:42:08
Q:
[图片]如何解决这个问题
A:
具体的你看这个帖子
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.06.13 00:45:13
Q:
[图片]
不收敛 L502 是什么原因？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.06.13 00:47:25
Q:
sob老师，我目前做一个分子结构优化，准备算电离能，还有就是它和其他分子结合算结合能，体系中有Cl、O、N、S原子，我用弥散函数的话，指定原子用弥散好，还是所有的原子都加上弥散好呢，我想只指定Cl、O、N原子加弥散，不知道行不
恩
那其他的一起加吗
全部加的话我觉得计算量有点大
我看有的文献是H也加了，全都加了
A:
着看具体什么基组。
如果是cc-pVnZ，加了aug后计算量暴增。
如果是pople基组，重原子加上弥散计算量增加还说得过去
氢加弥散基本没意义
Q:
6-31+g(d)
但是优化的结构总是有问题，本来应该得到D4h的，结果总是D2h
A:
算电离能不用弥散。但计算结合能，若涉及弱相互作用，这是底限。
如果这都跑不动，建议用ORCA
Q:
有弱相互作用的
A:
弥散函数容易破坏优化出的对称性。优化时候没必要加，改成6-311G*也可以
Q:
那就是说在算结构的时候不加弥散了
A:
对
Q:
我主要是比较体系电离能和弱相互作用的
也就是说做电离能时不加，在弱相互作用这块加上弥散函数？
老师，那这和实验是不是必需对比啊
实验数据
A:
你可以在计算电离能、优化单体和复合物结构的时候都用6-311G*（为节省计算量，氢原子可以用6-31G*）。计算弱相互作用单点能的时候用 6-311+G*，这样其实最好。
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2015.06.13 01:05:38
Q:
[图片]就是这两个分子左侧是第一个分子，有个正电荷。[图片]如此设置电荷和自选多重度报错了，[图片]。请问哪里出了问题？
A:
肯定有一个片段电子数应当是奇数，另一个是偶数。奇数电子数那个片段的自旋多重度就得设2
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2015.06.13 01:08:46
Q:
[图片]
[图片]
Sob你好，levin的quantum chemistry的第447页，计算的0.289 5那个5为啥是下标，有什么讲究吗？
A:
没有什么讲究，可能是排版错误
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2015.06.13 02:02:43
Q:
老师你啥时候能来吉大做个报告？
A:
太忙，短期内估计够呛
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2015.06.13 02:18:19
Q:
老师您好，我想问一下，用高斯d01版本计算gamma，关键词直接写polar=gamma 就可以吗？
A:
〆. 抱抱对
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2015.06.13 04:51:39
Q:
请教一下Sob老师：(金属体系) 通过ELF分析没有发现较强的相互引用，另外，通过NPA电荷分析却存在着较多的电荷转移，表明了离子键的存在，为什么会出现两种矛盾的结果？
A:
ELF上只能看出共价相互作用是否较强。离子键没有共享电子对儿，所以图上看不出之间有什么相互作用
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2015.06.13 05:58:25
Q:
[图片]时，如果是单个分子，是不是不用选择延展距离？我刚才选择了，当到最后一步选完格点之后，就一直不动了，算不出来。然而我不选择延展距离时，就能正常结束
[图片]
这是我的分子
A:
单个分子也得设延展距离。用默认的延展距离设定虽然不是最划算的，但一般情况下结果没问题。
Q:
恩，我设置延展距离之后，就一直不进行格点计算，所以我选择了不设置延展距离。非常感谢！
我这个结果是不是显示两个氢之间并不是排斥作用，而是有吸引作用呢？
[图片]
这个是它的散点图
A:
这种体系H-H算什么作用，学术界一直在没完没了争论
Q:
恩恩，我就是想看看RDG方法对这个体系是什么样的结果
A:
不能因为sign(lambda2)rho是负值就简单说是吸引作用，因为由于位阻作用，这两个氢被迫离得很近，导致之间电子密度较大，sign(lambda2)rho明显为负。但这本质并不能直接说来自于吸引作用
Q:
那么判断分子内氢键？怎么破
例如烷烃链状烷烃
被限制在一个笼子里
就会有疑似双氢键
05年左右关于蒽那两个该死的氢应该结论是排斥
从能量的角度判断是否形成非共价相互作用是最简单粗暴快的方式
可是能量分解方法对于分子内的非共价相互作用处理个人感觉不是很好
A:
一般的内氢键用RDG没问题
Q:
因为前一阵子有人问了一个链状烷烃的问题他的烷烃被装在一个笼子里他用RDG 号称链状烷烃几乎平行的CH之间有dihydrogen bond 我很怀疑
A:
蒽这个问题也可以用PAEM-MO讨论，Multiwfn也支持，见Journal of Computational Chemistry 2014, 35, 965–977以及手册4.3.3的示例
结论也是没有吸引作用
Q:
我想问对于分子内氢键有没有什么比较好的方法
啊！我去看看谢谢
A:
我也不认为这种所谓的二氢键会有什么特殊的吸引作用，化学上明显说不通，很多人分析一通找各种证据说有吸引作用，其实都是没真正认识清楚分析方法的内在意义和缺点
Q:
赞同
grimme 色散校正又和电子密度无关
如果用M06-2X会不会不一样？
A:
很多所谓的成键、相互吸引的证据，其实都是因为其它原因使得两个原子离近，从而伴随着出现的，根本不足以成为有主动吸引相互作用的证据。
Q:
sob老师您好，最近试用RDG分析MD轨迹中的弱相互作用，效果不错。有个想法：您觉得有无可能借助multiwfn把MD轨迹中苯环的π-π作用统计下呢？如通过距离，夹角，错位程度等。@Sobereva
[图片]
A:
这个就不属于波函数分析了，而属于几何分析
Q:
嗯，是的，应该算几何分析。
sob老师，π-π作用本质是色散，那要表达它们之间强弱怎样好？比如苯的各种几何聚集体，除了轨道重叠、中心-中心距离这些常规判断来看
A:
轨道重叠没意义，那对于共价作用才有意义。
你可以算各种聚体的平均相互作用能
Q:
是否可以作个什么图直观理解，比如静电势图
A:
pi-pi作用不是静电经典相互作用，而是电子相关作用，所以静电势图反映不了问题。T型、平行位错构型倒是都能通过静电势来反映出静电作用的贡献
Q:
哦，作用能大就是相互作用强，是吧。用双杂化泛函？
A:
计算方法的选择见此文靠后部分的方法推荐
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
为何T型，平行错位可以从静电势而面对面不能呢？是因为面对面的静电作用都相互抵消了吗
A:
面对面实际上静电作用起到的是互斥的效果
Q:
是不是这时候，有谁占主导的原因？
A:
对
建议看看grimme的这篇，对pi-pi作用讨论得比较深入比较好Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 3430 –3434
Q:
一般处理处理这种pi-pi如果用DFT，一般用LC校正的比较好吧
CAM-B3LYP,wB97xD这类
A:
LC-对于弱相互作用计算毫无意义
Q:
看过之前比较老的文章有用夹心静电模型来解释ππ相互作用
A:
静电模型对于面对面pi-pi堆积是肯定解释不了吸引的原因的
Q:
也就是算ππ，泛函要用上色散校正好？
LC只是对电荷转移问题有效果？
那只有双杂化泛函能处理了吧
两个π平面面对面不断逼近，不是会形成π轨道，这样还算到ππ作用特殊情况吗？还是归到成键那里？
A:
苯的pi轨道本身就是有的
pi-pi作用特指丰富的pi电子之间的明显的电子相关作用产生的较一般范德华作用更明显的吸引
这和成键没关系。虽然也有文章通过键级、轨道来讨论pi-pi，但实际上是本末倒置了
Q:
那前线轨道看到两个苯平面的轨道有些混合是指？
A:
见此文DOI: 10.1039/c3cp51077h
[图片]
Q:
此文看过
OK，谢谢老师。我先补充一下营养，估计是好文献
A:
此文观点我不怎么赞同。
轨道混合并非pi-pi作用的本因，而只是附属出现的，但本文没搞清楚这点
读过此文后写了段评述
[图片]
Q:
轨道混合用NBO来分析比较合适吧
A:
不，NBO没用
Q:
这个文章没看过，但是PD构型的话，静电应该占主导啊
A:
是的，这点grimme的那篇angew记得也强调过
Q:
刚讨论 grimme 就放张照啊不羡慕啊？
A:
grimme真是近年来理论最红的人
搞的理论实用性大多比较强，比起一些老学究搞一些极为复杂又没什么实用价值的东西好得多
----------------------------------------------------
2015.06.13 06:50:10
Q:
[图片]
A:
对。双杂化泛函用色散校正有帮助，但不是必须
----------------------------------------------------
2015.06.13 06:50:48
Q:
[图片]
A:
还有其它的，诸如计算（超）极化率、里德堡激发等
----------------------------------------------------
2015.06.13 07:10:55
Q:
老师，配位键算比较特殊和强的相互作用，如果在同一个体系，除它之外，存在偶极-偶极相互作用，ππ作用，谁占主导？怎么做好？一般是配位最强？
A:
对
Q:
老师，如果要证明这些呢？还是直接不用管，通过常识就知道。感觉配位＞ππ＞偶极排斥
A:
偶极-偶极作用可以吸引也可以排斥，取决于摆放
算相互作用就能确定顺序
Q:
在同一个体系的话，把对应的相互作用基团去掉，留唯一的作用基团，然后对应独立的作用，算相互作用能、排序？
A:
可以
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2015.06.13 07:28:29
Q:
请问老师，用什么程序能把前线分子轨道转换成最大局域的分子轨道？
困扰我好久了
A:
NBO产生的NBO轨道就是定域性很高的轨道。但一般意义的定域化轨道（占据数都是整数），有很多方法获得，高斯支持boys方法获得，也可以用NBO做NLMO分析产生。
半定域化轨道可以通过Multiwfn的AdNDP分析产生，这样既有定域性，又能表现出局部的离域性
Q:
用wannier90得到的波函数是LMO吗？老师
A:
那个我不是很清楚
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2015.06.13 12:58:40
Q:
深夜无聊，投个话题。女生到底是喜欢某个人呢，还是喜欢某种被追方式？
前者通常包含了后者。
A:
这个应该在里公社群讨论
Q:
我很赞同
A:
你太可爱
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2015.06.13 15:32:07
Q:
老师，高斯找寻过度态，能量怎么看，是吉布斯自由能还是自由能加上零点矫正能量？
A:
“自由能加上零点矫正能量”什么都不是。
可以看自由能也可以看电子能量，取决于讨论什么
Q:
利用高斯能研究催化剂中心金属的正电型吗，老师
A:
算原子电荷
Q:
要讨论配位聚合，单体配位插入的难易程度，看哪个能量啊，老师
A:
都可以，图省事就用电子能量，可以免得做振动分析
Q:
应该是有区别吧，师姐告诉我用“自由能加上零点矫正能量；我感觉应用吉布斯自由能吧，因为它可以判断反应能否发生啊，老师
老师，有没有相关文献或书籍讲到能量问题，我可以参考一下吗
A:
这些东西，若参加科音的基础量化班你全能搞明白
零零碎碎讲起来费劲
Q:
老师，有没有相关文献或书籍讲到能量问题，我可以参考一下吗
A:
讲热力学的部分都有讨论
Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)
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2015.06.13 16:25:16
Q:
[图片]跑irc 第一次遇到这样的情况正常吗？
A:
不正常。
后面的波动是步长太大所致。用calcall往往也可以有明显好转
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2015.06.13 20:31:53
Q:
请教一下，做tddft的时候，优化第一个激发态（nstates=30,root=1)和优化第六激发态（nstates=30.root=6）是该如何理解呢?是指优化第1个(第6个）激发态的结构吗
（nstates=30,root=1)和（nstates=30.root=6）两个命令最后会对UV-vis光谱的哪一部分有差别呢
A:
是的。
两个态的极小点结构不同，所以得到的光谱也不同
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2015.06.13 23:26:14
Q:
请问molpro里面的f12跟PVNZ 基组外推至基组极限的原理一样吗？
有人建议我用f12。
我外推到极限有f12性价比高么？
A:
原理不一样。F12可以在较小的基组下能达到较大基组的效果，比如DZ达到QZ，但结果还是依赖于基组的。所以即便F12也可以再进一步外推至CBS。
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2015.06.14 01:02:18
Q:
请教gaussian 09 在linux 中安装方法或教程？谢谢了。
A:
看2L http://bbs.keinsci.com/thread-1085-1-1.html
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2015.06.14 01:05:11
Q:
[图片]
请教下，如果scan的两个二面角都有两个重叠，会都转吗？
29-28-22-27
22-28-30-35
相当于是N28-C22的旋转和N28-C30的两根键的旋转
A:
会。
这类问题一试便知，用分子力场做一遍scan几乎不花什么时间
----------------------------------------------------
2015.06.14 01:54:12
Q:
[图片]哈哈
A:
科研无关内容请在公社大杂烩群聊，否则可能被禁言
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2015.06.14 02:27:25
Q:
使用gfortran编译器编译gamess，比起ifort会有那些弊端呢？
A:
运行速度更慢是肯定的
Q:
会慢很多吗？
A:
没具体比较过，很可能慢不少
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2015.06.14 02:58:27
Q:
Sob老师，我想问下self-interaction error的问题。有篇文献计算一个有质子离去的反应的过渡态，用磷酸根作为质子受体时失败了，而用醋酸根则可成功，他把原因归结为磷酸根的self-interaction error太大。
A:
用没有SIE的HF或后HF方法算一下就清楚了
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2015.06.14 03:28:19
Q:
额，那一般什么样的体系SIE会比较大呢？
A:
对某些体系、问题，SIE导致的问题可能会较明显。比如用SIE大的泛函计算阴离子+其它分子时，阴离子的电荷倾向于离域到周围分子上。
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2015.06.14 04:24:07
Q:
优化反应物和产物的使用的gaussian09的默认的积分网格优化的过渡态是用的opt=tight 在不同的积分网格下过渡态和反应物及产物的能量比较是不是没有意义？
A:
opt=tight不影响默认的积分格点设定
Q:
老师是不是加与不加优化后对分子的能量没有影响，对吗？[Emoticon]
它只是提高了收敛标准对吗？[Emoticon]
那在opt的时候加上了geom=connectivity会不会影响最终的优化结果呢？
A:
不会
Q:
最好去掉，这个关键词完全是浪费时间
A:
不会浪费时间，只是没有意义
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2015.06.14 04:39:21
Q:
[图片]
A:
假设最后收敛到同一个结构，能量是一样的。但你设严了收敛限，可能和默认的情况收敛到的结构有微小的差别。
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2015.06.14 04:54:28
Q:
请教li+ 的单点能，用mp2和用ccsdt算出来的一样，对么？
用ccsdt计算单点时显示：CIDS skips out because there are no electrons.
求助
A:
如果用了冻芯，先去掉冻芯设置
Q:
# mp2/6-311+g* counterpoise=2
# ccsd(t)/6-311+g* counterpoise=2
就是这样写的
A:
Sobereva(190258442) 21:06:29
如果用了冻芯，先去掉冻芯设置
加上full
Q:
mp2后面？
A:
试之前不要说没用
mp2(full)
ccsd(T,full)
CCSD(T)和CCSDT是两码事
Q:
您说：如果用了冻芯，先去掉冻芯设置，我说的”没用“是指没有用冻芯
如果冻芯的话，应该是一样的，对吧？
呵呵我是用了冻芯了
A:
默认是冻芯，理论方法不同，结果肯定不一样
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2015.06.14 05:30:26
Q:
[图片]老师这样的irc曲线可以吗？
A:
从受力变化看光滑程度不是很理想。但如果从轨迹上看IRC走得挺正常，倒也没问题
Q:
老师刚才那个问题我没有说明白就是反应物和产物优化的使用的g09的默认格点做的优化过渡态优化积分格点提高了[Emoticon]（因为这样优化好的ts跑irc没有跳点）是不是只要过渡态的提高了积分格点反应物和产物都要提高？[Emoticon]
A:
如果你要比较它们的能量，优化结构的时候是否在相同积分格点下进行无所谓，关键是最后算能量的时候必须用相同的积分格点。
你的情况，应该在高积分格点精度下再算一下反应物和产物结构的单点。
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2015.06.14 05:48:00
Q:
在编译[图片]这一步时，出现这样的提示[图片] 请问是什么原因？
A:
不好确定，最好打开compddi文件检查检查
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2015.06.14 07:13:25
Q:
跑irc的产物和我先前优化的产物是镜像对称的，我需要把先前优化的产物重新优化吗？
A:
不用。gview里可以做镜面翻转
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2015.06.14 07:30:52
Q:
sob老师，在看您做的幻灯片，这一张，电子密度图，[图片]
是不是电子密度越大的，峰越高？
[图片]
上面的话，如果不截掉顶峰，应该是O N C这样的递减顺序？
A:
是
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2015.06.14 07:45:54
Q:
sob老师你好，我想问量子化学基础课程开课时间和地点确定了吗
A:
已定，预计周一发通知，和波函数分析暨Multiwfn培训班连着，地点相同
Q:
那请问老师我要用高斯模拟找寻过度态，有必要学习波函数分析，还有Multiwfn培训班吗，大约几天，我要和导师商量啊
A:
Sobereva(190258442) 23:54:09
已定，预计周一发通知，和波函数分析暨Multiwfn培训班连着，地点相同
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2015.06.14 07:48:00
Q:
用PM6做势能面扫描的时候，出现Error in internal coordinate system.，错误类型L103,怎么解决？
A:
注意扫描过程中是否有的键角变成了180度或二面角涉及的四个原子变成了直线之类。这种情况应尝试以不同方式重新定义内坐标。
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2015.06.14 07:56:11
Q:
请问multiwfn有哪些功能可以用于化学反应? 如提氢反应.
