公社群聊Q&A整理：2016.09.28 01 ~ 2016.09.30 18 Concate - 计算化学公社

2016.09.28 00:14:20
Q:
sobereva老师，我能问一个比较简单的问题吗？怎么重启multiwfn？/冷汗是修改设置文件后，直接打开还是什么？/冷汗
A:
关了再开
Q:
嗯，但是我昨天算ICSS的时候，修改后和没修改前，输出文件都一样。于是我就找问题，但就是没找到。
A:
每次Multiwfn启动时才会载入settings.ini里的信息。所以改完之后必须重启
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2016.09.28 00:22:41
Q:
前辈们好，想入计算化学的冷，但是听说需求量很少？是不是这样的呢
A:
乱谈计算化学领域的研究生就业问题
[url]http://sobereva.com/241[/url]
Q:
对计算化学或自然科学极度热忱，一心想做研究，以探寻真理和求知为最大乐趣，甚至为此不惜与世界为敌的人。
我就是那种喜欢与世界为敌的人
看谁都不顺眼
A:
奇怪的想法还是到大杂烩群交流吧
Q:
大杂烩群
是什么
A:
看群规以及群公告
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2016.09.28 00:22:43
Q:
老师，我是在linux系统系进行计算的，但是在Windows系统下编辑gif文件的，我想采用之前优化的构型基础接着计算输入geom=(check,step=n)但是保存文件的时候，提示错误，怎么解决呢？
谢谢
A:
直接在gv里切换到相应的帧，保存成新的.gjf。没用熟高斯之前甭用geom=(check,step=n)
Q:
我是看step=72的能量最低，想采用这一步的接着计算
您刚才说的切换到相应的帧，请问有相应的博文吗
A:
这要什么博文，直接在gview打开文件时候用read intermediate geometies，左上角填入帧号就完了
Q:
哦明白了
A:
NICSptlim改完之后，保存settings.ini，然后重启multiwfn之后，这里显示多少？
[图片]
settings.ini若确信改对了，启动Multiwfn时候看开头是否显示没找到settings.ini
没找到时候就会用默认值
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2016.09.28 00:23:59
Q:
[图片]
请问输入文件是这个吗
不好意思我是说计算npa
A:
pop=NPA
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2016.09.28 00:26:20
Q:
[图片]
请问是这样吗
A:
y
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2016.09.28 00:33:18
Q:
老师我想问一个问题：
①如果当我换各种方法，终于发现有一个方法能与分子的发射光谱对上后，但是吸收光谱又对不上了，这样我能用例如：cam-b3lyp算吸收光谱，之后M062X算发射光谱吗？
②有没有一种方法能够修改某个method中某些参数使该method的应用能够精确地计算吸收光谱呢？
A:
1 不能。找个折中的用，要不然说不清楚
2 改HF杂化成份，或者长程校正泛函改w参数，看
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
[url]http://sobereva.com/344[/url]
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
[url]http://sobereva.com/346[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.28 00:37:20
Q:
我还有一个问题，一个分子和他的异构体结构我能分别用两种不同的溶剂模型来计算吗？比如异构体是两性离子我用cosmo；
分子的正常结构我用smd呢？
A:
不能。完全说不通。更何况SMD在原理上比COSMO严格得多，SMD都能用，还用COSMO完全是莫名其妙
[图片]
Q:
因为用SMD后两性离子的光谱都不上，其他的能对上。所以针对两性离子，我选择cosmo试试，结果可以对的上。但是正常结构的却不能了
A:
COSMO你关键词怎么写的？
Q:
opt b3lyp/6-31G(d,p) scrf(cosmo,solvent) nosymm td
A:
什么溶剂？
Q:
乙醇
A:
高斯里CPCM对中性体系的参数本身就是错的，COSMO的参数应该也是错的
也尝试scrf(PCM,solvent=ethanol)
除了对比光谱，也对比优化出的结构
SMD没道理结果不如COSMO
Q:
嗯，确实对比了，优化出的结构不同了
A:
再去对比，结构相同时不同溶剂的TD差异
优化出的结构不同也有可能是数值巧合等其它原因
Q:
嗯好的，谢谢老师我试试对比一下不同溶剂中的td，选择在smd模型中
A:
反正不能轻易赖到SMD有问题
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2016.09.28 00:51:10
Q:
, 请问老师，gaussian集成的NBO模块是3.0版本的，这个程序目前是独立开发的已经到了6.0版本。是不是用3.0这版给出的结果，容易受到审稿人的质疑呢(比如说版本太老)？谢谢~
A:
一般不会
Q:
恩，也就是说版本的更新一般只是功能增加或者是优化，而不会出现大的改动对吧
A:
也会修正一些bug
对于主族，3.0和6.0不会有太大差别，但是过渡金属可能相差大
这本身也体现NBO理论上的问题，在不少情况下有一定任意性
Q:
这样啊，就是说NBO理论自身也不是完善的。我目前涉及的体系木有包含过渡以及重原子，应该比较能放心使用了吧。
A:
恩
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2016.09.28 01:23:57
Q:
[图片]各位老师好，这里的95alph+95beta是不是算SOMO?
