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标题: 求助：跑分子动力学模拟、血红素和组氨酸NE2原子需要增加配位键吗？ [打印本页]

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Author: yaoshi1206 时间: 2025-3-22 14:15
标题: 求助：跑分子动力学模拟、血红素和组氨酸NE2原子需要增加配位键吗？
本帖最后由 yaoshi1206 于 2025-3-22 14:17 编辑

最近在做一个含血红素蛋白COX2（环氧化酶-2）的分子动力学模拟，下载的蛋白（4COX）文件中，血红素上铁Fe是5配位的结构，组氨酸的NE2与Fe形成配位键。
发现用pdb2gmx （选charmm36力场）生成的拓扑结构，配位组氨酸指定为3.Coupled to Heme (HIS1)，检查拓扑文件发现[bonds]中没有组氨酸NE2与Fe的成键信息，动力学模拟的过程中，血红素在1ns之内经脱离原来的位置？这样情况需要拓扑文件添加血红素上Fe与NE2的成键信息吗？

下图是从RSCB数据库下载的4COX的血红素周围构象
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-22 16:35
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