A:
基础量化只是和波函数分析是实际量化研究的两条腿。
只会基础量化知识，问题往往研究不深，文章显得空洞、感觉没得写，或者缺乏亮点。充分掌握波函数分析，则如鱼得水，如虎添翼，很容易就能写出内容充实、讨论深入的文章
光是找过渡态，会基础量化操作就够，但是了解波函数分析会使得视野豁然开朗，发现明显更多的可以探讨的内容，提升研究水准。
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2015.06.14 07:57:11
Q:
[图片]如何解决这个问题
A:
一大堆分析都能用于考察这种问题，一个比较直观的分析参看
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
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2015.06.14 08:02:04
Q:
sob老师，结构优化的时候因为加了色散一直存在虚频，采用calcall计算，又一直是l9999错误，说是超过了最大步数，这个还有什么办法可以消掉虚频吗？
A:
如果色散校正用的是BJ阻尼，先换成零阻尼再试
还不行用opt=tight结合int=ultrafine再试（频率计算也得相应地用int=ultrafine）
Q:
可是我前面所有都是用的BJ阻尼，如果这个结构不用，能量会不会无法比较呢？
A:
那就先试opt=tight结合int=ultrafine
不行的话再基于calcall处理，不收敛总有办法解决，诸如调小步长上限、改成gdiis之类
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2015.06.14 08:02:16
Q:
听群里说，有2个workshop，一个是波函数分析，另外一个是？
A:
暑期量化基础班是8月5~7，波函数分析暨Multiwfn培训班是8月10~13
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2015.06.14 17:57:14
Q:
请教大家一个问题，我看到一篇计算文献当中关于热力学数据△H和△G,一直搞不懂为什么正逆反应它们的值会不同？这些数据是怎么计算得到了[图片]
A:
图中并没写着正逆反应。f是formation，r是reaction
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2015.06.14 19:04:16
Q:
咨询大家一个问题是否可以通过判断偶极距来确定有机分子的疏水性强若
A:
对于很小的分子，偶极矩可以判断。但如果分子稍微大一些，偶极矩模型就太粗糙了（比如可能很多地方都有明显的局部的极性，但是整体偶极矩非常小），此时应该考虑用原子电荷、静电势分析等等方式来衡量，或者计算溶解自由能。
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2015.06.14 22:29:02
Q:
请问群友，同样一个gjf文件，不同机子上计算，一个G09A版本，迭代131次优化完毕
一个G09D版本，迭代73次优化完毕
居然不一样，这正常吗？
几乎一样，能量是1730.*********，就是最后两位有点不一样
高斯A版和D版，迭代情况差距这么大，如果没错的话，D版岂不是效率翻翻了
A:
这只是巧合而已，说明不了什么。131次迭代完毕本身就是非常异常的情况，有很大数值巧合因素。即便重新算一次，也未必还得需要131次
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2015.06.14 22:35:04
Q:
能量在小数点后的四位之内是有效的，之后的都没有效果
A:
也不算无效。只是看要求的精度，以及收敛精度的设置。比如有人就是要计算到零点几kJ/mol的超高精度，小数点第四位之后也得考虑。
Q:
哦。我们老师一般要求四位就够了，一般换算之后也有一位到两位数的差距
A:
如果用的计算方法级别较高，还是建议保留到5位。
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2015.06.14 22:49:46
Q:
你萌谁熟悉gromacs啊
[图片]
[图片]好的谢谢你
大家知道在gromacs下我想先建立一个模型比如是氮化硅材料的纳米通道我该怎么做呢
A:
Chan 建模并不是gromacs本身的问题。
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2015.06.14 23:34:14
Q:
请问gaussian下怎样限制对称性优化，从网搜素一系列方法，但最终获得都偏离了设定的点群。
我用的是g09 D.01
A:
先确保第一步就判断出了对称性，并且如果你认为你的点群设置是正确无疑的，若用了弥散函数把弥散函数去掉。
如果还不行，就用内坐标方式按照对称性来写被优化的变量，可以强制限制对称性。
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2015.06.15 00:29:05
Q:
用ccsd系列作opt的都是神人吧
不知20原子的要优化多久？
A:
看你用什么基组，以及体系是否有对称性。如果基组小、对称性高，CCSD毕竟有解析梯度，机子好的话优化也并非很困难。
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2015.06.15 00:43:50
Q:
有人会安装g09D版本吗，可以帮我安装吗，非常感谢
A:
看2L http://bbs.keinsci.com/thread-1085-1-1.html
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2015.06.15 01:39:01
Q:
Sob，我和另外一个朋友，使用D09，出现一个情况，有些A版正常能算完的gjf，用D版算报错。
而且D09，每次开机使用前，要source .bashrc一次，
是不是没安装好，
A:
看具体报什么错
应该是没配置好
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2015.06.15 01:39:10
Q:
各位老师，我优化一个结构，输入是[图片]但是输出总是[图片]是因为结构问题吗
A:
不是报错。正在算着。总是写#P以便监控输出细节
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2015.06.15 03:19:51
Q:
老师您好，我在计算gamma的时候总是出现没有输入频率这个错误是为什么呀？[图片] 我也尝试加上频率的关键词算过，也还是不对，我的输入是[图片] 请老师指点一下！
A:
坐标末尾空一行写上外场频率，a.u.为单位
Q:
外场频率的大小是依据我的体系来确定的吗？
A:
动态(超)极化率的数值是取决于外场频率的，是基本原理问题。和体系无直接关系。
Q:
那我选0.1 a.u.可以吗？
A:
想算什么频率下的值就设什么频率，这完全是由你来决定的。
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2015.06.15 04:01:11
Q:
有没有波普分析的经典书，如Abs, CD, MCD, rR
去公共邮箱看看啊
A:
看群共享里公社邮箱公告
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2015.06.15 04:18:58
Q:
[图片]群里人好多啊
A:
发现群已经1800人了，又到了该适当清理长期潜水的人的时候了
Q:
群里什么时候那么多人了
我就几天没上
A:
不清理的话今年结束前肯定满了
Q:
应该按照发言最后日期清理
A:
年初清了100人，过两天清一次，估计可能也会清出不下50人
就是按照发言日期清的
一年内发过言可确保平安
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2015.06.15 04:26:55
Q:
刚才下载了[图片]文件，打开的全是乱码，可能是由于我电脑的原因，这份文件，计算化学公社是否有？
A:
公社没有。
乱码可能是你系统、文本编辑器的原因，比如不支持中文
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2015.06.15 04:28:50
Q:
高斯是不是不支持RI-CC2方法的计算？
A:
不支持
Q:
哪个软件支持这种方法并且容易安装和上手？@Sobereva
A:
turbomole、dalton等
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2015.06.15 05:04:53
Q:
各位老师，有没有molpro的教程啊？
A:
官方有个quickstart，用那个入门较快
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2015.06.15 05:38:48
Q:
[图片] TD-DFT的作业总是出现这样的错误，我该怎么解决呢，谢谢老师 input是#p B3LYP/6-31g* td(nstates=5,root=1,singlets) scfcon=6 scfcyc=250 opt
A:
改用g09
Q:
[Emoticon] g09解决了
谢谢老师，是g03不支持td吗
A:
支持，但g09才开始支持解析梯度
----------------------------------------------------
2015.06.15 05:57:55
Q:
请问老师，povray渲染器 version 3.7, POV-Ray 在http://www.povray.org/download/下载页面[图片]处，下载的版本没有渲染出图像，怎么回事？谢谢老师
A:
操作问题
Q:
老师能具体说说嘛
A:
你把你当前povray界面的截图发上来
Q:
[图片]
A:
这已经渲染出来了
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2015.06.15 06:03:54
Q:
这个是pov-ray默认的渲染图啊
去temp里找渲染出的图
C:\Users\Yopo\AppData\Local\Temp
我的路径是这个
然后文件按照时间排序，最近的一个具有图像格式扩展名的就是你渲染出的图
A:
对于自己的.pov文件，默认情况渲染完了图像就输出在当前目录下
----------------------------------------------------
2015.06.15 06:10:07
Q:
求教一下各位 promolecular翻译成中文是什么？
A:
初分子
或者叫准分子也可以
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2015.06.15 06:11:39
Q:
gaussian 计算 freq 后给出的displacement vector 是黑塞矩阵的本征向量然后经过归一化后的结果。
也就是说某个振动模对应的atom displacement vector中每个原子的位移平方和是1. 我想知道怎么才能找到这个归一化因子或者归一化之前的displacement vector。
A:
那就自行对角化力常数矩阵
Q:
谢谢。对角化力常数矩阵用python可行么对于大分子会不会很慢啊
A:
python我不怎么用，我一般都用fortran结合lapack库里对角化矩阵的子程序来搞。
----------------------------------------------------
2015.06.15 06:18:30
Q:
为啥要用pov-ray渲染用自带的tachyon不行吗
A:
安装无问题。只不过povray由于版权原因没有自带文件编辑器，按说明去搞即可
----------------------------------------------------
2015.06.15 06:29:16
Q:
我也不知道了。。。或者根据sob老师说的。我们可以把当前渲染的这个另存到桌面，然后再渲染，这样，图像就会直接出现在桌面了~
A:
是啊，就这么简单
直接就是生成在.pov文件所在目录下
Q:
换个软件
可以不用渲染
A:
她用的是AICD，只能靠povray来渲染
----------------------------------------------------
2015.06.15 07:15:52
Q:
A版算一个频率，没问题。安装了D版本计算出错，log文件里这样写
Discarding MO integrals.
Reordered first order wavefunction length = 140717088
In DefCFB: NBatch= 1 ICI= 36 ICA=233 LFMax= 47
Large arrays: LIAPS= 2572264080 LIARS= 485287740 words.
Erroneous write. Write -1 instead of 13385856.
fd = 4
orig len = 49338720 left = 13385856
g_write
屏幕上是这样的
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000000a95, rsp 00007fff2c75c398, rbp 00007fff2c75c910
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000a95, r8 00002ab2f27f6300
r9 0000000000000000, r10 00007fff2c75c160, r11 0000000000000202
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff2c75c958
r15 00000000000003e6
--- traceback not available
是D版没装好，还是硬件问题？买了个测试版的cpu，好怕是cpu有bug
A版是在另外一个机子上安的，配了个测试版cpu的机子，安装了D版，
A:
硬盘空间不足
Q:
啊，我瞅瞅，刚刚装了系统，就装了高斯，都没怎么用
不过硬盘是小了点，256G的固态
sda3 分了40G，就安装了个suse系统，那个iso文件就4G啊
怎么就占完了，就剩300M剩余了
A:
rwf文件往往很大
Q:
谢谢指点，rwf一般放在那个目录里了啊？
home是在sda4里，基本还空着
A:
GAUSS_SCRDIR环境变量设的目录就是
Q:
多谢多谢
一看吓一跳，居然有两个个25G的rwf，这个文件，高斯计算完毕，关闭的时候，会自动清空吗，或者重启电脑会自动删掉吗
A:
任务正常结束时会自动删掉，非正常结束时不会删，所以自己应该时不时清清这个目录
Q:
太感谢了
sda3分多大合适啊，40G太小了是吧，200G，行吗？
A:
我不知道你想怎么安排。
如果机子就这一个固态硬盘，索性别分区
Q:
还有一个台式机硬盘，没装上去
估计台式机硬盘1T
Sob，如果一个SSD256G，一个台式机硬盘1T，该怎么分区好啊
A:
Linux下用没必要非得分它
----------------------------------------------------
2015.06.15 11:12:23
Q:
请教Sob老师一个简单问题，我想要计算一个络合物的吉布斯自由能，需要计算Freq同时要计算BSSE，那么是否可以在计算freq的同时加上关键词 counterpoise=2 呢？
A:
既然是共价键，就是单个分子，何必用counterpoise
----------------------------------------------------
2015.06.15 11:38:06
Q:
[图片]可以吗？
A:
可以是可以，但是很不推荐这样。因为此时没了解析Hessian，计算量可能大一两个数量级。
----------------------------------------------------
2015.06.15 11:38:47
Q:
[图片]
A:
在基组有弥散函数情况下，用能够合理表现分子间相互作用的方法来计算频率就够了。
----------------------------------------------------
2015.06.15 11:52:03
Q:
我的基组是有弥散的， “合理表现分子间相互作用的方法”具体指什么呢？我的分子是形成共价键的情况，就是想看一下成键之后形成的分子是否合理，以及这个反应的可行性。是不是这种情况就不用分成两个fragment计算？直接用freq算自由能就行了？
A:
照常直接算就完事了
----------------------------------------------------
2015.06.15 16:08:16
Q:
价格
A:
看通知
----------------------------------------------------
2015.06.15 17:48:36
Q:
请问下，我想计算下氢键对分子结构的影响，请问下如何运行计算？或者请教高手给我相关链接，谢谢
A:
你把形成氢键的基团去掉，或以其它什么方式屏蔽其效果，就能考察了
----------------------------------------------------
2015.06.15 17:55:39
Q:
Sobereva老师好，我在计算费米耦合常数时，一直遇到这个问题，查找资料仍然解决不了，请各位帮帮忙吧，非常感谢。高斯输出报错[图片]
A:
列出完整的输入文件，坐标可省
Q:
[图片][图片]
谢谢老师
A:
算J不能用赝势
Q:
老师，如果我把nmr=mixd改为nmr，不会报错
A:
不报错不代表结果有意义
NMR根本不能用赝势来算
Q:
好的，谢谢老师。老师，我还想问一下：1、过渡金属计算性质不加赝势是不是不准确啊？2，我看的网上有人说epr-2只能计算开壳层，nmr不能计算开壳层，但是说明书没有这么讲，请问是这样的吗？谢谢老师
A:
1 这属于误解。
2 NMR能算开壳层
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:13:31
Q:
SOB老师我在看你帖子使用multiwfn图形化研究弱相互作用 [图片]
这个是不是标错了
A:
没错
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:23:35
Q:
Sob老师，我想请教您一下，激发态分子是否可以用NICS值来确定芳香性的大小？准确么？@Sobereva
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:24:41
Q:
linux小白，从哪个linux版本学起比较好？以前做流体力学的时候装过两个月的乌班图，还有那么一丁点印象
A:
RHEL或centOS
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:28:59
Q:
老师，靠前输出的偶极矩Tot和靠后输出的偶极矩Dipole结果是一样的吗
A:
单位不一样，并且一个是初始朝向一个是标准朝向的。培训班会讲
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:31:09
Q:
老师。ECP60MWB-SEG 后面的SEG是什么意思呢
A:
片段收缩（segment）
Q:
ECP60MWB-SEG输入的时候该怎么写呢
A:
stuttgart赝势基组官网上直接去拷定义
Q:
[图片][图片] 老师这样写报错
A:
Sobereva(190258442) 10:48:11
stuttgart赝势基组官网上直接去拷定义
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:37:03
Q:
Sob老师，做完振动分析后出现了两个相同的负频，请问该如何解决谢谢
A:
opt=tight int=ultrafine进一步优化，不行就calcall
讨论见
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:38:43
Q:
[图片]
A:
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:39:45
Q:
老师，我计算基态的偶极矩和激发态的偶极矩竟然一样，这又是怎么回事呢?
A:
没写density关键词
Q:
[图片]
A:
这类问题在培训班中都会专门讲
Q:
老师，这是激发态的关键词
是有density的
A:
不会完全一样的
Q:
基态我也添加了density
A:
基态写它没意义
Q:
但是应该不影响结果的吧，那怎么能够一样呢？
A:
不会恰好一样，你随便换个体系再试，比如水分子
Q:
[图片] 老师，这是激发态的
[图片]基态
A:
看似一样肯定是你读的地方不对，要么有其它关键词碍事
----------------------------------------------------
2015.06.15 18:47:14
Q:
[图片]
A:
这两个各算一次，明显不一样
# pbe1pbe/6-31+g(d,p)
Title Card Required
0 1
O 0.00000000 0.00000000 -0.11081188
H 0.00000000 0.58397589 0.44324751
H 0.00000000 -0.58397589 0.44324751
# pbe1pbe/6-31+g(d,p) td density
Title Card Required
0 1
O 0.00000000 0.00000000 -0.11081188
H 0.00000000 0.58397589 0.44324751
H 0.00000000 -0.58397589 0.44324751
----------------------------------------------------
2015.06.15 19:01:36
Q:
请问Sob老师，我想比较两个体系的活化能，在算TS的时候，发现其中一个体系必须用scf=QC，才能正常收敛。我是不是需要把另一个也加上QC，重新计算才能比较两者的活化能？
A:
不用
Q:
也就是说QC对活化能的计算没有什么影响，只是帮助收敛是吧？
A:
对
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2015.06.15 19:20:08
Q:
[图片]
这种图为什么不是左右对称的呢
A:
左右对称做这种图就没意义了
本来就没道理是左右对称的
Q:
那这种图左半边的spike怎么着
[图片]
A:
最好把帖子完整看完再问
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2015.06.15 19:20:37
Q:
orca的压缩文件的格式是tbz的，怎么解压啊？网上说用tar jxf ***.tbz但是最后出现这样的情况[图片]
A:
直接用winrar解压
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2015.06.15 20:04:17
Q:
[Emoticon]
老师，利用几何优化得到的偶极矩，和计算基态的td得到的偶极矩一样吗？
[Emoticon]
A:
这个问得太混乱。对比一下就知道。
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2015.06.15 21:51:20
Q:
gaussian09 计算分子在溶液里的相关性质可以调节溶液浓度的大小吗？？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
如果你是指溶质分子的浓度，高斯计算里没法体现
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2015.06.15 23:18:13
Q:
请问如果我想算两个分子在溶剂分子存在的情况下的自组装状态，比如是否在某两个原子间存在氢键？我应该使用什么关键字呢？
应该查说明书的哪部分内容？
A:
放一起优化。如果构象太多自己难以完整考虑，就做分子动力学，可参考比如
使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/276
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2015.06.15 23:42:58
Q:
ORCA里面CCSD(T)是解析解还是数值解啊
谁有ORCA的ORCA Input Library，大陆打不开
A:
peace 数值的。支持CCSD(T)解析梯度的寥寥无几，主流程序都不支持
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2015.06.15 23:50:15
Q:
你的ECD图是用orgin画的吗，我现在有*.log文件，能教我怎么做这个图吗
A:
绘制方法看此贴，也可以用Multiwfn导出ECD曲线数据再在origin里作ECD图
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.06.15 23:51:03
Q:
请问，cc-pVDZ-DK 这样的方法，DK是什么？有这样的方法的介绍吗？
A:
专门给DKH相对论计算用的cc-pVDZ版本。我印象中你参加过4月份的培训，讲义里的相对论部分介绍过这个。
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2015.06.16 00:06:33
Q:
请问文献里一般说的gap是不是基态分子的LUMO与HOMO之差？谢谢
A:
对
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2015.06.16 01:44:03
Q:
两个班一起参加是多少钱
1400 1900
A:
有人问两个培训班都报名开发票的事，这里说一下，两个培训班一起报名付费是开一张发票，邀请函作为一个完整的“2015北京科音量子化学基础与波函数分析培训班”的培训来提供
Q:
叫Quantum Chemistry & Wavefunction Analysis Summer School 好听么？
[Emoticon]
[Emoticon]
[Emoticon]
A:
还成
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2015.06.16 02:28:31
Q:
sob老师，对中午的一个问题，我还想进一步问一下：QC对活化能的计算没有什么影响，只是帮助收敛。那XQC呐？QC和XQC计算结果区别呐，结构、活化能？我查了手册但是理解不来
A:
这里都有讨论
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
手册虽然重要，必备，但是在理论、算法上没有相应基础的话，光看手册也解决不了什么
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2015.06.16 02:43:07
Q:
[图片] Sob 老师这个stacking 是什么意思？？@Sobereva
A:
[图片]
Q:
是苯环特有的吗？？
A:
有pi离域的体系都可能有。特别是多环芳烃，pi-pi堆积十分明显，强度很大
[图片]
[图片]
绿色的扁片都是pi-pi堆积作用区域
Q:
这个作用力很强吗？？（和范德华作用相比）
A:
看pi-pi堆积面积。多环芳烃pi-pi堆积比起一般范德华作用强得多得多，总和能接近甚至达到单个氢键的程度
Q:
超哥在14年的一篇Science中的模拟工作中讲到了这个甲苯的Pi-Pi Stacking 作用很强，导致对个甲苯在狭缝中成簇，使其在模拟的过程中始终停留在狭缝中！
对个甲苯是多个甲苯
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2015.06.16 02:43:07
Q:
培训的时候讲讲怎么做这些很炫的图吧！希望现场演示操作一个这样的例子，最好multiwfn和VMD一起处理图片的，谢谢。
A:
这是肯定讲的，而且是重点
有些东西远程，或者靠帖子，都不好说清楚，实际演示一下就很清楚了
Q:
[Emoticon]
MS还要花时间去学，也很少有培训班
MS 的培训班是最多的
和我相关的少
A:
也几乎是最贵的
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2015.06.16 03:04:46
Q:
创腾学院培训
8月没有培训，创腾
而且八月创腾还有 Dmol的培训
[图片]
我怎么感觉在给创腾做广告
[图片]
因为MS就是创腾卖的嘛。。。全国只有他们做这个
[图片]
我晕，我打开怎么是这个
A:
[图片]
平均一天1200
Q:
我说每次我都看不到！！
对的。。而且实际上都是在介绍量子化学和泛函。。所以没什么意思
A:
政府科研，几乎一天都2000了，疯了
我们的培训7天还没这一天贵
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2015.06.16 03:14:11
Q:
谢谢！希望学完回来，我也能做出漂亮的图啊，哈哈。另外非常感谢您两班连报给予的巨大优惠！
A:
肯定能
Q:
请问 b3lyp/6-31g*，0，3么？
A:
td(triplet,root=x) b3lyp/6-31g*，0，1
代表计算Tx态
T1是第一激发三重态
Q:
计算三重态的激发态td(triplet,root=x) b3lyp/6-31g*，0，1，这里面自旋多重度要设置成
1么？
A:
对
PS：顺便说一下，这些大家经常问的激发态的计算问题在8月的培训班里都会详细讲
Q:
如果只是做反应机理，去听课会介绍些关于找过渡态的方法么？虽然主要是看文献，[Emoticon]
好的。
A:
找过渡态是课程的重中之重
会给出大量实际例子和练习，学完了之后在找过渡态上就会很熟练了
常年在群里、论坛里回答大量计算化学问题，很清楚大家最需要哪方面知识，所以课程的安排十分侧重实用性。
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2015.06.16 03:24:19
Q:
[图片]请教老师我的渲染还是出现这个错误，3.6版本3.7版本都是这样子的，该怎么办啊?
A:
pov文件自身有毛病，或者操作不对
Q:
产生.pov文件是您写的那个AICD2.0帖子操作的
A:
你打开的是哪个文件？
Q:
aicd_40000_0.050_1_0_0_Aniso_4.4.RenderMich.pov
我打开的是这个
A:
产生的5个文件都放到相同目录了没有？
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2015.06.16 03:29:58
Q:
Ubantu 在联想台式机装不上呢
64位的
A:
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
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2015.06.16 03:49:38
Q:
请问做三态计算是用b3lyp/6-31g*，0，3么？这个和td(triplet,root=x) b3lyp/6-31g*，0，1有关系么？还有不太明白为什么激发态的三态要用0，1.