那是不是非限制性计算就没有前线轨道的说法呢
A:
照样有
Q:
哦哦
我估计你和SOLO混淆
SOLO是啥
A:
独奏
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2016.09.28 01:39:01
Q:
我先看下谢谢老师
[图片]
这篇文献里的
A:
明显就是一知半解的人写的
布居都误写成了布局
Q:
说是利用Fukui判断反应活性位点我先看看老师推荐的再来请教谢谢老师
A:
也看看群共享里《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》、《预测亲核反应位点方法的比较》
以及
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
[url]http://sobereva.com/234[/url]
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2016.09.28 02:51:53
Q:
老师这个.cub文件的路径是什么呀？[图片]谢谢
A:
按照屏幕提示调用cubegen产生result.cub，然后输出这个文件路径
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2016.09.28 04:08:51
Q:
请问有使用Multiwfn计算GBP entropy、Shannon entropy的吗？
玄空想请教一下
，玄空私聊你了
请教些问题，
你刚刚给我截图是从哪里来的，
那里讲了如何计算吗？
玄空悟性不高，最好有例子。
见笑了，
我没有好好学习，这是你们啥时候讲的？
手册里面没有这类例子
A:
看手册。还不懂就直接问，要问得具体。不接受私聊
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2016.09.28 05:12:03
Q:
[图片] 老师打扰了，按照步骤做的怎么生不成 .cub文件呀？谢谢
A:
明显系统没找到cubegen
你输入绝对路径让系统找到就完了
如果直接输入cubegen能启动，说明你的路径输入得不对，系统找不到21.fchk或者cubegennpt.txt，输入绝对路径让系统找到
这都是DOS基本常识
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2016.09.28 05:30:32
Q:
用DFT-D3是不是就不用考虑基组的因素了？
[表情]那只要用优化好了的几何，在优化的水平下做就可以了是吗
A:
几何优化也考虑D3
Q:
用DFT-D3是不是就不用考虑基组的因素了？
A:
对
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2016.09.28 05:39:37
Q:
[图片]请问irc跑了三步就出错了该怎么办
A:
IRC=LQA
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2016.09.28 05:47:18
Q:
请问，widows下G09gjf文件改名成com文件能在linux下运行吗
gjf在linux那输出什么，out？
那linux 的com文件传到windows下输出是out了
A:
后缀根本无所谓，高斯计算时后根本不管后缀，你指定什么是什么
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2016.09.28 05:54:43
Q:
计算5-氨基间苯二甲酸的荧光光谱，我采用的泛函与基组是 b3lyp/6-311g* ，可是算下的结果和理论值相差100nm,在此请教大家可否推荐好一点的泛函和基组，使计算结果和理论值基本吻合？谢谢大家
A:
基组已经够了
泛函选择看
乱谈激发态的计算方法
[url]http://sobereva.com/265[/url]
Q:
老师，泛函选择PBEO如何？/微笑
A:
懒得看博文？
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2016.09.28 06:01:24
Q:
高斯可以考虑自旋轨道耦合不？求大侠解答，谢谢！
A:
[图片]
[图片]
基本不能
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2016.09.28 06:13:32
Q:
请教各位一个问题，给一个团簇（eg:FenV)上吸附一个小分子比如氢分子，它的计算方式与计算团簇分子有差别吗，需要注意些什么，看了文献有点不太懂。可能例子举的不太恰当。谢谢各位了/抱拳/抱拳/抱拳
A:
用的方法必须能合理描述弱相互作用
例如B3LYP可以算团簇，但算物理吸附就是找死
Q:
大博士，用DFT-D3得到的相互作用能，是不是已经考虑了BSSE？
嗯。老师，方法该怎么选择呢？
A:
乱谈DFT-D
[url]http://sobereva.com/83[/url]
Q:
看样子D3从根儿上就解决了很多事情
那最后得到的色散校正能是不是还需要加上E(AB)-E(A)-E(B)的值才是真正的相互作用能？
A:
对色散校正后的AB、A、B能量，再这么求差就是考虑了色散校正后的总相互作用能
Q:
那大博士，E(AB)-E(A)-E(B)考虑色散校正的值是正的
现在通过DFT_D3的程序得到的是片段间的色散校正能
A:
[图片]
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2016.09.28 06:36:13
Q:
请问如何把数据导入Multiwfn进行计算？
A:
手册第四章全是例子
仔细读
Multiwfn入门tips
[url]http://sobereva.com/167[/url]
Q:
把文件导进去后，计算了1~2参数后为什么程序突然关闭？
A:
操作不对
导入什么文件？
Q:
.wfn
A:
先把手册例子做一遍，文件都自带了，不可能出错
仔细领会屏幕上提示，按照要求输入，只要输入文件没问题，就不可能出错退出
Q:
我是按手册例子做的，
A:
第几节的例子？
把临报错退出之前最后的画面截图
绝对没按要求的方式输入
Q:
[图片]
A:
手册和程序提示都超级详细
Q:
导入这个文件
A:
哪个版本算的chk就用哪个版本带的formchk转换
Q:
[图片]是什么文件？
A:
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
[url]http://sobereva.com/125[/url]
Q:
计算的数据怎么导出？
A:
仔细看屏幕提示
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2016.09.28 06:59:28
Q:
老师您好，想推荐您作为我的论文审稿人，您的单位就直接写科音是吗？谢谢老师
A:
如果不是Multiwfn用户的话就算了，忙得要死
如果是Multiwfn用户的话，是这么写
Q:
..这么多用户都要论文审稿的话，真的会死的
A:
话说今天刚审了篇Chemistry Journal of Moldova
第一次知道还有这么个刊物，伊朗人投的
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2016.09.28 07:09:31
Q:
sob老师，请问下在利用高斯自带的freqchk计算频率校正因子时，出现这样的错误怎么解决呢？[图片]
A:
chk里没Hessian信息
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2016.09.28 07:14:32
Q:
[图片][图片] 群主老师，请问，如果主要用gaussian，偶尔用用VASP，amber，等，是否选择前者比较好点。
A:
是
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2016.09.28 07:46:38
Q:
请问，大家在linux 下面使用过gview吗？
windows下面，gview最多只能调用４Ｇ的内存，是这样吗？
A:
应该是2GB
Q:
哦，原来是这样。
我用gview打开一个１３０Ｍ的log文件，然后打开任务管理器看内存占用。发现内存占用哗哗的上去了，然后占到４Ｇ的时候，gview就报错了。