A:
基态是0 1
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2015.06.16 03:56:51
Q:
[图片]@sob大神，这个简并度是怎么算的
A:
比如说(c)，图中排布是2 1 1，也可以排成1 2 1或者1 1 2，能量是相同的，故简并度为3
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2015.06.16 04:05:52
Q:
[图片]老师这个uv-vis （under dark）是什么东东？[Emoticon]
A:
这得看文章
Q:
老师你要看吗？我给你发过去？
A:
没时间
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2015.06.16 04:12:25
Q:
请教一下Sob老师，我想研究同位素动力学效应，在设置同位素参数的时候，我是不是只需要在分子坐标后面加上（iso=x）?比如，改H（iso=2）就变成氘了？
A:
对
Q:
我在做过渡态计算的时候加了（iso=2），得到过渡态后跑IRC的时候，IRC输入文件的原子坐标后面还需要写（iso=2）吗？谢谢老师
A:
写
Q:
恩恩，我再试试，之前算IRC的时候没有加Iso，感觉变成氘后，活化能没变化~~谢谢老师[Emoticon]
A:
不影响电子能量，但影响热力学校正值，因此活化能会有变化的
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2015.06.16 04:39:33
Q:
（如果你是指溶质分子的浓度，高斯计算里没法体现）谢谢老师的指导. 对了，老师溶液的浓度是不是可以调节，我在gaussian09 说明书没有找到相关的关键字，求老师指点迷津 [Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
溶质浓度问题只能通过分子模拟方式的研究才能反映
如果你是指混合溶剂调节其中某种溶剂的浓度，通过调节介电常数来表现
----------------------------------------------------
2015.06.16 05:13:22
Q:
请问老师我用AICD计算的是球面，和计算平面时调用的AICD的外磁场矢量时应该不一样吧？如果不一样那球面的外磁场矢量该怎么样定义呢？
A:
外磁场矢量自己随意设定，不同方向去加结果也不同。应根据体系特征考虑
Q:
好的谢谢老师，老师我那会渲染出错有没有可能是外磁场定义错误导致.pov失真呢？
A:
你先把博文里的那个例子完全重现一遍
如果这个没问题，你自己的体系有问题，可能等值面数值不合理等原因所致
先用简单的小分子体系练练手
----------------------------------------------------
2015.06.16 05:18:01
Q:
问一下，有人算过碳纳米管吗？amber力场，用gromacs更好
A:
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268
----------------------------------------------------
2015.06.16 05:22:43
Q:
老师您好，我在计算激发态偶极矩的时候，加入int=ultrafine这个关键词，会对结果有影响吗？
A:
有轻微影响。
没必要加
Q:
那我还想问一下老师，在计算激发态偶极矩的时候可以加什么关键词，强制使它收敛吗？因为我计算好长时间了，都没收敛也没报错。
A:
什么过程不收敛？SCF不收敛还是davidson迭代不收敛？
Q:
davidson迭代不收敛
A:
关键词怎么写的？
Q:
这是我的输入
A:
nstates设小些，比如10再试
----------------------------------------------------
2015.06.16 05:22:43
Q:
请问老师有没有详细介绍pov渲染器用法的帖子的呢？谢谢
[图片]
A:
我没写过
----------------------------------------------------
2015.06.16 05:25:41
Q:
用Multiwfn计算分子轨道成分，必须将每个原子对轨道的贡献用计算器一个一个的加起来吗，有没有办法将数据导出来啊？
A:
看手册5.4节
----------------------------------------------------
2015.06.16 05:38:39
Q:
老师你能不能推荐一些书专门介绍RDG的？
A:
没有专门的书，只有帖子
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
想全面了解的话也可以参加8月份的波函数分析培训
Q:
现在想用它研究一下弱相互作用，发个文章，争取顺利毕业的
A:
要想为了毕业而发文章，8月份的班无疑是最佳选择
全面掌握波函数分析手段后，随便找个有点用处、特点的体系一通分析后就能发篇文章
当然我是强烈鄙视灌水的~
Q:
求文章毕业
A:
比如明年毕业，差一篇SCI，今年参加8月的培训可能都来得及救急。春节前投出去，没被拒就行
Q:
主要是想把这部分也写到毕业论文里面去
什么物化学报，cpl都是分分钟的事啊
要是还要求2.0呢。。。
文章太水毕业之后能去哪儿啊
去哪不是去
A:
那就需要进一步熟练，题材别过于俗
Q:
2.0做全点也是分分钟的事
jpca稍微要使点劲
2.0以下的文章，随便搞搞啦
A:
恩，找两套小分子，组成一批复合物，一通分析，至少CTC是万无一失
Q:
结构分析，距离分析，结合能分析，偶极,静电势，布局分析，弱作用可视化，紫外荧光，引入一两个基团上述再分析一遍。差分分析，转移积分分析。。
2.0妥妥的
[图片]
A:
[Emoticon]
Q:
只要体系不是特烂，投不中肯定是写的问题，或者分析不到位
是不是可以称为“量子化学庸俗化”的方法~~~
A:
对于硕士，单纯为毕业文章庸俗化也罢。博士还是得搞点有意义的文章，至于教师就不宜总是灌了
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2015.06.16 05:59:45
Q:
有什么最快的方法可以将每个原子对轨道的贡献加起来的办法吗？谢谢啊
A:
在Multiwfn的轨道成份计算界面里先定义片段，然后计算指定轨道的成份，最后就会输出片段的贡献
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2015.06.16 06:02:18
Q:
1:势能面在B-O近似下产生的，那么当不同势能面耦合时B-O近似就会失效，是不是PES无从谈起，此时要如何解决？（用非绝热表象吗？）
2:如何说明反应体系一定是沿着MEP反应而不是别的路径
3:SCF方法解HF方程:是不是先猜测出一套基函数然后算出相应库仑和交换积分，然后代入变分法算出能量，之后再怎么循环。。？（对迭代只有感性认识。）
4:从头算的方法，为什么是将HF方程进一步演化成Roothaan方程来解？那么Roothaan方程优势（减少计算量？更方便？）
5:蒙特卡洛模拟在准经典轨线计算时在选择初始条件选择时，思想是什么，怎么做到随机抽样接近真实统计分布。（非常困惑）
6:咱们说的从头算势能面是算了大部分的点，像关键位置（如极小值点及附近，鞍点）的单点能而没有把全局的点全算完吗？因为后面还要选择合适的势函数。然后半经验也需要先算出一些ab initio 数据
简答题
A:
这样比较长的问题，或者复杂的问题，建议在计算化学公社(bbs.keinsci.com)里发帖问
Q:
东北某高校
对
东北师大
这问题太多太长
不是~
辽宁的？
不会是吉大吧？
就不告诉你，就不告诉你[Emoticon]
4:从头算的方法，为什么是将HF方程进一步演化成Roothaan方程来解？那么Roothaan方程优势（减少计算量？更方便？）
HF方程是一个积分微分方程，只能解决原子体系。Roothaan引入了基组概念，将积分微分方程转化为矩阵方程。
这个目前是什么时候的目前了？数值算分子的HF已经有不少例子了
A:
是的，老书里很多例子、看法都是明显过时的
20多年前就有直接数值求解的了
Q:
3:SCF方法解HF方程:是不是先猜测出一套基函数然后算出相应库仑和交换积分，然后代入变分法算出能量，之后再怎么循环。。？（对迭代只有感性认识。）
SCF，先积分，存在硬盘上，初猜一个密度矩阵P,然后构建Fock算符，....
A:
可以看NUMOL的原文
International Journal of Quantum Chemistry: Quantum Chemistry Symposium 23,599-609 (1989)
数值求解小分子体系。虽然不是HF，但原理也类似
----------------------------------------------------
2015.06.16 06:06:52
Q:
关于CNT的模拟，再请教一个问题。我看了一下你写的教程，我看里面CNT的力场参数的选取比较随意（合理范围即可）。那是不是说，如果我要用amber力场，就按照amber力场方程，选取合适的参数就可以呢？
A:
键长键角二面角就是标准的谐振势，amber、gromos、opls等都是这种形式。
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2015.06.16 06:09:05
Q:
构建Fock算符算出能量，然后解出一系列轨道能量本征值，再怎么办..？直到达到一定的收敛程度然后终止迭代
A:
[图片]
如果对这些基础知识还比较缺乏的话，我很推荐参加一下8月份办的暑期基础量化班（见www.keinsci.com），这些基础的东西都会细细去讲。要不然三言两语去解释，也只能了解得零零散散
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2015.06.16 06:23:26
Q:
gamess编译此步时[图片]下出现[图片]这样的提示，请教该如何修正
A:
检查compddi，看里面fortran编译器设定之类有无问题。具体我记不清了
Q:
[图片]sob老师，这是相关的那一段脚本，没发现什么问题呀
A:
你先从中找那个报错提示语句，然后顺藤摸瓜找到报错的源头
Q:
蓝色标出的就是报错的语句
A:
这不是报错，你前面截图最后一句才是报错
----------------------------------------------------
2015.06.16 06:59:55
Q:
[图片]这个体系是不是应该有比较强的氢键呢？但是显示结果中只有绿色，范德华力和氢键区分不了啦。
A:
不会只有绿色，肯定是你作图过程有问题
----------------------------------------------------
2015.06.16 07:12:14
Q:
@Sobereva问什么两个暑期班之间要隔两天呢？
A:
周六日，场地方没法提供
Q:
可以顺便旅游下
A:
另外连上的可以趁机休息，逛逛帝都
刚上完量化基础的，可以趁这两天再复习复习
Q:
哦！这样啊！啥时来我们昆明培训一次！也来逛逛就好了！我可以管您吃住！
A:
恩，但愿有机会吧
----------------------------------------------------
2015.06.16 07:44:40
Q:
【VMD相关】问个问题，如何选择蛋白里的N O S原子，如果这些原子带H，顺便把这些极性原子上面带的氢也选择了
可否选择一定距离内的氢？
譬如落在共价键范围内
[图片]
A:
{name O S N} or name H and within 1.5 of {name O S N}
----------------------------------------------------
2015.06.16 16:44:54
Q:
[图片]气象条件能找出来过渡态，溶剂下小基组也可以找出来的过渡态为什么放大基组就这样了？？
哪位大神知道该怎么办啊？？
A:
就是不收敛，先试此文末尾的做法
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
老师，我的过渡态优化了270多步还没收敛，力常数是这样子的，请问我后面该怎么处理呢？[图片]
A:
先按帖子里说的减小步长上限，不行再calcall
----------------------------------------------------
2015.06.16 17:16:09
Q:
请问群里哪位有引用GEMESS的文献呀？我用了GEMESS，不知道该引用哪个文献
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.16 17:24:30
Q:
打扰一下，我想算一个分子的激发态以得到它的紫外吸收谱图，现在已知分子有125个占据轨道，占据和非占据加起来388个轨道，现在我应该设置TD中的nstates=？新手，请大家帮忙给说一下，谢了！
A:
这个没有确切的值，和体系特征以及想要算到的谱图范围有关，需要进行尝试。你可以先设比如20，看看得到的谱图是否已经涵盖你要的波长范围了，不够的话再设更大。
Q:
哦哦，这样呀，明白了
能不能我只算后面我要的那部分，不算前面的。如我算了前20个激发态，都不行，然后从第20开始往后算？
A:
不能。求解是先从低往高进行的，比如你就想算第25激发态，那么能量更低的24个也必须得算
----------------------------------------------------
2015.06.16 18:04:54
Q:
这次基础量化内容较4月份有没有增加内容？
A:
这次培训的内容是4月份的精炼版，毕竟时间上比4月份的培训少一天，但对于初学者来说足够了。
增加的内容也有一些。4月份培训后又给幻灯片进行了一定调整和扩展，增加了一些例子，比如理论方法和基组部分的介绍增加了一些内容，热力学部分增加pka计算，光谱计算部分增加了预共振拉曼和ROA的简略介绍等。
Q:
需要什么先修知识么？
A:
不用。
不过如果结构化学没学过最好先看看结构化学
Q:
培训费和multiwfn的开在一起么?两个都参加的话?
A:
是的
邀请函也是一起的
Q:
这岂不是4月份学过的最好再学一下了？
其实可以，俩课一起上性价比最高
A:
这倒不必，大部分内容四月都有。
但如果觉得4月还没完全领会，再上一次暑期基础量化的话也可以，之前如果有没搞懂累积下来的一些量化问题也可以顺便解答。不过还是推荐和波函数分析培训一起上，效果最好，跑来单独再上一次暑期基础量化可能不划算。
Q:
好的~~
A:
幻灯片平时时不时就会修改、增补一下，比如群里有人问个问题觉得很有必要进行强调，就会改一下幻灯片专门进行讨论。所以虽然内容都是基础量化，但每一次、每年的培训都会有所不一样，内容也是越来越满足学员的实际需求。
Q:
唐敖庆有8大弟子，
sob老师以后有群友8000
A:
希望腾讯能搞个4000人群
Q:
是不是得买个超级QQ或者XX贵族才行？
估计全国做量化的也就是这个数目了吧
A:
500/年还能接受
Q:
做凝聚态的+量化的+生物模拟的
跟计算沾点边的，能到1万人么？
2000人群，后来的就让他们进子群。现在群里的算一代元老。
能到1W
A:
量化的就已经有一万
----------------------------------------------------
2015.06.16 18:47:35
Q:
重元素计算，如何考虑频率校正因子
求问
A:
这取决于计算方法和基组，不在于什么元素
Q:
老师赝势能加上校正因子么
我是混合基组
A:
混合基组校正因子没法严格选择
Q:
那该怎么处理，只能对氢原子加校正因子？
轻
A:
你若用GGA泛函计算，则不需要校正因子
要么就少数服从多数，用轻原子基组的
----------------------------------------------------
2015.06.16 19:01:46
Q:
if(exists $r_del->{"IVCAP"} && ($r_del->{"IVCAP"} == 1 || $r_del->{"IVCAP"} == 5)){
# Prepare for calc of molecular surface
%exp_rad = (
"N" => 1.550,
"H" => 1.200,
"C" => 1.700,
"O" => 1.500,
"P" => 1.800,
"S" => 1.800,
"FE" => 1.300,
"Na+" => 1.200,
"Cl-" => 1.700,
"MG" => 1.180,
);
}
else{
# Prepare for calc of molecular surface
%exp_rad = (
"N" => 1.550 + 1.400,
"H" => 1.200 + 1.400,
"C" => 1.700 + 1.400,
"O" => 1.500 + 1.400,
"P" => 1.800 + 1.400,
"S" => 1.800 + 1.400,
"FE" => 1.300 + 1.400,
"Na+" => 1.200 + 1.400,
"Cl-" => 1.700 + 1.400,
"MG" => 1.180 + 1.400,
);
}
请问下如果加上BR原子
BR原子的radius value 是多少呢
怎么查
A:
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
Q:
[图片]
[图片]
哪一列才是呢
"BR" => 1.180 + ？
谢谢
A:
你应该先明确你要的是Br的哪种半径
Q:
[图片]
这个上面的BR
A:
Sobereva(190258442) 11:14:10
你应该先明确你要的是Br的哪种半径
----------------------------------------------------
2015.06.16 19:03:34
Q:
sob老师 CYLview里的这个不可用，是因为这个软件收费么？
[图片]
A:
不是
----------------------------------------------------
2015.06.16 19:14:22
Q:
[图片]sob老师，这是用multiwfn做的分子内的相互作用图，从图中可以看出有π-π堆积，那么怎么定量分析这种相互作用呢？
A:
算算pi堆积的作用能，另外Multiwfn支持LOLIPOP也能预测pi堆叠的强度。也可以在Chimera程序里量一下这个等值面的面积，和pi-pi作用能应当正相关（但这个idea、比例关系还没有专门去测试）
----------------------------------------------------
2015.06.16 19:20:14
Q:
老师能否8月份讲义上加上一页带页码的目录
这样方便检索查询多谢
A:
OK
----------------------------------------------------
2015.06.16 19:20:45
Q:
sob老师，CYLview能做这种热椭球图么？[图片]
好像没发现这种的
A:
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
http://sobereva.com/151
Q:
嗯现在就在看这篇
但好像不能画出如上图的效果
CYLview
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.06.16 19:35:58
Q:
sob老师，怎么算π堆积的作用能呢
A:
如果整体是个大体系，你可以把这两个环切出来，边缘饱和一下，作为小分子来算相互作用能，就当做是pi-pi作用能。
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2015.06.16 20:36:05
Q:
sob老师，看到您刚才的回复“如果整体是个大体系，你可以把这两个环切出来，边缘饱和一下，作为小分子来算相互作用能，就当做是pi-pi作用能。” 这样的话，如果有多个pi-pi堆积，而且相互有作用，这样摘出一个来计算，是不是不够准确呢？
A:
没办法，这种情况每个pi-pi堆积从原理上就不是能准确分割出来的，
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2015.06.16 20:37:36
Q:
sob老师，对于含金属体系的RESP fitting，什么方法和基组比较合适啊？
A:
和普通分子情况一样
Q:
哦，SDD基组和Lanl2dz相比的话，哪一个对于描述过渡金属体系更好呢？
A:
SDD
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2015.06.16 21:27:07
Q:
sob老师，我做了一个promolecue的图，不过它的这个面有点奇怪，加大等值面也不是很好感觉。为了清楚，我把阻力部分屏蔽了。
[图片]
加大了格点数，好一些了，不过边边上还是略微不是很好
[图片]
[图片]
A:
还是格点精度太低
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2015.06.16 22:26:56
Q:
老师，请问公社有关于gaussian的 X.log文件的详解的博文或者资料吗？能否给个链接，谢谢！
A:
没有。这些输出内容各种各样，太零碎，没法写帖子，只能在培训班上讲
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2015.06.16 23:44:31
Q:
求助各位，为什么我的图做出来这么难看呢[图片]
勾掉的效果就是刚才那样的，没勾掉更模糊@我本是个娃娃(979170845)
怎么样才能画成这种效果呢[图片]CPK不管用
A:
看此贴
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
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2015.06.17 00:16:08
Q:
请指点下amber修改了源文件想重新编译
进入$AMBERHOME/src 目录下，
./configure_amber -mpich2 ifort
提示没有那个目录
哪位对amber重新编译能指点下吗谢谢
A:
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263
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2015.06.17 01:06:39
Q:
求教一下各位 [图片]这句话为什么说纵轴是[图片]
从图片上面看的话横轴才是[图片]
A:
明显写错了
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2015.06.17 02:04:56
Q:
请教一下大家：如果测试泛函和基组，是先能单点测试，还是用优化测试？还有基组和泛函哪个先？或者哪位有这方面的文章推荐一下也好，谢谢了
好的，是在新浪博客还是哪个？
A:
有各种各样可以测试的体系、问题，比如算原子化能、算NMR、算激发能等等，先要确定目的是测什么。
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2015.06.17 03:09:56
Q:
谢谢SOB老师 [图片]是不是电荷密度的函数呢？
A:
是
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2015.06.17 03:14:11
Q:
sob老师，gamess计算一个任务使用8核时，会出现八个100%的进程，这正常吗？ [图片]这个地方设置的内存是8核总共可用的内存，还是每个核的都能用的内存？
A:
几核并行就出现几个进程
在GAMESS-US中设定内存分配方式 [复制
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=681
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2015.06.17 03:19:04
Q:
[图片] 这是什么意思
A:
大抵是元素超过了此基组定义的范围
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2015.06.17 03:21:09
Q:
请问，我优化了一个三重态的激发态，出现负的激发能，如何理解？Excited State 1: Triplet-A' -0.9033 eV -1372.54 nm，
A:
SCF没收敛到实际基态的波函数
可以用stable=opt让高斯自动找到真正基态波函数，然后做TDDFT时guess=read这个波函数
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2015.06.17 03:25:14
Q:
老师，我的过渡态跑IRC只跑了一步就结束了，也没有跑到我的反应物或生成物，会不会是因为虚频太小啊，虚频是-122
[图片]
A:
这是8月份培训班要讲的常见问题之一
[图片]
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2015.06.17 04:09:46
Q:
大家都是在哪买的gaussian09软件呢？是北京宏剑吗？
资源吧
A:
老黄历了
现在就墨灵格和绎模代理
Q:
广州墨灵格
东北某知名师范大学是墨灵格买的
东北师范
gaussian在中国为何频换代理
利益驱动吧
A:
不是利益问题
Q:
那是什么呢
有些程序不能同时代理？
A:
不宜多说，各软件代理商都在咱群里
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2015.06.17 04:26:12
Q:
同问
激发态的设置states设置为20算出来的谱峰比试验的谱峰个数更多，是不是需要将此数值设置小一些呢
A:
nstates越高，模拟出的光谱图的波长也能达到越低的范围
Q:
那root的作业呢？
一般好像都是1
td=(nstates=20,root=1) ucam-b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=iefpcm SCF(vshift,QC,MaxCycle=500)
我的不收敛，就加了VSHIFT等关键词，但这个关键词对于计算出来的能力有影响吗？
能量
A:
无影响
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2015.06.17 04:35:04
Q:
咨询一下，我用tpssh优化激发态，出现下面的错误，怎么解决？谢谢
[图片]
@Sobereva
A:
换其它泛函试试
Q:
我想用10%
的泛函
我当时看老师的帖子，里面的tpssh就是10%。还能是机器的问题？谢谢老师
A:
还有O3LYP 11.61%也差不多
先试试到底是泛函的原因还是其它原因
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2015.06.17 04:44:24
Q:
[图片]使用AIM分析弱相互作用，为什么有的键径是O到O，而不是O到C或者H原子呢？
A:
很正常啊，有明显成键的一般都会有BCP和相应的键径
Q:
应该是C和O有弱的范德华力比较正常，感觉
A:
你可以作RDG图来考察
范德华作用未必有对应的BCP
Q:
我做了RDG效果挺不错的
感觉图有点少，就想做AIM
A:
有些作用，特别是比如分子内氢键，往往没有键临界点，此时RDG可以表现，这算是相对于AIM的一个优势
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2015.06.17 05:43:55
Q:
文件最后要给出保存路径
http://pan.baidu.com/s/1dDAle6X
A:
peace Multiwfn手册第四章开头就有说明，示例输入文件也有
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2015.06.17 05:49:42
Q:
请问下wB97xD的dispersian和专门使用的GD3有区别吗
有
A:
wB97XD的色散校正是D2版本
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2015.06.17 06:03:35
Q:
问个简单的问题，格点文件是干什么用的？？？我利用外部程序生成了一个格点文件，在VMD中显示是这样的[图片] （格点对应于每个点的坐标？？）
A:
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
Q:
看了，其实我就是想知道格点文件对应于每个点的坐标
A:
一个格点一个坐标
Q:
嗯，谢谢Sob老师
A:
VMD里应当手动改成isosurface显示，默认用小点表现表面
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2015.06.17 06:35:06
Q:
你好，这为啥错误呢，我看的是你的查看分子轨道[图片]
A:
chk文件是不支持的
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2015.06.17 06:42:07
Q:
请问怎么理解定域激发态，我看文献上写的是从FC态弛豫过去形成的，我理解定域激发态是激发前后轨道所在区域变化不是很大。请问各位大神这应该怎么理解~
A:
你的理解是正确的。文献那种说的应该是其它问题
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2015.06.17 06:46:55
Q:
[图片]
A:
文件路径不对。如果不知道怎么载入，见此文
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
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2015.06.17 06:47:22
Q:
提个问题：对于过度金属一般都会优先选择赝势基组，但对于计算激发态时由于不清楚是内层电子激发（当然一般很少）还是价电子激发，所以用赝势反而不适合？？？
A:
一般感兴趣的能量光谱范围内不会有内层激发的
而且如果十分怀疑有内层激发，用小核赝势也可确保足够合理描述
Q:
是的但我现在用的6-31+g**会被质疑吗？我看过文献里计算铀的配合物也用的该基组
A:
用这个远不如用6-311G*
Q:
为何不用+？
A:
先要搞清楚有没有必要用弥散，不需要的时候别乱加弥散，白费时间，此文有讨论
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
ok
A:
很多人总是在不需要弥散函数的时候加弥散函数，殊不知把计算量用于提升到3zeta会划算得多
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2015.06.17 06:52:26
Q:
[图片]文献中说提出，激发之后，先从fc态变为LE态-再到CT态-再到电荷分离态~十分不理解，我们计算的垂直FC态~应该就属于CT态啊~咋还从FC逐渐变成的CT呢，还测出了数值~~
A:
化学环境若不等价必然三个不是简并的
Q:
应该是激发之后要么是LE要么是CT吧~
求教，我个人理解激发之后，应该根据轨道分布判断到底是ct 还是le，应该不分先后啊
A:
FC态和LE/CT这样的激发特征没直接关系，不是一类概念。
不同几何构型下，激发特征可能不同。可能在垂直激发后随着结构变化（比如依次经历不同激发态极小点），激发特征也逐渐改变
Q:
那可能是说他文章里描述错误/？
我也是这么理解的
A:
那种描述我觉得不好
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2015.06.17 06:55:47
Q:
高斯氢谱计算甲基三个氢出了三个峰，这个现象正不正常啊？跪求过来人点拨一下啊[Emoticon]
A:
化学环境若不等价必然三个不是简并的
Q:
但是在我的体系中，这个甲基是可以旋转的，NMR(GIAO)没有办法模拟单键旋转吗？
A:
显然不可能模拟，NMR是在给定结构下算的
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2015.06.17 07:12:36
Q:
各位老师,有使用VASP的吗？
A:
[图片]
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
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2015.06.17 07:24:53
Q:
请教加溶剂的关键词，谢谢，scrf=(slovent=toluene)
这样对不？
为了减少和实验误差，所以，想加一下看看
A:
[图片]
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2015.06.17 07:50:33
Q:
请问如果opt完成了，得到了Mulliken电荷，若是我不想用Mulliken，而想算chelpg电荷，是不是在原计算的基础上进行guess设定，加入pop=chelpg。
A:
是
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2015.06.17 09:07:39
Q:
gview Linux版能通过命令行获取光谱数据么？
A:
gv没法用命令行
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2015.06.17 09:33:04
Q:
老师还在啊，我以为您睡了呢。我的opt计算完成，但是得到的是Mulliken电荷，现在我想得到npa或chelpg电荷，应该进行哪些处理呢？我现在的处理方法是这样的: [图片]。这里我没有设定opt，我了解默认是sp。我应该设定成opt还是sp，其它地方有什么问题没？
A:
现在这么写就对
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2015.06.17 10:41:12
Q:
有没可能开设一个使用fortran进行量化编程的班？
A:
暂时没有考虑。
估计参加的也到不了两位数
不过Multiwfn培训班最后一天倒是会讲讲Multiwfn代码结构，扩展起来会很方便
Q:
恩上次就讲过。目前还不会fortran。要扩展的话必须用fortran吧？
A:
对
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2015.06.17 17:06:00
Q:
求Sobereva老师的课件PPT
包含[图片]
A:
ppt不公开，这是科音基础量化班的幻灯片，获得只能是参加培训时获得印着幻灯片的讲义
Q:
可以参加补习班嘛
OK。确实想参加一下
A:
幻灯片里的内容多半都是在其它课件、书籍里完全找不到的很侧重于实用的内容
Q:
SOBEREVA老师，您每次发的图片这是什么资料啊，想要一份啊
A:
Sobereva(190258442) 9:21:05
ppt不公开，这是科音基础量化班的幻灯片，获得只能是参加培训时获得印着幻灯片的讲义
Q:
老师您的ppt实在是太好了
可是老师，我7.12-8.22要参加小语种培训和您下次量化班时间又冲突了，请问老师有没有其他办法可以买到您的讲义
A:
暂时没考虑出售讲义。
Q:
悲催了
就考虑考虑我们这些特别想去听课却没有办法去的可怜的学生吧，对出本书也好好啊
[Emoticon]
A:
培训班完了才有时间慢慢写，什么时候能出版还完全是未知数
出版估计明年吧，也说不定出版社会找麻烦，迟迟出版不了
Q:
先卖给我们电子版的吧
[Emoticon]
A:
电子版肯定不会流出来的
要不然出版社肯定也不干
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2015.06.17 17:25:07
Q:
请问如果想进行二维势能面扫描，是不是同时定义两个二面角分别进行变化？是不是末尾这样定义：D 1 2 3 4 0 S 7 30.0
D 7 8 9 10 0 S 7 30.0请问这样定义是1,2,3,4原子构成的对二面角以及7,8,9,10原子构型的二面角从0度开始每隔30度就行优化，一共做7次
以前没有做过势能面扫描，第一次做，所以不知道理解对不对，请老师帮忙解答一下，多谢啦
A:
总共做8*8=64次优化
Q:
老师，是这样吗0,30,60,90,120,150,180，可是我就数出7次，两个二面角同时，是不是7*7？请您指教
A:
最后一步是0+7*30=210
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2015.06.17 17:34:08
Q:
[图片]sob老师，AIM分析得出这样的图，由于我的体系相对较大，看的不是很清楚，sob老师，能把数据导出来用其他软件分析么？
A:
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
键径、临界点数据都能导出来
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
分明都显示了
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2015.06.17 17:40:25
Q:
恩恩，谢谢老师
老师我想进行刚性扫描，只变化这两个二面角，其余都固定，请问我是不是只需在输入文件末尾变化那两个二面角即可？就是只要这样D 1 2 3 4 0 S 7 30.0
D 7 8 9 10 0 S 7 30.0就可以吗？
谢谢您[图片]
A:
不是。你这是柔性扫描，其它几何变量都会优化。
你应该用scan做刚性扫描
[图片]
Q:
谢谢谢谢老师[图片]
老师，[图片]是不是之变化B2，其他都固定的意思？
A:
对
Q:
那我要是一个非常大的分子，我需要将所有涉及的二面角都进行固定？
A:
固定什么？不扫描的就是固定的
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2015.06.17 18:07:07
Q:
群里哪位大神会做下图？！能不能教教我[Emoticon]跪求[图片]
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2015.06.17 18:11:10
Q:
想确认一个问题 C H O 采用6-31++g（d,p）,Pd 采用LANL2DZ基组
[Emoticon][Emoticon]谢谢老师，我好好研究研究
这样的基组搭配会不会基组不平衡啊
A:
没有问题。
氢的弥散函数没什么意义，建议去掉。
Q:
因为以前我是采用C H O 采用6-311++g（d,p）,Pd 采用LANL2DZ基组结果审稿人说我这基组太不平很了
因为我这氢带负电荷
所以加上弥散会不会更好一点
A:
你这么用没什么问题。
但Pd用lanl2TZ更妥
Q:
lanl2TZ 计算量好像有点大我试过 CCPVDZ 和CCPVTZ 计算太慢了算了将近两天都没优化好（原始结构已经采用低精度基组优化过了）
A:
不会大多少的，金属一般总共就一个或几个原子，lanl2TZ比lanl2DZ计算量本身也没增大多少
cc-pVnZ显然很慢
Q:
Pd有六个原子
如果Pd 采用lanl2TZ 那么C H O 是否也需要使用3劈裂基组了？
A:
不会多多少的。何况是关键性的原子，用好点的基组完全划算。
另外带负电荷的氢毕竟就那么几个，可以用混合基组节约计算量，只给它们用弥散
没有必要非得zeta数在同一级别
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2015.06.17 18:19:09
Q:
[图片]gamess定义了1G内存，我计算时却发现用了8G的内存，为什么？而且在计算过程中cpu却只用了一点[图片]。请教sob老师
A:
那是百分比，不是8GB。你总共才8GB内存
Q:
[图片]这个地方显示
A:
你得看%mem下面的，这才是进程实际用的
Q:
那为何CPU利用率会这么小呢？
A:
如果正在读写硬盘，瓶颈就会成为磁盘I/O部分，CPU闲着没事干，占用率就会低
----------------------------------------------------
2015.06.17 18:21:42
Q:
但是我害怕Pd采用lanl2TZ 优化后结构会发生很大变化
因为采用CCPVNZ时就出现了这种情况
A:
不会变多少的，差异远没你想象的大
本来cc-pVnZ和这就不是一系列的，没有可比性
----------------------------------------------------
2015.06.17 18:33:56
Q:
I/O重要的话是不是把磁盘换成SSD性能会有很大提升？
A:
SSD的话比一般机械硬盘持续读写速度快两三倍，因此是有帮助的
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2015.06.17 18:39:02
Q:
老师您好，按照此教程：使用Multiwfn作电子密度差图，我只能做出这个图：[图片]但是我希望做出这样的图[图片]我应该如何操作？！手册上有相关的例子吗？！谢谢老师@Sobereva
A:
密度差等值面图在贴子里就有示例，COCl2那个。不同类型密度差图操作都是大同小异，搞懂了思路，用Multiwfn作什么样的密度差图都易如反掌。
手册4.5.5节也有例子
[图片]
完全相同的步骤，你改成用主功能5来做得到的就是等值面图
Q:
[Emoticon][Emoticon]谢谢老师，我摸索一下，谢谢老师
老师您好，使用主功能5，我做出来的图这样[图片]请问老师是我操作错误了吗？！再次感谢老师
A:
改小等值面数值
比如试试0.0002
Q:
好的，我试试，这个值，有什么办法更加直接知道吗？？谢谢老师
A:
这是随意设的。什么情况下密度差看得清楚就设什么值，得反复调节
Q:
[图片]0.0002也没有显示，我继续调小吗？
哦哦，好，那我好好试试
谢谢老师
A:
如果改成0.00001还没显示，肯定是格点数据计算过程有误
Q:
老师，0.0001[图片]也木有，我的操作过程是参照手册4.5.4
A:
0.00001
Q:
4.5.4的操作步骤，[Emoticon][图片]还是不行
A:
输入文件给我
Q:
好的老师
A:
[图片]
Q:
[Emoticon]
跪求老师指导
A:
2-2-AM-PYRROLE-8.wfn
5
0
2
-,AM.wfn
-,PYRROLE.wfn
1
2
-1
----------------------------------------------------
2015.06.17 18:42:38
Q:
[图片]老师，键径用vmd显示，怎么显示一半？
A:
密度差等值面图在贴子里就有示例，COCl2那个。不同类型密度差图操作都是大同小异，搞懂了思路，用Multiwfn作什么样的密度差图都易如反掌。
手册4.5.5节也有例子
[图片]
Q:
一半显示，一半模糊
A:
调节显示方式
Q:
怎么调节？老师
A:
graphics-representation
drawing method随便调调
版本不一样、显卡不一样，效果也不一样，难说怎么解决，能试的办法都得试试
Q:
sob老师，Tachyon(internal, ) render之后键临界点不见了,变成这样了[图片]，sob老师，这是怎么回事
render之前是这样的[图片]
A:
把BCP改用其它方式显示
Q:
那老师，用multiwfn怎么做出来？
A:
太easy。见
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
以及手册4.2.1节的例子
----------------------------------------------------
2015.06.17 18:55:51
Q:
请问大家，利用VMD可不可以直接将两个gro文件中的结构合并到一个gro文件中呢？
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.06.17 21:41:25
Q:
请问各位老师，在进行基态优化的时候，用chemcraft打开的结构图，这种氢键影响大吗？能去掉吗？[图片]
A:
这个氢键的判断是合理的，不要去它，当然也可以抹掉
----------------------------------------------------
2015.06.17 22:13:54
Q:
sob老师，ORCA没有32位版本的么？它的官方论坛没办法进，在您的网盘里只看到64位。还想问一下，ORCA都说他好，有潜力，算得快？为啥用的人不多来？因为没有好的入门教程？老师有没有打算写写他的教程？
A:
ORCA用的人不少，而且近年来越来越多，绝对是要成为免费程序里的top 1。手册里靠前的部分本身就是教程，入门很快。你免费注册一下就能进官方论坛
----------------------------------------------------
2015.06.17 23:02:20
Q:
[图片]sob老师，这篇文献中的ρBCP怎么来的？multiwfn可以做吗？
那怎么做，又没教程啥的？[Emoticon]@天涯思情
好，自己做做看，会了跟大家分享[Emoticon]
请教大家一个问题，vmd里面怎么显示cp index[图片]
A:
按键盘上的数字键1，然后点那个BCP，在命令行窗口就能看到其index
----------------------------------------------------
2015.06.17 23:25:07
Q:
老师我想看看S0-Sn的阵子强度随某一二面角的变化，我是不是scan一下这个二面角就能得到想要的信息？
是不是我的关键词除了scan还需加上td?
请问scan是不是只能得到扫面的个点位置的单点能，如果还想得到相应的振子强度输入文件应该如何编辑
A:
显然要加TD
----------------------------------------------------
2015.06.18 00:27:46
Q:
老师，上次您说的用VDW+ImageMagick 做动画显示，这个有教程吗？！谢谢老师
A:
没有写过做这个RDG图旋转动画的教程，但是有其它教程也用了VMD+IMageMagick的组合，见
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
这个RDG旋转图我估计会在8月份的培训中演示一下做法
----------------------------------------------------
2015.06.18 01:10:49
Q:
请问，这个图[图片]，要如何保存呢？
OK，多谢老师
A:
直接截图最省事
----------------------------------------------------
2015.06.18 01:11:32
Q:
A:
高斯没配置正确。正确设置的话，刚进登录shell时就会执行g09.profile，这样就会把高斯目录加入到PATH里面，这样自带的formchk也就能直接调用。
----------------------------------------------------
2015.06.18 01:40:46
Q:
请教一下大神，molclus里用什么算法衡量构想相似度的？如果涉及知识产权不好说就算了[Emoticon]
A:
靠两点，一方面是能量的差异，另一方面是结构的差异。结构的差异根据距离矩阵来判断
----------------------------------------------------
2015.06.18 03:20:39
Q:
分析两个分子间的弱相互作用，除了做AIM，还可以做哪些方面的分析呀？求帮助
谢谢
通过这个散点图能看出什么呀？我第一次作图也不知道对不对，求指导
[图片]
A:
先看填色等值面图再看散点图
如果帖子没看完，先把帖子完整看完
----------------------------------------------------
2015.06.18 03:37:27
Q:
大神们谁会分析第二超极化率的计算结果？
老师，我计算得到了第二超极化率的结果，但是不会分析
就是得到了一堆数据，不会计算结果
[图片]
A:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:03:59
Q:
老师，我想计算第二超极化率，这篇帖子里好象没有
A:
你用polar=gamma关键词，结尾会有诸如这样的输出，还是很清楚的
Gamma(-2w;w,w,0) w= 4556.3nm:
(au) (10**-36 esu) (10**-61 SI)
|| 0.743945D+03 0.374703D+00 0.463878D+00
_|_ 0.247861D+03 0.124840D+00 0.153998D+00
xxxx 0.504141D+03 0.253920D+00 0.314351D+00
yxxx 0.145243D+03 0.731544D-01 0.905644D-01
zxxx -0.165853D+03 -0.835349D-01 -0.103415D+00
xyxx 0.145230D+03 0.731478D-01 0.905563D-01
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:20:52
Q:
[mfang chw]$ formchk a10.chk a10.fchk
bash: formchk: command not found
我想知道这个怎么解决，我按过bash了。还是出现这样的错误
A:
要么你就直接输入完整的formchk路径
Q:
sob老师，这个是别人的服务器。我就是投递任务的，没想到转换的时候出错了，完整的formchk路径是怎么输入的呢
A:
比如/sob/g09/formchk
Q:
好的，我试试
A:
保存到了当前目录下，屏幕上有提示。当前目录的含义见
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:26:57
Q:
分子在气相中优化并且做了irc 。在液相优化完了以后还需要再做irc吗？@Sobereva
A:
正如同结构的差异在气相和液相下一般不大，因此IRC轨迹的差异在气相下和液相下一般也不大。
但如果你要获得液相下的IRC能量变化，还是得再做一遍的
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:28:34
Q:
谢谢老师期待您的精彩授课[Emoticon][Emoticon]
A:
那个文献就是Multiwfn原文的补充材料，群共享里就有（倒数第三个）
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:31:14
Q:
[图片]是否很多？
A:
太多了，见
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:32:45
Q:
老师，最后结尾的时候出现的DQPolar是什么呢？而且在结尾出现了两次gamma，这两列数值是不是一样的呢？
A:
不用管它。
要注意gamma输出的开头的提示，是什么外场频率下的，以及什么朝向下的
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:33:39
Q:
老师，[图片]蓝色的区域是空的，我要怎么调整为实的呢？
A:
你的这个氢键可能强度过大，氢键位置上密度超过了默认的RDG_maxrho，导致被截断。设大RDG_maxrho应当就好了
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:37:09
Q:
老师你好，按你说的比如/sob/g09/formchk。我是这样输入的好像也是不对呀，可还是找不到文件
A:
根据实际情况来输
先自行找到formchk所在的位置
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:38:16
Q:
[图片]老师，静态的第二超极化率就是这个下面的数值是吧
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:43:12
Q:
嗯谢谢老师的回复。ORCA相对于高斯的优势，除了免费，是不是在大体系计算的速度上也快于高斯？
A:
恩。大体系高精度计算有DLPNO-CCSD，DFT计算利用RI能快一两个数量级
另外能支持NEVPT2也是个优点
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:45:51
Q:
sob 老师您好，scan后是不是我只能得到一系列的单点能，如果我想知道相应构型的振子强度我该怎么提交任务，谢谢老师
A:
TD和scan一起写
Q:
恩好
谢谢老师
刚性扫描只能用内坐标吗？
A:
内坐标、笛卡尔坐标都行
Q:
好的
谢谢老师
A:
[图片]
[图片]
Q:
对于大分子，是不是内坐标计算起来不是很好？
A:
非也
Q:
我是第一次进行scan扫面，所以问题可能太幼稚，谢谢您老师，
老师我如果用笛卡尔坐标进项scan的话，如果我只想变动分子的某两个二面角的话，是不是我只需在坐标后面对这两个二面角进行定义并进行相关变化规定就可以？
A:
对于刚性扫描，你用笛卡尔坐标描述就不可能扫描二面角。扫描二面角就必须用内坐标
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:49:34
Q:
老师有么有打算写一下ORCA的帖子？
A:
没什么好写的
Q:
[Emoticon] 老师的Multiwfn软件，支持ORCA的文件输入么
A:
支持ORCA产生的.molden文件
绘制光谱图也支持ORCA的输出文件
----------------------------------------------------
2015.06.18 04:53:29
Q:
求教一下，高斯的freqchk里[图片]是什么意思？只能给0K~298.15K？
A:
输入0代表输入298.15
Q:
那-25就是0摄氏度？
A:
[Emoticon]
Q:
额，我之前默认条件下算了freq，现在想知道0℃~50℃内的热力学量
A:
直接输入以K为单位的值
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2015.06.18 05:01:13
Q:
电子密度拉普拉斯量等值线图能用multiwfn做吗
A:
Multiwfn是作这种图最方便的工具，没有之一
Q:
求告知输入方法
A:
看手册4.4节的一堆作平面图的例子
Q:
从哪找手册啊[Emoticon]
能发个链接吗
A:
无论是百度还是google，一搜Multiwfn第一个页面就是官网
官网不可能不提供手册
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2015.06.18 05:10:56
Q:
sob 老师，在vmd中BCP 的index ，是下面的resid号还是index号[图片]
A:
index
注意index是从0开始编号的
Q:
老师，您的意思是这个BCP编号对应的是CP 769吗，sob老师
A:
对
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2015.06.18 05:18:04
Q:
说错了吧，rigid scan只能内坐标，relaxed的scan可以内坐标和笛卡尔？
A:
rigid scan也能用笛卡尔坐标！
Q:
好吧，我再试试，因为我用uff扫的时候只有一个点，或许是因为这个问题
A:
[图片]
“好吧”是本群的禁词
向“好吧”作为句子开头宣战！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=334
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2015.06.18 05:25:23
Q:
请教:计算弱相互作用时，如A-B之间的相互作用，A分子和B分子各自做OPT，opt加入d3 gcp修正，然后A-B复体做OPT，opt时也有gcp d3修正。之后计算A、B、A-B的单点能，单点能计算的时候也都使用了gcp 和d3修正。我的疑惑是：计算弱相互作用能的时候，E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE，这里E_AB+E_BSSE是不是直接用有d3，gcp修正的单点能，而E_A E_B的单点能还需要用GCP修正么？
A:
你既然已经用了d3 gcp分别计算了复合物和单体，计算相互作用能就直接求差值就行了，用不着考虑E_BSSE那项了。
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2015.06.18 05:30:49
Q:
[图片]sob老师，您再确认一下BCP号在vmd中的显示是这个index吗？我的cp数一共才217个，怎么这个index号是700+呢，谢谢老师[Emoticon]
A:
确保没点错。建议先把除了BCP的那个id以外的id都关闭显示，免得点错
Q:
好，这就贴
老师，怎么关闭显示其他的id[Emoticon]
A:
[图片]
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2015.06.18 05:56:25
Q:
[图片]请问老师这种图AICD能做出来吗？这种效果图是用什么软件做的？
A:
也能做，不显示等值面即可
Q:
那这个怎么调节啊
A:
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147
文末有说明
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2015.06.18 05:57:00
Q:
谢谢 sob，我的疑惑是既然复体单点计算时已经用GCP考虑到了BSSE问题，那在孤立状态下算两个单体的能量时再次用GCP考虑BSSE，这会不会算重啦，如果这么说是不是应该只在复体计算的优化和单点的时候考虑gcp,孤立状态下的单体A和B只是正常计算单点能，然后作差求出相互作用能；但是还有一种想法就是：孤立的单体A B gcp计算出来的是分子内BSSE，复体 gcp计算出来的既有分子内又有分子间的BSSE，因此单体和复体都要算GCP，这样才能”抵消“分子内BBSE（如果单体不算GCP的话，最后的相互作用能中就既有分子内BSSE又有分子间BSSE），使得最后的相互作用能中，只有分子间BSSE。我不知道我理解的是不是错误。谢谢sob。
A:
不要想得那么复杂。gCP你就当成D3一样用就行了。校正的是每个计算体系的能量，校正后体系能量就没了BSSE问题。不要当做一个类似counterpoise那样额外的东西。
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2015.06.18 06:08:35
Q:
[图片]老师删掉这些，然后直接run就OK吗？用在run之前先保存在运行吗？
A:
这样的问题一试便知
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2015.06.18 06:11:11
Q:
[图片]
各位，有哪位知道，这个有什么区别呢
stuttgart RLC ECP 和RSC 1997 ECP
A:
RLC=大核
RSC=小核
Q:
那，我算20个原子，小核就够了吧？@Sobereva
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
能用小核尽量用小核
Q:
那sob老师，同样的名称，出现两个，那两个有区别吗？
A:
你选个元素，一看就知道是怎么回事
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2015.06.18 16:16:42
Q:
gamess做能量分解时，是不是不加弥散呀？
A:
加不加都行，加了更好
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2015.06.18 16:30:06
Q:
老师！！过渡态先用高的积分格点优化完再用g09默认的积分格点优化之后和在g09默认积分格点优化的反应物和产物进行能量比较这样可取吗？@Sobereva
A:
可以。但你没必要“优化完再用g09默认的积分格点优化”。直接在默认积分格点上算过渡态的单点能就行了。
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2015.06.18 16:33:10
Q:
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/108/6/10.1063/1.475616
求助文献一篇，谢谢！
A:
用sci-hub自行解决
http://scitation.aip.org.sci-hub.org/content/aip/journal/jcp/108/6/10.1063/1.475616
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2015.06.18 16:37:38
Q:
想下载学习multiwfn，可是http://multiwfn.codeplex.com/一直登不上啊，怎么办
A:
codeplex貌似暂时有毛病，你可以先到这里下载
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=56
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2015.06.18 16:39:45
Q:
老师的博客地址发我一个呗谢谢
A:
sobereva.com
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2015.06.18 17:24:12
Q:
%mem=3600MB
%nprocshared=8
%chk=scan_H
# b3lyp/6-31G* opt=modredundant nosymm iop(5/13=1,2/16=1)
B 22 23 1.1 S 20 0.050000
B 15 23 2.1 S 20 -0.050000
老师好，请问我以这样的输入文件做scan 为什么只做了优化没有做扫描
哦哦
A:
此输入文件做的就是扫描。如果用的是g09 D.01，读取冗余内坐标设定会有问题，可能导致没成为扫描。
柔性扫描不写scan
Q:
是啊写scan是刚性扫描
A:
PS：5/13=1这个万恶的IOp一定不要用！
Q:
好的
意思去掉5/13吗
我试试啊
A:
一定要去掉
虽然和你当前的问题无关
Q:
哦那老师版本问题该怎么解决
A:
换版本
要么你不专门写起始值（1.1和2.1），貌似可以避免
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:26:09
Q:
[图片]老师您好，请问这个图上网格的颜色如何调成红色跟蓝色？或者是要结合使用VMD作图？谢谢老师@Sobereva
A:
图形窗口上方选isosurface style-set color for mesh and points，然后自行输入颜色值
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:32:28
Q:
恩好的谢谢老师
老师我还想问问我做的是分子间的H转移扫三个原子需要扫键角吗
A:
不明白你的意思
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2015.06.18 17:36:16
Q:
5/13=1 是不是所有类型的计算一般都不能用？或者说用了不好？
A:
什么时候都别用
Q:
[Emoticon]，以前用了不少。以后改正。
A:
5/13=1 等于饮鸩止渴
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2015.06.18 17:44:14
Q:
请问，我之前算的紫外和实验结果比多了可见区的吸收，后来减小nstates到10，结果只剩下可见区的吸收，但实验是在紫外区的，是因为方法？基组？还是本身结构应该加显示水分子？有过这种经历的吗？
A:
方法的选择这里有详细讨论
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
我是按照那个的选的TDDFT 基组用的CAM-B3LYP
A:
显式水模型先不必考虑，隐式模型，包括考虑非平衡溶剂效应也解决不了再说
CAM-B3LYP不是基组
Q:
基组用了6-311+g**
A:
m062X、wB97XD都试
Q:
目前未对过度金属用赝势
A:
基组没问题
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2015.06.18 17:47:20
Q:
用multiwfn做ECD谱，其中有一个半峰宽，默认值为0.66667eV，请问这跟高斯展宽中的sigama值有对应关系吗,相当于sigma等于几呢？我看文献中大都需要指出sigma的大小
[图片]这个c就是sigma吗？
A:
你看sigma在表达式里具体怎么定义的。
各种参数和FWHM的关系此页面写得很清楚
https://en.wikipedia.org/wiki/Gaussian_function
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2015.06.18 17:48:26