扣除操作系统及其它应用占用的内存，gview最多调用的内存应该就是Ｓ老师说的２Ｇ。
A:
那可能是gview编译时用了物理地址扩展，即便是32bit程序最大也能用到4GB。但没有法子用更多了
Q:
linux下面使用givew没有内存的限制吧？
A:
看gv，64bit版就没限制，32bit版最大还是4GB
Q:
现在gview有６４位版本的吗？
A:
linux的有
Q:
老师，GaussView 4.1.2_Linux_x86.tar这个是６４位版本的吗？
A:
不是
网上有GaussView 5.0.9-x64_linux.zip是
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2016.09.28 16:56:13
Q:
各位老师们，我最近计算nbo[图片][图片]
计算结果[图片]
计算任务就跳出来了，不知道该怎么办？求教。
[图片] 求解答。
老师请教一下，计算nbo的时候，出现这样的情况：[图片]。计算任务就结束输出了。不知道该怎么办？？我的nbo计算输入是：[图片][图片] 求解答。
A:
直接就pop=nbo就完了
同一个问题不要24小时之内发两遍
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2016.09.28 17:04:46
Q:
各位老师，单机计算出现 RMSDP=7.28D-09 MaxDP=2.24D-07 DE= 2.46D-11 OVMax= 4.98D-07
Error on total polarization charges = 0.01142
SCF Done: E(RB3LYP) = -921.904157757 A.U. after 4 cycles
Convg = 0.7275D-08 -V/T = 2.0097
KE= 9.130466080918D+02 PE=-5.794239436576D+03 EE= 2.130046993910D+03
Leave Link 502 at Wed Sep 28 08:22:36 2016, MaxMem= 33554432 cpu: 409.0
(Enter D:engjianguangG09Wl801.exe)
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 3.05D+03 ExpMxC= 4.57D+02 IAcc=3 IRadAn= 5 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 5 IDoV=-2
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Largest valence mixing into a core orbital is 6.45D-05
Largest core mixing into a valence orbital is 1.61D-05
Range of M.O.s used for correlation: 25 384
NBasis= 384 NAE= 78 NBE= 78 NFC= 24 NFV= 0
NROrb= 360 NOA= 54 NOB= 54 NVA= 306 NVB= 306
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.20633936D+02
Leave Link 801 at Wed Sep 28 08:22:40 2016, MaxMem= 33554432 cpu: 3.0
各位老师，单机计算出现 RMSDP=7.28D-09 MaxDP=2.24D-07 DE= 2.46D-11 OVMax= 4.98D-07
Error on total polarization charges = 0.01142
SCF Done: E(RB3LYP) = -921.904157757 A.U. after 4 cycles
Convg = 0.7275D-08 -V/T = 2.0097
KE= 9.130466080918D+02 PE=-5.794239436576D+03 EE= 2.130046993910D+03
Leave Link 502 at Wed Sep 28 08:22:36 2016, MaxMem= 33554432 cpu: 409.0
(Enter D:engjianguangG09Wl801.exe)
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 3.05D+03 ExpMxC= 4.57D+02 IAcc=3 IRadAn= 5 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 5 IDoV=-2
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Largest valence mixing into
a core orbital is 6.45D-05
Largest core mixing into a valence orbital is 1.61D-05
Range of M.O.s used for correlation: 25 384
NBasis= 384 NAE= 78 NBE= 78 NFC= 24 NFV= 0
NROrb= 360 NOA= 54 NOB= 54 NVA= 306 NVB= 306
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.20633936D+02
Leave Link 801 at Wed Sep 28 08:22:40 2016, MaxMem= 33554432 cpu: 3.0
是哪里出问题了？
计算停了
[图片]
link died
没算完？
报了
当时没注意啊
A:
重新算一遍，还这样就换D.01版，还不行再用linux机子试试
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2016.09.28 17:18:41
Q:
请问一下计算WBI值关键词是这个吗[图片] 谢谢大家
A:
否
字号不要超过12
没特殊情况直接用Multiwfn算Mayer键级就完了
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2016.09.28 17:27:02
Q:
我想请问一个问题磷光发射是自旋禁阻的那分子被激发的时候从单重态到三重态是禁阻的吗？
[图片]请问大家为什么在算垂直激发的时候不用第一步的6-31G 而是用TZVP？
老师我想请问激发态算出来的第一个激发能为负值这个一般如何来调整
是在优化后的基态的分子结构下算一下波函数？@冰释之川
A:
第一步是6-31G*不是6-31G
直接用6-31G的人99%都很愚蠢
我的帖子里绝对不可能直接出现6-31G
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
[url]http://sobereva.com/336[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.28 17:34:49
Q:
问个 CRYSTAL 软件的问题：
使用CRYSTAL-14 软件包，在做晶体优化的时候，采用自定义的 6-311++G（d,p）基组，crystal报错，报错信息为“ ERROR **** CHOLSK **** BASIS SET LINEARLY DEPENDENT”。自己没能找到解决方案，求大神指导一下。
A:
别用弥散函数
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2016.09.28 17:40:51
Q:
怎么从pdb文件中截取自己想要的区域呢，用gaussview一个一个删太慢了
A:
edit-atom selection功能里可以按照距离或者成键方式来扩展选区。或者用划框工具一次选一片再删
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2016.09.28 17:41:11
Q:
[图片]请问一下我对离子液体与气体进行了SAPT能量分解，结果如下：请问这个合理么，是不是气体与离子液体间主要靠诱导作用？觉得应该是静电作用啊，因为形成了强的氢键