Q:
我的Amber怎么还是安装不上呢？
我是这样装的：
1. 在amber14目录下运行.sh文件，文件内容是：
#!/bin/bash
export MPI_LOC=/opt/openmpi-1.4.5_intel-12.1.0
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
export MPI_BIN=$MPI_LOC/bin
#export LIBMPI="-lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -lpthread"
export CC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/icc
export CXX=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/icpc
export F77=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/ifort
export F90=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/ifort
export FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/ifort
export FL=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/intel64/ifort
2. 然后在 vi/etc/bashrc 写入
export AMBERHOME=/opt/amber14/amber14/
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib
3. 分别解压AmberTools14.tar.bz2和Amber14.tar.bz2在当前目录下
4. ./configure -mpi intel
make install
5. export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test
测试了好几个小时我就停掉了，不知道该怎么看测试是否成功？
然后输入 antechamber -i Ephedrine.pdb -fi pdb -o Ephedrine.prepin -fo prepi -c bcc -s 2
提示找不到antechamber命令
请大家帮忙看一下，谢谢。
sobereva老师，安装Amber时要在root用户下安装吗？我在普通用户下安装openmpi的时候会提示在覆盖某些文件时会拒绝，因为之前其他普通用户已经在/opt下安装了openmpi
A:
在自己的目录下装openmpi
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:49:29
Q:
[图片]
A:
按照此贴装
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263
/etc/bashrc 这完全不对
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:50:40
Q:
sob老师您好，分析MD弱相互作用时，冻结cartesian坐标还是fraction坐标？
A:
fraction坐标指什么？
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:51:38
Q:
[图片]
分数坐标？
A:
只固定笛卡尔坐标
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:58:18
Q:
老师您好 Error on total polarization charges = 0.00322 这个错误怎么解决
A:
不用管
Q:
有这个错误提示 Error on total polarization charges = 0.00322 计算终止了
A:
肯定不是因为这个导致的终止
----------------------------------------------------
2015.06.18 17:58:57
Q:
[图片] 老师，不同颜色对应的这些值，我应该在哪里寻找？谢谢老师
A:
看4L http://bbs.keinsci.com/thread-1196-1-1.html
----------------------------------------------------
2015.06.18 18:07:38
Q:
[图片]这个是我的输入文件，MP2计算230个原子的能量分解。给memddi设置了本机（共16G）的最大内存，提示[图片]。这是不是说明，就本机的配置而言，做不了这个计算了？这种情况下，是否应该换用B3LYP-D3的方法来做能量分解呢？先谢谢sob老师了@Sobereva
A:
这么大体系光是跑MP2单点都极困难，必须用DFT
----------------------------------------------------
2015.06.18 22:09:39
Q:
请问
激发态寿命如何计算？
是不是任何激发态的寿命都可以计算
任何激发态的结构都可以优化
A:
用爱因斯坦自发辐射公式。但是如果激发态容易经历内转换之类过程就没法这么算了。激发态结构都可以优化。
----------------------------------------------------
2015.06.18 22:39:42
Q:
[图片]和[图片]是什么关系啊？
[图片]、
[图片]
A:
差100倍
----------------------------------------------------
2015.06.18 22:50:26
Q:
刚开始接触量化计算，目前我是想计算含有两个稀土原子的配合物，原子数150左右，用高斯DFT做结构优化和稳定性，自由能计算，欲求购1万左右的dell台式机，不知道需要什么样的搭配啊，在此感谢了
怎么不偷icc
也很快吧很多不到一个月
A:
1万买品牌机，这个价格高不成低不就，不好弄。4核用不了这么多钱，单U 6、8核的又很黑。
没有>8核的服务器建议先用ORCA跑GGA泛函
----------------------------------------------------
2015.06.18 22:58:08
Q:
sob老师，bcp导出来的数据，比如 ρ 、G怎么分析，越大说明相互作用越大吗？[图片]
A:
这个问题会在培训班上详细介绍。简单来说，只能对于同类元素的相互作用能这么说。元素不同往往没有可比性
----------------------------------------------------
2015.06.18 23:49:09
Q:
请教一个问题：我计算一个生物体系的质子转移过程，算出来的过渡态的能量比反应物的要低，但是频率分析的结果是对的，然后走IRC，得到的反应物的结构和优化的反应物的结构和能量是一样的，这个怎么解释啊？（有部分原子固定）
E值也是低的
相差0.3kcal/mol
高斯计算加溶剂化模型的时候，如果溶剂是mops缓冲溶液，怎么写关键词？
？
A:
搞清楚溶剂的介电常数，自定义溶剂去设定
----------------------------------------------------
2015.06.19 00:06:33
Q:
而且[图片]这种图能判断在MD中某种结构含量随着时间的变化，这种图又是怎样画出来的啊，请大家不吝赐教，本人第一次做分子动力学计算，谢谢啦
A:
这没有现成的工具，得自己写脚本、程序做适当的格式转换和数据处理才行
----------------------------------------------------
2015.06.19 00:12:38
Q:
各位老师，基态优化后做MO editor出现这个是什么原因[图片][图片]
都是这个文件路径的说
[Emoticon]
[图片]看了下out文件是这样的[图片]难怪
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2015.06.19 01:52:52
Q:
我想问一下我用NBO分析弱相互作用的时候，得到的二阶稳定化能和其对应的轨道重叠积分的变化大小不一致，可能是什么原因呢？
A:
没有直接正比关系。重叠积分大只是E2大的前提而已。
----------------------------------------------------
2015.06.19 02:00:25
Q:
请教问题：用VMD makegif.tcl制作动画出现“couldn't execute "convert": no such file or directory”是怎么回事呢？
A:
convert是Linux下的Imagemagick程序的可执行文件，没装这个就得自己去装
----------------------------------------------------
2015.06.19 03:53:44
Q:
我在执行下面的命令时出错，我是哪里没有安装好呢
tleap -s -f leaprc.ff10
-I: Adding /home/fwl/amberinstall/amber14/dat/leap/prep to search path.
-I: Adding /home/fwl/amberinstall/amber14/dat/leap/lib to search path.
-I: Adding /home/fwl/amberinstall/amber14/dat/leap/parm to search path.
-I: Adding /home/fwl/amberinstall/amber14/dat/leap/cmd to search path.
-s: Ignoring startup file: leaprc
-f: Source leaprc.ff10.
Welcome to LEaP!
Could not open file leaprc.ff10: not found
装完amber后，执行到tleap -s -f leaprc.ff10 出错
A:
要么AMBERHOME环境变量没设对，要么本身你的amber版本里就没这个文件
----------------------------------------------------
2015.06.19 04:11:49
Q:
老师 dft中的泛函hf成分越多吸收光谱红移越多？我算的却相反 b3lyp 比 mo62x 红移10nm左右[Emoticon] 不同体系有所不同还是.....@Sobereva
A:
HF成分越高蓝移越多
----------------------------------------------------
2015.06.19 05:37:42
Q:
怎么在orign里画像这样的曲线[图片]
A:
不是origin画的，你可以用powerpoint来绘制曲线，做这种图比较方便
----------------------------------------------------
2015.06.19 05:46:05
Q:
通过静电势来计算相互作用能，[图片]，只要几个氢键之间耦合不强烈,所得Enb就可以相加。那么怎么判断氢键之间耦合的强度呢？比如下面图中的5个氢键的Enb可以相加么？
[图片]
A:
有一定耦合，所以靠这个方法准确估出相互作用能应该不准。但至少可以讨论每对儿作用的相对强度
----------------------------------------------------
2015.06.19 05:58:40
Q:
请问一下sobereva老师，Multiwfn可以计算CDA分析中的delta值吗？（文献10.1021/ic801856q中提到了这个delta值，说是the rest term, Δ,resulting
from the mixing of unoccupied orbitals on the two fragments
is also determined. Δ is a highly sensitive indicator that may
be used to determine the nature of the bonding interaction between two fragments: in donor-acceptor complexes, this
term should be virtually zero。）我的目的就是想计算配合物中的一个片段和另一个片段间的相互作用是否是donor-acceptor π complex。谢谢您 @Sobereva
A:
这个用处我认为不大，如果想算的话稍微改改代码就行。现有的计算是考虑片段1占据-片段2空片段1空-片段2占据片段1占据-片段2占据。这个delta貌似是片段1空-片段2空的作用
这个和计算是否是D-A pi复合物我看没什么直接关系
----------------------------------------------------
2015.06.19 06:00:06
Q:
[图片]
A:
走过渡态必然IRC两边的能量比过渡态低，你又说IRC走出的反应物和你优化的反应物是一致的，这就明显不可能有“过渡态的E比反应物低”这种情况出现。
----------------------------------------------------
2015.06.19 06:11:49
Q:
最近想配台电脑做 MD 用，预算1万以内，有没有好的推荐？
A:
单路计算化学攒机配置推荐
http://sobereva.com/243
----------------------------------------------------
2015.06.19 06:15:16
Q:
求助文献[图片]
A:
顺带一说：如果有人求的文献发现能用sci-hub下，大家一定不要直接提供。
----------------------------------------------------
2015.06.19 06:19:08
Q:
CPs的电子密度在哪个选项里看
A:
选项7。看此文
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
以及手册4.2.1节
----------------------------------------------------
2015.06.19 06:20:21
Q:
谢谢sob老师，每对儿作用的相对强度是指团簇中两根氢键的相对强弱可以比较么？如果要判断其中一根氢键的Enb,如图中箭头指示：
[图片]
是在这个分子团簇中算得Vn-D'和Vn-A'，在算单个NH3分子的Vn-D和单个H2SO4分子的Vn-A吗？
A:
应该再算HSO4-和NH4+
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2015.06.19 06:25:12
Q:
谁共享下multiwfn最新版的windows版？我打不开http://multiwfn.codeplex.com/
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=56
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2015.06.19 06:25:59
Q:
好的，请问老师，有没有关于氢键耦合的文章或者资料可以参考呢，想学习一下
A:
一时想不起来很合适的
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2015.06.19 06:32:37
Q:
[图片]
A:
[图片]
这个评价很不错，用高坂丽奈的话来说，不是like，而是love
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2015.06.19 06:35:08
Q:
外文版难道叫multiwfx？
A:
她拼错了
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2015.06.19 06:50:50
Q:
那如果我的A的值明显大于D，是不是就能说明是D-A pi配合物啊？但那篇Inorg chem反倒是以那个delta的绝对值＜0.05为判据（d/b = 1.7）来判断是否是D-A pi配合物谢谢您 @Sobereva
A:
我不晓得A值、D值是什么意思。你看对供电子贡献最大的轨道，如果是pi特征，就是你说的这种配合物
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2015.06.19 07:43:46
Q:
[图片]
不是吧。只能读取Cubiccell的grd文件？
A:
是的
Q:
那其他类型的还在开发中呢？
A:
没打算支持其它类型的
这并不是此程序的重点
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2015.06.19 15:05:15
Q:
不知道这么早有人在吗？
[图片]
谢谢
想问个问题
就是我用的scan
再加opt
丙酮分子的一个甲基转动
A:
一段话描述完整
Q:
优化扫势垒
然后最低点的能量不一样
不知道是什么原因
还有50度和170度那两个点的能量值理论上也是一样的，但是为什么算出来能量不一样呢？
A:
提升收敛限
Q:
你是指very tight
A:
比如使用tight
Q:
我想知道原因
老板问我我答不上来
A:
你计算都算到0.1KJ/mol左右的数量级，不把收敛限设严，数值误差自然会使得能量对比时没那么精准
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2015.06.19 15:19:19
Q:
sob老师，请问，要用SAC-CI方法计算H2C-CF2分子的能量最低的两个垂直激发的单重态的激发态，怎么写命令啊？
# SAC-CI(Singlet=(NState2,NonVariational,density),FullActive,SD-R,TargetState=(SpinState=Singlet,Symmetry=2,Root=1) ) 这样对吗？
Nstate和symmetry的取值怎么确定
A:
干嘛非要用SAC-CI？用EOM-CCSD多方便
Q:
老师要我们练习。。
A:
找你们老师
Q:
额，谢谢
SAC-CI动不动就是巨大的数据读写和内存，还特别慢，结果和eom-ccsd一模一样
A:
对啊
硬让学生用非主流的东西，还不教，这哪行
Q:
哦哦，我们先算小分子
SAC-CI=(Singlet=(NState=2))就行了，别算太多态
谢谢
老师，主要想让我们用Multiwfn程序联系跃迁密度差
A:
这和SAC-CI毫无关系
一般就用TDDFT来做
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2015.06.19 16:14:34
Q:
【话唠】天涯思情(120924348) 16:30:30
gamess用[图片]如图的内存来测试所需内存（我的电脑内存只有16G），结果报了[图片]这样的错误，请问是什么原因？其次，memddi所设置的“Distributed memory”是指内存还是硬盘存储空间？如果是指内存的话，那memddi所设置的值不能超过自己电脑的内存吗？请教这三个问题，谢谢了@Sobereva
A:
指的是内存空间。别超过物理内存。
memddi别设那么大，对于DFT计算基本不用ddi内存，而是用mwords指定的内存部分。
报错未必是你这个设置的原因。
你可以先正常直接算算试试
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2015.06.19 16:15:20
Q:
老师，我之前用m06-l优化过一个结构，后面想用m06来优化，那我能否从之前m06-l优化的chk文件读取初猜呢？
A:
可以
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2015.06.19 16:23:49
Q:
不好意思，我写错了，那如果我的b的值明显大于d，是不是就能说明是D-A pi配合物啊？但那篇Inorg chem反倒是以那个delta的绝对值＜0.05为判据（d/b = 1.7）来判断是否是D-A pi配合物谢谢您 @Sobereva
A:
也得看轨道。若是配体pi轨道参与，然后转移电子量上又是明显配体给金属电子，那就能这么说明。
Q:
您说的看轨道，用multiwfn看吗？
看的是CDA分析中的占据轨道吧，
A:
从输出中你可以看到哪些复合物轨道对b贡献较大，就去看那些复合物轨道图形。与此同时Multiwfn也能输出复合物轨道中片段轨道的成份，你也看主要产生贡献的片段轨道图形。
轨道图形用multiwfn主功能0或gview都能看。
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2015.06.19 16:35:42
Q:
不同值峰的个数可能不一样，几个峰合并了。multiwfn画的图里同时会有柱状显示，几个峰合并了一目了然。
A:
FWHM如果不知道设多少合适就用默认的就行了。
如果你有现成的光谱，需要对比，则需要调节FWHM使理论的光谱能和实验光谱的峰形尽可能对得比较好。
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2015.06.19 16:36:11
Q:
[图片]用这个关键词优化，结果还没有四个yes[图片]就开始计算计算热力学数据，然后正常结束（结果有虚频一个）。不是加了calcall吗，为何还会出现这个问题？
A:
opt里加上tight关键词
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2015.06.19 17:07:35
Q:
sob老师，VMD中怎样给部分区域加个盒子，并把该区域中感兴趣的原子球棍、而其它原子licorice呢？
A:
selected atom里通过范围选择命令选择一个矩形区域，把显示方式改成CPK。
再新建个显示方式，选择语句前面加个not，显示方式设为licorice
比如x>1 and x<8 and y>24 and y<35 and z>1 and z<5
Q:
ok,懂了，想给它带个盒子框起来是怎么弄
A:
自己用绘图命令绘制
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2015.06.19 17:37:01
Q:
参加基础班前作为计算化学零基础的需要看些什么书了解基础知识能不能给推荐下
A:
看了结构化学就够了
完全不用担心0基础。
0基础参加过培训后，再自己多练练，很快能达到起码中鸟的水平。
Q:
其实之前也看了一些结构化学但还是不能很理解没信心啊
A:
不用担心。
如果到时候有不明白的，每天培训班完了之后可以随意问，直到讲明白为止一直奉陪
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2015.06.19 17:37:19
Q:
请问Sob老师，计算完过渡态后得到了活化自由能，想进一步计算反应速率常数，我学习了培训班的讲义，里面说要用过渡态理论对应的公式（不是阿伦尼乌斯公式），那个方程里面的有很多参数，那些参数是怎么确定的？
A:
就按kisthelp那个帖子里做就行了。
没有什么参数，就是个活化自由能和简并度而已。
简并度怎么确定帖子里有说明
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2015.06.19 17:45:25
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cphc.201500153/abstract
求文献http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cphc.200600161/full
@淡在风中的云
谢谢@我本是个娃娃
A:
先用sci-hub解决！否则禁言！
http://onlinelibrary.wiley.com.sci-hub.org/doi/10.1002/cphc.200600161/full
请注意群共享里的本群规章制度
Q:
找了，因为下不下来。
没办法才求的。
A:
我说的是淡在风中的云，我知道你的sci-hub下不了
警告之前我必然先试一次
Q:
老师，要不求在建一个求文献的群吧
再建一个求文献的群
分工明确，才能提高效率呢
A:
对此我是拒绝的
Q:
然后呢？
A:
卖萌君又出现了
好好写论文别分心
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2015.06.20 00:53:15
Q:
各位，请问哪位有有关NBO的帖子，可否给发个链接。谢谢
就是，我想知道NBO的作用，在分析时，一般需要看哪些数据。
A:
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
PS：今年8月份第二届波函数分析暨Multiwfn培训班会专门详细去讲NBO的各个方面和使用
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2015.06.20 02:05:40
Q:
请问哈，我要算一个分子的偶极矩，用那个基组好，谢谢
A:
[图片]
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2015.06.20 04:43:38
Q:
请问一下……PM6方法描述弱作用合适吗？
我想试试PM7的MD，不知道Gaussian能做吗？
A:
不能。PM6只能定性描述静电主导的弱相互作用，色散没法描述。
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2015.06.20 04:59:09
Q:
求问一下高斯输出里面固定了原子之后的频率计算怎么看振动模式？
A:
我忘了，照常去看不行？
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2015.06.20 05:32:00
Q:
请问高斯里动态介电常数怎么定义？那个不是和测量时交变电场频率有关吗
那个数值怎么给呢？据说它跟交变电场频率有关
A:
和外场没关系。这是溶剂自身的性质。对于非极性溶剂，epsinf=折射率的平方是个不错的近似。
[图片]
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2015.06.20 05:51:03
Q:
[图片]
A:
用epsinf设定
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2015.06.20 05:55:33
Q:
有个帖子讲解NTO的，用高斯设定关键词为Density=Transition=1，怎么找不到了
A:
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2015.06.20 05:58:55
Q:
TD计算出现下面输出，问题在哪里？如何解决？
Excited State 1: Singlet-A 3.0084 eV 412.12 nm f=0.0032 <S**2>=0.000
101 ->103 -0.70030
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -1221.69963735
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
Excited State 2: Singlet-A 2.4977 eV 496.39 nm f=0.0033 <S**2>=0.000
100 ->102 -0.69585
Excited State 3: Singlet-A 2.0487 eV 605.19 nm f=1.7710 <S**2>=0.000
101 ->102 0.70491
Excited State 4: Singlet-A 3.1543 eV 393.06 nm f=0.0156 <S**2>=0.000
99 ->102 -0.69957
Excited State 5: Singlet-A 3.1641 eV 391.85 nm f=0.0017 <S**2>=0.000
98 ->102 -0.70221
605 才应该是第一激发态
A:
无论是Multiwfn手册还是帖子里都没说过能靠fchk绘制UV光谱
小乞儿(314809959) 15:17:23
求助另一个问题：用fchk文件绘制UV光谱，加载了文件后选择绘制光谱，选择3绘制紫外光谱然后Multiwfn窗口就关闭了也没出来任何图
关键词怎么写的？
Q:
%mem=3600MB
%nproc=8
%chk=B3_aza_e_2H_S1_THF_n
# b3lyp/6-311+G** opt SCRF(solvent=THF) TD(nstate=5,root=1,singlets)
iop(5/13=1)
sdsadasd
2 1
做过不少这种计算，还头次遇到
A:
激发态几何优化过程中不同激发态的能量顺序会变化，导致优化过程中的输出不总是从低往高排
Q:
最后结果没问题？
A:
没问题
----------------------------------------------------
2015.06.20 06:38:51
Q:
好的，Sob老师，那Gaussian想进行描述弱作用的MD运算，应该怎么做呢？PM7似乎不支持？
A:
想描述色散的话高斯支持的半经验没办法。要么就只能用分子力场，但这样话远不如用专门做分子动力学的程序来做
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2015.06.20 06:40:10
Q:
[图片][图片]这种情况得到的HOMO LUMO值可靠吗？
[图片]不可靠的话就不想算了
A:
不甚可靠。尽量还是想办法收敛到scf=conver=6的程度为宜
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2015.06.20 07:28:54
Q:
请教老师们，m06泛涵加不加int=ultrafine的差别好大么？之前我没加这个优化了一个过渡态，后面以此为初猜并加上int=ultrafine和opt=tight优化，结果跑了几步反应键长就大了很多，能量也高了
A:
等收敛了再比较
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2015.06.20 07:40:25
Q:
请问sob老师，Multiwfn计算的CDA分析和文献中报道的数据比较，d和b都要乘以2吧。那现在（片段1为金属部分，片段2为π键部分）d为0.010，b为0.584，r为-0.308，这个能说明配合物为donor-acceptor π 配合物吗？
A:
这取决于文献是用什么程序算的，Multiwfn里的定义是正确的，诸如QMForge大得离谱，AOMix的印象中也大了一倍。
可以说明
Q:
文献用的是cda2.1程序
[图片]
文献这么说的，个人感觉文献说的有问题，不知道您怎么看这个说法，
上面我提到的数值，是将multiwfn计算的值乘以2了，我看您的帖子提到了这个。那也就是说，d为0.005，b为0.292，r为-0.308，这个能说明配合物为donor-acceptor π 配合物吗？有没有具体的判据，当b > d多少是为donor-acceptor π 配合物？
A:
不可能有这种严格的判据，也不要在意其它文章里的说法。
相信自己，相信原理，自行判断
Q:
我考察的体系是开壳层，
以前的CDA的程序只能计算闭壳层，只有您的multiwfn能应用于开壳层，
这个要不要在写的时候说明一下呢？
A:
提不提无所谓
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2015.06.20 08:07:30
Q:
请问一下，Lanldz的赝势基组不能跑DFT-D3吗？
Lanl2dz
A:
能跑
Q:
还是说是元素的问题
报错浮点数什么的……pseudo=read
A:
写法不对
Q:
好的……谢谢……结果证明是服务器的文本读取的问题
A:
[图片]
[图片]
Q:
再问一下……我看到您说算弱作用的基组至少也要6-31+G**，是说DFTD-D3最低配置这个意思吗？
A:
对
但你如果用gCP来考虑BSSE问题，6-31G*也可以
Q:
Sob老师，我还是觉得有点奇怪……当pseudo=read和ADMP同时存在的时候，就会报错L121
WANTED A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.
FOUND A STRING AS INPUT.
这两个不兼容吗？
A:
格式不对。
#p b3pw91/genecp admp
mg4-H2-admp
0 1
Mg -0.28895569 0.84546450 1.59325640
Mg -3.42678260 -0.26388083 -0.32825435
Mg -0.28899619 -2.48268843 -0.32825435
Mg -0.28895569 0.84546450 -2.24976510
H 1.55216262 3.44912992 5.46212054
H 1.20331704 2.95580085 5.88935958
H 0
aug-cc-pvdz
****
Mg 0
S 3 1.00
2.4257193 0.0267640
0.8226250 -0.2238800
0.1077490 0.6204640
S 1 1.00
0.0394850 1.0000000
P 3 1.00
0.7690470 -0.0366480
0.1886750 0.2431450
0.0751010 0.5547840
P 1 1.00
0.0294970 1.0000000
****
Mg 0
MG-ECP 3 10
f-ul potential
1
2 1.000000000 0.000000000
s-ul potential
1
2 1.732000000 14.676000000
p-ul potential
1
2 1.115000000 5.175700000
d-ul potential
1
2 1.203000000 -1.816000000
Q:
……是吗，但是单独跑赝势的单点或者不用赝势做ADMP都正常啊……
A:
注意空行数目
Q:
……嗯？结构信息结束之后读取赝势是空两行？
A:
我宁愿如此
对于绝大多数任务，高斯的输入文件做到了最简单，虽然复杂的时候容易confusing，必须得试
----------------------------------------------------
2015.06.20 13:37:42
Q:
求助化学期刊影响因子分布
A:
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布）
http://sobereva.com/296
想不到化学学报都1.426了，涨了近一倍
----------------------------------------------------
2015.06.20 15:38:29
Q:
端午节快乐！粽子节快乐~[Emoticon]
端午安康[Emoticon]
端午节祥康！
端午节快乐！粽子节快乐~[Emoticon]
[图片]
A:
要粽子没有，要命有一条
Q:
哈哈哈
不要命就要粽子[Emoticon]
密集恐惧症[Emoticon]
一点开，一堆粽子掉下来[Emoticon]
----------------------------------------------------
2015.06.20 16:15:35
Q:
Sob老师请教一个问题，在做伞形采样的时候，拉伸组是自由运动的，不需要加位置限制的吧！！！！@Sobereva
A:
记不太清了。如果是指被拉的那些原子，不加位置限制。
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2015.06.20 16:48:57
Q:
我觉得中文的能涨起来就是因为sob老师投了好多中文。~~
A:
毫无联系。
物化学报还降了
Q:
是嘛。我没仔细看呢
也可能它已无法拯救。哈哈
A:
比起化学学报我是明显更看好物化学报的潜力的
Q:
我觉得您的[图片]给化学学报贡献了跟多吧。
完整版的影响因子上哪下呢
群共享
A:
没有
现在对IF这些东西真是没兴趣关注了
Q:
因为sob老师现在正在培训下一代年轻的理论化学工作者。反正至少我是看了您的帖子受益匪浅[Emoticon]
A:
当IF不再和自己有利益关系的时候，才会真正觉得IF神马都是浮云
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2015.06.20 18:16:54
Q:
老师，我的过渡态有氢键，在opt时可以先不加弥散函数，后面加溶剂算单点时再加上吗？
A:
最好还是加上
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2015.06.20 18:33:43
Q:
sob老师，我用multiwfn进行分子表面分析，电脑为6核，nthreads设置的是 4，体系较大需要很长时间，可发现CPU占用很高，内存很低，这是什么原因？ [图片]
A:
本来就占不了多少内存。
如果嫌计算慢，借用cubegen来计算静电势即可，见手册4.12.7节的介绍，对大体系速度能提升一两个数量级。
----------------------------------------------------
2015.06.20 18:39:42
Q:
觉得sob老师神一样的存在，指点迷津，信手拈来
因为sob老师养成了良好的科研习惯
有没有系统的普适的科研训练？
A:
先得有兴趣，没兴趣都是徒劳
Q:
sob老师连节都不过吗
A:
Sobereva(190258442) 16:21:34
什么节我都不过，除了1111
[图片]
Q:
过1111的话，什么节都一样，都是1111
小碗熊可以拯救sob老师，让他不过1111嘛
已经拯救了一个了
可以介绍学姐学妹去拯救嘛
A:
被小看了
Q:
你不觉得让拯救sob老师对你们没啥好处
明天父亲节
千万别把sob勾引走了
然后再决定
大家记得给爸爸打电话哦
A:
这不冲突
过1111基本上是自愿的
Q:
以前单身都叫单身贵族
为何现在变成单身狗了
[图片]
A:
不要和A站的Acer们相提并论
----------------------------------------------------
2015.06.20 19:13:12
Q:
选择性单身，到了1111还是都会过节的
祝大家和老师粽子节快乐
A:
发粽子[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
Q:
[图片]
淘气
[图片]
A:
这是翔型粽子
----------------------------------------------------
2015.06.20 19:42:26
Q:
对分子进行Connolly表面分析，下图为文献中的截图[图片]，请问这里的横截半径是怎么得到的？
A:
只要能把表面用小点表示，就可以直接去量。
Connolly表面用什么程序能表示成小点我一直想不起来，如果用电子密度等值面来定义，倒是可以通过Multiwfn来输出表面的顶点，然后在VMD里量一下距离即可。
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2015.06.20 19:54:57
Q:
http://multiwfn.codeplex.com/貌似打不开
A:
最近貌似正在维护
如果要下载可以在这里下http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=56
----------------------------------------------------
2015.06.20 19:58:29
Q:
恩，我再用multiwfn进行volume和surface area的计算。但看到文献里还能计算区域的横截半径进而求横截面积。《磺基甜菜碱两性表面活性剂的结构性质》，[图片]
受教了。sob老师的这个图挺形象的[图片]，A、B、C三个表面。
A:
只要有计算程序的源代码就好办。可以弄一个含有均匀分布的点的平面穿过分子表面，然后判断有多少点在分子表面内，除以总点数再乘以平面的面积就是截面面积。
----------------------------------------------------
2015.06.20 20:18:44
Q:
轨道成分分析时，比如p成分为负值是代表什么意思？
A:
负值是不合理的，如果是较小负值可以忽略。Mulliken方式计算会有这个问题。详见群共享里《分子轨道成份的计算》
Q:
那如果是较小的负值，可不可以说，是由于计算程序的问题呢？
A:
不是程序的问题，是理论的问题。程序毫无问题
Q:
Sob老师，是 -0.07，但是最大的才0.11
这个-0.07可以忽略吗？
A:
-0.07%？
Q:
Sob老师，是 -7%，sorry
A:
用的什么基组？
----------------------------------------------------
2015.06.20 21:38:41
Q:
请问怎么测两个不平行苯环的距离
A:
得先明确怎么定义苯环距离
Q:
就是测量两个苯环中心的距离
A:
在gv里在两个苯环中央各添加虚原子，然后量二者的距离
----------------------------------------------------
2015.06.20 21:40:44
Q:
请教这个语法哪错了 [图片]
A:
因为手册没说可以这么写，所以不可以这么写
----------------------------------------------------
2015.06.20 21:44:19
Q:
我想定义一个介电常数是14的溶剂用PCM方法怎么写好点老师
A:
[图片]
Q:
谢谢老师。
自定义的溶剂参数里，只设置EPS，不设置溶剂半径和密度会不会影响DFT的运算？ @Sobereva
A:
不用设置，不影响结果。
----------------------------------------------------
2015.06.20 22:09:43
Q:
有一个体系，在中性（0 1）的条件下优化成功了,现在加了一个电荷变成了（1 3），进行优化出现一下这些情况[图片][图片][图片][图片]我需要采取什么样的措施呢？
A:
总共还没优化几步。优化20步再说。
----------------------------------------------------
2015.06.21 01:05:14
Q:
POL3BOX, QSPCFWBOX, SPCBOX, SPCFWBOX, TIP3PBOX, TIP3PFBOX, TIP4PBOX, TIP4PEWBOX, and
TIP5PBOX.
里面哪些是显式水盒?
A:
都是
----------------------------------------------------
2015.06.21 03:17:08
Q:
请问一下，两种构象之间只有某一个二面角不同，如果知道二面角转动的能垒，如何判断在什么温度下，可以从某一种构象转为另一种？
Sob你好，请问一下，设置了PM6R6和PM6R12的PM6方法也不考虑色散作用吗？
A:
这是概率问题，没有绝对能不能转变的温度。可以算转动的速率常数。
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2015.06.21 04:42:56
Q:
请问amber 里面antechamber给小分子配体加电荷时能阻止起几何优化改变坐标吗？
[图片]
默认的antechamber参数得到的sqm.pdb和原来相比RMSD有1.4多
A:
antechamber可能会自动对结构进行优化（起码算AM1-BCC电荷的时候会做优化）。如果不想在计算AM1-BCC电荷前优化，应当在编译前将antechamber/common.c里的grms_tol=0.0002后面加上maxcyc=0。
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2015.06.21 05:32:41
Q:
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5NDE2MDcwMQ==&mid=218851936&idx=2&sn=72d895d44ba9601ef0d654561d47d4ab&scene=2&from=timeline&isappinstalled=0#rd
帮我个忙给王彩宇投票，多谢！这次是微信，我没有。
[图片]
A:
请勿发这类消息。
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2015.06.21 06:42:24
Q:
[图片]
A:
没听说过PM6R6、R12，从名字上看应该是考虑色散的
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2015.06.21 06:53:08
Q:
Sob老师，就是这个页面下提到的PM6R6，似乎是一个设置
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_semiempirical.htm
另外……其实我想考虑弱作用的小体系（100个原子以内）的ADMP……我看了您的大体系弱作用计算的解决之道……不过那些都是大体系……那么你觉得我应该怎么做呢？
A:
手册里没明确写PM6R6怎么用，劝你也别用，要么问问高斯的人具体的含义。
将近100个原子做ADMP，太困难，即便是半经验。应该从别的思路考虑处理当前问题。如果不涉及化学键变化，用MMFF94力场做动力学就挺好。
Q:
这样啊……不过我用PM6跑了0.3ns似乎时间也还能接受……
A:
总共跑了多少步？
Q:
随便试了3000步……只是的确太短了
这样的结果也没有任何意义吧
MMFF94……好的，我去看一下怎么做
A:
3000步不可能有0.3ns啊
往高了说，1fs一步，那才3ps，0.003ns。
最简单的做法，在Chem3D里载入分子，点几个按钮就能做MMFF94动力学了
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2015.06.21 08:35:26
Q:
S老师，您觉得，分子动力学的结果，能指导实验吗？
尤其那种蛋白质分子动力学模拟的结果
A:
可以
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2015.06.21 12:15:31
Q:
[图片]
A:
multiwfn.codeplex.com总算能访问了。
前几天一直打不开。维护也不来个通告
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2015.06.21 12:16:25
Q:
[图片]
A:
这文章真是标题党
[图片]
只不过是算算弱相互作用罢了
[图片]
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2015.06.21 16:31:03
Q:
sob老师，我的计算是基态下做的，程序为什么还要问我要指定溶剂的epsinf数值呢[图片]
这是输入[图片]
A:
频率计算也要定义epsinf，但数值不影响结果
Q:
就是说我随便定义一个epsinf数值，计算结果与这个数值无关是吗？
A:
对
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2015.06.21 16:35:17
Q:
跑高斯，运行12个小时后，出现
Error in internal coordinate system
这种一般是什么问题？
# opt hf/3-21g* iop(6/33=2,6/42=6) pop=mk scf=tight
这是任务关键词
A:
opt=cartesian
Q:
opt=cartesian 是指我的吗？
A:
对
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2015.06.21 16:36:55
Q:
sob老师，gamess程序硬盘读写很大，cpu利用率很低，如何解决呢？
A:
内存不够大，磁盘大量读写不可避。要么简化体系或降低计算级别
如果是SCF过程就这样，$SCF里加上DIRSCF=.T.强制用direct方式的SCF看看是否有效
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2015.06.21 16:50:46
Q:
HF/6-31G* 相当于 hf/6-31g(d) 吗？
[Emoticon]
我的分子,在AMD 24核上Amber12软件跑10ns动力学,需要200个小时,用GPU加速,大概多少小时就够了?