[图片]
A:
离子体系会产生强烈极化作用也是说得通的
----------------------------------------------------
2016.09.28 17:48:22
Q:
请教一下关于MS8.0 license的问题。是这样，组里新买的机器thinkmate，装上MS8.0-linux之后，参考小木虫的教程，可以正常运行。但是2、3天之后，license就会自动失效了。然后需要重装MS才能继续使用2、3天。
不知道是不是最近MS查的严，自动封杀绿色版license，请问大家有没有遇到过这种情况，需要怎么解决啊？
嗯，听说运行效率高一些
但是最近license总出问题，不知道怎么解决呢
A:
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.09.28 18:06:30
Q:
ZBRENT: bracketing found
ZBRENT: interpolating ZBRENT: increasing intervall ZBRENT: can't locate minimum, use default step 我的计算runlog里面出现了这样的警告，查了一下，应该是IBRION=2造成的，换成1应该就不会有了，这是VASP编译的问题吗？？另外，换成1之后，又会出现这样的问题，BRIONS problems: POTIM should be increased，，查了下，说BRIONS问题不影响最后结果，那我以后IBRION是不是都得设成1了
A:
새가 字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.09.28 21:20:48
Q:
请问老师，含He/Ne/Ar这类原子的体系计算能量用M062X可以接受么？
A:
看体系大小。如果小的话，应该用更高档次方法。大体系的话姑且能接受，但最好加D3校正
----------------------------------------------------
2016.09.28 21:42:46
Q:
请问老师，什么样的体系适合算NBO？超分子可以吗？看文献什么样的都有～[emoji]
A:
不要盲目效仿文献
合适的分析弱相互作用的方法在这里都总结了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
[url]http://sobereva.com/252[/url]
NBO对于分析弱相互作用没什么大用
----------------------------------------------------
2016.09.28 21:59:57
Q:
下半年的gromacs培训时间还没定吧？
A:
没定
----------------------------------------------------
2016.09.28 22:30:20
Q:
请问，RI-MP2的方法能用什么软件计算啊？TURBOMOL，还有别的没。。
A:
orca是做RI-MP2和RI-双杂化的首选，比turbomole好用多了还不收费
这里写了
大体系弱相互作用计算的解决之道
[url]http://sobereva.com/214[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.28 22:39:05
Q:
老师您好。我想知道，如果算频率的时候出现两个小的负频，合理么
A:
OK Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
[url]http://sobereva.com/278[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.28 22:59:37
Q:
[图片]请问，ATB这个网站是不能以个人的邮箱注册吗？我想用它生成小分子的拓扑文件，但是注册不了
A:
个人邮箱能注册
----------------------------------------------------
2016.09.28 23:06:38
Q:
高斯后面的偶极矩，四极矩，八极矩，怎么算的？
A:
就是多极矩积分
比如Tr(PD)，就得到电子对偶极矩的贡献，D就是偶极矩积分矩阵
Q:
偶极矩积分还没写/呲牙
老师的偶极矩积分参考的哪儿写的
A:
这很简单，比如，就是把j的x的指数加1来算重叠积分就完了
用sina之类的呗
Q:
这么简单[emoji]
这么简单
那我赶紧写出来。。。
我以为是∫e^（-a（x-x0）^2）*x*e^(-b(x-x0)^2)
原来是∫e^（-a（x-x0）^2）*（x-x0）*e^(-b(x-x0)^2)
6-311g是不是也不好
A:
很不好
MP2/6-311G优化苯都是弯的
Q:
嗯嗯
极化暂时加不了。。。
老师你的TDHF里面的COA是不是偶极矩积分
A:
不是
是MO系数矩阵
Q:
这是用偶极矩积分变换的吗
A:
?
Q:
理解错了[表情]
就是那个分子轨道
A:
AO的偶极矩积分矩阵在我程序里叫Dbas
----------------------------------------------------
2016.09.28 23:07:00
Q:
请问老师，如果体系有两个分子，mopac是如何表示原子处于哪个片段呢？
A:
干嘛要分片段，直接算就完了
Q:
我怕优化结构把不同的分子优化成同一个@Sobereva
A:
只要初始结构和关键词设定合理就不可能这样
----------------------------------------------------
2016.09.28 23:29:09
Q:
老师您好，请问SPAT能量分解的时候算到这里就不动了[图片]是在继续算么，还是因为内存不够什么的不能算了？如果我用小的机组和方法的话能够很快正常结束，比如用 jun-cc-pVDZ
energy('sapt0')
A:
top看运行情况
Q:
[图片]应该没算了吧
A:
没算
Q:
qstat 显示的还在运行啊[图片]
老师应该正在继续算了[图片]又出来新的结果了，我同学说我这个是在节点上算的如果用top的话查看不到信息
A:
不是在本机运行的top肯定看不到
----------------------------------------------------
2016.09.28 23:35:23
Q:
什么情况下加极化函数会带来不好的结果？
A:
什么情况都不会
----------------------------------------------------
2016.09.28 23:51:41
Q:
换个方式问，怎样使用gamess或nwchem导出包含自旋的波函文件（alpha和beta分开的轨道信息）？
A:
用gabedit载入GAMESS-US的.out可以看自旋密度图。靠.wfn文件没戏，因为导出.wfn前会自动把UHF轨道弄成UNO，失去了自旋信息。
----------------------------------------------------
2016.09.28 23:59:08
Q:
好的谢谢老师我用[图片]这个关键词算了一下 WBI 可是在结果中搜索的时候出现了三组数据应该选哪个啊 [图片] 谢谢老师@Sobereva
A:
字号不要超过12
谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级
[url]http://sobereva.com/74[/url]
Q:
老师我还得问您一下/流泪就是我想用wiberg bond index matrix in the NAO basis这个键级数据可是我一搜就出现三组wiberg bond index matrix in the NAO basis的数据 [图片] 我该选这三个值中的哪个呢谢谢老师@Sobereva
A:
气死我也！
[图片]
什么乱七八糟，仔细读博文20遍
Q:
老师您给我发的那个我看了别生气老师/可怜
A:
看了还问？看了字号还这么大？
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:02:28
Q:
高斯做opt+freq在文件出现：not enough space in DoHrmC，求解？
Petite list used in FoFCou.
Not enough space in DoHrmC.
Error termination via Lnk1e in C:G09Wl401.exe at Wed Sep 28 15:22:03 2016.
log文件后面是这样说的
A:
增大%mem
字号别超过12
Q:
收到
我的机器是16G内存，在Gview下链接高斯计算，link里设置mem应该位多少才合适呢？
64位系统，win平台
原子数大概400个
A:
Gaussian如果是32bit的最多只能给1.5GB~1.6GB。我一般都写1500MB
400个哪算得动，半经验还有得说
Q:
内存不够？
A:
看多少位的、什么平台
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:03:34
Q:
Sob感觉有关gmx得博文不多
意味着培训班几乎都是原创性内容？
A:
量化有关的博文也都是原创的
兴趣更偏重量化
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:04:38
Q:
找过渡态的时候看力常数，要出现至少4个yes
是看算出频率之后的优化的输出文件么
老师可以帮忙解答么
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
[url]http://sobereva.com/278[/url]
Q:
不是我的意思是，比如说找到了能量最高点是不是要计算一下频率然后在优化，然后需要查看一下力常数
力常数垚至少达到4个yes才行
A:
力常数跟YES/NO根本没直接关系
基础理论不清
你先弄清楚YES、NO判断具体指的什么。博文里都有
找能量最高点干嘛，毫无化学意义
要照TS，照完了算完频率看没问题就完了，还优化什么。自己看力常数做什么，直接看程序对收敛标准的判断以及虚频模式就完了
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:06:26
Q:
请问在确定里德堡激发态时，MO是怎么看的呀，那个图是怎么弄出来的？
A:
看主要牵扯到的MO
图解电子激发的分类
[url]http://sobereva.com/284[/url]
Multiwfn绘制
Q:
[图片]
这种图能用高斯软件看吗？
A:
能
Multiwfn比gview方便得多
Q:
这些轨道是把基态的优化一下就都能得出来吗？
如果只想在gaussview里看看是不是里德堡激发，就看一下MO20,应该怎么操作呢？
A:
gview看里德堡轨道根本看不全，默认盒子太小
用multiwfn多好，干嘛用gview
使用Multiwfn观看分子轨道
[url]http://sobereva.com/269[/url]
Q:
好的，没接触过那个软件，我先学学，谢谢[表情]
在做垂直激发时，最后输出文件给出的激发能和振子强度有好多，是看最后给出的那一组吗？
A:
看最后的干嘛，看你感兴趣的
Q:
感兴趣？
[图片]
就这个东西给了好几次，每次都不一样
一个输出文件里就有好几个
A:
仔细看此文再问
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
[url]http://sobereva.com/314[/url]
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
[url]http://sobereva.com/224[/url]
Q:
我就是这样计算的，可是看输出文件有好多这个，从S1到S10的
A:
一次当然给你算出一批激发态来
Q:
我不是说S1和S10我不明白，是指一个输出文件有好几批S1...S1O
A:
你做激发态优化时候才会这样
算单个结构不可能这样
激发态优化每一步显然都要做一次电子激发计算
每一个什么含义博文里写得很清楚了
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:22:57
Q:
老师，算氧气的S1态，是直接把电荷和自旋多重度设为0 1就行吗？用做对称破缺加guess=mix吗？
A:
不是。光是guess=mix貌似都不行，得自己调初猜轨道
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:27:10
Q:
具体怎么调呢？M062X等常见的DFT方法能算吗？
A:
算得很不准，一般都用CASSCF来做
Q:
我用直接把自旋多重度调为1以及非限制性加guess=mix得到的与三重态基态的能量差分别为37和14kcal/mol,差得很多，记得您说过好像应该是22.4kcal/mol吧，这个结果大的大，小的小都不对吧@Sobereva
A:
都差得很多，所以要用CASSCF
Q:
要计算O2在固体表面上的裂解，体系较大，用CASSCF不太现实啊。这时算裂解反应途径，能用DFT并把体系自旋多重度设为1按限制性闭壳层算吗？@Sobereva
A:
凑合
Q:
这时是假定O2已经处于S1态了吗？
A:
牵扯到其它分子，发生反应，就没有独立的O2的形态了，轨道简并也会被破坏，就不能用O2来看待了
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:32:22
Q:
老师您好，SAPT能量的分解结果如下[图片]能量值为负是不是代表吸引，为正代表排斥，是不是可以说静电能占总能量的379.72433865/(379.72433865+115.77890868+48.69178900+59.43981924)=62.91%
准备接收吧
A:
你最好讨论“静电占吸引作用的百分之多少”，即379.72433865/(379.72433865+48.69178900+59.43981924)
Q:
好的，非常感谢，其实也正准备问您下面这句呢，您就说出来了，厉害/强
A:
手册有详细说明
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:40:37
Q:
您好，刚才在群记录里看到您算过Mulliken population analysis,想请教一下您，这个怎么算呢？不胜感谢
有会的老师吗？向您们请教
A:
Gaussian计算完了默认末尾就输出简单Mulliken布居分析
要做更详细的Mulliken布居分析用Multiwfn，载入.fch文件，进主功能7选5
Q:
[图片]sob老师，我用NBO算的，就跟文献中的不一样
A:
人家是Mulliken分析，你NPA分析的，当然不一样
Q:
可是我从高斯的log文件查看，也跟他的不一样呀
A:
那谁知道，无非基组、结构、理论方法等等造成的差异
要么就是自己根本没正确统计布居数
根本都没找对对应d的
Q:
sob老师，我可不可以单独给你发个文件，关于B18Co-的，一个是文献中的，一个是高斯的结果
A:
不可以
Q:
哦，那我自己在研究研究吧
A:
先确认自己没搞错
找某个原子d轨道布居数，载入fch文件，用Multiwfn的mulliken分析功能立马就得到了
----------------------------------------------------
2016.09.29 00:53:52
Q:
[图片]第一个图是我用vmd渲染器之后改进的作图效果，但是和渲染前比较原本静电势为0的白色部分确有了颜色，请问老师应该怎样处理？
A:
看哪种更符合实际，就用哪种
渲染器有时会对point显示方式不正确渲染
----------------------------------------------------
2016.09.29 01:00:41
Q:
请问，itp文件可以转换成拓扑文件吗？因为是纯物质所以直接调用出错了
A:
不可以
itp本身就是拓扑文件