A:
看什么GPU。Amber官网上有测试数据，什么GPU、什么体系、每天能跑多少ns都显示了
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2015.06.21 17:43:20
Q:
SOb老师，弱问您一个问题，DFT-D3等泛函考虑了色散校正，那MP2这类方法是否存在色散校正的问题，或者说MP2是否能出来中程或长程弱相互作用，MP2和DFT-D3在处理小分子间的弱作用体系时，谁更可靠一些？
处理（写成“出来”了）
A:
能处理。
MP2比起DFT-D3不占任何优势，耗时还明显更多
Q:
算小分子体系，20个原子左右的体系，MP2不行吗？
A:
可以，但明显不划算
这样的大小想精确计算直接上双杂化泛函
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2015.06.21 18:21:29
Q:
求助：如上所示的线性图用origin软件画是不是最好、最清晰？我好久没用origin软件了，问一下画它麻烦吗？希望各位大神能给些指导。谢谢！
A:
可以画，不麻烦
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2015.06.21 18:27:10
Q:
老师我最近计算了一个TS 在opt里面加了tight calcall 算出来的振动是我想要的但是做IRC只有三个点加大stepsize只有5个点这怎么办呢
A:
看是什么原因导致IRC计算终止的
Q:
在计算IRC的时候没有报错
[图片] 老师 log文件最后部分
A:
步长再加大点，或者换成LQA再试
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2015.06.21 18:51:07
Q:
向大家请教一个过渡态的问题。最近跑一个IRC，只往一个方向跑[图片]，然后9999错误，也没有任何具体错误提醒[图片]。（往一边跑确实得到了我想要的结构） # UB3LYP/6-311+G* IRC(calcfc,maxcycle=500) scf=(maxcyc=400) test。加与不加maxcycle结果都一样。过渡态计算的关键词为# UB3LYP/6-311+G* opt=(tight, ts,noeigentest,CalcFC) freq=noraman int= ultrafine，test。
A:
找过渡态用ultrafine则IRC也最好用ultrafine
输出文件往前看，找出错原因。
PS：noraman毫无意义
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2015.06.21 18:54:47
Q:
问大家一个问题，伞形取样和热力学积分两种方法计算PMF，哪种耗时少，计算结果准确？
A:
热力学积分不是干那个的
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2015.06.29 00:13:15
Q:
我有这两本的pdf 不知道能不能传在群文件共享里？
A:
用临时方式传吧
Q:
[图片]不知道是不是临时的上传也没提示让选择
不过很清楚了
A:
没事，过几天后再删掉
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2015.06.29 00:20:07
Q:
sob老师！下图中单个原子elf就是画不出来！
[图片]
A:
例：
examples\atomwfn\O .wfn
3
9
2
0,0,-10
0,0,10
[图片]
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2015.06.29 00:33:43
Q:
[图片]请问这个错误怎么改正，谢谢（我用def2TZVP）未出现错误
A:
def2TZVP
没写2
Q:
没有defTZVP？
谢谢
A:
defTZVP应写TZVP
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2015.06.29 01:01:43
Q:
[图片]老师，计算td的时候有一些态下面有这样的一句话，是什么意思呢？
A:
就是把这个激发态的密度保存起来了。可以用于之后做激发态密度的分析
不用刻意管它
Q:
老师，这句话有的时候出现在最大振子强度处，有的时候不在，这与振子强度大小没有关系吧
A:
root设几，就在哪个态下面出现
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2015.06.29 01:01:43
Q:
应该是自旋密度
自旋污染度
A:
自旋平方算符的期望值
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2015.06.29 01:06:51
Q:
SOB老师，您好，在您的文章《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》中有这么句话：
”计算极化率、超极化率追求稳妥用PBE0，追求精度用CAM-B3LYP、~~“
我不太理解您所说的稳妥是什么意思？是指任务不容易出错的意思？还是比较便宜的意思？请指教。
另:我用M062x算的极化率精度和CAM-B3LYP相当，B3LYP和PBE0相当但是比前者小一点，不知是否正常，该采用哪个结果？
A:
稳妥就是虽然不一定多精准，但是也不容易出现很离谱的情况
M062X/CAM-B3LYP可能更准
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2015.06.29 01:16:21
Q:
做反应机理的，采用的是SMD模型进行溶剂化效应计算，在做数据处理时发现我有几个气相和液相的能量相差接近了20Kcal/mol,其它相差在5Kcal/mol以内，这样的结果合理吗
A:
溶剂化能在这样的数量级是很正常的
Q:
也就是说在做机理的时候加不加溶剂化影响很大吗？
我在做一个自由基的机理的时候发现在气相的时候能垒本身就没有达到20kcal/mol
A:
对结构一般影响不大
对于反应能量变化，大部分都抵消了
Q:
老师，气相和液相的能量在多少范围内都是比较正常的呢？只要不改变决速步就可以吗？
好的，谢谢老师
A:
没有什么正常不正常。对水溶剂，体系极性越强，体系越大，溶剂化能就越大，没有上限。
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2015.06.29 01:36:06
Q:
sob，你有计算nbo分析中E2的教程吗？？？
A:
没有
计算化学公社波函数分析版有NBO资源合集
8月份波函数分析培训班也会详细讲NBO分析，包括E2
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2015.06.29 02:13:16
Q:
请问PBE0在高斯输入文件里怎么写呢？谢谢
A:
PBE1PBE
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2015.06.29 02:32:22
Q:
老师您好，我在计算分子基态和激发态的偶极矩时，所选的Nstates数必须相同吗？
A:
〆. 抱抱不用
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2015.06.29 03:09:08
Q:
谢谢老师
[图片]
[图片]
不加scf=qc出现l502错误
想请问这个怎么解决？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
老师你发的这个我看过了
SCF(Maxcycle=N)，这个我试了也没有用
A:
如果你想到用这个关键词，说明你根本没好好看！
所有可行的解决方法都在里面
Q:
哦，谢谢老师！
A:
里面专门用高亮字体批判使用maxcyc
Q:
其实我前几天，就看过你说不用这个关键词
A:
不是取最大值，而是凡是数值很大的才值得关注，值得在文中讨论
Q:
但是我们这有时还会拿出来试试，看是否可用
A:
绝对没用
Q:
但是我用qc也不起作用
A:
文中讨论的其它解决方法多的是
Q:
为什么没用呢？
A:
scf=qc都是排在推荐方法很后面的，何不尝试前面更优先推荐的？
帖子里写得极为清楚
好好看帖子
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2015.06.29 03:31:52
Q:
问：使用#P B3LYP/GENECP td=(singlets,nstates=50) scf=xqc命令后，.chk文件用gview打开显示出来的轨道是基态的轨道还是第一激发态的轨道？
A:
TDDFT计算没有激发态的轨道这一说
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2015.06.29 05:37:24
Q:
各位老师，我现在对一个概念比较疑惑，就是单组态和多组态，到底有没有这个概念？我在网上查不到，且问一个课题组的老师，说没听过这种说法，有单参考态和多参考态这么个说法。
A:
有。比如HF就是单组态，CISD就是多组态。
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2015.06.29 15:51:07
Q:
老师，你好，请问基础班培训仅三天，通知上有实例讲解，大量有关软件。我想必有讲述主次之分，主要讲解的化学反应类型及所用软件有哪几个，包含配位化学和高斯应用吗
A:
虽然培训仅三天，但讲的内容，比其它培训班6天的内容还多
Q:
软件实战练习中包括高斯的使用吗
A:
凡是你觉得肯定要讲的内容，培训就必然会讲
有人问发票内容和邀请函内容，这都是比较灵活的，直接与我们沟通即可
Q:
A:
倒不是按化学反应来分的。
但是比如讲过渡态的时候，会把特征不同的一大堆化学反应都进行实例演示，以帮助学员碰见特征不同的化学反应的时候都能有想法怎么去找过渡态初猜
对8月的基础量化培训和波函数分析+Multiwfn培训有任何疑问和疑虑都可以随意提问或私聊。
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2015.06.29 17:02:43
Q:
[图片]
A:
除非是比较熟的人，否则求文献我不会负责提供的
甚至有的人在国外网盘上下程序下不了（好几G），还找我私聊让我帮忙下。这些事情是不可能提供帮助的，群里那么近2000人，这些事也一一去帮，每天什么正事也别干了。
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2015.06.29 17:18:20
Q:
sci-hub现在不好用了是吧？
A:
对
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2015.06.29 17:19:02
Q:
这对于我们这样的小学校真是一个打击啊
群主我很能体会，我每天学生找我讨论下，啥事都木有时间了
A:
群聊、私聊、计算化学公社，每天得回复好几十人次的问题
Q:
我上次问的问题，你都没回答我@Sobereva
A:
我更不可能记住什么“上次问的”
Q:
就是MS可不可以装在CentOS上？计算结果会不会出问题@Sobereva
A:
应该可以，没试过
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2015.06.29 17:22:52
Q:
libgen是类似sci-hub的么？
A:
貌似就是一体的
----------------------------------------------------
2015.06.29 17:25:04
Q:
请教：对钠、钾、氯离子需要用赝势基组吗
请教：对钠、钾、氯离子需要用赝势基组吗
A:
不要重复问
不需要
----------------------------------------------------
2015.06.29 17:28:33
Q:
请问使用这个指令时：
awk -f bohr2ang <point_charges > RI_bp86_r1s29_q.pc
提示：
awk: fatal: can't open source file `bohr2ang' for reading (No such file or directory)
如何解决？
改如何解决呢？从哪能弄到这个文件？
要把bohr坐标换成Ang坐标的格式
哦，一般从哪儿能下到？我在网上没搜到
点电荷，一大堆的坐标数据
A:
你哪个网页上/程序中看到这个命令，你就在哪个网页或所属站点，或程序包里去找，或者向作者要。
要么你就自己写个功能相同的脚本，估计也就十几行就能解决。
----------------------------------------------------
2015.06.29 17:28:48
Q:
高斯　用直角坐标　怎么样进行固定二面角优化？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.29 17:32:23
Q:
sob，alpha spin 代表的就是up spin，beta spin就是down spin？
A:
恩
----------------------------------------------------
2015.06.29 17:34:28
Q:
CH...C的spike值大于0.01，其中两个C原子略带负电荷（用ADCH计算的电荷），能否将这个作用定位H键作用？
A:
你是指sign(lambda2)rho小于-0.01？
Q:
恩
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.06.29 17:54:17
Q:
请问一下一个分子的碳碳单双建的torsional barriers怎么计算呢
A:
找到旋转中途的过渡态，和极小点能量求差值
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:13:13
Q:
sob，Main BO(Bond Orbital) analysis，轨道很多，一般挑选的原则是什么？
什么是main
A:
不是什么通用的说法
Q:
我有66个轨道，不可能都放到文中
A:
谁贡献大说谁
Q:
贡献看什么？
A:
看你算的是什么问题，比如算键级，就讨论键级值大的
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:13:33
Q:
请教大家一个问题：Pd催化的体系中，比如中性分子计算，它的多重度是多少？另外，它的0价，和2价如何表现出来？
我前几天，看到有人计算Fe3+,加上3个Cl,还有其他有机分子，但是中性分子，多重度是6，只是怎么回事？
A:
自旋多重度还得看配体
Q:
请教大家一个问题：Pd催化的体系中，比如中性分子计算，它的多重度是多少？另外，它的0价，和2价如何表现出来？
A:
问题不要反复发问，我很反感
Q:
Sob,我不知道如何看呢
A:
几价没法自己设定，算出来是什么样就是什么样，价是人为臆测的东西
如果没有经验，缺乏配位化学的知识，最好就是把最低的几种自旋多重度都算算，看谁的能量最低。体系为奇数个电子时，自旋多重度尝试2、4、6、8，体系为偶数个电子时，尝试1、3、5、7
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:15:22
Q:
各位老师，我想问一下，我在学习amber，自己算一下蛋白质分子的能量最小化，我之前看网上的例子，我的理解是能量最小化计算的时候不需要加溶剂，也不需要加反相电荷保证电中性，是这样操作吗？因为我看例子中的拓扑文件和坐标文件在能量最小化这部分用的还是导入pdb文件时之后的原始文件。
A:
有三种情况
1 气相优化：不加溶剂，而且残基也不会电离/质子化，不需要考虑抗衡离子
2 GB模型下优化：残基虽然电离/质子化，但是不需要考虑抗衡离子
3 显式溶剂模型下优化：残基电离/质子化，但需要加抗衡离子
一般都是第三种
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:17:46
Q:
BD(1) 这里的1代表什么？
[图片]
A:
编号。比如B-N有两个BD，那么第一个是BD(1)，第二个BD就是BD(2)
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:18:08
Q:
谢谢，可是我看例子里用的事最开始什么也不加的文件呀？
我只是做下能量最小化
还有个问题，蛋白质pdb文件里没有H，这个也需要加吗？
A:
leap会自动给你加上H
Q:
也就是我再保存pdb文件，就是带H的了呗？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:19:52
Q:
为啥用完全一样的方法算出来的乙烷可以得出顺利的结果，但是换成我自己的分子就会出错，我也是醉了，简单的算了一下红外而已，加了关键字scf=xqc int=grid=ultrafine
请问老师这是什么情况@Sobereva
A:
first 凡是问出错，必须把为什么出错，有什么报错说清楚
Q:
[图片]老师，会出来这个，每次都算不出来结果，是空的。
用完全一样的方法算出来的乙烷可以得出顺利的结果，但是换成我自己的分子就会出错，我也是醉了，简单的算了一下红外而已，加了关键字scf=xqc int=grid=ultrafine
A:
输出文件给我
输入文件无问题
Q:
[Emoticon]那这是怎么了
每次算一个小分子就很快算出来，换成自己的分子就[图片]
OU文件里面是空的
A:
把%chk去了再重算下试试
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:22:29
Q:
我的疑惑是，我这里有2个BD(1);第一个BD(1)是B1--N2;第二个BD(1) N2--N3
怎么会有2个BD(1)
[图片]
A:
如果B1-N2之间总共只有一个BD，显然就是BD(1)
1是编号
否则假设B1-N2有两个BD时，输出中怎么区分？
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:33:22
Q:
[图片]
multiwfn已打入美国美女教授课题组
A:
也没准用的NCIplot（虽然在做RDG分析时比Multiwfn难用、功能弱且慢得多得多）
----------------------------------------------------
2015.06.29 18:43:31
Q:
[图片]像图中这样的只能解释为范德华作用吗？可否再分一下？
A:
只能这么解释
Q:
不能解释为H键和位阻作用的，就解释为范德华吧？
A:
本来就是范德华作用，除非偏棕红才算位阻
绿色和土绿都算范德华范畴
----------------------------------------------------
2015.06.29 19:09:11
Q:
[图片][图片]老师帮我看一下我安装的环境变量正确吗
A:
对
但路径尽量不要加空格，这是常识问题
----------------------------------------------------
2015.06.29 19:43:14
Q:
老师，培训期间英语授课还是中文授课？
A:
中文
----------------------------------------------------
2015.06.29 19:44:45
Q:
哦
查询两种异构体间有无过度态怎么做啊
A:
初猜过渡态结构，然后opt=TS找，找不着再修改初猜，如果怎么都找不到，可能就是没有了
一般凭经验，看结构就能知道有没有
Q:
我看的文献中有人提及叫线性过度扫描法，是什么方法，可以解决问题吗
A:
这里有详细介绍
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
一般最好用的还是opt=TS
----------------------------------------------------
2015.06.29 21:14:00
Q:
汇款的收款人是卢天吗？
A:
不是，是这个：
开户银行：招商银行股份有限公司北京青年路支行
开户名称：北京科音自然科学研究中心
账号：110912034210201
Q:
有个开户人姓名
用支付宝转的
A:
就是写北京科音自然科学研究中心
----------------------------------------------------
2015.06.29 21:21:57
Q:
[图片]
怎么算轨道间转移的电荷？
E2 和 charge transfer 之间可以换算吗？
[图片]
A:
计算化学公社NBO资料合集里面计算化学百科全书里面NBO的那一节里就有计算公式
[图片]
和E2公式一对比就知道怎么转换了
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.29 21:46:14
Q:
求文献一篇，代理不能用了，谢谢！http://www.degruyter.com/view/j/revce.2015.31.issue-3/revce-2015-0001/revce-2015-0001.xml
群共享用不了了？
A:
能用
Q:
G09w d版本是谁分享的，有没有百度云啊
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102&highlight=nbo
科音论坛中有各种版本的高斯
A:
声明：仅供学习交流使用
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:26:34
Q:
求教：ccsd(t)的计算精度能到0.01eV吗？谢谢各位~
A:
这取决于什么问题。比如就是个基团扭转，误差能大部分抵消，能量差算到这精度没问题。但要是计算比如原子化能，涉及大量的键断裂，误差就比较大，达到这个精度就困难。
Q:
谢谢sob姐，如果算的是同一个分子的两个多重度呢？
A:
也不好说。
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:26:50
Q:
nboview画图还是很漂亮
A:
可以用免费的Multiwfn+VMD，效果更好
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:35:21
Q:
老师我最近做一个IRC扫描用了LQA GS2 默认的方法就是只有3个点这是不是做不出来a
A:
这很难说，只能各种办法反复试
实在没辙就找高斯客服
Q:
我吗老师
A:
对
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:37:40
Q:
哦？就是说不一定能够算得这样好是吧？那如果用ccsd(t)算得这2个分子的能量为0.04eV，您说可以判断哪个更稳定吗？
A:
基本可以，前提是基组也得够大
Q:
ok。谢谢sob姐~
A:
不过还是建议用热力学组合方法直接得到两个体系的自由能再比较，而不是直接用CCSD(T)，耗时可以节省很多
比如CBS-QB3，是很理想的
Q:
您有相关博文或者帖子可以参考吗？热力学组合方法没有用过。。。
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1132
[图片]
[图片]
这里误差是指的计算原子化能误差，比较分子能量差时候的误差远比这个小。
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:41:25
Q:
老师，我请想问下做势能面交叉有没有什么可行的办法？（比如A‘，A“）
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
谢谢老师，我先看下
那多重度相同的呢？
A:
可能有避免交叉出现，所以得改代码，把判断标准改一下，不让程序直到能量几乎相同时才算收敛
高斯CASSCF也能直接做交叉点搜索，但毕竟CASSCF用起来没那么容易，不像MECP程序可以用任意的方法去搞
Q:
sob老师，请问有没有多重度相同，而找A‘，A“不同态的体系可以用sobMECP吗？
可是，老师用CASSCF计算量太大，这个casscf我们实验室一般用molpro做，而我的体系活性空间也并不好选取
A:
那你就只能用delta_SCF或TDDFT来计算A'和A''
Q:
我用guess=alter高斯做的A'和A''，但就是找不到交叉点，delta_SCF这个我以前没接触过。谢谢老师！
A:
delta_SCF就是指利用guess=alter
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:41:58
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
好的。谢sob姐，我研究下
sob姐，您发我的这个关于MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点这个方法，是否可以用于反应路径中，2条多重度不同的路径中的交叉点寻找？
A:
可以
Q:
[图片]比如自旋交叉点位置如图所示，I表示中间体，TS是过渡态，那么程序中Input_Header_A和Input_Header_B分别应该定义为谁的构型呢？
A:
可能有避免交叉出现，所以得改代码，把判断标准改一下，不让程序直到能量几乎相同时才算收敛
高斯CASSCF也能直接做交叉点搜索，但毕竟CASSCF用起来没那么容易，不像MECP程序可以用任意的方法去搞
你只需要定义一个构型，只不过计算方法你计算两个。
做过文中的例子就明白了
----------------------------------------------------
2015.06.29 22:58:43
Q:
求教一下，一个有机分子知道结构式，但是初始构型怎么确定？有数据库？还是得优化找能量最小的
A:
比较简单的是你先用chemdraw画一个，然后复制到chem3D，就会显示出一个初步的3D构型，你用Chem3D自带的MMFF94力场初步优化一下，然后再用高斯用合适的方法优化。
柔性大体系（可旋转二面角比较多的情况）没法简单找到最小点结构，得做构象搜索。
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:01:24
Q:
请教一下老师：我跑完一段MD后得到两个原子随时间变化的距离，现在我想看一下距离分布情况，怎么做一个概率密度图？[图片]
应该要在命令行中加一个参考文件
-ref XXX
A:
自己写个脚本去统计。很多程序自带的分析也有这样的统计功能
Q:
先统计频率直方图，再作高斯拟合？
A:
拟不拟合都行。origin里也有曲线平滑化工具可以用
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:06:49
Q:
试了试，MMFF94是经典立场？跑了一下就变形得不合理了还不如初始自动给的那个3d结构
A:
MMFF94一般挺可靠的，你的操作可能有问题，也可以试试自带的MM2力场。还不行你就别初步优化了
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:08:54
Q:
请问一下，计算时出现CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
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CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
39 vect
也不向前走也不死，这代表什么意思
A:
计算时要写#P便于监控细节过程
如果内存分配不够大，而核数分配过多，可以适当降些核数
Q:
那现在怎么办呢，要加关键字重新分配内存？
A:
继续等着吧
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:18:09
Q:
[图片]
A:
只要你会利用Gaussian计算某两个态，原则上利用sobMECP就能找这个两个态之间的MECP。
但对于自旋多重度相同的情况，还是CASSCF比较合适，直接用CASSCF结合opt=conical关键词就行了。
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:28:46
Q:
老师：您好！您上次让我用MP2重新优化，看一下我的构型到底是C3v还是Cs。结果优化失败，错误如下：[图片]。[图片]您看到的之前的构型是Cs，最后一个是C3v。但是从能量图中可以看出C3v的能量比Cs的要高。请问这是怎么回事呢？
A:
第一个点是C3v还是Cs？
Q:
第一个点是Cs，最后一个点是C3v
A:
最后一个点是没算完，没考虑MP2相关能所以很高，不管它。倒数第二个点能量明显比一开始低，所以应该C3v能量更低。
你的计算方式其实不对。应该先优化C3v，看C3v是否下降到Cs。如果没下降到Cs，最后再做振动分析看是否有虚频。没虚频就说明C3v是最稳的。
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:39:36
Q:
我有个问题请问大家
A:
有问题便问
Q:
我在算分子激发态时，遇到这样问题
激发态第四步不收敛，怎么办
请大家帮帮忙
A:
什么叫第四步？（不要告诉我说是从高斯手册看的某某例子的第四步）
Q:
恩恩，就是按那个步骤做的
您有好的方法吗，麻烦可以教教我
[Emoticon]问问题的请系统、简练、意思明了。（不好意思，忍不住吐槽）
A:
如果确认就是几何优化不收敛，用gview看优化趋势，如果是震荡了，用opt(gdiis,maxstep=5,notrust)再试
是的，要不是经常回答问题，谁知道“第四步”是shenmegui
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:44:01
Q:
可惜我没有不搞量化计算，不然真的想来北京参加下你们的会@Sobereva
A:
明年还有gromacs的班
Q:
讲amber就好了，去年上了gromace的班了，嘿嘿
A:
amber可能以后也会有，但毕竟用户远没gmx的多，而且速度没gmx快，所以安排得会比较靠后
Q:
[Emoticon]，我用gromaces的时候，发现人家说gmx虽然快，但是没有amber算的准，然后我想算mm-pbsa/gbsa,求助的时候别人都用amber,我只好转战amber这就是个悲伤的故事[Emoticon]
A:
绝对不能说没有amber算得准。
gmx都支持amber力场了，原理上都是一样的。
gmx也能做GB，因此MMGBSA从原理上也是可以做的，只不过没有自带现成的脚本罢了
gmx只不过没amber那么一大堆高级功能罢了，诸如constant PH、3D-RISM、alanine-scanning、能量分解、antechamber子程序之类
Q:
是的是的，就是amber有现成的工具，所以投奔amber了，如果自己用gmx去算，怕自己算来算去算错了，[Emoticon]
A:
一般我都用gmx跑，gmx做不了的情况才用amber
对
Q:
g_mmpbsa gromcas也有类似的工具和AMBER的差不多
A:
一般我都用gmx跑，gmx做不了的情况才用amber
Q:
其实NAMD也是很不错的，可以使用TCL语言进行各种控制！Sob老师研究过吗？
A:
我不用NAMD，也用不着，gmx+amber足够了。VMD里Tcl编程则是经常用
----------------------------------------------------
2015.06.29 23:44:01
Q:
[图片] Sob老师，我请教一下在gmx中如何实现只对阴影部分的水分子中的氧原子施加加速度以获得一个压力？？？？
A:
没有办法。计算一开始就得定义group，得写明编号，但是水分子又是来回运动的，会离开阴影区域。
Q:
对啊
A:
只能改程序咯
Q:
所以我很纳闷，那些用gmx-3.3版本的怎么做的
A:
肯定是改的。
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2015.06.29 23:56:49
Q:
用Multiwfn中100-1-15,13得到并保存了func1和func2之后，关闭了multiwfn窗口。现在想做[图片]这个功能，能否利用func1和func2直接做，而不用在此格点计算？
A:
得重算
或者你用multiwfn的主功能13倒也能实现相同的目的
Q:
13中的哪一个？
A:
步骤比较麻烦，得利用格点数据计算功能折腾几次，干脆重新算吧
没有办法。计算一开始就得定义group，得写明编号，但是水分子又是来回运动的，会离开阴影区域。
只能改程序咯
Q:
sob老师因为计算一个要几个小时，加上需要实验合适的范围，而且不止一个体系，所以能否麻烦你大概说一下如何做？
A:
我干脆改改程序
Q:
额这太麻烦你了吧
A:
木事
程序更新好了，在Multiwfn官网上下载3.3.8(dev)即可。
启动后先载入func1.cub，然后进主功能100，选1，然后选择函数的时候输入0,0，然后输入func2.cub的路径。之后这两个格点文件里的数据就直接被当成第一个函数和第二个函数了，然后后处理菜单的功能就能直接用了
----------------------------------------------------
2015.06.30 00:13:33
Q:
[图片]是不是第一激发态百分之23来自H-1到L+1的跃迁，以及69%来自H到L的跃迁啊，如果是这样的话加起来应该是百分之百啊
A:
次要的都没显示出来罢了
Q:
为啥计算百分比的时候是Singlet-A的平方乘2啊？
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
----------------------------------------------------
2015.06.30 00:24:20
Q:
今天收到的审稿意见简直让人无语了，截然相反
Refree 1： As all previous paper from this group, this paper is well-written, nice .... excellent... Ready to publish.
Refree 2: ... I am wondering who will be interested in such a topic ...