但一般用来记录单个分子类型，include进top使用
Q:
侧耳、倾听～撤回了一条消息
如果我需要的top文件和itp文件是同一个分子呢？因为我没找到对应的top文件
A:
[图片]
对同一个玩意，itp和top是一码事，仅仅是后缀不同
top后缀一般用来描述整个模拟体系的拓扑文件，itp通常是给其中被include的各类分子用的后缀
----------------------------------------------------
2016.09.29 01:14:29
Q:
老师打扰了就是做弱相互作用RDG图时除了.WFN文件外，.fchk文件可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.09.29 01:15:08
Q:
谢谢老师
再请教您一个问题，我用gaussian算了个文件，最后老是l502错误。我把构型改了一下，也还是那个能量不收敛，我改了其中的文件。%mem=3000mw
%nproc=16
#b97d/cc-pvdz scf=conver=6 opt freq
1 1
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
[url]http://sobereva.com/61[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.29 01:48:40
Q:
不好意思老师，刚有事出去了，谢谢您的回复。还有一点想明确下，就是算O2在固体表面裂解的反应，自旋多重度设为1的同时，还用考虑对称破缺吗？还是就按常规的闭壳层算就行
A:
可以对比一下用不用guess=mix的结果，如果不同，哪个情况能量低用哪个
----------------------------------------------------
2016.09.29 02:35:18
Q:
请问一下老师，高斯算NBO，提示不能识别关键词CMO，该怎么办呢？
A:
NBO3.0不支持此关键词
Q:
老师，那有没有解决的办法呢
A:
用更新的NBO版本
----------------------------------------------------
2016.09.29 03:29:00
Q:
请教各位老师，两种有机溶剂1:1等体积混合，且均不在solvent引用目录里，溶剂模型的关键词该怎么写，谢谢
A:
[图片]
按照1:1混合得到eps和epsinf
Q:
也就是仅需用介电常数来定义新溶剂，无需写具体英文名称，是这样理解吗
A:
仅考虑极性部分时才是如此
考虑非极性部分时还牵扯非极性参数
----------------------------------------------------
2016.09.29 04:56:26
Q:
NBO中
[图片]
199. BD*( 2) C 2 - C 3 /196. BD*( 2) C 1 - C 6 259.99 0.01 0.081
[图片]
反键轨道和反键轨道的作用有意义吗
199. BD*( 2) C 2 - C 3 /196. BD*( 2) C 1 - C 6
比如这种的
A:
无意义
----------------------------------------------------
2016.09.29 05:16:20
Q:
sobereva老师，我昨天试了ICSS文件输出的NMR任务文件，第一个文件已经算出来了，后面的文件通入高斯就都出错了。
A:
看具体提示想办法解决
Q:
[图片]
A:
第一个输入文件运行完chk留了没？
明显是从chk里读取初猜时候出错
Q:
留下了。
A:
第二个ICSS文件%chk指向这个了？
Q:
没有，我再后面加了个序号
A:
那当然报错
Q:
重新命名吗？
A:
重命名干嘛
什么也别该
什么也别改
Q:
嗯，我直接通入吗？
就行了吗？
A:
直接运行
你改了后程序从哪读初猜去
----------------------------------------------------
2016.09.29 05:48:39
Q:
高斯BOMD步长单位sqrt(amu)*bohr 怎么换算成fs啊，这个完全不搭配啊
A:
有的算法是固定时间步长的，有的是固定几何步长的
Q:
请问。BOMD怎么设置初始速度为0啊？
A:
读入初始速度，都设0就完了
----------------------------------------------------
2016.09.29 06:17:29
Q:
从pdb里取出来的结构，在高斯里按照距离分离了想要的部分，但是外面有很多原子变成单独的，而且有很多氨基酸都不完整了，有什么好的解决方案吗
A:
按照距离选择的时候可以按照残基连接关系选择，残基可以保留完整
或者用VMD的选择语句来选择，利用same residue as...[被选择范围] 可以让被选择的分子/残基保持完整
Q:
不好意思还有问题，在gaussview里按照距离选择和按照残基选择似乎是矛盾的
A:
[图片]
我说的是按照残基连接关系选择，距离是指“扩展范围”
Q:
那么游离的水分子是只能手动选择了吗
A:
也可以用范围选择
----------------------------------------------------
2016.09.29 06:17:50
Q:
老师，mopac安装老显示这个怎么办呢[图片]
A:
都已经装完了，退出就行了
----------------------------------------------------
2016.09.29 06:52:26
Q:
老师，对于一个较大体系（涉及多个分子），程序能“智能”到把对称破缺准确的定位到该在的分子上（如其中的一个O2,或者一个固体表面上的双自由基分子）么？
A:
一般可以
如果怀疑，可以再做stable检测
----------------------------------------------------
2016.09.29 16:53:50
Q:
请问在Multiwfn中做紫外吸收光谱，如何输入合适的HWHM，才可以做出紫外光谱[图片]谢谢
[图片]请问一下，文献中报道的这种图一般是在哪里做的
我是想说，把好多个前线轨道如何这样整齐的排列
A:
to Score 一般用默认的，如果有实验谱就调成和实验谱最接近的
----------------------------------------------------
2016.09.29 17:23:19
Q:
[图片]
老师们这个渐变颜色图时用什么软件做出来的
A:
ps、ppt都行
----------------------------------------------------
2016.09.29 18:30:54
Q:
请问编译gromcs的时候提示路径下does not appear to contain CMakelists.txt该怎么解决啊？这个是Sob老师的命令“cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs50”我把/sob/gromacs50改成了我的解压后的=jwang/gromacs-5.1.4/cmake
A:
你得进对目录后再执行。/sob/gromacs50是要安装到的目录，不是你解压后的目录
----------------------------------------------------
2016.09.29 19:45:14
Q:
老师：您好！我们在设计过渡态的时候，是否可以通过依据我们已经优化好的可能中间体进行设计。我的设计思路：考察中间体的振动特征。通过振动特征来设计过渡态。如果是这样，在振动分析中，我们依次来设计过渡态时，有什么选取吗?或者是注意事项吗？谢谢！例如这样的一个振动[图片]