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.30 01:24:50
Q:
跟大家问个基础的问题 .fch和.fchk是同一种文件格式吗
A:
是
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2015.06.30 02:22:47
Q:
[图片]麻烦大家了在跟大家问一下，将chk转化fch文件出现了这样的界面继续等吗谢谢
A:
[图片]
Q:
[图片]每次装高斯都很困惑这个应该选哪个
A:
直接install
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2015.06.30 02:38:31
Q:
请问有谁知道Lennard-jones 6-12函数中，哪儿能查到原子的碰撞直径和势阱深度？
A:
深度就是epsilon，直径看你怎么定义的。LJ势就两个点特殊，一个是势能为0的点，一个是极小点
----------------------------------------------------
2015.06.30 03:28:59
Q:
优化过的一个二聚体，它的两个分子间的RDG图中，可否将spike值小于-0.01的等值面解释为H键，大于0.01的解释为位阻作用，-0.01—0.01解释为VDW？
A:
对于可能属于氢键的情况，这种判断没太大问题，不过还是应该结合颜色来考察
Q:
当spike为-0.01多一点的时候，可判断为H键的等值面的颜色只有微微的淡蓝色，与绿色已没有明显的区分，所以想给出一个标准的spike值，如-0.01，若小于这个值且符合X-H...Y，X,Y都是电负性的标准的，就说是氢键。
A:
用-0.03~0.02，如果有轻微的蓝色，也算是氢键。
毕竟X-H...Y这种形式，首先默认就是氢键，实在太弱时，才适合说不是氢键
J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10865-10872里面专门根据BCP性质提出了判断氢键的标准，非常常用
[图片]
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2015.06.30 03:29:07
Q:
[图片]这种课件，群共享里有没有啊？@Sobereva
好吧
不好
我可以只买课件吗@Sobereva
A:
不可
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2015.06.30 03:45:18
Q:
小的算激发态的时候，遇到了一个问题，不知道是怎么回事，想请教各位老师，这是我的输出文件，[图片]
[图片]
恳请各位老师指点一下！
A:
把noneq部分和基组定义部分位置调换一下
Q:
小的试了一下，然后[图片]
A:
你再试试，对照下这个，能正常运行
%chk=c:\gtest\Cu(CO)+.chk
#p b3lyp/genecp scrf(read) geom=check guess=read
test
1 1
C O 0
6-31G*
****
Cu 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz
noneq=write
Q:
[图片][Emoticon]sob老师，小的试过了，还是出现这样的问题，小的Gaussian版本为G09.A02
A:
换D.01试试
我给你的输入文件在g09w B.01下没问题
Q:
[Emoticon]我们学校的服务器是这个版本的，
管理员不准自行安装软件。
A:
如果你是在windows下写的输入文件，先用dos2unix转换
----------------------------------------------------
2015.06.30 03:51:03
Q:
[图片]
我过渡态已经收敛成这样了，为什么IRC还是走一步就停了呢
A:
看因为什么而停。如果说走到了极小点，步长加大些。如果说重校正步不收敛，用LQA
----------------------------------------------------
2015.06.30 03:53:48
Q:
sob老师，最近打算配个工作站，预算在1w左右，不打算自己组装，能问下推荐吗？
A:
这样的价格买品牌机高不成低不就。最划算的就是在淘宝买二手或者商家用ES CPU组装的双路服务器
----------------------------------------------------
2015.06.30 03:59:52
Q:
[图片]使用[图片]关键词优化到如图程度。现将此时的结构保存，然后用保存的结构，计算freq，得到[图片]，用了calcall后，每步的优化和频率的value不是应该一样的吗？
A:
你看freq的时候算出的能量是否和优化最后一步相仿佛
Q:
[图片]基本一致
A:
freq的时候直接readfc读取优化的chk的Hessian看看，同时也用guess=read
Q:
[图片]优化到这一步时，之前连续4步，能量已经不变了，而且force的值都为0，只是RMS Gradient在上下波动
好的我试试谢谢sob老师
A:
可能和你用了gdiis有关。因为freq是按照牛顿法预测的下一步位移距离，而gdiis预测位移的时候还同时依赖于之前的走步
----------------------------------------------------
2015.06.30 04:28:21
Q:
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
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CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda.
CoulSu: requested number of processors reduced to: 3 ShMem 1 Linda
Sobereva老师，这个状态已经保持了将近5个小时了
A:
5个小时算什么
Q:
那意思是不用做其他处理
就继续等着吗
A:
这要看你算的是什么，什么级别，计算能力怎么样，知道这些大概多久算完心里才有数，才能确定是否有必要等。比如如果可能得算几个月才能算完那就停了
Q:
我算的是la++C6H5CL的优化，用高斯09的四核的计算机算的
就是这个分子的优化
[图片]
A:
关键词怎么写的？
Q:
%chk=D:\G09W\ww\la+C6H5CL.chk
%nprocshared=4
#P b3lyp/gen pseudo=read opt freq
Title Card Required
1 1
C 0.40874300 1.38690800 1.23220700
C -0.88426700 0.69350700 1.22836200
C -1.45452800 0.32799300 0.03443000
C -0.75858700 0.54198300 -1.21640500
C 0.24211000 1.61176800 -1.19577200
C 0.78579200 2.03047200 -0.00811300
H 0.76994200 1.78675300 2.16895600
H -1.39028500 0.48241900 2.16071800
H -1.26548000 0.30637000 -2.14061200
H 0.54559200 2.06571600 -2.13011100
H 1.53886000 2.80852600 -0.00043100
Cl -2.94678300 -0.54882200 -0.00522100
La 1.05019500 -0.66097600 -0.00733400
C H CL 0
DEF2TZVP
****
LA 0
SDD
****
LA 0
SDD
A:
DEF2TZVP先换成6-311G*，看看耗时多少，这样用更昂贵的def2TZVP心理才有数
6-311G*对这样的问题也已经足够了。
振动分析很耗时，而完全用不着大基组。
----------------------------------------------------
2015.06.30 04:30:47
Q:
群里有没高手能告诉我用高斯计算CD图怎么做啊
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
你发的这个链接的软件是不是也得用专门得计算机算的，不能用自己的计算机算的 ,谢谢
A:
随便什么机子都能用Multiwfn，甚至MacOSX都行
不支持安卓、WP
Q:
WIN7可以吗
A:
连度娘百科都能查到
Q:
计算出来的效果和用Gaussin的一样吗
A:
你到底看帖子没有？
Q:
正在看
A:
看完再问
[图片]
----------------------------------------------------
2015.06.30 04:36:07
Q:
老师，Spartan’08是个什么程序
A:
一个带图形界面的量化程序，没多少人用
----------------------------------------------------
2015.06.30 05:04:55
Q:
http://www.zhihu.com/question/27533811
[图片]
不知道sober姐看到了这个，有啥获奖感言啊[Emoticon]
[Emoticon][Emoticon]sob老师赞赞的
A:
无聊
Q:
[图片]
[图片]
A:
发这种信息直接踢
群公告里思想家公社群规章制度写得非常清楚
----------------------------------------------------
2015.06.30 05:06:55
Q:
gaussianview 一个分子的镜像操作和原有的分子的能量一样吗？
A:
一样
----------------------------------------------------
2015.06.30 05:22:32
Q:
[图片]想问下vmd显示的分子怎么能保存成chemcraft或者gaussview能打开的格式呢
A:
保存成pdb即可
----------------------------------------------------
2015.06.30 06:02:28
Q:
我想咨询个事情，就是我用高斯计算一个分子的时候用了赝势基组，后来出错，我想续算，续算的文件，只需要在原gjf文件中添加geom=check guess=read，那后面的延时还需要再重写吗？谢谢@Sobereva
A:
基组、赝势原来怎么写还怎么写。
要么你就写chkbas，则基组、赝势就都直接调用chk文件里的，也不要自己再写基组和赝势了
----------------------------------------------------
2015.06.30 06:31:10
Q:
[图片]
这是什么错误啊?
%nprocshared=16
%mem=4000MB
%chk=comp.chk
# opt ub3lyp/6-31g(d) geom=connectivity opt=modredundant
分子坐标
D 10 9 54 55 F
这是我的输入文件
D 10 9 54 55 F 这是用来固定角度的
[图片]
0 3 啊
A:
若没定义连接关系就去掉geom=connectivity
opt不要写两遍
Q:
用直角坐标可以吗？
和坐标没关系
A:
可
Q:
opt(calcfc,tight,modredundant)
另外，最好加上 int=ultrafine, scf=tight
A:
scf=tight是默认的，不要写
int=ultrafine对于B3LYP没必要
一般也没必要写calcfc,tight
Q:
写了没坏处吧……
老师算IRC除了LQA GS2还有其他方法吗
写了会影响收敛吗？
A:
calcfc的耗时等同于freq，对大体系非常慢
Q:
calcfc 在收敛困难的时候会有帮助，记得Sob 老师博客里写过的
A:
tight也使得达到收敛限难度增加，计算耗时增多，一般也没必要收敛到这个精度。除非是比如优化弱相互作用复合物、振动分析有虚频等情况才有必要
就算到了最后收敛困难了，一开始用calcfc得到精确Hessian也没用。因为优化到末期，Hessian经过不断近似方式的修正，早已偏离精确Hessian了。
Q:
我一般算的是有氢键的体系，看来加 tight 是习惯了……
有氢键就需要加tight吗
我用的scf=xqc
A:
也不是必须的。
对于诸如范德华复合物，势能面很平坦，收敛限不用tight的话复合物结构收敛精度很可能不准
scf和几何优化的处理完全是两码事
----------------------------------------------------
2015.06.30 07:16:15
Q:
请问，用高斯算红外的时候，同一个东西，同一种方法，算了两次，有一些很小的区别，这是正常的现象吗？
属于误差范围
A:
正常，见
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
----------------------------------------------------
2015.06.30 09:58:30
Q:
请问在构造两个周期性材料所组成的界面前，不优化两个材料晶格参数，直接取他们的实验晶格参数来构造界面，可行吗？可信吗？
A:
当然可信。计算方法若不准，优化出来结果还只会比实验值差，
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:05:52
Q:
请问查找磁化率的关键词是什么？
还有，请大家帮我看一下，我这个算磁化率中有没有写错在哪里？[图片]
A:
仔细看输出文件，自然能找到
不要写dsymm、maxcycles
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:35:00
Q:
我这里http://sci-hub.org 打不开了大家情况怎么样？
A:
宽带通，打不开too
Q:
过两天再试试，前几天还能用，忽然感觉这东东好重要
A:
给学术界带来福利的project和行为往往总是没好报，而最终消失
时不时sci-hub出现募捐页面，要是允许paypal我就捐100刀了
Q:
[图片]毕竟涉及各方利益。下次看到捐赠我也捐下
建议开通支付宝捐赠
A:
捐赠页面都是毛子语
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:44:51
Q:
嗯我也打不开… 不知道它的服务器架在什么地方的。涉及各方利益的确… 被出版商发现了肯定想法设法要弄掉它，就像pirate bay这些网站一样。
A:
每年国家给科研投入无数资金，可是连下文献这样和科研工作者关系最直接的问题却解决不了
如果国家出资，买各种数据库，让全中国的IP都能免费下就好了
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:47:27
Q:
[图片]请问这个里面提到的单点能如何计算，我通过计算红外的时候可以得到零点振动能[图片]，但是单点能是哪一个呢？
A:
对于HF/DFT，就是scf done后面的，或者输出文件末尾HF=后面的能量
Q:
[图片]谢谢老师，我找到了，但是这个单位是什么？[Emoticon]
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:48:19
Q:
我记得杭州是不是把中国知网买下来了，全杭州市都能上
A:
全中国IP都能下的话肯定会有很多糟糕的人胡乱下载，甚至牟取暴利。这倒可以实名制登记。
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:52:27
Q:
老师，我最近算了个分子异构体的过渡态，虚频只有二十多，振动还大体上是对的，但是irc用了各种办法都做不出来，这是不是过渡态不对造成的啊？？
A:
先用calcall、tight标准，确保过渡态定位很精确
还不行再加上int=ultrafine
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:55:02
Q:
Sob老师，请问您使用过gromacs计算离子通过孔道（channel)的自由能吗？？
A:
以前有个gmx做WHAM的教程，好像是钠离子穿越碳纳米管的PMF
----------------------------------------------------
2015.06.30 16:55:44
Q:
#p opt b3lyp/3-21g nosymm bomd int=grid=ultrafine scf=xqc temperature=300 老师您好，用gaussian算分子动力学能用这样的语句计算吗？能加OPT吗？！还是在OPT优化完成以后再算这个：b3lyp/3-21g nosymm bomd int=grid=ultrafine scf=xqc temperature=300？
谢谢老师
A:
动力学和优化不要搅合在一起
ultrafine对当前无意义
temperature也不并起作用
temperature也并不起作用
Q:
[Emoticon]老师，那就是直接算这个b3lyp/3-21g bomd？
[Emoticon]如果我希望加个温度，应该如何写关键字？谢谢老师
A:
最简单就直接写BOMD关键词就完事了，需要设定其它的你再写其它设定
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2015.06.30 16:57:50
Q:
对了， Molclus用gauss BOMD的结构也可以吧
A:
可以
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2015.06.30 16:58:54
Q:
没看过，Justin的教程上没提到！不知道Sob老师有这个教程吗？？或者是类似的，文献上讲昂的模糊，做了好几次得出来的结果都是怪怪的，比如这个结果基很搞笑：[图片]最后居然没有降下去
A:
那个教程很老了，3.3时代的，记得不是justin的。好像在mdbbs上发过
找着了，传群共享了。
记得当年照着做过，结果挺正常
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2015.06.30 17:07:56
Q:
请问reduced density gradient怎么翻译呀
A:
约化密度梯度
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2015.06.30 17:10:13
Q:
请问有人优化过TNT的结构吗？
A:
不要用“有人...吗？”的句式提问。见群共享在网上求助计算化学问题的注意事项
Q:
请问老师在做TNT结构优化时参数设置有哪些需要注意的？
A:
没什么特殊的，照常优化即可
Q:
我按照一般的优化方法做过但是密度升高了很多本来是1.654 优化完变1.81 ，结果总是显示结构优化不满意。。
A:
你是优化单个分子还是晶体？
Q:
晶体
单胞和超胞优化的结果都是那样~
这个，，，大的太多了吧~
TNT密度要能达到那么高就好了。。
A:
什么方法算的？
Q:
MD 结构优化
A:
我是说理论方法
既然有晶体结构了，何故还做MD？
Q:
我是要模拟晶体的THz 光谱，想先做几何优化
优化的时候用共轭梯度法能量最小化力场compass
A:
你若用实验上测的TNT晶体结构，用带着色散校正的泛函去优化，应该不会偏这么多
compass毕竟是只是分子力场，定量精度不一定有保障
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2015.06.30 17:13:02
Q:
请问老师在渲染时想通过VMD调节等值面，该怎么设置啊？或者老师有没有具体的操作步骤指导下
A:
参考此文第6节在VMD里显示等值面的步骤
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2015.06.30 17:17:54
Q:
老师有没有什么找文献比较全的办法，感觉我找的文献比较少。[Emoticon]
A:
google学术搜索搜
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2015.06.30 17:26:30
Q:
是用的数据库里的晶体结构可是后面计算振动光谱的方法用不用跟优化的方法一致呢？
A:
肯定得一致
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2015.06.30 17:27:03
Q:
那就只能找小伙伴帮忙了，我们学校也不能下[Emoticon]
国家就算有钱也不可能让大家随便下国外所有的文献的原因你懂的
但是理工科的可以考虑
A:
就是说理工科
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2015.06.30 17:34:27
Q:
小的算激发态还是出现了301错误，输入文件中用到的方法是b3lyp/genecp,geom=check,guess=read,chkbas 0 1 然后没有写基组说明信息，输出文件中，坐标部分读取正确，还是出现301错误，小的不知道怎么解决这个问题，恳请各位老师指点一下[图片][Emoticon]
A:
别写chkbas，直接把基组和赝势写清楚
要用chkbas就别再定义基组和赝势
看你的提示似乎用了CBS-APNO，这只能用于前两个周期的元素
Q:
[图片]
sob老师，小的昨天试了您给我的方法，但是，在我的版本上还是运行不了
我的gjf文件是在linux下用vi建的，
A:
把输入文件直接贴出来，坐标部分用[坐标]替换
Q:
好的老师[图片]
A:
如果你不会写，就别用guess=check、别用chkbasis，好好把输入文件写完整
别用geom=check
反复试试自然就知道怎么回事了
前面你贴的scrf里带read，这里又没带read，乱七八糟
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2015.06.30 18:03:21
Q:
请问下嵌入式CPU和服务器型CPU有什么区别呢
A:
目的不同。
嵌入式CPU主要是工控机、柜台终端机、机顶盒、车载设备等移动产品用的。比其性能，往往更注重功耗和集成度
而且这类一般都是BGA封装，直接焊在主板上，没法替换
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2015.06.30 18:10:22
Q:
[图片][图片]老师，遇到这样的情况该怎么处理呢
A:
加scf=novaracc
Q:
之前的int=ultrafine也要加上吗？
A:
也加
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2015.06.30 18:18:19
Q:
大家好想问一下tpss和tpssh是相同的泛函吗
A:
前者纯泛函，后者杂化泛函
Q:
那后者和谁杂化的呢
A:
当然是HF
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2015.06.30 18:23:38
Q:
#p OPT FREQ=NORAMAN BHandHLYP/6-311++G(2dp) test 老师这个输入是不是不对，计算投进去就报错了
A:
6-311++G(2d,p)
另外，noraman是多余的
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2015.06.30 18:26:46
Q:
用Intel MPI对嵌入式CPU，OEM定制版CPU能有效吗，如果用这类CPU做并行计算的话。。。
A:
嵌入式、OEM，这些CPU对于Intel MPI来说并没有任何特殊性
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2015.06.30 18:28:12
Q:
请教一个问题，计算时出现
The SCF is confused.
Error termination via Lnk1e in /home/hgxy/g03/l502.exe at Tue Jun 30 10:18:17 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 25.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 22 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
The SCF is confused.
Error termination via Lnk1e in /home/hgxy/g03/l502.exe at Tue Jun 30 10:18:17 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 25.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 22 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
这时候怎么处理呀
A:
先试g09，不灵再说
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2015.06.30 18:31:08
Q:
请教一下，如何模拟液体的介电常数？
A:
做动力学模拟可得到，参见此文公式dx.doi.org/10.1021/ct200731v
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2015.06.30 18:40:45
Q:
请教sob老师：体系有氢键，堆积，离子耦合，溶剂效应用哪种PCM方法更适合
A:
PCM类最好的就是SMD
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2015.06.30 18:49:16
Q:
请问在gromacs中，可不可以固定一类分子的相对位置不变呢？比如我有一类A分子，我想保持所有A分子的相对位置不变，这样可以实现？由于A分子的数量比较多，可不可以利用index中定义组的方法来固定呢？
A:
没有办法实现，只能用位置限制固定它们。
或许通过搞一大堆距离限制能起到等效的作用，但会比较麻烦。
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2015.06.30 18:55:10
Q:
给分子间加键，力常数无穷大。
A:
力常数无穷大会造成高频振荡，模拟容易崩。
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2015.06.30 18:55:37
Q:
constraints 和 restraint在md软件里面好像是不同的
A:
是不同的
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10
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2015.06.30 18:57:51
Q:
求问sob老师 gromacs与其他md软件相比有什么优点吗？
A:
速度快
输入文件、拓扑文件、参数文件格式清楚，灵活度高
Q:
好的学习了
不支持脚本语言（实现特定功能需要修饰源码）
支持的力场超多
比一般的MD软件要多
A:
对，现在gromos、opls、amber、charmm都支持
还有诸如martini、很多膜力场等等，都提供了gmx格式的参数文件
而且开源免费，编译速度飞快，体积小
GPU支持得也很成熟
Q:
GPU支持的程度比namd要好很多，并行GPU的测试了一下，速度呈现上升趋势，，namd则呈现下降趋势
所以GPU集群多节点做模拟，目前首选gromacs
当时同实验室的用gromacs，我用的DL_POLY，每天我都用羡慕的眼光看着他。速度快，效率高，前后处理工具多，各种参数文件直接调用等等优点。
A:
xtc轨迹体积小也是个优点
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2015.06.30 19:02:58
Q:
#p m062x/def2tzvp SCRF(SMD,Solvent=water,PCM=Read)请问老师哪里有问题
A:
SCRF(SMD,Read)
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2015.06.30 19:08:16
Q:
sob老师我问一下，gromacs中的walls的使用。我用了一个nwall=2，和pbc=xy，以及pcoupltype=semiisotropic，compressibility = 0 4.5e-5 但是在模拟过程中，盒子的Z轴只是在一个位置附近震动，盒子中还有很多空间，也不压缩，这是不是因为wall的位置是不变的呢？还有就是我在体系中用了freezegrps冻结了一些原子。
我看你在博客中说压力耦合和freezegrps不要联用~ 是不是这个的原因啊~
没有报错~ 但在Z方向上就是压缩不了~ 不知道为什么~
A:
既然都pbc=xy，怎么还有z轴？
Q:
我在运行autodock的时候，runGrid时出现以下错误，
[图片]我用的是网站例子的文件，是我的autodock和autogrid4安装不正常吗？我用win7系统，安装的autodock4，MGLtools1.5.6.我分别直接双击两个安装文件，没有别的操作。我在官网上看我下的这版autodock不用安装cygwin。谢谢指教。
A:
二维的时候模拟体系没有z尺寸，而wall的位置就是一直固定在盒子定义的0和z的位置
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2015.06.30 19:09:57
Q:
[图片]
A:
也不是不能用，和版本也有关，联用可能容易崩，但如果不出错就没关系
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2015.06.30 19:13:54
Q:
sob 老师 multiwfn做分子轨道图时，[图片]这个examples在计算的时候怎么输入
A:
直接输啊
Q:
哦~ 原来是这样~ 谢谢sob老师~
A:
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
显然你的路径写得不对，缺乏DOS基础知识
不知道怎么写路径就直接拖文件进去
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2015.06.30 19:44:10
Q:
[图片]sob老师我做出来了
我也是觉得太多了看不清楚
scf=QC
A:
调节能量范围，调节连线的规则
好看的图都是调出来的，不可能默认的就是满意的
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