A:
通常都是优化出来相邻两个极小点之后，根据几何结构猜它们之间过渡态，而不是看极小点振动模式
----------------------------------------------------
2016.09.29 21:19:20
Q:
请教大家一个问题，怎么用Def2TZVP基组，编辑金属Ru输入文件。
A:
直接写def2TZVP
Q:
老师，那还用加极化函数这些内容吗？
A:
本身就已经有充分的极化函数了
谈谈量子化学中基组的选择
[url]http://sobereva.com/336[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.29 21:28:00
Q:
各位老师，请问Multiwfn输出静电势是计算得到的Internal charge separation (Pi)是什么含义？有什么用途呢？多谢@Sobereva
A:
[图片]
手册3.15.1节说了
[图片]
Q:
老师，我想分析反应位点，每个原子对应的静电势数值和实验结果不符，但是Internal charge separation (Pi)是符合的，请问可以使用吗？@Sobereva
A:
不可以
这纯属巧合，跟反应活性没关系
本来静电势就不是很好用的预测活性位点的方法
----------------------------------------------------
2016.09.29 21:34:06
Q:
sob老师，我照你给我提示的偶极矩的算法计算来偶极矩，但是结果不对。这里有没有相应的直接的公式？
A:
[图片]
Q:
P是密度矩阵？
A:
对
Q:
P*Dbas(1,：，：)这里怎么理解？
不像是矩阵乘
A:
P的每个矩阵元乘X偶极矩积分矩阵的每个矩阵元
Q:
嗯嗯
A:
sum(A*B)
和Tr(matmul(A,B))
是一样的，Tr是取迹
Q:
soga
前者更快？
A:
对
Q:
怪不得
A:
代码还短
----------------------------------------------------
2016.09.29 22:34:11
Q:
老师，我把gauss换成了d版还是无法识别cmo，请问一下，如何更新高斯内NBO呢？
A:
跟高斯版本无关
让你用的是更新的NBO版本
不管什么版本高斯，都是NBO 3.1
计算化学公社上有NBO5、6
让高斯自带的NBO产生.47文件，加入CMO关键词，然后用5.0或6.0版GENNBO直接运行
----------------------------------------------------
2016.09.29 23:24:11
Q:
大社长，求助您，我用高斯算一个体系第一激发态几何优化和频率，即将结束的时候服务器停电了，想问您：现在在输入文件里加什么关键词可以让程序接着算？
A:
如果优化已经完了，取最后的结构重新做频率计算
Q:
opt+freq断了怎么弄 restart吗？
A:
取最后一步结构继续优化
----------------------------------------------------
2016.09.29 23:37:50
Q:
gaussian计算0K时的能量，我设定了温度是0K，怎么还是298K时的呢
求解
用BH方法opt和freq,得到总能量，焓变。。。[图片]
这样设置对不对啊
A:
你这么写，你得到的热力学量就是0K的
Q:
计算得到的单点能以及焓变与298K的是一样的
设定0K完全没有用
计算出来的焓变0K与298K也是一样的
你有计算不同温度的焓变没有
A:
绝对不一样
Q:
那是我设置的有问题
A:
你要得到0K下焓什么都不用设，直接把ZPE加到电子能量上就是
写temperature=0等价于temperature=298.15K
Q:
ZPE和电子能量完全一样，加在一起得到的焓也完全一样的啊
A:
怎么可能一样！
估计你都不知道ZPE的公式是什么
Q:
[图片]
得到的这个ZPE校正值
A:
这跟电子能量能一样么
Q:
我是直接取这个ZPE
A:
对
加到电子能量上就是H(0)
先好好看看这些
[url]http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123[/url]
更细节的看
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
[url]http://sobereva.com/315[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.29 23:39:42
Q:
老师，将两个分子放在一起作为一个体系优化，如何判断得到的构型是最稳定的？
A:
各种初始结构都优化，看最后哪种最低
可以用molclus
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
[url]http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.29 23:43:25
Q:
各相温度因子到底说明了什么
A:
原子位置在各个方向波动程度
----------------------------------------------------
2016.09.29 23:53:20
Q:
麻烦问下，计算化学公社有微信公共号吗？我感觉群主写的帖子很棒，平时在路上可以看看，网页版有点麻烦
A:
没有公共号，我讨厌微信
Q:
好的谢谢做个app也挺好的啊
A:
脱离手机、app
搞理论计算的人应该多花时间在电脑前和文献/书籍前
----------------------------------------------------
2016.09.29 23:53:54
Q:
老师，用cubegen算静电势红线的部分应该写0还是什么？谢谢
[图片]
A:
干嘛这么用。直接用一条命令执行cubegen就完了
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:01:33
Q:
求64位的gview软件！
A:
计算化学公社的量化版的资源分享区有
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:09:29
Q:
[图片]老师我做root=20的激发态优化，优化结构的能量一直这样波动，无法结束，是不是不正常呀
我用同样的方法算root=1的，7步就结束了
A:
明显震荡了。减小步长上限再试。
高阶激发态容易势能面交叉，优化可能会有障碍。
通常根本没必要优化第20激发态去，没什么实际意义
Q:
我们实验的光是8.4ev的，所以我觉得可能会激发到这一态[图片]刚开始学也不懂，您说没有意义是指不会到这个激发态？
A:
可能激发到这里
但激发态优化通常目的都是算荧光，而荧光都是从最低几个态发射的，根据kasha规则从S1发射居多，优化第20态没用
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:28:45
Q:
[图片] 老师，输入绝对路径怎么不行呀，老师能帮我看看吗？谢谢
A:
显然路径不对
Q:
单个这样调用就可以
A:
把手册里提到的那些文件都放到g09目录下，直接在g09下运行手册里提到的命令，用不着写一长串路径
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:34:56
Q:
老师，优化步长是用那个MaxStep=N吗？如果默认是30，如果改，怎么改比较合适呢？
A:
诸如opt(maxstep=10,notrust)
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:38:46
Q:
[图片][图片]
老师，我想按照文献介绍计算溶剂环境中的吉布斯自由能。
计算结果在第一张图，我认为最下面蓝色一行是图2式子中的1、3项之和，zero-point correction就是图2式子中的ZPE，而图2式子中的最后一项溶解自由能需要用SMD模型计算求解。不知道这样的理解是否合理？
A:
按此博文里的方式算，说得很详细
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
[url]http://sobereva.com/327[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:51:39
Q:
[图片]
[原创表情]
A:
甭看这个
依赖于这个永远是菜鸟
----------------------------------------------------
2016.09.30 00:58:35
Q:
老师，我想问一下，高斯09里面H+离子默认total energy是0 a.u. 吗
opt.frq
还是0
A:
到底问哪个能量？
电子能量显然是0
热力学量非0，因为还有平动贡献
溶液下也非0，因为还有溶解自由能
Q:
[图片]
老师，那物质的△H在高斯里面应该怎么算/尴尬，我是用那个总能加上Thermal Correction to Enthalpy这样算的
A:
单个物质哪有△H，这是对反应来说的
你这样得到的是H
----------------------------------------------------
2016.09.30 01:03:19
Q:
@ wonderful- 我想问您一下，NBO5是高斯里面自带的，还是单独买的
A:
显然单独买
3.1是NBO最后一个免费版本，所以自带只可能是这个
----------------------------------------------------
2016.09.30 02:36:57
Q:
Sob社长，m06x泛函计算的镧系第一激发态有0.2eV左右.. 实验值是2.0左右..相差10倍... 这是彻底不能玩..PBE0能改善多少呢..
A:
也看振子强度。如果很小，没准实验上观测到的也不是那个态
其它泛函也试试
----------------------------------------------------
2016.09.30 03:19:48
Q:
粒子的辐射理论计算这个可以有吗？
各位老师？
α粒子
A:
量化不是算这个的
这属于核物理方面的计算模拟问题
Q:
好的，有个核专家想让帮算一下，问有没有办法
A:
你问的不是地方
----------------------------------------------------
2016.09.30 05:09:40
Q:
请问高斯不支持双杂化泛函么？或者是我的输入文件有误？以下是我尝试计算的两个文件,
# pwpb95/6-311g(d,p)
# b2gpplyp/6-311g(d,p)
计算均出错，一步迭代都没有。
b2plyp?这样的么，冰老师？
A:
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
[url]http://sobereva.com/344[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.30 06:58:46
Q:
我印象中有一个基组的网站，请问谁知道在哪里可以查啊
A:
在线基组和赝势数据库一览
[url]http://sobereva.com/309[/url]
----------------------------------------------------
2016.09.30 16:22:01
Q:
请教一个问题：我用B3LYP/6-311G(d,p)计算阿比特龙的红外光谱，矫正因子0.9613，结果出来的吸收峰，在2000cm^-1以上接近实测值，在2000cm^-1以下却低于实测值很多（100-200cm^-1），请问可以哪些方面去说明原因？
A:
不同频率区间适合的频率校正因子是不同的。对低频可以用低频的校正因子
----------------------------------------------------
2016.09.30 17:00:55
Q:
请教：我用B3LYP优化了两个过渡态，均是含Fe的体系。然后用几种不同的杂化泛函对比两个过渡态的单点能，得不到一致的结果。所以我想用CCSD的方法对比单点能，结果出错。我的输入文件和出错信息如下，希望大神们给点指导。
输入文件：
%nprocshared=12
%mem=12000MB
%chk=1.chk
#p ccsd/gen geom=(connectivity,nocrowd) pseudo=read
。。。。
C H N S O 0
6-31G(d)
****
Fe 0
lanl2dz
****
Fe 0
lanl2dz
出错信息：
MaxDsk= -1 SrtSym= T ITran= 4
DoSDTr: NPSUse= 12
JobTyp=1 Pass 1: I= 1 to 116.
Complete sort for first half transformation.
Erroneous write. Write -1 instead of
请教：我用B3LYP优化了两个过渡态，均是含Fe的体系。然后用几种不同的杂化泛函对比两个过渡态的单点能，得不到一致的结果。所以我想用CCSD的方法对比单点能，结果出错。我的输入文件和出错信息如下，希望大神们给点指导。
输入文件：
%nprocshared=12
%mem=12000MB
%chk=1.chk
#p ccsd/gen geom=(connectivity,nocrowd) pseudo=read
。。。。
C H N S O 0
6-31G(d)
****
Fe 0
lanl2dz
****
Fe 0
lanl2dz
出错信息：
MaxDsk= -1 SrtSym= T ITran= 4
DoSDTr: NPSUse= 12
JobTyp=1 Pass 1: I= 1 to 116.
Complete sort for first half transformation.
Erroneous write. Write -1 instead of 1249521536.
fd = 4
orig len = 12486298240 left = 1249521536
g_write
1249521536.
fd = 4
orig len = 12486298240 left = 1249521536
g_write
不是酶
体系有84个原子，其中有一个Fe原子
少了 %chk=1.chk
A:
硬盘不够了。84个原子算CCSD是痴心妄想
这么点基组给CCSD用也毫无意义
双杂化是首选
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2016.09.30 17:32:50
Q:
[图片][图片]老师我做激发态的优化还是收敛不了，是应该继续减小步长，还是强制收敛呀？
A:
根本就没有所谓什么“强制收敛”，都是菜鸟以讹传讹的词
如果是TDDFT激发态优化，g09根本用不了calcall。
减小步长上限是首选途径，还不行再结合GDIIS
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